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Bi-functional Activities of Chimeric Lysozymes Constructed by Domain Swapping between Bacteriophage T7 and K11 Lysozymes

  • Alcantara, Ethel H.;Kim, Dong-Hee;Do, Su-Il;Lee, Sang-Soo
    • BMB Reports
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    • 제40권4호
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    • pp.539-546
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    • 2007
  • The lysozymes encoded by bacteriophage T7 and K11 are both bifunctional enzymes sharing an extensive sequence homology (75%). The constructions of chimeric lysozymes were carried out by swapping the N-terminal and C-terminal domains between phage T7 and K11 lysozymes. This technique generated two chimeras, T7K11-lysozyme (N-terminal T7 domain and C-terminal K11 domain) and K11T7-lysozyme (N-terminal K11 domain and C-terminal T7 domain), which are both enzymatically active. The amidase activity of T7K11-lysozyme is comparable with the parental enzymes while K11T7-lysozyme exhibits an activity that is approximately 45% greater than the wild-type lysozymes. Moreover, these chimeric constructs have optimum pH of 7.2-7.4 similar to the parental lysozymes but exhibit greater thermal stabilities. On the other hand, the chimeras inhibit transcription comparable with the parental lysozymes depending on the source of their N-terminals. Taken together, our results indicated that domain swapping technique localizes the N-terminal region as the domain responsible for the transcription inhibition specificity of the wild type T7 and K11 lysozymes. Furthermore, we were able to develop a simple and rapid purification scheme in purifying both the wild-type and chimeric lysozymes.

이소니트릴의 자유라디칼반응 (Homolytic Reactions of Isonitriles)

  • 김성수
    • 대한화학회지
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    • 제24권3호
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    • pp.250-258
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    • 1980
  • 여러종류의 자유라디칼들이 이소니트릴에 첨가되어 중간체인 imidoyl 자유라디칼 RN=CR'을 형성한다. 이것은 또한 imine으로부터 imidoyl hydrogen 을 떼어 내는 다음과 같은 반응에 의해서도 생성될 수 있다. RN=C(H)R' + R"${\cdot}{\rightarrow}$ RN=CR' + R"-H 중간체인 imidoyl 자유라디칼은 ${\beta}$-cleavage 및 aton transfer 반응을 통해서 안정된 분자를 형성한다. ${\beta}$-cleavage는 imidoyl 자유라디칼의 구조에 따라서 두개의 다른 방향으로의 반응이 가능하다. Cyanide transfer와 소위 말하는 정상적인 ${\beta}$-cleavage가 그러한 반응들이다. t-Butoxy 자유라디칼이 t-butylisonitrile 7에 첨가되면 중간체인 t-Bu-N=C-O-Bu-t가 생성되는데, 이것은 ${\beta}$-cleavage반응을 통해서 t-butylisocyanate와 t-butyl 자유라디칼을 형성한다. Phenyl 자유라디칼은 7에 첨가되어 중간체인 t-Bu-N=$C-C_6H_5$를 형성하는데 이것은 cyanide transfer 반응을 통해서 benzonitrile과 t-butyl 자유라디칼로 분해된다. 여기서 생성되는 t-butyl 자유라디칼은 다시 7에 첨가하여 intermediate인 자유라디칼 t-Bu-N=C-Bu-t을 형성하고, 이것은 다시 pivalonlonitrile과 t-butyl 자유라디칼로 분해되는데 이러한 반응이 반복되므로 radical chain isomerization을 일으킨다. Silyl 자유라디칼은 7에 첨가되어 t-Bu-N=$C-Si(CH_3)_3$를 형성하고, 이것은 cyanide transfer 반응을 거쳐서 다시 $(CH_3)_3$SiCN과 t-butyl 자유라디칼로 분해된다.

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Contrast-enhanced Magnetic Resonance Imaging of Brain Metastases at 7.0T versus 1.5T: A Preliminary Result

  • Paek, Sun Ha;Kim, Jhi-Hoon;Choi, Sung-Hong;Yoon, Tae-Jin;Son, Young Don;Kim, Dong Gyu;Cho, Zang-Hee;Sohn, Chul-Ho
    • Investigative Magnetic Resonance Imaging
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    • 제19권1호
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    • pp.31-36
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    • 2015
  • Purpose: To compare the depiction of brain metastases on contrast-enhanced images with 7.0 tesla (T) and at 1.5T MRI. Materials and Methods: Four consecutive patients with brain metastases were scanned on 7.0T whole-body scanner and 1.5T MRI. A 3D T1-weighted gradient echo sequence (3D T1-GRE) at 1.5T (voxel size = $0.9{\times}0.9{\times}1.5mm^3$ after double-dose, gadoterate meglumine, Gd-DOTA) was compared to a 7.0T 3D T1-GRE sequence (voxel size = $0.4{\times}0.4{\times}0.8mm^3$, single-dose Gd-DOTA) in four patients after a 5 minute delay. The number of contrast-enhancing metastases in MPRAGE images was compared in each patient by two radiologists in consensus. We measured contrast ratio of enhancing brain metastases and white matter in 1.5T and 7.0T. Results: In all four patients 7.0T 3D T1-GRE images after single-dose Gd-DOTA and 1.5T after double-dose Gd-DOTA depicted 11 brain metastases equally. In the quantitative analysis of contrast ratios of enhancing brain metastases and white matter, the 1.5T 3D T1-GRE after double-dose showed an increased contrast ratio compared to 7.0T 3D T1-GRE after single-dose ($0.961{\pm}0.571$ versus $0.885{\pm}0.494$; n = 11 metastases). But this difference was not statistically significant (P = 0.711). Conclusion: Our preliminary results indicate that 7.0T single-dose Gd-enhanced images were not different to 1.5T double-dose Gd-enhanced images for the detection of brain metastases.

Isolation and Characterization of a Novel Agar-Degrading Marine Bacterium, Gayadomonas joobiniege gen, nov, sp. nov., from the Southern Sea, Korea

  • Chi, Won-Jae;Park, Jae-Seon;Kwak, Min-Jung;Kim, Jihyun F.;Chang, Yong-Keun;Hong, Soon-Kwang
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제23권11호
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    • pp.1509-1518
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    • 2013
  • An agar-degrading bacterium, designated as strain $G7^T$, was isolated from a coastal seawater sample from Gaya Island (Gayado in Korean), Republic of Korea. The isolated strain $G7^T$ is gram-negative, rod shaped, aerobic, non-motile, and non-pigmented. A similarity search based on its 16S rRNA gene sequence revealed that it shares 95.5%, 90.6%, and 90.0% similarity with the 16S rRNA gene sequences of Catenovulum agarivorans $YM01^T$, Algicola sagamiensis, and Bowmanella pacifica W3-$3A^T$, respectively. Phylogenetic analyses demonstrated that strain $G7^T$ formed a distinct monophyletic clade closely related to species of the family Alteromonadaceae in the Alteromonas-like Gammaproteobacteria. The G+C content of strain $G7^T$ was 41.12 mol%. The DNA-DNA hybridization value between strain $G7^T$ and the phylogenetically closest strain $YM01^T$ was 19.63%. The genomes of $G7^T$ and $YM01^T$ had an average ANIb value of 70.00%. The predominant isoprenoid quinone of this particular strain was ubiquinone-8, whereas that of C. agarivorans $YM01^T$ was menaquinone-7. The major fatty acids of strain $G7^T$ were Iso-$C_{15:0}$ (41.47%), Anteiso-$C_{15:0}$ (22.99%), and $C_{16:1}{\omega}7c/iso-C_{15:0}2-OH$ (8.85%), which were quite different from those of $YM01^T$. Comparison of the phenotypic characteristics related to carbon utilization, enzyme production, and susceptibility to antibiotics also demonstrated that strain $G7^T$ is distinct from C. agarivorans $YM01^T$. Based on its phenotypic, chemotaxonomic, and phylogenetic distinctiveness, strain $G7^T$ was considered a novel genus and species in the Gammaproteobacteria, for which the name Gayadomonas joobiniege gen. nov. sp. nov. (ATCC BAA-2321 = $DSM25250^T=KCTC23721^T$) is proposed.

Orchardgrass 및 White Clover의 단파 및 혼파 재배에서 미량요소(Fe, Mn, Cu, Zn, Mo, B)의 조합시비가 목초의 여러 특성에 미치는 영향 IV. 목초 중 미량요소(Fe, Mn, Cu, Zn, Mo, B)의 함량 변화 (Effects of Combined Micronutrient(Fe, Mn, Cu, Zn, Mo and B) Application on Forage Traits in Pure and Mixed Swards of Orchardgrass and White Clover IV. Changes in the contents of micronutrients in forage plants)

  • Jung, Yeun-Kyu
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제24권1호
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    • pp.11-20
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    • 2004
  • Orchardgrass 및 white clover의 단파 및 혼파 재배조건에서 미량요소 Fe, Mn, Cu, Zn, Mo및 B의 조합시비가 목초의 생육, 개화, 수량, 양분 함량 및 식생구성비율 등에 미치는 영향을 구명하였다. 다량요소 양분을 동일 량 시비한 조건에서 7 수준의 미량요소 조합시비는 $T_1$;대구조, $T_2$; Fe, $T_3$; Fe+Mn, $T_4$: Fe+Mn+Cu, $T_5$; Fe+Mn+Cu+Zn, $T_6$ ; Fe+Mn+Cu+Zn+Mo 및 $T_7$ ;Fe+Mn+Cu+Zn+Mo+B로 하였다. 본 IV보에서는 조합시비가 목초 중 미량요소의 함량에 미치는 영향을 검토하였다. 1. 미량요소의 함량은 일반적으로 조합시비, 초종(grass-clover), 재배방법(단파-혼파), 예취 회수 및 추비 유무별 차이를 보였다. 단파재배와 비교해서 혼파에서 orchardgrass는 더 낮은 B와 Fe-함량, 더 높은 Mn, Zn-함량을 보였고 white clover는 이의 반대경향을 보였다. 그러나 Cu와 Mo-함량은 차이를 보이지 않았다. 2. 상대적인 함량 비교에서 일반적으로 $T_7$ 7처리로 orchardgrass의 경우 Cu, Zn 및 Mo-함량은 낮아졌고 Mn-함량은 높아졌다. 이에 비해서 white clover의 경우는 Fe, Mn 및 Cu-함량은 높아졌고 그리고 Mo-함량은 낮아졌다. 목초 중 Fe-함량은 $T_3$(Fe+Mn)에서 Fe과 Mn 간의 길항작용으로 현저히 낮아졌다. 본 시험재배 조건별 Fe-함량의 변화는 white clover가 orchardgrass보다 상대적으로 더 큰 차이를 보였다. Mn-함량은 초종 간 큰 차이를 보였고 두 목초 공히 Mn을 함유한 조합시비로 크게 증가하였지만 이들 조합시비 간에는 차이가 경미하였다. 3. Mo-함량은 모든 경우 $T_6$ 6및 $T_7$ 에서 다소 높은 수준 이였다. $T_7$$T_6$ 에 비해서 Mo-함량이 다소 낮아졌다. Mo-과다피해는 B/Mo 비율의 조화 또는 B-시비를 통해서 경감되거나 방지할 수 있는 것으로 보였다. 모든 경우 white clover가 orchardgrass보다 B-함량이 높았고 $T_7$ 에서 B-함량이 크게 증가하였다.

곤충사료 급여에 따른 반려견들의 기호성 평가(1) (Evaluation of Companion Canine Palatability by Feeding Insect Diets(1))

  • 최인학;정연우;박관호;정태호
    • 한국환경과학회지
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    • 제32권11호
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    • pp.853-856
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    • 2023
  • This study assesses the palatability of regular canine diets and seven types of black soldier fly-based canine diets when fed to dogs. Sixteen dogs of two types were included in this study: 8 poodles (average weight 2.7 kg ± 0.5) and 8 bichons frises(average weight 2.0 kg ± 0.5). For intake and first choice, two-bowl tests, adhering to standards of canine palatability, were conducted every two days for a total of 14 days by comparing between the control and each treatment. Data, including total intake and total first choice were collected and accumulated for a total of 58 days. This encompassed 14 days of data on comparison between control and treatments, and 44 days of data on comparison among treatment groups (e.g., T1 vs T2) of black soldier fly-based canine diets. Significance differences in canine palatability was observed in treatments (p<0.05), except for the control and T2 results. Among the two-bowl tests, T1 and T2 exhibited the lowest intake and first choices. In particular, the palatability of canine diets ranked in the order T6 > T3 > T7 > T4 > T5 compared to each control. The total intake demonstrated in the following ranking: T6 > T3 > T7 > T5 > Control > T4 > T2 > T1. The total first choice was highest for T6, followed by T3, T7, T5, T4, Control, T2, and T1. In conclusion, insect diets with higher protein content such as T6, T3, and T7 representing as black soldier fly-based canine diets exhibit higher intake and first choice preferences in canines.

Huh7.5 간암 세포주의 HCV 항원제시에 의한 HCV 특이 T 림프구의 활성에 관한 연구 (The Activation of HCV-specific CD8 T Cells by HCV Peptide Pulsed Huh7.5 Cells)

  • 조효선
    • 미생물학회지
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    • 제47권4호
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    • pp.342-347
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    • 2011
  • 인체의 바이러스 감염 방어기전에서 T 림프구는 중요한 역할을 한다. 하지만, 만성 C형 간염 바이러스의 일차적 복제장소인 간염 환자의 간에서 분리된 HCV 특이 T 림프구는 심각한 기능결핍을 보인다. 이러한 T 림프구 기능결핍의 이유로는 PD-1, CTLA-4 등 면역억제 물질의 발현, 또는 간에서 특이적으로 유도되는 면역내성(immune tolerance)이 있으나, 간세포(hepatocytes)와 HCV 특이 T 림프구의 상호작용에 대해서는 명확하게 확립되어 있지 않다. 따라서 본 연구에서는 HLA(human leukocyte antigen) A2+ 간암세포주(human hepatoma cell line; huh7.5)가 항원제시(antigen presentation)를 통해 효과적으로 HCV 특이 T 림프구를 활성화시키며 간암세포주(huh7.5) 표면의 PD-L (program death ligand) 1 발현은 T림프구의 활성을 감소시켜 면역조절의 가능성이 있음을 시사하였다. 또한, HCV 특이 tetramer 반응은 T 림프구의 과도한 활성으로 자기사멸(apoptosis)의 경로에 있음을 caspase 3 활성으로 확인하였고, 역시 PD-L1의 발현이 T 림프구를 자기사멸(apoptosis)로부터 구제하여 caspase 3 활성이 감소하는 것을 확인하였다. 이는 PD-L1과 간성(liver) T 림프구 표면의 PD-1 결합이 T 림프구의 자기사멸을 막고, 또한 그 기능을 회복시켜 만성 C형 간염 치료에 응용될 수 있음을 시사한다.

A FRET Assay for Celiac Disease

  • Lee, Sae A;Cho, Chul Min;Jang, Il Ho;Kang, Jung Sook
    • 대한의생명과학회지
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    • 제22권4호
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    • pp.160-166
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    • 2016
  • To provide a basis for a homogeneous fluorescence resonance energy transfer (FRET) immunoassay for celiac disease, we carried out a FRET experiment using guinea pig tissue transglutaminase (tTG) and antibodies to tTG (anti-tTG) purified from rat serum. Fluorescein was utilized as the probe, and a nonfluorescent dye, QSY 7 served as the quencher. We labeled anti-tTG and tTG with fluorescein isothiocyanate and QSY 7 succinimidyl ester, respectively. Fluorescein-labeled anti-tTG was the donor, and QSY 7-labeled tTG was the acceptor of the FRET experiment. When we titrated fluorescein-labeled anti-tTG with QSY 7-labeled tTG, we observed a large decrease in the steady-state fluorescence intensity, which was due to strong FRET from fluorescein-labeled anti-tTG to QSY 7-labeled tTG. Using time-resolved fluorescence spectroscopy, we could also observe a decrease in the fluorescence lifetime, which confirms the steady-state data. We expect that these results might be useful in the development of a novel fluorescence immunoassay for an easy screening and follow-up of celiac patients.

Bacteriophage T7의 유전자 복제기작에 관한 생화학적, 분자생물학적 특성 연구 (Biochemical and Molecular Biological Studies on the DNA Replication of Bacteriophage T7)

  • KIM Young Tae
    • 한국수산과학회지
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    • 제28권2호
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    • pp.209-218
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    • 1995
  • 본 연구에서는 유전자 복제기작을 생화학적, 분자생물학적 방법을 사용하여 bacteriphage T7을 대상으로 연구하였다. Bacteriophage T7의 유전자 복제, 재조합, 수선시 필수 단백질로 작용하는 gene 2.5 단백질의 생체내 기능에 대한 유전학적 연구와 단백질을 분리 정제하여 복제 단백질들과의 상호작용에 대한 연구를 수행하였다. 연구결과 gene 2.5 단백질은 DNA복제시 필수 구성단백질로 작용하며, 복제과정에서 유전자 복제에 관여하는 핵심 단백질들인 DNA polymerase, helicase/primase와 직접 단백질-단백질 상호 협동 작용을 하는 r것을 증명하였다. 특히 gene 2.5 단백질의 C-terminal domain이 절편된 변이체의 경우 복제 단백질들과 상호작용이 결여되었다. 따라서 C-terminal domain이 gene 2.5 단백질의 기능에 필수적으로 관여함을 입증하였다.

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