• 제목/요약/키워드: 3 NDP

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Isolation and Characterization of Kasugamycin Biosynthetic Genes from Streptomyces kasugaensis KACC 20262

  • JO YOU-YOUNG;LIU JING;JIN YING-YU;YANG YOUNG-YELL;SUH JOO-WON
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제15권3호
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    • pp.491-496
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    • 2005
  • The biosynthetic gene cluster for the aminoglycoside antibiotic kasugamycin was isolated and characterized from the kasugamycin producing strain, Streptomyces kasugaensis KACC 20262. By screening a fosmid library using kasA, the gene encoding aminotransferase, we isolated a 22 kb DNA fragment. The fragment contained seventeen complete open reading frames (ORFs); one of these ORFs, kasD, was identified as the gene for dNDP-glucose 4,6-dehydratase, which catalyzes the conversion of dNDP-glucose to 4-keto-6-deoxy-dNDP-glucose. The enzyme showed a broad spectrum of substrate specificity. In addition, ksR was overexpressed in E. coli BL21 and proved to be a self-resistance gene against kasugamycin. These findings suggest that the isolated gene cluster is highly likely responsible for the biosynthesis of kasugamycin.

NDP Kinase 2 유전자를 도입한 산화스트레스 내성 형질전환 감자의 선발 (Selection of Transgenic Potato Plants Expressing NDP Kinase 2 Gene with Enhanced Tolerance to Oxidative Stress)

  • 탕리;권석윤;윤대진;곽상수;이행순
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제31권3호
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    • pp.191-195
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    • 2004
  • 복합스트레스 내성 유전자 NDP kinase 2 유전자를 도입시킨 형질전환 감자를 개발하기 위하여 이 유전자를 산화스트레스에 의해 발현이 강하게 유도되는 SWPA2 프로모터 또는 enhanced CaMV 35S 프로모터에 연결한 벡터를 제작한 후 각각 Agrobacterium 매개로 형질전환 하였다. 기관발생 경로에 의해 kanamycin 저항성 식물체를 재분화 시킨 후 Southern 분석으로 외래 유전자가 안정적으로 감자 게놈내로 삽입되었음을 확인하였다. 형질전환 감자 식물체의 잎 조직을 대상으로 10 $\mu$M methyl viologen에 대한 내성 검정을 조사하여 산화스트레스 내성 형질전환 감자 식물체를 2 개체씩 선발하였다. 선발된 식물체는 건조, 고온 등의 여러 가지 환경스트레스 내성 분석을 실시할 예정이며 이로부터 복합재해에 내성을 지닌 감자 품종을 개발할 수 있을 것으로 기대한다.

The Comparison of Clinical Assessment Tools for the Foot Posture

  • Lee, Jin-Yi;Choi, Jong-Duk
    • 한국전문물리치료학회지
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    • 제19권3호
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    • pp.115-123
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    • 2012
  • It is important to assess foot posture when investigating the relationship between lower extremity dysfunctions and foot types. Although several measurements of static foot posture have been used, there is no consensus regarding clinical measurements for foot posture. The aim of this study is to explore the differences among navicular drift (NDt), foot posture index (FPI), arch index (AI), dorsal arch height ratio (DAHR), normal navicular height truncated (NNHt) and to discover the most effective measurement. After foot types were classified by navicular drop test (NDp), clinical measurements of NDt, FPI, AI, DAHR, and NNHt were performed on 64 subjects' feet. ANOVA analysis was used for the variance of the difference between the NDp and the five kinds of clinical measurements, and the level of significance was set at ${\alpha}$=.05. The results showed that all five clinical measurements demonstrated significant differences with navicular drop. In post-hoc, FPI and NNHt showed significant differences in all foot types. The five clinical measurements are suitable the classification of foot types through the NDp. Therefore, it could be possible to assess correct and objective foot posture by using FPI and NNHt.

NDP Kinase 유전자를 과발현시킨 형질전환 톨 페스큐 식물체의 저온 스트레스에 대한 내성 특성 (Characterization of Transgenic Tall Fescue Plants Overexpressing NDP Kinase Gene in Response to Cold Stress)

  • 이상훈;이기원;김경희;윤대진;곽상수;이병현
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제29권4호
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    • pp.299-306
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    • 2009
  • 저온 스트레스에 대한 내성을 지닌 신품종 톨 페스큐를 개발할 목적으로 CaMV35S 프로모터 하류에 NDP kinase 2 유전자가 항상적으로 발현하도록 제작한 벡터를 Agrobacterium법을 이용하여 톨 페스큐에 도입하였다. Hygromycin이 첨가된 선발배지에서 내성을 나타내며 재분화된 형질전환 식물체를 pot로 이식하여 기내순화 시킨 후, Southern blot 분석을 실시하여 본 결과, NDP kinase 2 유전자가 형질전환 식물체의 genome에 정상적으로 도입되었음을 확인하였다. 프로테옴 분석을 통하여 도입유전자의 조절을 받는 항산화관련 유전자들의 발현이 유도되었음을 확인 할 수 있었다. 형질전환 식물체 잎 절편을 산화스트레스 중의 하나인 저온 스트레스를 처리하여 세포의 손상 정도를 조사한 결과, 비형질전환체에 비해 형질전환체는 강한 내성을 나타내었다. 또한 유식물체 수준에서 저온 스트레스를 처리하여 내성을 비교한 결과, 비형질전환체에 비해 형질전환체는 높은 내성을 나타내었다. 이 형질전환 톨페스큐는 산화스트레스 내성 품종개발을 위한 소재로 활용 될 수 있을 것이다.

다중 평가지표에 기반한 도로용량 증대 소요예산 추정 (Budget Estimation Problem for Capacity Enhancement based on Various Performance Criteria)

  • 김주영;이상민;조종석
    • 대한교통학회지
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    • 제26권5호
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    • pp.175-184
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    • 2008
  • 도로용량 증대를 위한 소요예산 추정문제는 관련주체인 이용자와 공급자의 입장을 모두 반영할 필요가 있다. 본 연구에서는 총통행시간, 형평성, 환경비용을 평가지표로 설정하고, 3가지 평가지표에 대한 관련주체의 요구사항이 만족되는 대안 중 소요예산을 최소화하는 최적 도로용량 증대 대안을 선정하는 문제를 모형화하였다. 일반적으로 도로용량 증대를 위한 소요예산 추정문제는 Network Design Problem(NDP)로 다루어지며, 이용자와 공급자의 다른 입장을 고려하기 위해 Bi-level 최적화문제로 모형화된다. 본 연구에서는 장래 교통수요의 불확실성을 반영하기 위해 확률모형(Stochastic model)을 적용하고, 평가지표별 신뢰도를 차별화하기 위해 Chance-constrained model(CCM)를 적용하였으며, 3가지 평가지표의 제약식을 만족하면서 소요예산을 최소화하는 목적함수를 만족하는 최적대안을 선정하기 위해 렉시코그라픽(Lexicographic) 최적화문제로 접근하였다. 예제 네트워크를 통하여 분석한 결과, 평가지표별 신뢰도 및 교통수요 변화율이 클수록 더욱 많은 소요예산이 요구되며, 평가지표별 신뢰도가 클수록 장래 교통수요의 변화에 더욱 탄력적으로 대응할 수 있는 대안이 선정되었다. 제안된 모델은 다양한 관련주체의 입장을 모두 고려한 최적 도로용량 증대 대안과 소요예산을 선정함과 동시에, 도로용량 증대량의 변화에 따른 평가지표간 상쇄관계(Tradeoff)와 도로 네트워크 개선을 위한 예산 배분의 포트폴리오를 정책결정자에게 제공 가능하다.

전기생리학적 기전에 근거한 망막 모델의 제안과 시공간적 응답의 분석 (Proposition for Retina Model Based on Electrophysiological Mechanism and Analysis for Spatiotemporal Response)

  • 이정우;채승표;조진호;김명남
    • 전자공학회논문지SC
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    • 제39권6호
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    • pp.49-58
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    • 2002
  • 본 논문에서는 망막의 전기생리학적 기전을 바탕으로 실제 망막과 유사한 기능 및 응답 특성을 갖는 망막 모델을 제안하였다. 시세포에서 양극세포까지는 기존에 연구된 여러 망막 모델들을 종합하여 모델링하였고, 3 NDP 기전을 이용하여 움직임 정보를 검출한다고 알려져 있는 아마크린세포와 양극세포 터미널에 관한 새로운 모델을 제안하였다. 이 모델의 평가를 위하여, 공간상의 동적 자극과 정지 자극에 대한 응답 특성을 비교 분석을 하였을 뿐만 아니라 자극의 움직임 속도에 따른 특성에 대한 분석도 수행하여 제안한 망막 모델을 검증하였다. 본 연구결과는 움직임 정보를 검출하기 위한 비전 시스템에 대한 인간 시각 시스템의 적용 및 생체에 이식할 수 있는 인공 망막의 개발을 위한 기초 연구에 이용될 수 있을 것이다.

A Structural View of Xenophagy, a Battle between Host and Microbes

  • Kwon, Do Hoon;Song, Hyun Kyu
    • Molecules and Cells
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    • 제41권1호
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    • pp.27-34
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    • 2018
  • The cytoplasm in mammalian cells is a battlefield between the host and invading microbes. Both the living organisms have evolved unique strategies for their survival. The host utilizes a specialized autophagy system, xenophagy, for the clearance of invading pathogens, whereas bacteria secrete proteins to defend and escape from the host xenophagy. Several molecules have been identified and their structural investigation has enabled the comprehension of these mechanisms at the molecular level. In this review, we focus on one example of host autophagy and the other of bacterial defense: the autophagy receptor, NDP52, in conjunction with the sugar receptor, galectin-8, plays a critical role in targeting the autophagy machinery against Salmonella; and the cysteine protease, RavZ secreted by Legionella pneumophila cleaves the LC3-PE on the phagophore membrane. The structure-function relationships of these two examples and the directions of future research will be discussed.

NDP Kinases Suppressed Bax-Dependent Apoptosis in Yeast System

  • K. C. Hwang;D. W. Ok;D. N. Kwon;H. K. Shin;Kim, J. H.
    • 한국동물번식학회:학술대회논문집
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    • 한국동물번식학회 2001년도 춘계학술발표대회
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    • pp.52-52
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    • 2001
  • Many nucleoside diphosphate (NDP) kinases are ubiquitous enzymes responsible for the exchange of ${\gamma}$-phosphates between tri- and diphosphonucleosides. The catalytic Many nucleoside diphosphate (NDP) kinases are ubiquitous enzymes responsible for the exchange of ${\gamma}$-phosphates between tri- and diphosphonucleosides. The catalytic reaction follows a ping-pong mechanism in which the enzyme is transiently phosphorylated on a histidine residue conserved in all nucleoside diphosphate kinases. Beside their role in nucleotide synthesis, these enzymes present additional functions, possibly independent of catalysis, in processes such as differentiation, cell growth, tumor progression, metastasis and development. To clone murine nm23-M5, several expressed sequence tags (ESTs) of the GenBank data base, selected according to their homology to nm23-H5 cDNA, reconstituted a complete open reading frame (GenBank AF222750). To test whether murine NDPKs (1, 2, 3, 4, 5, and 6) can inhibit Bax-mediated toxicity in yeast, co-transformation was performed respectively. The yeast S.cerevisiae was transformed with a copy expression plasmid containing the histidine selection marker and expressing murine Bax under the control of a galactose-inducible promoter. Several clones were selected and found to be growth inhibited when Bax expression was induced with galactose. A representative clone was transformed again with a copy expression plasmid containing the tryptophane selection marker and expressing either murine Bcl-xL or NDPK under the control of a galactose-inducible promoter. Several subclones of the double-transformants were selected and characterized. The ability of Bcl-xL and NDPKs to suppress Bax-mediated toxicity was determined by growing yeast cells overnight in galactose media and spot-testing on galactose plates starting with an equal number of yeast cells as determined by taking the OD$_{600}$. Ten-fold serial dilutions were used in the spot-test. Plates were grown at 3$0^{\circ}C$ for 2-3 days. All murine NDPKs suppressed Bax dependent apoptosis. Futher study will be peformed whether Bax-toxicity inhibition was caused by NDP kinase activity or additional function.n.

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