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Comparative Genomics Profiling of Clinical Isolates of Helicobacter pylori in Chinese Populations Using DNA Microarray

  • Han, Yue-Hua;Liu, Wen-Zhong;Shi, Yao-Zhou;Lu, Li-Qiong;Xiao, Shudong;Zhang, Qing-Hua;Zhao, Guo-Ping
    • Journal of Microbiology
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    • 제45권1호
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    • pp.21-28
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    • 2007
  • In order to search for specific genotypes related to this unique phenotype, we used whole genomic DNA microarray to characterize the genomic diversity of Helicobacter pylori (H. pylori) strains isolated from clinical patients in China. The open reading frame (ORF) fragments on our microarray were generated by PCR using gene-specific primers. Genomic DNA of H. pylori 26695 and J99 were used as templates. Thirty-four H. pylori isolates were obtained from patients in Shanghai. Results were judged based on In(x) transformed and normalized Cy3/Cy5 ratios. Our microarray included 1882 DNA fragments corresponding to 1636 ORFs of both sequenced H. pylori strains. Cluster analysis, revealed two diverse regions in the H. pylori genome that were not present in other isolates. Among the 1636 genes, 1091 (66.7%) were common to all H. pylori strains, representing the functional core of the genome. Most of the genes found in the H. pylori functional core were responsible for metabolism, cellular processes, transcription and biosynthesis of amino acids, functions that are essential to H. pylori's growth and colonization in its host. In contrast, 522 (31.9%) genes were strain-specific genes that were missing from at least one strain of H. pylori. Strain-specific genes primarily included restriction modification system components, transposase genes, hypothetical proteins and outer membrane proteins. These strain-specific genes may aid the bacteria under specific circumstances during their long-term infection in genetically diverse hosts. Our results suggest 34 H. pylori clinical strains have extensive genomic diversity. Core genes and strain-specific genes both play essential roles in H. pylori propagation and pathogenesis. Our microarray experiment may help select relatively significant genes for further research on the pathogenicity of H. pylori and development of a vaccine for H. pylori.

물리.화학적 처리에 의한 소 정자세포구성분의 분리 (Isolation of Bovine Spermatozoal Components by Physical or Chemical Treatments)

  • 최승철;천장혜;이상호
    • 한국가축번식학회지
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    • 제17권4호
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    • pp.339-346
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    • 1994
  • 정자의 구조와 기능을 이해하기 위해서는 정자세포구성분의 분리가 필요하다. 본 실험은 동결융해된 한우정액에 다양한 물리·화학적 처리를 하여 효과적인 정자세포구성분의 분리방법을 확립하고자 실시하였다. 물리적 분리방법으로는 vortexing 처리, 26 gauge needle 또는 strained 26 gauge needle을 1ml 주사기에 부착시킨 후 반복된 pumping, 동결보존액없이 반복된 동결융해처리등을 시행하였다. 또한, 화학적인 분리를 위해 trypsin, dithiothreitol, sodium dodecylsulfate, mercaptoethanol 등을 사용하였다. 모든 처리구중에서 가장 효과적인 정자두부와 미부의 절단을 strained 26 gauge needle이 부착된 주사기를 사용한 반복된 pumping에 의해 얻어졌다. 이러한 처리에 의해 95∼100%의 높은 정자구성분의 분리가 이루어졌다. 분리된 정자구성분의 두부표면의 보존여부를 알아보기 위해 250g/ml FITC-UEA 1 염색을 실시하였지만 특별한 두부표면변화는 관찰되지 않았다. 다른 물리적 처리방법들도 높은 정자구성분의 분리결과를 보여주었지만, strained 26 gauge needle를 사용한 방법에 비해서는 분리효율, 시간등 여러면에서 비효율적이었다. 화학적 처리에 의한 정자구성분의 분리결과는 물리적 처리에 비해 효과적이지 못했다. 분리된 정자두부와 미부를 각각 회수하기 위해 sucrose 용액을 2M, 1M, 0.5M, 0.25M 순으로 시험관에 넣은 후 1,000rpm에서 15분간 원심분리한 결과, 1M과 2M의 경계부분에 형성된 정자두부층을 얻을 수 있었다. 정자구성분의 효과적이고 간편한 분리방법이 본 실험에 의해 확립되어졌으며, 위의 방법에 의해 분리, 회수된 정자구성분은 생화학적 연구, 난자활성화기작의 이해등 다양한 응용연구의 기초자료로서 이용될 수 있을 것이다.

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한국 서해 대륙붕 군산분지 중앙소분지의 층서 (Stratigraphy of the Central Sub-basin of the Gunsan Basin, Offshore Western Korea)

  • 김경민;유인창
    • 자원환경지질
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    • 제51권3호
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    • pp.233-248
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    • 2018
  • 통합층서적 접근을 통하여 서해 대륙붕 군산분지 중앙소분지의 퇴적층을 분석하였다. 분석 결과, 음향 기반암 상부에서부터 시퀀스 I (Cretaceous or older(?)), 시퀀스 II (Late Cretaceous), 시퀀스 III (late Late Cretaceous or younger(?)), 시퀀스 IV (Early Miocene or older(?)), 시퀀스 V (Middle Miocene) 등 5개의 시퀀스로 분대된다. 후기 쥐라기 말부터 탄루 단층대를 따라 주향이동 단층들이 발달하면서 소규모 열개 분지들이 형성되었고 이후 후기 백악기까지 지속된 분지단층들의 좌수향 이동에 의해 대규모의 인장력을 받게 되어 소규모 열개 분지들은 대규모의 인리형 분지로 확장되었다. 하지만 이후 팔레오세 말부터 시작되는 히말라얀 조산운동의 영향으로 변형이 되기 시작하고, 후기 에오세-전기 마이오세에 동중국에는 남북 주향의 습곡을 수반하는 강한 지구조운동이 나타나 구조 역전 현상이 일어났다. 지구조운동이 완화되면서 심한 습곡으로 인해 생긴 요철부를 부분적으로 채우며 퇴적층이 형성되고, 이후 광역적인 침강과 함께 플라이오세 및 제4기에 걸친 해침의 결과로 수평적인 양상의 퇴적층이 만들어졌으며, 현재와 같은 안정된 대륙 연변부 침강분지로 전이되었다.

사일리지용 옥수수의 메타자료를 이용한 적정 파종 및 수확시기의 탐색 (Detecting on Optimal Seeding and Harvesting Dates of Whole Crop Maize via Meta Data)

  • 조현욱;김시철;김문주;김지융;조무환;김병완;성경일
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제40권1호
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    • pp.66-72
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    • 2020
  • 본 연구는 사일리지용 옥수수(whole crop maize: WCM)의 메타자료를 통해 적정 파종 및 수확시기에 대한 탐색을 생육도일(Growing degree days, ℃; GDD)을 이용하여 검토하였다. WCM의 원자료(1982~2012년)는 학위논문, 학회지 및 연구보고서로부터 실험별 연도, 품종, 지역, 파종시기 및 수확시기 등 생육정보가 포함된 3,152점이었다. 수집한 자료 중 파종시기 및 수확시기와 관련된 자료는 데이터입력, 자료선별 및 오류자료수정 과정을 거쳐 최종데이터세트(파종시기 29점, 수확시기 92점; 총 121점)를 구성하였고 최적점 설정, 메타분석, 2차모형 구축을 통하여 적정 파종 및 수확시기의 허용 범위를 고려한 기간과 GDD를 제시하였다. WCM의 적정 파종 및 수확기간은 각각 4월 14일~5월 3일 및 8월 15일~9월 4일이었으며 이 때 GDD는 23.7~99.6℃ 및 1,328.7~1,602.1℃였다. 이상에서 GDD는 WCM의 적정 파종 및 수확시기의 판단기준으로 사용 가능할 것으로 사료된다

수용성 아크릴 변성 알키드 수지의 합성과 물성 2. MA 및 TMPTA 공중합체에 의한 변성 (Synthesis and Characterization of Acrylic-Modified Water-Reducible Alkyd Resin 2. Modification by MA and TMPTA Graft Copolymerization)

  • 조영호;강기준;노시태
    • 공업화학
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    • 제5권4호
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    • pp.698-705
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    • 1994
  • Linseed oil fatty acid(LOFA), phthalic anhydride(PAA) 및 maleic anhydride(MA), trimethylol propane(TMP)을 사용하여 기본적인 유장(oil length) 50%의 중유성 기본 알키드를 합성하고 trimethylol propane triacrylate(TMPTA)를 그라프트 공중합시켜 MA/TMPTA 변성 알키드 수지를 제조하였다. 수지의 산가는 MA 첨가량으로 제어하였으며, 수용화에는 N,N-dimethylethanol amine(DMEA)를 사용하였다. TMPTA의 첨가량 변화에 의한 분자량, 유리 전이온도, 수용화 후의 점성도 및 그라프트율을 측정하였으며, 가교도막의 경화온도별 겔분율 변화를 조사하였다. 또한 멜라민 수지 경화 도막의 내열성, 내자외선성, 내수성 및 저장 안정성을 측정하고, TMA/TMPTA 변성 알키드 수지의 물성과 비교하였다. TMPTA의 첨가량이 증가할수록 수용화 후의 점성도, 겔분율, 그라프트율 및 분자량이 증가하였으며, 유리 전이온도(Tg)는 감소하였다. 고형분 함량에 따른 점성도 변화는 고형분 30%일 때보다 40%일 때가 더 낮게 나타났으며, 중화도에 따른 점성도 변화는 중화도가 높을수록 낮은 점성도를 나타내썼다. 내열성, 내자외선성, 내수성은 MA/TMPTA 변성 알키드 수지가 TMA/TMPTA 변성 알키드 수지보다 우수하였으나, 저장 안정성은 TMA/TMPTA 변성 알키드 수지가 우수함을 알 수 있었다.

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통발어구의 어획기구 및 개량에 관한 연구 3. 그물통발유에 대한 붕장어의 행동 (Fishing Mechanism of Pots and their Modification 3. Behavior of Conger Eel, Astroconger myriaster, to Net Pots)

  • 김대안;고관서
    • 한국수산과학회지
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    • 제23권3호
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    • pp.238-244
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    • 1990
  • 본 실험에서는 민꽃게 대상의 그물통발들을 붕장어에 그대로 적용하여 수조실험을 행한 결과, 붕장어의 대통발 행동에 관한 다음의 몇 가지 특성을 얻었다. 1) 붕장어의 통발접촉수는 통발 투하후 급격히 증가하여 주로 30분 이내에 최대치를 보였다가 차차 감소하였고, 입롱도 통발 투하후 30분 이내에 주로 일어났으며, 입롱이 일어나면 접촉수가 증가하는 경향이 보였고, 입롱이 빨리 일어날수록 최대접촉수도 빨리 나타났다. 또한 이들 결과는 전보의 대통발$\cdot$플라스틱통발에 대한 조사결과와 거의 일치하였다. 2) 통발에 접촉한 붕장어는 미끼냄새가 나는 곳을 향하여 주로 통발의 하부를 파고 들었으며, 통발과 수조바닥사이를 파고들어 미끼를 구 할려는 것도 전체 접촉수의 $10\~35\%$나 되었다. 3) 붕장어의 입롱과 출롱은 입구가 하부에 난 통발일수록 쉬웠다. 4) 통발의 평면형상이 원형인 것은 통발내외에서 붕장어가 입구 또는 출구에 도달하는 기회는 많았으나 그것을 지나쳐버리는 일이 많았고, 사각형인 것은 입구 또는 출구에 도달하는 기회는 적었으나 그곳에 도달하면 쉽게 입롱 또는 출롱 하였다. 5) 붕장어의 완전한 입롱은 꼬리의 입구통과로 결정되었고, 입롱시도후 도피한 개체수는 입구로부터 미끼까지의 거리가 짧은 통발에서 많았다. 6) 입구끝이 통발내로 휘어져 들어간 것은 입롱한 붕장어의 출구발견을 어렵게 하였고, 통발천의 하부에 구석이 만들어진 경우는 통발내의 붕장어가 그곳을 계속적으로 쪼으면서 정체되는 행동을 보였다. 7) 입구끝에 혀그물이 부착되어 있으면 입롱시도후 도피한 개체수가 많아지고 입롱도 나빠지나, 일단 입롱한 것은 전혀 출롱치 못하였다.

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티타늄의 표면처리 방법에 따른 저온소성도재와의 결합강도 (EFFECT OF SURFACE MODIFICATION ON BOND STRENGTH IN TITANIUM-PORCELAIN SYSTEM)

  • 로성욱;방몽숙;양홍서;박상원;박하옥;임현필
    • 대한치과보철학회지
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    • 제45권5호
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    • pp.589-600
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    • 2007
  • Statement of Problem: Titanium has many advantages of high biocompatibility, physical porperties, low-weight, low price and radiolucency, but it is incompatible with conventional dental porcelain due to titanium's oxidative nature. Many previous studies have shown that they used the method of sandblast surface treatment prior to porcelain application, the researchs are processing about the method of acid etching or surface coating. Purpose: The purpose of this research is to study the effect on bond strength between titanium and porcelain when using macro-surface treatment and micro-surface treatment and macro and micro surface treatment. Material and method: In this study, we evaluated the bond strength by using 3-point bending test based on ISO 9693 after classified 7 groups-group P : polished with #1200 grit SiC paper, group SS : sandblasted with $50{\mu}m$ aluminum oxides, group LS : sandblasted with $250{\mu}m$ alumium oxides, group HC : treated with 10% hydrochloric acid, group NF : treated with 17% solution of fluoric acid and nitric acid, group SHC : treated with 10% hydrochloric aicd after sandblsting with $50{\mu}m$ alumium oxides, group SNF treated with 17% solution of fluoric acid and nitric acid. Results : Within the confines of our research, the following results can be deduced. 1. Group SS which was sandblasted with $50{\mu}m$ aluminum oxides showed the highest bond strength of 61.74 MPa and significant differences(P<0.05). The bond strengths with porcelain in groups treated acid etching after sandblasting decreased more preferable than the group treated with sandblasting only. It gives significant differences(P<0.05). 2. After surface treatments, the group treated with sandblasting showed irregular aspect formed many undercuts, in the SEM photographs. The group treated with hydrochloric acid had the sharp serrated surfaces, the group treated with the solution of fluoric acid and nitric acid had the smooth surfaces, the group with sandblasting and hydrochloric acid had irrigular and porous structure, the group with sandblasting and the solution of fluoric acid and nitric acid had crater-like surfaces. But all of the groups treated with acid etching was not found and undercut. Conclusion: In above results, average surface roughness increase, bond strength also increase, but surface topographs influences more greatly on bond strengths.

모바일 IP 패킷 버퍼링 방식에서 TCP 성능향상을 위한 암시적인 패킷 포워딩 우선권 보장 방안 (Improving TCP Performance by Implicit Priority Packet Forwarding in Mobile IP based Networks with Packet Buffering)

  • 허경;이승법;노재성;조성준;엄두섭;차균현
    • 한국통신학회논문지
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    • 제28권5B호
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    • pp.500-511
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    • 2003
  • 모바일 IP 프로토콜에서 핸드오프 동안에 발생하는 패킷 손실 때문에 초래되는 TCP의 성능저하를 방지하기 위해서는 모바일 IP 경로 최적화 확장의 스무스 핸드오프 방식에서 이전 기지국이 핸드오프 동안 손실된 패킷들을 버퍼에 저장하고 저장된 패킷들이 이동한 단말에게 전달되어야 한다. 그러나 이동단말이 새로운 서브 네트워크의 혼잡한 기지국으로 이동한 경우에는, 이전 기지국이 포워딩하는 패킷들은 손실되고 또한 포워딩된 패킷들로 인해 심화된 혼잡으로 기지국 내 이동단말 TCP 플로들의 무선링크이용률 성능이 저하되게 된다. 본 논문에서는 기지국 패킷 버퍼링 방식이 결합된 스무스 핸드오프 방식으로 이동단말이 새로운 서브 네트워크의 혼잡한 기지국으로 이동한 경우, 이전 기지국이 핸드오프 동안 저장한 패킷들을 Priority 패킷으로 표기하고 혼잡한 새로운 기지국의 RED 버퍼 관리 방식에서는 Priority 패킷을 큐 길이 및 혼잡정도에 따른 확률적인 폐기의 대상에서 제외하는 암시적인 패킷 포워딩 우선권 보장 방안을 제안하였다. 시뮬레이션 결과는 제안하는 암시적인 패킷 포워딩 우선권 보장 방안을 적용하여 모바일 IP 프로토콜의 수정 없이 모바일 네트워크에서 이동단말들의 무선링크이용률 성능을 향상시킬 수 있음을 보인다.

화학증착 탄화규소 휘스커에 의한 다공성 알루미나 필터의 기공구조 개질 및 특성 평가 (Pore Structure Modification and Characterization of Porous Alumina Filter with Chemical Vapor Infiltration (CVI) SiC Whisker)

  • 박원순;최두진;김해두
    • 한국세라믹학회지
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    • 제41권7호
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    • pp.518-527
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    • 2004
  • 본 연구에서는 다공성 알루미나 기판의 기공 형상 개질을 통해서 필터의 집진 효율, 성능 및 내구성 향상을 위한 공정에 대해서 다루었다. 탄화규소 휘스커를 통한 기공 개질을 위해서 모재의 표면뿐만 아니라 기공 내부에까지 균일한 탄화규소 휘스커를 얻고자 화학 기상 침착법(Chemical Vapor Infiltration: CVI)을 사용하여 실험을 진행하였다. 실험결과 증착 온도와 증착 위치 및 입력 기체비와 같은 공정 조건의 변화에 따라 증착 경향에 확연한 차이를 나타내는 것을 알 수 있다. 다시 말해 첫째, 시편의 관찰 위치가 표면에서 내부로 들어갈수록 “반응 기체의 고갈 효과”로 인해 휘스커가 점점 세선화 되는 것을 볼 수 있으며 두 번째로 증착 온도에 따라서 debris, whisker, film등과 같이 증착물의 형상이 변화하게 된다. 이러한 형상의 변화는 여러 가지 물성의 변화를 가져오게 되는데 그 중에서, film이 증착 되는 경우에는 기판의 강도가 박 115.7% 가량 현저하게 증가하는 반면에 비표면적과 기체 투과율은 감소하게 되지만, 휘스커의 경우에는 강도가 95%, 비표면적은 33.5% 정도가 증가하며 기체 투과율 감소를 최소화 할 수 있다. 따라서 다공성 알루미나 기판 내부 기공에 휘스커를 증착 하면 필터로 인한 압력 저하를 최소화하면서 기공의 크기보다 작은 미세 분진들을 걸러 낼 수 있게 되므로 차세대 필터 재료로 기대된다.

나노다공성 NiO-SiO2 가교화 점토의 합성 및 가교물질의 표면개질 연구 (Synthesis of Nanoporous NiO-SiO2 Pillared Clays and Surface Modification of the Pillaring Species)

  • 윤주영;심광보;문지웅;오유근
    • 한국세라믹학회지
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    • 제41권1호
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    • pp.81-85
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    • 2004
  • 점토를 이용한 나노 다공성 촉매 제조를 목적으로 $Ni^{2+}$ 이온으로 피복된 $SiO_2$ 나노 졸 입자를 2차원 충상점토 화합물의 층간에 삽입, 가교화 시켜 비표면적 및 다공도가 우수한 $NiO-SiO_2$ 가교화 점토($NiO-SiO_2$-PILM)를 합성하였다. 나노 크기의 실리카 졸 입자는 tetraethyl orthosilicate(TEOS)를 가수분해하여 합성하였고, 여기에 $Ni^{2+}$ 수용액을 첨가한 다음 NaOH 용액을 적정하여 $Ni^{2+}-SiO_2$ 혼합 나노 졸입자를 완성하였다. 이렇게 제조된 혼합 졸 용액을 1wt%의 점토 수분산액에 첨가하여 $60{\circ}C$에서 5h 이온교환 반응을 통해 층간에 삽입, 수세, 건조 후 $40^{\circ}C$에서 2시간 열처리 하므로써 다공성 가교화 점토를 제조하였다. 나노 졸 입자의 가교화에 따라 점토의 층간거리($d_{001}$)는 $45{\AA}$ 정도 크게 증가하였고 $600^{\circ}C$까지도 다공구조가 안정하게 유지되었다. 또한 질소 흡착-탈착 등온선 분석 결과 비표면적($S_{BET}$)이 최대 $760m^2/g$으로 다공 구조가 매우 잘 발달되어 있음을 확인하였고, $NiO-SiO_2$ 졸 가교화 점토의 경우 $NiO-SiO_2$ 나노입자가 층간에 이중층으로 배열되어 있음을 알 수 있었다.