2D-PAGE/MALDI-TOF는 프로-테옴 연구의 중요한 실험 기법중의 하나이다. 이는 단백질의 발현 분석을 위한 방법으로, 2D-PAGE 결과로 얻어진 영상 데이터의 분석에 대한 정확도가 단백질 발현에 대한 분석 결과의 질을 결정하는 중요한 요인으로 작용한다. 2D Electrophoresis에 의한 Gel Protein Database는 현재 많은 연구자들에 의해 생산되고 있으며, 대단히 많은 데이터들이 인터넷을 통하여 접근이 가능하다. 이러한 대량 정보의 Database 활용이 가능한 상황은 2D-PAGE에 의해 생산된 Gel Image의 상호 비교에 대한 요구를 도출하였다. 본 발표에서는 영상처리 및 형태인식 기술과 2D-PAGE 연구의 결합을 주제로 하여, 2D-PAGE Gel 영상 처리 및 비교에 관련되는 전처리 (preprocessing), spot detection, feature extraction, spot matching 및 image comparison 기술을 소개한다.
양수 내에 존재하는 총 단백질을 이차원 전기영동을 이용하여 분리 분석하였고, gradient gel을 이용하여 양수 내에 소량으로 존재하는 미세 단백질까지 분리하였다. 양수 내에는 고농도로 존재하는 단백질이 있는데 이것이 serum albumin precursor임을 확인하였고, 8-18% gradient gel의 이용으로 분해능(resolution)이 향상되어 미세 단백질을 분리 분석할 수 있었다. 이차원 전기영동 후 MALDI-TOF를 이용하여 단백질을 identification하여 기존의 양수 protein database에 존재하는 단백질을 확인하였고, 존재하지 않는 새로운 단백질을 분리 분석하였다.
본 논문은 CFB(Cipher Feedback) 모드에 기반한 2 차원 페이지 데이터의 광학적 암호화 응용 시스템을 제안한다. 광학적으로 구현된 CFB 암호화 시스템은 2 차원 페이지 데이터 암호화를 위해 자유공간 광 연결 이중 인코딩 기법을 이용한다. 또한, 제안된 방법은 기존의 1 차원 암호화키를 처리하는 CFB 방식보다 2 차원 페이지 단위로 배열된 매우 큰 암호화키를 제공하기 때문에 암호강도가 한층 더 강화된 암호화 시스템을 구현한다. 제안한 CFB 알고리즘의 성능을 검증하기 위해 컴퓨터 시뮬레이션을 통하여 2 차원 페이지 데이터의 암호화 및 복호화 과정을 보여주고 오차 분석을 수행하였다. 시뮬레이션 결과, 제안한 CFB 방식은 기존의 1 차원 블록 방식보다 데이터 처리용량과 긴 암호화키를 가지는 강력한 광학적 페이지 암호화 시스템을 가능하게 한다.
환경오염원으로서 페녹시계 제초제인 ,2,4-D(2,4-dichlorophenoxyacetic acid)에 노출된 토양으로부터 분리된 세균인 Burkholderia cepacia YK-2에서 2,4-D에 의한 스트레스 충격 단백질의 생성을 조사하였다. 활발하게 생장을 하고 있는 B. cepacia YK-2의 배양은 다양한 농도의 2,4-D에 노출되어 스트레스 충격단백질을 생성하였다. 이 반응은 43kDa의 DnaK와 41kDa의 GroEL 단백질의 생성을 수반하였으며, 이 단백질들은 anti-DnaK 단일 항체와 anti-GroEL 단일 항체를 사용한 SDS-PAGE과 Western blot을 통하여 확인되었다. 생성된 총 스트레스 충격 단백질은 2-D PAGE 에 의하여 분석되었다. 다양한 2,4-D농도와 노출 시간에 따른 B. cepacia YK-2의 생존율을 분석한 결과, 이 세균의 생존율은 스트레스 충격 단백질의 생성과 비례하였다.
The highly polymorphic variable number of tandem repeat (VNTR) loci in the human genome are informative markers for the genetic characterization of individuals in the paternity test and forensic science as well as for the study of human disease. In this study, VNTR loci D1S80 and D2S123 have been amplified by PCR and the amplified length polymorphic alleles were detected with a discontinuous vertical PAGE system and silver staining. For explicit DNA typing, PCR optimization, in which amplification efficiencies are similar over a wide range of allele sizes, non-specific amplifications are minimal, and new longer alleles have high amplification efficiency, has been performed by changing the PCR reaction buffer composition and thermal cycling conditions. It turned out that adding an appropriate amount of Tween 20 and NP40 to the PCR reaction buffer and raising the annealing temperature to $68^{\circ}C$ in thermal cycling made it possible for optimal VNTR loci amplification. A modified PAGE system for VNTR separation was established. Under these conditions, new longer alleles in the 01580 locus were discovered and 025123 pattern changes in colorectal tumors were observed. These technical tips are valuable for detecting various amplified fragment length polymorphisms.
In spite of the powerfulness for the simultaneous study of proteome expression and post-translational modification, 2-D PAGE has inevitable limitation on detect low aboundant proteins. Since many of the low abundant proteins are likely to have very important regulatiory functions in cells, separation and analysis of low copy number proteins is an important issue in proteome studies and challenge for 2-D techniques. Among various methods developed to detect low abundant proteins, electrophoretic protein prefractionation, chromatographic protein prefractionation, and subcellular fractionation are explained in this paper. Their practical strengths and weaknesses are also explained with current research trends.
F. napiforme, F. beomiforme and F. nygamai could not be classified in any of the existing sections of the genus Fusarium. To discuss of the exact taxonomic relationships among these species, the cellular polypeptide patterns were compared by using 2-D PAGE. Polypeptide pattern of F. beomiforme was different from those of other two species and was more similar to F. oxysporum in section Elegans. F. nygamai and F. napiforme might be another same section which would lie between section Liseola and section Elegans. The results were consistent with the comparison of isoenzyme patterns in these species.
웹 2.0의 확산과 함께 기존의 페이지 간 이동 대신 하나의 페이지에서 여러 개의 웹서비스를 인터페이스하는 웹페이지가 많이 사용되고 있다. 이러한 클라이언트 페이지를 매시업 클라이언트라고 부르는데, 이들은 복잡하고 다양한 기능을 지원하는 제어부를 포함한다. 본 논문에서는 이동 제어의 모델 기반의 코드 생성 방법을 제시한다. 먼저 REST 서비스 패턴을 클라이언트 페이지의 뷰와 뷰 이동에 적용하는 방법을 제안하고, 각 뷰로부터 서비스 메소드 호출이나 뷰 이동이 가능한 타입 조건을 제시한다. 또한 제안된 방법을 적용하여 XForms 페이지의 코드를 자동생성하는 프로토타입 시스템을 개발하였다. 이동 설계 방법을 적용한 매시업 클라이언트 페이지 생성 시스템을 구현하였다. 개발된 자동 생성 시스템은 개발자의 관여 없이 이동 제어 기능을 포함한 클라이언트 페이지의 코드를 생성하며, 체계적인 모델과 이동 패턴에 기반하여 생성된 결과 코드가 이해하기 쉽고 간단하다. 또한 사용자가 필요한 컨트롤만을 포함하여 서비스의 개수가 많아지는 경우에도 적용할 수 있다.
This thesis focuses on the 3D interface tab page type and mode of screen that affect the usability of the small screen devices such as smartphone. The experiments examined eight 3D UI designs, combinations of two modes (Portrait, Landscape) of screen, and four types (Vertical data mountain, Horizontal data mountain, Vertical carousel, Horizontal carousel). Twenty-six participants participated in the experiment. The completion time, preference and fun score were measured. The results showed that the vertical data mountain type provide the best performance in terms of the all conditions. The results of this study suggest a practical approach for the 3D UI tab page design for the small screen devices.
Granule bound starch synthase (GBSS), also known as the '"waxy protein'", is responsible for the synthesis of amylose in the amyloplasts of cereal crops. In hexaploid wheat (Triticum aestivum L.), GBSS is involved in amylose synthesis and rolls as an important factor to determine flour quality and end-use quality in food products. Genes on three Wx loci have been found to encode GBSS in common wheats. We developed techniques for the purification and separation of GBSS in wheat. Three major GBSS isoforms, which were encoded by the genes on three loci, Wx-A1, Wx-B1, and Wx-D1 migrating differently by one dimensional SDS-po-lyacrylamide gel electrophoresis (1D SDS-PAGE), were identified. GBSS from 66 Korean hard and soft winter wheats were purified and determined for their Wx loci and four of them were identified possessing a null allele either at the Wx-A1 and Wx-B1 loci. With help of identification of three GBSS isoforms using 1D SDS-PAGE system, we are able to identify and monitor Wx gene expressions in breeding materials for developing waxy or partial waxy wheats without experiencing consecutive selecting generations.cting generations.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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