Metagenomic analysis of the human intestinal microbiota has extended our understanding of the role of these bacteria in improving human intestinal health; however, a number of reports have shown that current total fecal DNA extraction methods and 16S rRNA universal primer sets could affect the species coverage and resolution of these analyses. Here, we improved the extraction method for total DNA from human fecal samples by optimization of the lysis buffer, boiling time (10 min), and bead-beating time (0 min). In addition, we developed a new long-range 16S rRNA universal PCR primer set targeting the V6 to V9 regions with a 580 bp DNA product length. This new 16S rRNA primer set was evaluated by comparison with two previously developed 16S rRNA universal primer sets and showed high species coverage and resolution. The optimized total fecal DNA extraction method and newly designed long-range 16S rRNA universal primer set will be useful for the highly accurate metagenomic analysis of adult and infant intestinal microbiota with minimization of any bias.
We have examined the 16S-23S rRNA intergenic spacer regions (ISR) of Vibrio fluvialis. ISRs were PCR amplified, cloned into a plasmid vector and then sequenced. As results of ISR nucleotide sequence analysis, total of 6 clones were isolated depending on the size. The clones were different in both the number and the composition of the tRNA genes, and were designated ISR-A, ISR-E, ISR-El, ISR-lA, ISR-EKV, ISR-EKAV. ISR-A contains $tRNA^{Ala}$; ISR-lA, $tRNA^{Ile}$-$tRNA^{Ala}$; ISR-EKV, $tRNA^{GIu}$-$tRNA^{Lys}$-$tRNA^{Val}$;ISE-EKAV, $tRNA^{GIu}$-$tRNA^{Lys}$-$tRNA^{Ala}$-$tRNA^{Val}$; ISR -E and E1, $tRNA^{GIu}$ clusters. ISR-EKV was shown to be a minor type out of the six ISR types and showed a very limited homology between ISR-EKV from V, fluvialis and ISRa from other Vibrio species. Therefore ISR-EKV sequence was used to design species-specific primers to detect V, fiuvialis from other Vibrio species by PCR reaction. The specificity of the primers was examined using genomic DNA of other Vibrios as templates for PCR reaction. The result showed that PCR can be a useful method to detect V. fluvialis among Vibrio species in a single PCR reaction.
Retinoblastoma (Rb) is one of the most common eye malignancies occur in childhood. The crucial roles of non-coding RNAs, particularly long non-coding RNAs (lncRNAs) and microRNAs (miRNAs), have been widely reported in Rb progression. In the present study, we found the expression of lncRNA T-cell leukemia/lymphoma 6 (TCL6) was significantly downregulated in Rb tissues and cell lines. Knockdown of lncRNA TCL6 promoted cell proliferation while reduced cell apoptosis in Rb cells. Moreover, lncRNA TCL6 serves as a sponge for miR-21, a previously-reported oncogenic miRNA in Rb, by direct targeting to negatively regulated miR-21 expression, therefore modulating Rb proliferation through miR-21. TCL6 overexpression inhibited Rb cell proliferation while miR-21 overexpression exerted an opposing effect; the effect of TCL6 overexpression was partially attenuated by miR-21 overexpression. PTEN/PI3K/AKT signaling pathway was involved in lncRNA TCL6/miR-21 axis modulating Rb cell proliferation. Taken together, lncRNA TCL6 serves as a tumor suppressor by acting as a sponge for miR-21 to counteract miR-21-mediated PTEN repression.
Yang, Sung Jun;Kim, Chang Yong;Lee, Jo Byoung;Kang, Sung Sun;Lee, Jong Jin
Journal of Sericultural and Entomological Science
/
v.51
no.2
/
pp.99-106
/
2013
The purpose of this study is to investigate the effects of supplementation of mulberry powder, mulberry extract and silkworm powder during the 8 weeks of resistance exercise on Androgen receptor(AR) mRNA and Myogenic regulatory factors(MRFs) expression of rats muscle. Fifty males, Sprague-Dawley rat, were randomly divided into 5 groups: CON(control group, n = 10), REG(resistance exercise group, n = 10), MP REG(mulberry powder intake and resistance exercise group, n = 10), ME REG(mulberry extract intake and resistance exercise group, n = 10) and SP REG(silkworm powder intake and resistance exercise group, n = 10). After climbing the ladder without weights during the 1 week of adaptation period, the rats in the resistance exercise group were trained to climb a 0.98-m vertical(80 degree incline) ladder with weights in their tail during 7 weeks(10 times each day, 2 days per week). After exercise, the skeletal muscle was extracted from the flexor hallucis longus. After separating the total ribonucleic acid (RNA) of each group, quantitative polymerase chain reaction was used to analyze RNA quantitatively. AR mRNA and MRFs expression revealed that all of the treated groups had significantly difference. AR mRNA expression increased in ME REG $6.24{\pm}1.85$ and SP REG $9.68{\pm}0.28$ fold compared to CON. Myod mRNA expression increased in MP REG $6.04{\pm}0.47$, ME REG $4.31{\pm}1.58$ and SP REG $8.11{\pm}0.57$ fold compared to CON. And myogenin mRNA expression increased in MP REG $4.11{\pm}0.42$, ME REG $4.12{\pm}0.45$ and SP REG $6.50{\pm}0.61$ fold compared to CON. In conclusion, during the resistance exercise, providing mulberry and silkworm gives positive effect on AR mRNA and MRFs expression increase.
The most biofilm forming bacteria in catheter, Esctherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, and Staphylococcus aureus were isolated and identified from a patient's catheter occuring catheter-associated urinary tract infection (CA-UTI). We examined mRNA expression and its quantification of AIs synthetic genes encoding signal substance of quorum sensing from each bacterial species in order to elucidated quorum sensing mechanism. Both pure cultures for each bacterial strains and a mixed cultures with three were grown for 24 hr and 30 days. Initial densities to be able to detect mRNA expression oil single strains culture were shown at $2.4{\times}10^5$ CFU/ml, $5.4{\times}10^6$ CFU/ml of E. coli for ygaG and S. aureus for luxS, and at $6.9{\times}10^4$ CFU/ml of P. aeruginosa for rhlI and lasI. Also, in mixed culture of three, initial cell densities of mRNA expression were appear to at $7.3{\times}10^5$ CFU/ml, $1.6{\times}10^7$ CFU/ml of E. coli for ygaG and S. aureus for luxS, and at $2.1{\times}10^5$ CFU/ml of P. aeruginosa for rhlI and lasI. Each AIs synthetic gene was expressed in initial cell density and the mRNA expression of the genes were detected continously during 30 days. And then, the quantification of mRNA expression level of ygaG, rhlI, last, and luxS which were related AIs synthesis was done each time point by real-time RT-PCR. Interestingly, the mRNA levels of ygaG, rhlI, lasI, and luxS from the mixed culture was higher than those from each single strain culture. In the case of E. coli ygaG, the amount of transcript from the mixed culture was at least 30 times for that from single culture. In the case of P. aeruginosa rhlI and lasI, the amount of transcript from the mixed culture was at least 40 times and 250 times for that from single strain culture. In the case of S. aureus luxS, the amount of transcript from the mixed culture was at least 5 times for that from single strain culture. And specially, the mRNA expression of rhlI and lasI of P. aeruginosa showed the highest efficency among four AIs synthetic genes.
Unicellular cyanobacterial strains of Subsections I and II and filamentous cyanobacterial strains of Subsection III have been shown to be polyphyletic, heterocystous strains of Subsections IV and V, both of which were previously reported to be monophyletic. In this study, the small subunit ribosomal RNA (16S rRNA) sequences of 13 strains of cyanobacteria - one strain, Oscillatoria nigro-viridis PCC7112, of the Subsection III, 6 strains including genus Anabaena, Nostoc, Tolypothrix, Calothrix and Scytonema of the Subsection IV, and 6 strains including genus Hapalosiphon, Fischerella and Chlorogloeopsis of the Subsection V - were determined. The phylogenetic analysis of cyanobacteria was carried out using the 16S rRNA sequences. The results of the phylogenetic analyses of 16S rRNA sequences, based on Neighbour-joining, maximum-parsimony, and maximum-likelihood methods, indicated that the members of Subsection IV were not monophyletic but polyphyletic. In addition, the phylogenetic results strongly indicated that the genus Scytonema in Subsection IV could be a common ancestor of heterocystous cyanobacteria in Subsection IV and V. Furthermore, the phylogenetic analyses revealed that the genus Anabaena could be phylogenetically diverse and that cyanobacterial strains in Subsection IV might be polyphyletic, whereas those in Subsection V could be monophyletic, as reported before. The results for the genus Anabaena indicate that it should be reclassified.
The study aimed to compare the necrotic enteritis (NE)-induced transcriptome differences between the spleens of Marek's disease resistant chicken line 6.3 and susceptible line 7.2 co-infected with Eimeria maxima/Clostridium perfringens using RNA-Seq. Total RNA from the spleens of two chicken lines were used to make libraries, generating 42,736,296 and 42,617,720 usable reads, which were assembled into groups of 29,897 and 29,833 mRNA genes, respectively. The transcriptome changes were investigated using the differentially expressed genes (DEGs) package, which indicated 3,255, 2,468 and 2,234 DEGs of line 6.3, line 7.2, and comparison between two lines, respectively (fold change ${\geq}2$, p<0.01). The transcription levels of 14 genes identified were further examined using qRT-PCR. The results of qRT-PCR were consistent with the RNA-seq data. All of the DEGs were analysed using gene ontology terms, the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) database and the DEGs in each term were found to be more highly expressed in line 6.3 than in line 7.2. RNA-seq analysis indicated 139 immune related genes, 44 CD molecular genes and 150 cytokines genes which were differentially expressed among chicken lines 6.3 and 7.2 (fold change ${\geq}2$, p<0.01). Novel mRNA analysis indicated 15,518 novel genes, for which the expression was shown to be higher in line 6.3 than in line 7.2 including some immune-related targets. These findings will help to understand host-pathogen interaction in the spleen and elucidate the mechanism of host genetic control of NE, and provide basis for future studies that can lead to the development of marker-based selection of highly disease-resistant chickens.
Purpose: The purpose of this study was to investigate the effects of taro extract on brain resilience in in vitro Parkinson's disease model induced by 6-hydroxydopamine (6-OHDA). Methods: To induce a neuroinflammatory reaction and the in vitro Parkinson's disease model, SH-SY5Y cells were stimulated with lipopolysaccharide (LPS) and 6-OHDA, respectively. After that, cells were treated with at various concentrations (1, 5, and 10 mg/mL) of taro extract. Then nitric oxide (NO) production, inducible nitric oxide synthase (iNOS), interleukin (IL)-6, synaptophysin (SYP) and growth associated protein (GAP)-43 messenger ribonucleic acid (mRNA) expression level were measured. Results: Taro extract significantly suppressed LPS-induced NO production. Meanwhile, iNOS and IL-6 mRNA expression decreased in a dose-dependent manner. In addition, taro increased the mRNA expression of SYP and GAP-43 mRNA. Conclusion: These findings indicate that taro played an important role in brain resilience by inhibiting neuronal cell death and promoting neurite outgrowth, synaptogenesis, and neural plasticity. The results of this study suggest that taro may contribute to the prevention of neurodegenerative disease and become a new and safe therapeutic strategy for Parkinson's disease.
Using the PCR(polymerase chain reaction method), gone 1 of phage K11 coding for K11 phage RNA polymerase has been cloned and expressed under the control of lac promoter. K11 phage RNA polymerase was conventionally purified through the DEAE-sephacel and Affigel blue column chromatographies. The 0.2-0.3 M $NH_4Cl$ fractions of DAEA-sephacel column chromatography showed K11 phage RNA polymerase activity and further purification with Affigel blue column chromatography showed nearly single protein band on SDS-polyacryl amide gel. K11 phage RNA polymerase, which is one of the T7 group phage RNA polymerase (E. coil phage T7, T3 and Salmonella tyhimurium phage SP6 RNA polymerase), shares high degrees of homology with the other T7 group phage RNA polymerase. Previously we constructed T7 and SP6 promoter variants and revealed promoter specificity of T7 and SP6 RNA polymerase (Lee and Kang, 1993). To investigate the promoter specificity of K11 RNA polymerase in vitro K11 promoter activity was measured with SP6 promoter variants. The SP6 promoter variant share highest degrees of sequence homology with K11 promoter sequence show strongest promoter activity.
We have applied Pb2+ to the structural analysis of 5S rRNA from Pseudomonas alcaligenes. The mode of Pb2+-induced clevage on 5S rRNA has shown several specific features which may be utilized for the examination of tertiary structure of 5S rRNA: Pb2+ does not attack the stable helical stems; single stranded regions or bulges are attacked in variable susceptibilities depending on the positions of the sequences or the bases on the molecule; unstable helical region d is not attacked at all; only 3' sided strand of unstable helical stem C is weakly attacked, leaving 5' sided strand unattacked. Based on the Pb2+ cleavage properties and the structural analysis of Xanthomonas celebensis 5S rRNA, we have proposed a working hypothesis for the tertiary interactions in 5S rRNA.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.