• 생명과학회지
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• 제19권5호
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• pp.566-572
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• 2009

S. marcescens KCTC 2172로부터 유전자 은행을 작성하여 재조합 클론 pDH3를 얻었으며, pDH3 유래의 서브클론을 작성하였다. 플라스미드 pPH4의 전염기서열 5,137 bp 영역을 결정한 결과 3개의 ORF가 있음을 확인하였다. 이들은 pst 오페론의 pstC, pstA, 및 pstB, 세 유전자를 동일 전사방향으로 코드하고 있었다. 타 세균의 유전자와 비교한 결과 S. marcescens의 pst 오페론은 pstS와 phoU가 결손되어 있다. 조절영역에는 CRP 결합영역과 pho box 서열이 존재하였다. 보고된 유전자와 상동성 조사결과, PstC 단백질은 Yersinia sp., Vibrio sp. 및 Pseudomonas sp.와는 49, 37, 33%의 상동성을, PstA 단백질은 Yersinia sp., Vibrio sp. 및 Pseudomonas sp.와 64, 51, 47%의 상동성을, PstB 단백질은 Methanocaldococcus sp., E. coli 및 Mycoplasma sp.와 60, 50, 48%의 상동성을 나타내었다. Pst 유전자들은 조절영역의 cAMP-CRP 복합체에 의해 in vivo에서 양성적으로 발현됨을 확인하였다. Pst 오페론을 포함하는 플라스미드를 도입한 대장균은 인산운송에 관여하는 능력을 확인하였다.

• 미생물학회지
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• 제50권2호
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• pp.164-168
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• 2014

북극지역은 지구온난화로 인하여 생태계에 큰 영향을 받고 있다. 본 연구는 북극 Svalbard 지역에서 육지 빙하의 해빙(ice melt)의 영향을 받는 해양퇴적층에서 질산화 과정에 핵심역할을 하는 고세균의 질산화유전자(ammonia monooxygenase, AMO)의 공간적 분포의 변화를 조사하였다. 해빙으로 인한 퇴적물 퇴적속도와 고세균 AMO의 alpha subunit를 코딩하는 amoA 유전자와의 관계를 클론라이브러리 분석을 통하여 분석하였다. 육지와 근접하여 퇴적속도가 가장 빠른 정점(188)에서 고세균 amoA 유전자의 다양성이 육지에서 비교적 먼 지역의 정점(176과 184)에 비해 현저히 낮음을 알 수 있었다. 3 정점의 고세균 amoA 유전자 클론들의 평균 아미노산 서열의 상동성은 94%(염기서열 91%)로 나타났다. 176과 184 정점에서 분석된 고세균 amoA 유전자 클론들 중 약 45%가 Nitosopumilus clade와 근연관계에 있는 반면, 188 지역의 경우 낮은 염농도에서 발견되는 Nitrosoarchaeaum clade와 근연관계에 있는 클론들이 발견되었다. 토양 고세균유래 amoA 유전자는 육지에 근접하여 해빙에 의한 영향을 가장 많이 받는 188정점에서만 발견이 되었다. 본 연구를 통하여, 해빙으로 인하여 육지로부터 운반되는 퇴적물의 량이 증가함에 따라, 해양퇴적층의 질소순환관련 미생물 군집에 변화가 유발되는 것으로 추정되며, 고세균의 amoA 유전자가 해양퇴적층 질소순환생태계 변화의 지표로 이용될 수 있음을 알 수 있었다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제16권2호
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• pp.85-89
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• 2019

Hyperornithinemia-hyperammonemia-homocitrullinuria (HHH) syndrome is a rare autosomal recessive urea cycle disorder. HHH is caused by a deficiency of the mitochondrial ornithine transporter protein, which is encoded by the solute carrier family 25, member 15 (SLC25A15) gene. Recently, government supported Korean newborn screening has been expanded to include a tandem mass spectrometry (MS/MS) measurement of ornithine level. We report a case of a neonate with HHH syndrome showing a normal MS/MS measurement of ornithine level. A female newborn was admitted to neonatal intensive unit due to familial history of HHH syndrome. Her parents were consanguineous Parkistani couple. The subject's older sister was diagnosed with HHH syndrome at age of 30 months based on altered mental status and liver dysfunction. Even though the subject displayed normal ammonia and ornithine levels based on MS/MS analysis, a molecular test confirmed the diagnosis of HHH syndrome. At 1 month of age, amino acid analysis of blood and urine showed high levels of ornithine and homocitrulline. After 11 months of follow up, she showed normal growth and development, whereas affected sister showed progressive cognitive impairment despite no further hyperammonemia after protein restriction and standard therapy. Our report is in agreement with a previous Canadian study, which showed that neonatal samples from HHH syndrome patients demonstrate normal ornithine levels despite having known mutations. Considering the delayed rise of ornithine in affected patients, genetic testing, and repetitive metabolic testing is needed to prevent patient loss in high risk patients.

• 한국패류학회지
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• 제30권4호
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• pp.399-408
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• 2014

본 연구에서는 북방전복 (Haliotis discus hannai)의 대용량 염기서열 분석을 통해 GST유전자의 전장 cDNA를 동정하였다. 북방전복 GST 유전자의 총 길이는 1669 bp로 672 bp의 ORF는 총 223개의 아미노산을 코딩하고 있으며 등전점은 5.69, 분자량은 25.8 kDa으로 예측되었다. 북방전복 GST아미노산 서열은 둥근전복과 지중해 담치와 같은 패류의 GSTA와 가장 유사성이 높았으며 계통수 분석을 통해 GSTA와 하나의 그룹을 이루었다. 북방전복 GST에는 GSTA의 특징을 갖는 두 site (N-말단의 G-site, C-말단의 H-site)가 보존되어 있었고 효소활성과 구조 유지에 중요한 잔기가 종간에 매우 보존되어 있었다. 북방전복 GST 유전자의 mRNA는 관찰된 모든 조직에서 발현하고 있었으며, 특히 외투막, 아가미, 간췌장, 소화관에서 높은 발현이 확인되었다. 북방전복의 GST는 비브리오균을 인위감염 시킨 전복의 간췌장에서 감염 후 1시간 뒤 발현이 급격히 증가했다가 3시간까지 증가한 뒤 감소하였고, 혈구세포에서는 감염 3시간 경과 후 발현 정도가 최고로 증가했다가 감소하였다. 따라서 북방전복 GST는 alpha class GST의 특징을 가지며 병원체 감염에 따른 면역반응 조절에 관여할 것이라 생각되며 병원균 감염에 따른 바이오마커로 활용가능 할 것이라 예상된다.

• BMB Reports
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• 제40권4호
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• pp.459-466
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• 2007

The cDNA sequence of the Japanese flounder (Paralychthys olivaceus) IgD has been previously reported (GenBank accession no. AB052658) and this was followed by the detection of IgD mRNA expression in some flounder organ tissues. However, it has not been determined whether the flounder IgD gene is virtually expressed into IgD protein. To characterize the flounder immunoglobulins utilized in elucidating the mechanism, evolution and diversity of the flounder immune system, antibodies specific to IgD and IgM were necessary. In the present study, partial flounder recombinant IgD (rIgD), IgM (rIgM) and the conserved regions of IgD and IgM (rCIg) were produced by cloning the cDNA sequence using isotype specific primers which were designed to produce unique fragments of IgD and IgM specific amino acid sequences. The production of recombinant Igs was ascertained by SDS-gel electrophoresis and immunoblot analysis using anti-T7$\cdot}$Taq antibody. The produced recombinant Igs were purified using affinity columns, and used as immunogens. Antibodies specific to the isotype of flounder Igs were generated by immunizing rabbits with rfIgs and the antibodies produced were identified by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and immunoblotting. Specificities of the generated antibodies were evaluated by testing cross-reactivity between recombinant IgM and IgD. By ELISA, rabbit antibodies against the rfIgD fragment (anti-rfIgD) failed to recognize any kind of flounder serum Igs, whereas respective antibodies against rfCIg (anti-rfCIg) and rfIgM fragments (anti-rfIgM) reacted with serum Igs. Likewise, in immunoblot assays, though anti-rfIgD did not, both anti-rfCIg and anti-rfIgM bound with the ~85 kd flounder IgM heavy chain. By flow cytometry analysis, anti-rfCIg, anti-rfIgD and anti-rfIgM reacted with 6%, 3% and 6.5% of cells, respectively, suggesting that flounder IgD is not secreted in serum but expressed on flounder B-like cell surfaces as in mammals. Antibodies produced against recombinant flounder Igs could be used to develop sandwich assay systems for detecting flounder Igs and for further investigating the flounder immune system.

• 생명과학회지
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• 제22권6호
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• pp.823-827
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• 2012

본 연구에서는 된장으로부터 혈전용해효소(subtilisin CP-1) 생산 균주를 단리하여 16S rRNA 유전자 분석과 생화학적 분석을 통하여 동정하여 Bacillus sp. CP-1로 명명하였으며, TSB와 LB 배지를 이용하여 혈전용해효소의 생산에 적합한 Bacillus sp. CP-1 배양 배지에 대하여 검토하였다. 그 결과 균주 생육과 균주 유래 전체 단백질의 생산에는 LB 배지가 더욱더 효과적임에 반해 높은 혈전용해효소 활성은 TSB 배지에서 Bacillus sp. CP-1 배양하였을 때 얻어졌다. Bacillus sp. CP-1의 배양 상층액의 fibrin zymography에 의한 분석에서 gel상의 상단 부분에 하나의 명확한 혈전용해 활성을 확인하였으며, 분자량은 약 29-30 kDa으로 추정되며, pH 9.0와 $45^{\circ}C$에서 최적의 효소활성을 보였다. 그리고, 기질 특이성 검토에 있어서는 chymotrypsin에 대한 특이적 기질인 Meo-Suc-Arg-Pro-Tyr-pNA (S-2586)에 대하여 가장 높은 기질 특이성을 나타내었다. Subtilisin CP-1단백질의 N-말단 염기 서열을 분석한 결과 처음 8개가 AQSVPYGI로 분석되었으며 이 배열은 subtilisin NAT및 E와 동일하였다.

• 대한미생물학회지
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• 제34권6호
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• pp.519-532
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• 1999

Helicobacter pylori is a causative agent of type B gastritis and plays a central role in the pathogenesis of gastroduodenal ulcer and gastric cancer. To elucidate the host-parasite relationship of the H. pylori infection on the basis of molecular biology, we tried to evaluate the genomic diversity of H. pylori. An ordered overlapping bacterial artificial chromosome (BAC) library of a Korean isolate, H. pylori 51 was constructed to set up a genomic map. A circular physical map was constructed by aligning ApaI, NotI and SfiI-digested chromosomal DNA. When the physical map of H. pylori 51 was compared to that of unrelated strain, H. pylori 26695, completely different restriction patterns were shown. Fifteen known genes were mapped on the chromosome of H. pylori 51 and the genetic map was compared with those of strain 26695 and J99, of which the entire genomic sequences were reported. There were some variability in the gene location as well as gene order among three strains. For further analysis on the genomic diversity of H. pylori, when comparing the genomic structure of 150 H. pylori Korean isolates with one another, genomic macrodiversity of H. pylori was characterized by several features: whether or not susceptible to restriction digestion of the chromsome, variation in chromosomal restriction fingerprint and/or high frequency of gene rearrangement. We also examined the extent of allelic variation in nucleotide or deduced amino acid sequences at the individual gene level. fucT, cagA and vacA were confirmed to carry regions of high variation in nucleotide sequence among strains. The plasticity zone and strain-specific genes of H. pylori 51 were analyzed and compared with the former two genomic sequences. It should be noted that the H. pylori 51-specific sequences were dispersed on the chromosome, not congregated in the plasticity zone unlike J99- or 26695-specific genes, suggesting the high frequency of gene rearrangement in H. pylori genome. The genome of H. pylori 51 shows differences in the overall genomic organization, gene order, and even in the nucleotide sequences among the H. pylori strains, which are far greater than the differences reported on the genomic diversity of H. pylori.

• Journal of the Korean Wood Science and Technology
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• 제34권3호
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• pp.56-63
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• 2006

셀룰로오스의 가수분해 기작을 구명하기 위하여 Phanerochaete chrysosporium으로부터 74A (PcGHF74A) 유전자를 클로닝한 결과 2162 bp의 염기서열에 해당하는 721개의 아미노산을 가지고 있으며, 다른 사상균에서 유래한 GHF74와 70~77%의 상동성을 나타냈다. Phanerochaete chrysosporium GHF74B (PcGHF74B)는 family 1에 속하는 Cellulose Binding Module (CBM)을 가지고 있으며 셀룰로오스 배양계에서 다양한 전사산물이 존재하였다. PcGHF74B 전사산물에서 나타난 splice variants를 조사하기 위해서 annotation data와 sequence data로부터 primer를 설계하여 RT-PCR분석을 수행하였으며 그 결과 다양한 배양조건에서 splice variants가 존재함을 확인하였다. 첫 번째는 annotation data와 다르게 11번째 intron을 포함하고 있어 full length로 추정되어지는 것으로 2562 bp에 stop codon이 존재했으며, 두 번째는 7번째 exon 1187 bp에 stop codon을 가지고 있으며 12개의 exon으로 구성되어 있다. 세 번째는 10개의 exon과 9개의 intron을 포함하고 있으며 7번째 exon에 stop codon이 존재했다. Splice variants로서 intron에 나타난 stop codon으로 인해 활성단백질의 합성이 일어나지 않을 것이며 비활성 단백질을 생성하거나 원래의 GHF74의 기능이 아닌 다른 새로운 기능을 갖는 단백질을 생성할 수 있을 것으로 사료된다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제25권4호
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• pp.344-351
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• 2009

A biocontrol bacterium Bacillus licheniformis N1 grown in nutrient broth showed no chitinolytic activity, while its genome contains a gene which encodes a chitinase. The gene for chitinase from B. licheniformis N1 was amplified by PCR and the deduced amino acid sequence analysis revealed that the chitinase exhibited over 95% identity with chitinases from other B. licheniformis strains. Escherichia coli cells carrying the recombinant plasmid displayed chitinase activity as revealed by the formation of a clear zone on chitin containing media, indicating that the gene could be expressed in E. coli cells. Chitinase gene expression in B. licheniformis N1 was not detected by RT-PCR analysis. The protein was over-expressed in E. coli BL21 (DE3) as a glutathione S-transferase fusion protein. The protein could also be produced in B. subtilis 168 strain carrying the chitinase gene of N1 strain. The crude protein extract from E. coli BL21 carrying GST fusion protein or culture supernatant of B. subtilis carrying the chitinase gene exhibited enzyme activity by hydrolyzing chitin analogs, 4-methylumbelliferyl-$\beta$-D-N,N'-diacetylchitobioside and 4-methylumbelliferyl-$\beta$-D-N,N',N"-triacetylchitotrioside. These results indicated that even though the chitinase gene is not expressed in the N1 strain, the coding region is functional and encodes an active chitinase enzyme. Furthermore, B. subtilis 168 transformants expressing the chitinase gene exhibited antifungal activity against Fulvia fulva by suppressing spore germination. Our results suggest that the proper engineering of the expression of the indigenous chitinase gene, which will lead to its expression in the biocontrol strain B. licheniformis N1, may further enhance its biocontrol activity.

• 식물병연구
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• 제19권4호
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• pp.326-330
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• 2013

2012년 국내 양앵두나무에서 발생하는 CGRMV를 조사하기 위해 화성, 평택, 경주, 김천, 대구, 영주 음성의 양앵두 재배과원 7개 지역에서 잎 시료 154점을 채집하였다. 채집한 시료에 대해 CGRMV 유전자 검정을 수행한 결과 6점의 시료에서 807 bp 크기의 PCR 증폭산물이 검출되었다. 이들 PCR 증폭산물은 클로닝과 유전자 염기서열 분석 결과 GeneBank에 등록된 외국의 CGRMV 분리주들과 88% 이상의 외피단백질 유전자 염기서열 상동성을 보였다. 국내 양앵두나무에서 분리된 분리주들, CGR-KO 1-6 간에는 98.8-99.8%의 염기서열 및 99.6-100%의 아미노산 서열 상동성을 나타내었다. 국내 CGRMV 분리주들은 외피단백질 유전자 계통도 분석에서 기존에 분류된 I, II, III 그룹 중 II 그룹에 속하였다. 또한 CGRMV가 감염된 국내 양앵두나무 이병주들은 ACLSV 등 10종 바이러스에 대해서도 RT-PCR을 수행한 결과 모든 시료에서 ACLSV가 검출되어 CGRMV와 ACLSV가 복합 감염된 것을 확인하였다.