• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제28권4호
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• pp.652-662
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• 2018

Diarrhea is a global disease with a high morbidity and mortality rate in children. In this study, 25 fecal samples were collected from children under 5 years old. Seven samples had been taken from healthy children without diarrhea and marked as the healthy control group; eight samples had been sampled from children with diarrhea caused by dyspepsia and defined as the non-infectious group; and ten samples had been taken from children with diarrhea induced by intestinal infections and identified as the infectious group. We detected the microbial communities of samples by using high-throughput sequencing of 16S rRNA genes. The proportion of aerobic and facultative anaerobic microbes in samples of the infectious group was much higher than in the non-infectious group. In addition, the relative abundance of Enterococcus in the healthy control group was significantly higher than in the non-infectious group and infectious group. This can be used as a potential diagnostic biomarker for diarrhea.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제15권1호
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• pp.83-89
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• 2012

Flavobacterium johnsoniae was isolated from farmed rainbow trout Oncorhynchus mykiss in Korea, and its biochemical and molecular characterization was determined. Yellow-pigmented bacterial colonies were isolated from 18 of 64 fish samples (28.1%) on trypticase soy agar plates, and their biochemical profiles were characterized by API 20E and API 20NE test kits. F. johnsoniae was identified by biochemical phenotyping of factors including rapid gliding motility, Gram-negative condition, oxidase- and catalase-positive status, Congo red absorption, nitrate reduction, ${\beta}$-galactosidase production, acid production from glucose, and gelatin and casein hydrolysis. PCR and subsequent sequencing of 16S rRNA confirmed that the yellow-pigmented colonies were most similar to F. johnsoniae. The alignment analysis of 16S rRNA sequences also showed that all 18 rainbow trout isolates had highly similar homologies (97-99% identity). One isolate was selected and named FjRt09. This isolate showed 98% homology with previously reported F. johnsoniae isolates, and in phylogenetic analysis was more closely grouped with F. johnsoniae than with F. psychrophilum, F. columnare, or F. branchiophilum. This is the first report on the occurrence and biochemical characterization of F. johnsoniae isolated from rainbow trout in Korea.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제7권4호
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• pp.175-183
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• 2004

The dinoflagellate Alexandrium tamiyavanichii Balech, a producer of toxins causing paralytic shellfish poisoning (PSP), has recently been considered as one of main organisms responsible for toxication of shellfish in Japan. In this study, A. tamiyavanichii was subjected to a molecular phylogenetic analysis inferred from 28S rDNA D1-D2 sequences and a species-specific LSU rRNA-targeted oligonucleotide DNA probe was designed to identify A. tamiyavanichii using the whole cell-FISH (fluorescence in situ hybridization). The sequences of the 28S rDNA D1-D2 region of A. tamiyavanichii showed no difference from A. cohorticular AF1746l4 (present name A. tamiyavanichii) and formed a distinct clade from the 'tamarensis species complex'. The probe, TAMID2, reacted specifically with A. tamiyavanichii cultured cells, without any cross-reaction with other species belonging to the same genus, including A. tamarense, A. catenella, A. affine, A. fraterculus, A. insuetum and A. pseudogonyaulax. In a test of cross-reactivity with a field sample, TAMID2 reacted consistently with only A. tamiyavanichii, indicating that the present protocol involving the TAMID2 probe might be useful for detecting toxic A. tamiyavanichii in a simple and rapid manner.

• The Plant Pathology Journal
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• 제32권2호
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• pp.123-135
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• 2016

U.S. cotton production is suffering from the yield loss caused by the reniform nematode (RN), Rotylenchulus reniformis. Management of this devastating pest is of utmost importance because, no upland cotton cultivar exhibits adequate resistance to RN. Nine populations of RN from distinct regions in Alabama and one population from Mississippi were studied and thirteen morphometric features were measured on 20 male and 20 female nematodes from each population. Highly correlated variables (positive) in female and male RN morphometric parameters were observed for body length (L) and distance of vulva from the lip region (V) (r = 0.7) and tail length (TL) and c' (r = 0.8), respectively. The first and second principal components for the female and male populations showed distinct clustering into three groups. These results show pattern of sub-groups within the RN populations in Alabama. A one-way ANOVA on female and male RN populations showed significant differences ($p{\leq}0.05$) among the variables. Multiple sequence alignment (MSA) of 18S rRNA sequences (421) showed lengths of 653 bp. Sites within the aligned sequences were conserved (53%), parsimony-informative (17%), singletons (28%), and indels (2%), respectively. Neighbor-Joining analysis showed intra and inter-nematodal variations within the populations as clone sequences from different nematodes irrespective of the sex of nematode isolate clustered together. Morphologically, the three groups (I, II and III) could not be distinctly associated with the molecular data from the 18S rRNA sequences. The three groups may be identified as being non-geographically contiguous.

• Mycobiology
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• 제28권1호
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• pp.11-16
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• 2000

The nucleotide sequences of the internal transcribed spacer (ITS) regions of the ribosomal DNA including the 5.8S ribosomal RNA gene (rDNA) have been determined for 11 species in order to analyze their intrageneric relationships. The total length of these sequences ranged from 530 nucleotides for Trichoderma reesei KCTC 1286 to 553 nucleotide for Trichoderma koningii IAM 12534. Generally speaking, the length of ITS1 region was about 30 nucleotides longer than that of the ITS2 region. Also, the sequences of 5.8S rDNA were more conserved in length and variation than those of ITS regions. Although the variable ITS sequences were often ambiguously aligned, the conserved sites were also found. Thus, a neighbor-joining tree was constructed using the full sequence data of the ITS regions and the 5.8S rDNA. The Trichoderma genus used to be grouped on the basis of the morphological features and especially the shape of phialides needs to be reexamined. The phylogenetic tree displayed the presence of monophylogeny in the species of Trichoderma. Therefore, it was difficult to distinguish the intrageneric relationships in the Trichoderma genus.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제51권2호
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• pp.99-106
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• 2013

본 연구는 8주간의 사다리를 이용한 점진적 저항성 운동과 더불어 오디분말, 오디추출물, 누에분말의 섭취가 흰쥐의 골격근에서 androgen receptor(AR) mRNA와 myogenic regulatory factors(MRFs)의 발현에 효과가 있는지 확인하고자 하였다. 6주령의 Rat 50두를 분양받아 일주일간 순화기간을 거친 후 군간 체중을 고르게 분리하고 시료 투여 및 저항성 운동 여부에 따라 대조군, 운동군, 오디분말 운동군, 오디추출물 운동군, 누에분말 운동군으로 설정하였다. 시료 투여집단은 고형사료에 각각의 시료가 배합된 사료를 자유롭게 섭취하도록 하였다. 저항성 운동 방법은 1주일간 주당 3일, 1일 5회씩 부하 없이 맨몸 사다리 운동을 거친 후 7주간 주당 2일, 1일 10회씩 점진적인 과부하 하에서 실시하였다. 8주간 저항성 운동이 끝난 후 오른쪽 뒷다리에서 장무지굴근을 적출한 후 RNA 추출 및 cDNA를 합성하여 $-20^{\circ}C$에 보관 후 실험에 사용하였다. AR mRNA와 MRFs를 특이적으로 검출하도록 디자인된 시발체와 탐색자를 구입하여 housekeeping 유전자인 18s rRNA와 함께 Real Time PCR을 이용하여 증폭하였다. 18s rRNA를 이용하여 흰쥐의 장무지굴근에서 AR mRNA와 MRFs를 $2^{-{\Delta}{\Delta}Ct}$법을 통해 상대정량하여 골격근 내 발현 정도를 배수변화로 비교하였다. 실험 결과 사다리 운동과 시료 섭취는 흰쥐 골격근에서 AR mRNA의 발현을 유의하게 증가시키는 것으로 나타났다. 대조군과 비교하여 모든 저항성 운동 집단에서 통계적으로 유의한 차이를 보였으며 운동군에서 $4.04{\pm}1.12$, 오디분말 운동군에서 $5.23{\pm}0.56$, 오디추출물 운동군에서 $6.24{\pm}1.85$, 누에분말 운동군에서 $9.68{\pm}0.82$배를 나타내었다. 운동군과 비교하여 오디추출물 운동군과 누에분말 운동군에서 유의한 차이를 나타냈으며 오디분말 운동군의 경우 운동군과 비교하여 유의한 차이를 나타내지 않았지만 대조군과 비교하여 유의한 차이를 나타내었다. MyoD mRNA의 경우 대조군과 비교하여 운동군에서 $2.19{\pm}0.27$, 오디분말 운동군에서 $6.04{\pm}0.48$, 오디추출물 운동군에서 $4.32{\pm}1.59$, 누에분말 운동군에서 $8.11{\pm}0.57$배를 나타내었다. 운동군과 비교하여 모든 시료 섭취 집단에서 유의한 차이를 나타내었다. Myogenin mRNA의 경우 대조군과 비교하여 운동군에서 $2.70{\pm}0.57$, 오디분말 운동군에서 $4.11{\pm}0.42$, 오디추출물 운동군에서 $4.13{\pm}0.45$, 누에분말 운동군에서 $6.50{\pm}0.61$배를 나타내었다. 대조군과 비교하여 모든 저항성 운동군에서 유의한 차이를 나타냈으며 운동군과 비교하여 모든 시료 섭취 집단에서 유의한 차이를 나타내었다. 본 실험을 통해 오디와 누에의 섭취는 저항성 운동에 따른 수컷 흰쥐의 골격근에서 근육 관련 유전자인 AR mRNA와 MRFs의 발현에 긍정적인 영향을 미치며 추후 근육 증가를 목적으로 한 운동보조제 개발을 위한 기초 자료가 될 수 있을 것으로 판단된다.

• 생명과학회지
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• 제34권7호
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• pp.453-464
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• 2024

간장의 발효는 원재료인 메주와 천일염에서 천이된 미생물 군집에 큰 영향을 받는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 간장의 발효 고도화를 위하여 메주의 크기 변화가 간장의 미생물 군집에서 분포 변화와 분포 상관관계에 대하여 미치는 영향을 조사하였다. 메주를 전체, 삼등분하여 간장을 제조하였으며, 28일간 발효를 진행하면서 7일 간격으로 간장 시료를 수집하여 16S rRNA 유전자 기반의 미생물 군집 분석을 진행하였다. 속 수준에서 발효가 진행되면서 메주를 전체 사용하여 제조한 간장은 Chromohalobacter (7일), Pediococcus (14일), Bacillus (21일), Pediococcus (28일) 순으로, 메주를 삼등분하여 제조한 간장은 28일 연속으로 Pediococcus가 가장 우점하였다. 메주 크기를 달리한 간장들의 미생물 군집의 beta-diversity 분석 결과, 발효 7일 차와 14일 차에서 메주 크기를 달리하여 제조한 간장의 미생물 군집 분리가 유의미한 차이를 가진다고 보여주었으나 발효 21일 차와 28일 차에는 모든 실험구의 미생물 군집은 분리되지 않았다. 미생물 군집의 분리가 시각적으로 나타난 발효 7일 차와 14일 차에서 미생물 군집 차이를 부여하는 바이오마커를 조사하기 위해 선형 판별 효과 크기 분석을 수행하여 LDA size 별로 정렬하였으며, 발효 7일차에서는 Gammaproteobacteria, Firmicutes, Oceanospirillales, Halomonadaceae, Bacilli, Chromohalobacter 순으로 호염성 미생물군이, 발효 14일 차에서는 Pedioccoccus acidilactici, Lactobacillaceae, Pediococcus, Bacilli, Leuconostocaceae, Weissella 순으로 유산균군이 미생물 군집 차이를 나타내는 것으로 조사되었다. 또한 속과 종에 속하는 바이오마커 미생물군을 주요 미생물로 간주하여 상관관계를 분석한 결과, 메주 크기 별로 미생물군집 간 상관관계가 차이가 있으며, 이에 따라 메주 크기가 간장 내 미생물 간 상호작용에 영향을 미칠 수 있는 것을 확인하였다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제14권11호
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• pp.6601-6604
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• 2013

Aim: Associations between polymorphisms in miR-146aG>C, miR-196a2C>T and miR-499A>G and risk of HCC, and interaction with HBV infection in a Chinese population, were the target of the present research. Methods: The duplex polymerase-chain-reaction with confronting-two-pair primers (PCR-RFLP) was performed to determine the genotypes of the miR-146aG>C, miR-196a2C>T and miR-499A>G genotypes. Associations of polymorphisms with the risk of HCC were estimated by conditional logistic regression analysis. Results: Drinking, family history of cancer, HBsAg and HCV were risk factors for HCC. Multivariate regression analyses showed that subjects carrying the miR-196a2 CC genotype had significantly increased risk of HCC, with an adjusted OR (95% CI) of 2.18 (1.23-3.80). In addition, cases carrying the miR-196a2 C allele had a 1.64-fold increase in the risk for HCC (95%CI=1.03-2.49). The miR-196a2 CT and TT genotypes greatly significantly increased the risk of HCC in subjects with HBV infection, with adjusted ORs (95% CI) of 2.02 (1.12-3.68) and 2.69 (1.28-5.71), respectively. Conclusion: Our results demonstrate that miR-196a2 CC genotype and C allele have an important role in HCC risk in Chinese, especially in patients with HBV infection.

• 미생물학회지
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• 제45권2호
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• pp.148-154
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• 2009

퇴비화 과정은 유기성 폐기물을 비료와 같은 유용한 자원으로 전환하는 생물학적 과정이다. 본 연구에서는 음식 물 쓰레기를 2달 동안 퇴비화시켜 세균군집의 변화를 조사하였다. 온도의 변화를 기준으로 하여 퇴비화 과정은 1단계($2\sim55^{\circ}C$), 2단계($55\sim97^{\circ}C$), 3단계($50\sim89^{\circ}C$)로 나뉘었다. 각 단계별 총세균수는 1단계 $1.66\times10^{11}$ cell/g, 2단계 $0.29\times10^{11}$ cell/g, 3단계 $0.28\times10^{11}$ cell/g으로 관찰되었다. 또한 총세균수에 대한 고온미생물의 비율은 초기에 33% 였으나 2단계 시료에서 최대비율인 89%로 증가하였다. 16S rRNA 유전자를 대상으로 T-RFLP 방법과 염기서열 분석방법을 이용하여 세균군집의 구조가 퇴비화 과정에 따라 변화됨을 확인할 수 있었다. 초고온인 2단계의 세균군집의 발달은 스타터 접종의 영향을 받았으며, Bacillus 및 Pseudomonas와 유연관계가 가까운 세균군집이 퇴비화 과정을 이끄는 주요 미생물임을 확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제25권2호
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• pp.180-188
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• 2015

김치로부터 분리한 L. sp. KD 28은 펩타이드성 항균물질인 박테리오신을 생산하였다. 이 박테리오신은 ${\alpha}$-chymotrypsin, proteinase K, lipase, ${\alpha}$-amylase, carboxypeptidase A 효소에 대해서 매우 민감한 반응을 보였다. 낮은 pH 2.0에서 약 염기성의 pH 8.0까지는 항균활성을 온전히 유지하였으나 pH 8.0 이상에서는 항균활성이 감소하기 시작하여 pH 12.0에서는 25%로 감소하였다. L. sp. KD 28는 16S rRNA 분자계통학적 분석을 한 결과 L. lactis와 99% 상동성을 보였다. 또한 김치에서 분리한 L. sp. KD 28이 생산하는 박테리오신은 acetonitrile, isopropanol, methanol, chloroform 및 acetone 등의 유기용매 최종 농도 50%에서 항균활성은 영향을 받지 않았다. 열 안정성의 경우 $80^{\circ}C$까지 한 시간의 열처리에 안정하였으나 $100^{\circ}C$에서는 20분 이상의 열처리에 의해 항균활성이 감소하여 50분간 열처리할 경우 항균활성이 나타나지 않았다. 또한 이 박테리오신은 그람 음성보다는 양성 세균인 M. luteus IAM 1056, L. delbrueckii subsp. lactis KCTC 1058, E. faecium KCTC 3095, B. cereus KCTC 1013, B. subtilis KCTC 1023, S. aureus subsp. aureus KCTC 1916, B. megaterium KCTC 1098, B. sphaericus KCTC 1184 및 L. ivanovii subsp, ivanovii KCTC 3444 등에 대해서 항균활성을 보였다. 박테리오신을 SP-Sepharose 이온교환크로마토그래피로 부분 정제한 후 RP-HPLC 를 통해서 최종적으로 정제하여 tricine-SDS-PAGE를 통해 분자량을 확인한 결과 약 3.4 kDa로 나타났다.