• 한국약용작물학회지
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• 제21권4호
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• pp.247-254
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• 2013

Collected germplasms of five representative dandelion species (Taraxacum ohwianum, T. platycarpum, T. platypecidum, T. officinale, and T. coreanum) were 104 lines from different habitates in Korea and China. Their genetic diversity was analyzed by genomic fingerprinting method using amplified fragment length polymorphism (AFLP). AFLP results of 6 primer combinations were revealed 1,176 total DNA fragments and 523 polymorphic bands with a 44.4% ratio of polymorphism. On the basis of similarity coefficient analysis by unweight pair group method with arithmetic averages (UPGMA), 104 dandelion germplasm lines were ranged from 0.64 to 0.99 and clustered distinct five group depending on the species. Furthermore, a principal coordinate analysis (PCA) by the application of multi-variate analysis indicated significantly greater differences among species than geographical origins.

• 한국응용곤충학회지
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• 제55권3호
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• pp.245-256
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• 2016

무당벌레(Harmonia axyridis)는 종내에서 초시색상패턴이 매우 다양하게 존재한다. 본 논문에서는 서로 다른 색상패턴의 무당벌레를 대상으로 amplified fragment length polymorphism (AFLP)을 실시하여 무당벌레의 초시색상 패턴간 유전형질의 차이를 확인하고자 하였다. 총 28 개의 프라이머 조합으로 실험을 실시한 결과, 총 2,741 개의 밴드가 검출되었다. 그 중 20 개의 밴드(S1-S20)만이 특정 색상패턴에서 나타났다. 이들 가운데 9 개의 밴드를 색상에 연관된 AFLP 후보 지표로 선발하였다. 밴드 가운데 S1과 S2, S20은 Succinea 1, 2 변이형에 공통적으로 나타났으며, S3와 S5는 Conspicua 변이형에 특이적이었다. 또한 S13는 Spectabilis 변이형에, S15와 S18, S19는 Succinea 2 변이형에 특이적이었다. 특정 색상패턴에만 나타나는 9 개의 AFLP 지표들은 cloning을 통해 염기서열 분석을 실시하였고, GenBank를 이용해 다른 염기 서열과 비교를 해보았지만 아무런 상동성도 찾을 수가 없었다. 무당벌레 종 내 유전적 다양성을 평가한 결과, Spectabilis가 Conspicua보다 Succinea 변이형에 높은 유사성을 보였다. 색상에 연관된 AFLP 후보 지표를 기준으로 sequence characterized amplified region (SCAR) 지표로 변환하여 9 개의 AFLP 분자지표들 가운데에서 5 개만이 SCAR 지표로 전환될 수 있었으며, 이를 통해 AFLP 지표가 무당벌레의 색상과 연관되어 있는지 확인할 수 있었다.

• 한국어업기술학회:학술대회논문집
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• 한국어업기술학회 2001년도 춘계 수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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• pp.559-560
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• 2001

The objective of the present study was to analyze genetic variation and characteristics in rainbow trout(Oncorhynchus mykiss) using amplified fragment length polymorphism(AFLP) method as molecular genetic technique, to evaluate the usefulness of AFLP as genetic markers, and to compared the efficiency of agarose and polyacrylamide sequencing gels. The amplified products were performed by agarose and sequencing gel electrophoresis to detect AFLP band patterns, respectively. Using 9 primer combinations, total of 141 AFLP bands were produced, 108 bands(82.4％) of which were polymorphic in agarose gels. In sequencing gels, total of 288 bands were generated, and 220 bands (76.4％) were polymorphic. The level of bandsharing(BS) ranged from 0.18 to 0.32 for the 9 primer combinations tested, with a mean of 0.24. Consequently, AFLP markers of these rainbow trout could be used as genetic information such as species identification, genetic relationship or analysis of genome structure, and selection aids for genetic improvement of economically importment traits in fish species.

• 한국균학회지
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• 제29권1호
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• pp.9-14
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• 2001

Colletotrichum spp.는 광범위한 기주 범위를 갖는 다범성 균으로 각종 작물에 피해를 야기시키는 중요한 식물병원 진균이다. 최근 국내에서 널리 재배되고 있는 단감, 사과, 복숭아, 포도 등에 탄저병이 발생하여 많은 경제적 손실을 초래하고 있다. 탄저병 병원균의 경우 기존에는 주로 형태적 특성이나 배지상에서의 특성, 기주에 대한 병원성의 차이에 의존하여 분류를 해 왔다. 그러나 최근에는 병원균의 분류에 있어 문제점을 해결하기 위하여 분자생물학적 방법을 이용하고 있다. 최근에는 RAPD(ramdomly amplified polymorphic DNAs)와 RFLP(restriction fragment length polymorphism)의 장점만을 살린 AFLP(amplified fragment length polymorphism)기법이 유연관계 분석에 있어서 각광을 받고 있고 rDNA부위를 증폭하여 제한효소를 이용하여 다양성을 보는 방법이 많이 이용되고 있다. 이에 본 실험에서는 AFLP 기법 이용하여 단감나무에 탄저병을 일으키는 균들간에 유연관계를 밝혔다. AFLP결과에서 variation이 심하여 각각의 특징적인 band를 검출할 수 있었다. 특히 단감나무에 병해를 일으키는 탄저병 병원균 2개의 종이 복합적으로 관여하는 사실을 알 수 있었다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제29권1호
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• pp.18-22
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• 2013

A recent study on the mitochondrial genetic variation of the Carassius auratus population in South Korea suggested that there are 3 distinct mitochondrial lineages in the country, and that they are geographically separated between westward rivers and southward rivers, respectively. In this study, the population genetic structure of amplified fragment length polymorphism (AFLP) of Carassius auratus was investigated. The results of analysis of molecular variance (AMOVA) supported the geographic distinction between westward and southward river populations, but only 3.66% of total genetic variance lies among these populations. The panmicticity of the AFLP genetic variation is backed up by the results of the neighbor-joining dendrogram drawn from a linearized pairwise $F_{ST}$ matrix and Bayesian clustering analysis. The discordance of genetic structure between mitochondrial and AFLP genetic variation may come from difference in effective population size between these markers and/or gene flow between westward and southward river populations through river capture events.

• 한국작물학회:학술대회논문집
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• 한국작물학회 1997년도 추계 학술대회지
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• pp.24-25
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• 1997

• 한국연초학회지
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• 제28권2호
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• pp.94-99
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• 2006

AFLP(Amplified Fragment Length Polymorphism) analysis was conducted to cultivars of tobacco, Nicotiana tabacum in order to select the cultivar-specific markers. AFLP results using 12 primer sets revealed genetic diversity among 12 field grown tobacco cultivars. Polymorphic fragments amplified by PCR was purified and cloned to identify their nucleotide sequences. From the sequences of them, 40 primer sets were designed to select cultivar-specific markers. When genomic DNA isolated from tobacco were used as PCR template, a set of primers, BrSF/BrSR showed Burley-specific band patterns. The results indicate that AFLP technique used in this experiments is useful for identifying tobacco cultivars in a rapid manner.

• 식물분류학회지
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• 제45권1호
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• pp.29-35
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• 2015

본 연구는 전국에 분포하는 조릿대[Sasa borealis (Hack.) Makino & Shibata]의 12 개체군을 대상으로 유전다양성을 분석하고, 이러한 분석 결과를 식물지리학적인 해석을 통하여 기후변화와 같은 변화 요인을 객관적으로 측정하고 예측할 수 있는 방법을 제시하기 위해 수행되었다. AFLP (amplified fragment length polymorphism) 분석을 통한 유전다양성 조사 결과, 조릿대 개체군의 유전다양성(PPL = 37.2%, h = 0.143, I = 0.205)과 유전적 분화도($G_{ST}$= 0.324, ${\theta}^B$=0.395)는 비교적 높은 수준으로 나타났다. AMOVA (Analysis of molecular variance) 분석 결과에서도 전체 유전적 변이 중 47.7%가 개체군 간 변이에 의한 것으로 나타났다. 그리고 조릿대 개체군들의 유전다양성은 위도가 높아짐 따라 감소하는 것이 확인 되었으며, 이는 남방계 식물인 조릿대의 분포가 낮은 위도에서 높은 위도로 전파된 과정과 일치하는 것으로 해석할 수 있다. 따라서 식물 개체군의 AFLP 분석 결과를 위도 변화와 비교 분석함으로써 기후변화에 따른 분포 변화의 정도를 파악하고 주요 식물의 보전 전략을 세우는 데 필요한 정보를 제공할 수 있다.

• 생태와환경
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• 제41권3호
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• pp.395-401
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• 2008

한국에 도입된 외래어종 배스 Micropterus salmoides 9 집단의 유전 다양성 및 집단구조를 AFLP 분석을 통해 조사하였다. 3쌍의 primer 조합을 이용한 AFLP 분석에서 총 299.2개의 밴드가 생성되어 다형성 밴드의 비율은 14.1$\sim$21%로 유사하게 나타났으며, 이형접합률 (0.054$\sim$0.067) 및 유전적 다양성 (0.069$\sim$0.085)은 낮은 값을 보였다. 집단간 유전적 거리 및 상동성 분석 역시 유사한 결과를 나타내어 본 연구에 사용된 배스 9집단은 유전적으로 매우 밀접한 근연관계를 나타내었다. 또한 집단간 분화도가 비교적 높게 나타나 9집단의 유전적 분화가 빠르게 진행 중인 것으로 나타났다. 따라서 배스 집단의 낮은 유전 다양성과 집단간 분화도 값은 매우 작은 집단이 팔당호에 처음 도입되어 우리나라 전 수계에 확산되었음을 암시한다.

• 한국균학회지
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• 제41권1호
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• pp.14-20
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• 2013

URP-PCR 분석에서 유사품종으로 분류된 품종들을 이용하여 AFLP 방법과 체세포불화합성(VCG)으로 품종간 다형성을 조사하였다. AFLP로 분석 한 결과 원형 유사품종군에서는 ASI 2595와 2183이 차이를 보였으며, 수한 유사품종군에서는 ASI 2829만이 차이를 보이고 다른 균주간에는 차이를 볼 수 없었다. 그 차이는 8개의 primer 조합 중 P + AG/M + AAG와 P + GT/M + ATG primer 조합에서만 나타났다. 31개 느타리 품종에 대한 AFLP분석은 80~1000bp에서 총 330개 밴드를 나타내었다. UPGMA 유연관계 분석에서는 유사도 0.96에서 4개의 분리된 집단으로 구분되었으며 각 집단은 유사품종들로 구성되었다. 균주간 화합성 검정을 하여 버섯 품종 판별을 시도한 결과 대치배양에 의한 이질핵화는 품종간 차이가 있는 것으로 나타났으나. 유사품종간에는 대치선이 나타나지 않았다. 유사품종들의 대부분이 구별성이 인정되지 않는 것으로 나타나 품종육성에 이용된 교배모본의 계보가 아주 가깝거나 혹은 동일한 품종이 복제되어 다른 이름으로 유통되는 것으로 추정할 수 있었다.