• 제목/요약/키워드: 45S and 5S rDNA

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Acetobacter pasteurianus A8를 이용한 우리밀(금강밀) 식초 제조 (Production of Korean Domestic Wheat (keumkangmil) Vinegar with Acetobacter pasteurianus A8)

  • 조계만;신지현;서원택
    • 한국식품과학회지
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    • 제45권2호
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    • pp.252-256
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    • 2013
  • 우리밀(금강밀)을 기질로 사용한 식초 생산을 위하여 초산 생성능이 우수한 초산균을 재래 식초로부터 분리하여 A. pasteurianus A8으로 동정하였다. 우리밀 엿기름의 제조를 위해 발아 조건을 살펴본 결과, $15^{\circ}C$에서 6일간 발아 시킨 밀의 amylase 활성이 608.4 unit으로 가장 높았다. A. pasteurianus A8 균주를 종균으로 사용하여 우리밀 알코올 발효액의 초산 발효 조건을 살펴본 결과, 발효온도 $30^{\circ}C$, 초기 알코올 농도 5.0%, 및 종균 접종량 5.0%에서 24일간 정치 발효하여 5.8%의 초산을 생산할 수 있었다.

Characterization of rDNAs and Tandem Repeats in the Heterochromatin of Brassica rapa

  • Lim, Ki-Byung;de Jong, Hans;Yang, Tae-Jin;Park, Jee-Young;Kwon, Soo-Jin;Kim, Jung Sun;Lim, Myung-Ho;Kim, Jin A;Jin, Mina;Jin, Yong-Moon;Kim, Seog Hyung;Lim, Yong Pyo;Bang, Jae-Wook;Kim, Ho-Il;Park, Beom-Seok
    • Molecules and Cells
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    • 제19권3호
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    • pp.436-444
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    • 2005
  • We describe the morphology and molecular organization of heterochromatin domains in the interphase nuclei, and mitotic and meiotic chromosomes, of Brassica rapa, using DAPI staining and fluorescence in situ hybridization (FISH) of rDNA and pericentromere tandem repeats. We have developed a simple method to distinguish the centromeric regions of mitotic metaphase chromosomes by prolonged irradiation with UV light at the DAPI excitation wavelength. Application of this bleached DAPI band (BDB) karyotyping method to the 45S and 5S rDNAs and 176 bp centromere satellite repeats distinguished the 10 B. rapa chromosomes. We further characterized the centromeric repeat sequences in BAC end sequences. These fell into two classes, CentBr1 and CentBr2, occupying the centromeres of eight and two chromosomes, respectively. The centromere satellites encompassed about 30% of the total chromosomes, particularly in the core centromere blocks of all the chromosomes. Interestingly, centromere length was inversely correlated with chromosome length. The morphology and molecular organization of heterochromatin domains in interphase nuclei, and in mitotic and meiotic chromosomes, were further characterized by DAPI staining and FISH of rDNA and CentBr. The DAPI fluorescence of interphase nuclei revealed ten to twenty conspicuous chromocenters, each composed of the heterochromatin of up to four chromosomes and/or nucleolar organizing regions.

항온조건에서 긴등기생파리 [Exorista japonica (Townsend)] (Diptera: Tachinidae) 온도별 발육 (The Temperature-Dependent Development of the Parasitoid Fly, Exorista Japonica (Townsend) (Diptera: Tachinidae))

  • 박창규;서보윤;최병렬
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제55권4호
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    • pp.445-452
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    • 2016
  • 야외에서 채집된 멸강나방(Mythimna separata) 유충 및 번데기로부터 우화한 기생파리를 NCBI 데이터베이스에 등록되어 있는 유전자 염기서열 정보(16S, 18S, 28S 그리고 CO I)와 비교하여 긴등기생파리(Exorista japonica)로 동정하였다. 긴등기생파리의 알부터 성충우화까지 발육 기간을 담배거세미나방(Spodoptera litura) 5~6령 유충을 숙주 곤충으로 하여 7개 항온조건(16, 19, 22, 25, 28, 31, $34{\pm}1^{\circ}C$)에서 조사하였고 온도에 따른 발육율과 발육완료 모델들의 매개변수들을 추정하였다. $34^{\circ}C$를 제외한 다른 항온 조건에서 알부터 성충우화까지 발육이 가능하였다. 알부터 번데기까지 발육 기간을 보면 $16^{\circ}C$(23.4일)에서 가장 길었고 $34^{\circ}C$(8.3일)에서 가장 짧았으나, 번데기부터 성충까지 발육기간은 $28^{\circ}C$(7.3일)에서 가장 짧았다. 알부터 성충우화까지 전체 발육 기간은 $31^{\circ}C$에서 16.3일로 가장 짧았고 $16^{\circ}C$에서 45.4일로 가장 길었으며 온도가 상승함에 따라 발육기간은 짧아졌다. 선형 발육율 모델을 이용하여 추정한 알부터 성충우화까지 발육영점온도와 유효적산온도는 각각 $7.8^{\circ}C$, 370.4DD 였다. 4개 비선형 발육율 모델(Briere 1, Lactin 2, Logan 6, Performance) 중에서는 Briere 1 모델($r^2_{adj}=0.96$)이 가장 높은 해석력을 보여주었다. 동일 연령 집단의 발육완료 분포를 설명하기 위해 사용된 3개 모델(2-parameter Weibull, 3-parameter-Weibull, Sigmoid)은 모두 같은 결정력($r^2_{adj}=0.90$)을 보였다.

Duplex PCR을 이용한 국내 미승인 유전자변형 감자(EH92-527-1)의 검사법 개발 (Development of Detection Method of Unapproved Genetically Modified Potato (EH92-527-1) in Korea using Duplex Polymerase Chain Reaction)

  • 유명렬;김재환;예미지;김해영
    • 한국식품과학회지
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    • 제45권2호
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    • pp.156-160
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    • 2013
  • 우리나라에서 미승인 품목인 유전자변형 감자 EH92-527-1를 검출하기 위한 duplex PCR 검사법이 개발되었다. 감자의 내재유전자로 UDP-glucose pyrophosphorylase (UGP)가 선별되었고, 14개 다른 작물을 이용하여 특이성이 확인되었다. 유전자변형 감자에 삽입된 T-DNA 영역과 감자 게놈 사이의 연결 부위를 증폭하도록 프라이머 EH92-F/R 쌍이 제작되었고, 몇 개의 다른 유전자 변형 작물을 이용하여 특이성이 확인되었다. 서론에서 언급한 바와 같이 BASF사에서 각 개발된 유전자변형 감자 EH92-527-1과 BPS-A1020-5가 GBSS 유전자를 동일하게 포함하고 있으나 본 연구에서 개발한 검사법은 event-specific primers를 이용하였기 때문에 유전자변형 감자 EH92-527-1에만 특이성을 나타낸다. 이와 같이 개발된 duplex PCR 검사법의 검정한계치는 약 0.05%이다. 이러한 duplex PCR 검사법이 우리나라에 미승인 유전자변형 감자의 모니터링에 유용하게 사용될 것으로 판단한다.

Isolation and Characterization of an Agarase-Producing Bacterial Strain, Alteromonas sp. GNUM-1, from the West Sea, Korea

  • Kim, Jonghee;Hong, Soon-Kwang
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제22권12호
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    • pp.1621-1628
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    • 2012
  • The agar-degrading bacterium GNUM-1 was isolated from the brown algal species Sargassum serratifolium, which was obtained from the West Sea of Korea, by using the selective artificial seawater agar plate. The cells were Gram-negative, $0.5-0.6{\mu}m$ wide and $2.0-2.5{\mu}m$ long curved rods with a single polar flagellum, forming nonpigmented, circular, smooth colonies. Cells grew at $20^{\circ}C-37^{\circ}C$, between pH 5.0 and 9.0, and at 1-10% (w/v) NaCl. The DNA G+C content of the GNUM-1 strain was 45.5 mol%. The 16S rRNA sequence of the GNUM-1 was very similar to those of Alteromonas stellipolaris LMG 21861 (99.86% sequence homology) and Alteromonas addita $R10SW13^T$(99.64% sequence homology), which led us to assign it to the genus Alteromonas. It showed positive activities for agarase, amylase, gelatinase, alkaline phosphatase, esterase (C8), lipase (C14), leucine arylamidase, valine arylamidase, ${\alpha}$-chymotrypsin, acid phosphatase, naphthol-AS-BI-phosphohydrolase, ${\alpha}$-galactosidase, ${\beta}$-galactosidase, ${\beta}$-glucosidase, catalase, and urease. It can utilize citrate, malic acid, and trisodium citrate. The major fatty acids were summed feature 3 (21.5%, comprising $C_{16:1}{\omega}7c/iso-C_{15:0}$ 2-OH) and C16:0 (15.04%). On the basis of the variations in many biochemical characteristics, GNUM-1 was considered as unique and thus was named Alteromonas sp. GNUM-1. It produced the highest agarase activity in modified ASW medium containing 0.4% sucrose, but lower activity in rich media despite superior growth, implying that agarase production is tightly regulated and repressed in a rich nutrient condition. The 30 kDa protein with agarase activity was identified by zymography, and this report serves as the very first account of such a protein in the genus Alteromonas.

Biochemical and Molecular Characterization of High Population Density Bacteria Isolated from Sunflower

  • Goes, Kelly Campos Guerra Pinheiro De;Fisher, Maria Luisa De Castro;Cattelan, Alexandre Jose;Nogueira, Marco Antonio;Carvalho, Claudio Guilherme Portela De;Oliveira, Andre Luiz Martinez De
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제22권4호
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    • pp.437-447
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    • 2012
  • Natural and beneficial associations between plants and bacteria have demonstrated potential commercial application for several agricultural crops. The sunflower has acquired increasing importance in Brazilian agribusiness owing to its agronomic characteristics such as the tolerance to edaphoclimatic variations, resistance to pests and diseases, and adaptation to the implements commonly used for maize and soybean, as well as the versatility of the products and by-products obtained from its cultivation. A study of the cultivable bacteria associated with two sunflower cultivars, using classical microbiological methods, successfully obtained isolates from different plant tissues (roots, stems, florets, and rhizosphere). Out of 57 plant-growth-promoting isolates obtained, 45 were identified at the genus level and phylogenetically positioned based on 16S rRNA gene sequencing: 42 Bacillus (B. subtilis, B. cereus, B. thuringiensis, B. pumilus, B. megaterium, and Bacillus sp.) and 3 Methylobacterium komagatae. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis showed a broad diversity among the Bacillus isolates, which clustered into 2 groups with 75% similarity and 13 subgroups with 85% similarity, suggesting that the genetic distance correlated with the source of isolation. The isolates were also analyzed for certain growth-promoting activities. Auxin synthesis was widely distributed among the isolates, with values ranging from 93.34 to 1653.37 ${\mu}M$ auxin per ${\mu}g$ of protein. The phosphate solubilization index ranged from 1.25 to 3.89, and siderophore index varied from 1.15 to 5.25. From a total of 57 isolates, 3 showed an ability to biologically fix atmospheric nitrogen, and 7 showed antagonism against the pathogen Sclerotinia sclerotiorum. The results of biochemical characterization allowed identification of potential candidates for the development of biofertilizers targeted to the sunflower crop.

Isolation of Novel Alkalophilic Bacillus alcalophilus subsp. YB380 and the Characteristics of Its Yeast Cell Wall Hydrolase

  • Yeo, Ik-Hyun;Han, Suk-Kyun;Yu, Ju-Hyun;Bai, Dong-Hoon
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제8권5호
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    • pp.501-508
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    • 1998
  • An alkalophilic mi.croorganism (strain YB380), which produces yeast cell wall hydrolase extracellulary, was isolated from Korean soil. The rod-shaped cells were 0.3~0.4 by 2~4${\mu}{\textrm}{m}$ long, motile, aerobic, gram-positive, and spore-forming. The color of the colony was light yellow. The temperature range for growth at pH 9.0 was 25 to $45{\circ}C, with optimum growth at $35{\circ}C. The pH range for growth at $35{\circ}C was 8 to 11 with an optimum pH of 9.0. Therefore, the strain YB380 is an obligate alkalophile. The 16S rRNA of strain YB380 has a 99% sequence similarity with that of Bacillus alcalophilus. On the basis of physiological properties, cell wall fatty acid composition, and phylogenetic analysis, we propose that the isolated strain is Bacillus alcalophilus. The yeast cell wall hydrolase from Bacillus alcalophilus subsp. YB380 has been purified and partially characterized. The molecular weight was estimated to be 27,000 daltons with an optimum temperature and pH of $60{\circ}C and 9.0, respectively. The N-terminal amino acid sequence of the enzyme was analyzed as Gln- Thr- Val- Pro- Trp- Gly- Ile- Asn- Arg- Val.

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해양방선균 Streptomyces sp. ACT-1의 동정 및 항산화 활성 (Identification and Antioxidant Activity of Marine Actinomycetes Streptomyces sp. ACT-1)

  • 김만철;김주상;김윤범;;한용재;허문수
    • 미생물학회지
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    • 제45권4호
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    • pp.397-403
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    • 2009
  • 이 연구는 해양 유래의 천연 항산화물질에 관한 연구로서 항산화물질 생산 해양 방선균은 제주연안 해수에서 분리되었다. 균주는 16S rRNA 염기서열, 전자현미경에 의한 형태학적, 생리, 생화학적 및 세포 지방산 분석을 기초로 동정되었다. 분리균주 ACT-1은 그람양성, 호기성, 비운동성, 기질균사체색이 red, 기중균사체 색이 gray계열 이었다. 세포지방산 분석결과 주요 지방산으로 $C_{15:0}$ anteiso (39.33%), $C_{16:1}$ cis 9 (11.96%), $C_{16:0}$ (13.08%)와 $C_{17:0}$ anteiso (10.99%)로 분석되었으며, 최종적으로 Streptomyces sp. ACT-1으로 동정되었다. Streptomyces sp. ACT-1 메탄올 추출물의 항산화활성은 DPPH (1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl), hydroxyl, alkyl radical 소거활성을 ESR (electron spin resonance) spectrometer를 이용하여 측정되었다. SBME-1 (Streptomyces broth methanol extract)의 DPPH 라디컬 소거활성은 $1,000{\mu}g$/ml 농도에서 67%, Hydroxyl radical 소거활성은 $500{\mu}g$/ml에서 84%, Alkyl radical 소거활성은 $1,000{\mu}g$/ml 농도에서 71%를 보였다.

Gamma Radiation Induced Mutagenesis of Lysobacter enzymogenes for Enhanced Chitinolytic Activity

  • Lee, Young-Keun;Kim, Kyoung Youl;Senthilkumar, M.
    • 방사선산업학회지
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    • 제4권1호
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    • pp.65-71
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    • 2010
  • Two chitinase producing strains CHI2 and CHI4 were isolated from soybean rhizosphere soil. Both the strains belonged to Lysobacter enzymogenes as indicated by 16S rDNA sequence analysis. Though strain CHI2 and CHI4 produced extracellular chitinase, they differ in their chitinolytic activity. CHI4 produced approximately three times the higher amounts of enzyme than that of CHI2 under specified conditions. CHI2 produced $535.67U\;l^{-1}$ of chitinase after 48 h incubation with a specific activity of $3.91U\;mg^{-1}$ of protein while strain CHI4 produced $1584.13U\;l^{-1}$ of chitinase with a specific activity of $10.88U\;mg^{-1}$ protein. SDS-PAGE analysis indicated that the molecular weight of chitinase enzyme was approximately 45 kDa. A faint band with a molecular weight of 55 kDa reveals the possibility for the presence of another kind of chitin binding protein. Mutant library was developed by exposing the isolates to gamma rays at their $LD_{99}$ value (0.23 kGy). Totally, 11 mutants of CHI2 and CHI4 are reported to have enhanced chitinase activity. Several leaky mutant clones with decreased enzyme activity and a defective mutant (CHI2-M16) with complete loss of chitinase activity were also identified. CHI4-M18, CHI4-M8 and CHI4-M29 showed 78.8, 41.5, and 31.9% increased chitinase activity over wild type CHI4.

Salmonella 균속의 항균제 내성 및 R-plasmid (Antimicrobial Drug Resistance and R-plasmid of Salmonella species)

  • 이명원;정태화;이연태;강정복
    • 환경위생공학
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    • 제3권2호
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    • pp.23-41
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    • 1988
  • 1986년 1월부터 12월 사이에 전국 시$\cdot$도 보건연구소 및 주요종합 병원으로부터 일차분리 수집된 Salmonelle균속 286주를 실험균주로 하여 확인동정 실험, 항균제 감수성검사, plasmid DNA분리 및 접합에 의한 내성전달 실험을 실시하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 분리된 균주를 sero-group별로 보면 B group이 158주 $(55.2\%)$로 가장 많이 분리되었고, A group이 45주 $(15.7\%)$, D1 group이 43주 $(15\%)$, Cl, C2 group이 22주 $(7.7\%)$등의 순으로 분리되었다. serovar별 분리수는 Salmonella typhimurium이 92주$(32.2\%)$로 가장 많이 분리되었고, S. paratyphi-A 45주 $(15.7\%)$, S. enteritidis 41주$(14.3\%)$, S. paratyphi-B 27주 $(9.4\%)$ 등의 순으로 분리되었다. 분리균주의 월별 분포를 보면 9월 $(17.5\%)$, 5월$(16\%)$, 6월 $(14.7\%)$, 7월 $(10.5\%)$, 8월과 10월$(7.3\%)$등의 순으로 분리되었으며 5월에서 10월 사이에 $73.4\%$인 210주가 분리되었다. 분리균주의 지역별 분포는 강원$(29.7\%)$, 서울 $(27.6\%)$, 충남 $(14.3\%)$등으로 분리되었고, 성별 분포에서는 남성이 $41.6\%$로 여성$(28.6\%)$에서 보다 많이 분리되었으며, 연령별 분리분포는 1세에서 60세까지 고르게 나타났다. 2. 항균제 감수성 검사에서는 제1 이상의 항균제에 내성을 나타내는 균주가 85주$(29.7\%)$로 나타났다. 각 항균제별 내성균주는 tetracycline에서 80주 $(28\%)$가 내성을 보여 가장 많은 내성을 나타냈으며, streptomycin 65주 $(22.7\%)$, ampilcillin, carbenicillin 54주 $(18.8\%)$, chloramphenicol 51주$(17.8\%)$ kanamycin 7주 $(2.4\%)$, co-trimoxazole 2주$(0.7\%)$, tobramycin 1주$(0.3\%)$로 나타났다. 또한 1제내성균이 $8\%$, 2제 내성균이 $2.4\%$, 4제 내성균이 $1.8\%$, 5제 내성균이 $15.4\%$, 6제 내성균이 $1.8\%$, 7제 내성균이 $0.3\%$로 나타났으며, 그 중에서도 AmCbCmSmTc에 동시 내성인 균주가 $15\%$로 가장 많이 나타났다. Sero-group별 내성 양상은 B group에서 $26.2\%$로 가장 많았고, C2 group $(2.4\%)$, D1, E4 group$(0.3\%)$로 나타났다. 3. 접합에 의한 내성전달 결과 1제에서 7제까지 다양한 내성패턴에서 내성전달이 일어났으며, 내성전달은 전달성 R-plasmid에 의한 것이었다. 4. plasmid DNA분리 결과 내성균주 전체에서 한 개에서 네 개의 plasmid를 가지고 있었으며, 그 분자량은 1.6에서 70 megadalton 사이에 있었다. 같은 도에서 분리된 균주들중 내성패턴이 같은 균주들의 plasmid 패턴은 유사하였다. 접합에 의해 전달된 plasmid의 분자량은 42-57 megadalton이었다.

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