• 한국토양비료학회지
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• 제44권1호
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• pp.127-145
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• 2011

Various environmental ecosystems are valuable sources for microbial ecology studies, and their analyses using recently developed molecular ecological approaches have drawn significant attention within the scientific community. Changes in the microbial community structures due to various anthropogenic activities can be evaluated by various culture-independent methods e.g. ARISA, DGGE, SSCP, T-RFLP, clone library, pyrosequencing, etc. Direct amplification of total community DNA and amplification of most conserved region (16S rRNA) are common initial steps, followed by either fingerprinting or sequencing analysis. Fingerprinting methods are relatively quicker than sequencing analysis in evaluating the changes in the microbial community. Being an efficient, sensitive and time- and cost effective method, T-RFLP is regularly used by many researchers to access the microbial diversity. Among various fingerprinting methods T-RFLP became an important tool in studying the microbial community structure because of its sensitivity and reproducibility. In this present review, we will discuss the important developments in T-RFLP methodology to distinguish the total microbial diversity and community composition in the various ecosystems.

• Food Science and Biotechnology
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• 제17권4호
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• pp.892-894
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• 2008

During dongchimi fermentation at 5 and $25^{\circ}C$, the pH lowered slowly and reached 4.03 at $5^{\circ}C$ after 30 days, whereas it lowered dramatically and reached 3.59 at $25^{\circ}C$ after 2 days. The predominant bacteria were Leuconostoc (Leu.) mesenteroides at $25^{\circ}C$ until day 2 which changed into Lactobacillus (Lb.) plantarum at day 3, analyzed by a culture dependent method with partial 16S rRNA gene sequencing, whereas Leu. mesenteroides occupied predominantly at $5^{\circ}C$ until day 7. In a culture-independent method using a polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) with partial 16S rRNA gene sequencing, Lb. algidus was predominant at $5^{\circ}C$ until day 7 and Lb. plantarum occupied predominantly at $25^{\circ}C$ until day 3, which is different from the results of the culture based method, indicating the both methods need to be combined for accuracy. Based on the culture-dependent method, Leu. mesenteroides might be responsible for the early and mid-phase of dongchimi fermentation.

• Journal of Dairy Science and Biotechnology
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• 제41권4호
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• pp.211-218
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• 2023

This study aimed to identify lactic acid bacteria isolated from eight fermented milk products in Iran. We enumerated Lactobacillus species using De Man-Rogosa-Sharpe (MRS)-maltose and MRS agar with pH adjusted to 5.2, as well as assessment at 37℃ for 48 hr, studied Streptococcus spp. using M17 agar at 43℃ for 24 hr, and assessed Bifidobacterium species using nalidixic acid, paromomycin sulfate, neomycin sulfate, and lithium chloride (BL-NPNL) agar at 37℃ for 48 hr. The total viable Streptococcus spp. cell in fermented milk varied at 4.73-8.83 log CFU/mL. However, Bifidobacterium spp. were not detected in any of the tested samples. Lactobacilli were not detected in four of the eight samples, and viable Lactobacilli cells in the remaining four samples ranged 2.48-3.85 log CFU/mL. The pH of the tested samples ranged 3.53-4.19, and soluble solids (Brix measurement) ranged 7.5%-17.9%. A total of 130 isolates of gram-positive catalase-positive bacteria were characterized at the species level using 16S rRNA sequencing. Sequence analysis identified six species: Streptococcus thermophilus, Lactobacillus delbrueckii subsp. sunkii, Lactobacillus delbrueckii subsp. indicus, Lactiplantibacillus plantarum, Lacticaseibacillus rhamnosus, and Levilactobacillus brevis.

• KSBB Journal
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• 제23권3호
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• pp.251-256
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• 2008

이 연구의 목적은 자연 천연한 청국장에서 분비되는 혈전용해효소를 생산하는 Bacillus Iicheniformis HK-12의 혈전용해활성과 특성을 조사하기 위하여 실시한 것이다. 먼저 균주 HK-12의 생리생화학적 특성에 대하여 조사하였다. BIOLOG GP2 MicroPlate system과 16S rRNA 염기서열 분석을 통하여 균주를 동정하였고, 그 결과 Bacillus licheniformis로 확인되었고, B. licheniformis HK-12로 명명하였으며, 이 균주는 GenBank에 [Eu288193]로 등재하였다. 16S rRNA 염기서열 분석에 근거하여, B. licheniformis HK-12의 계통수를 작성하였다. B. licheniformis HK-12의 배양기간동안 세균의 생장, 혈전용해활성, pH의 변화를 모니터링하였다. 36시간배양 후, 배양의 최대 혈전용해활성은 대조군으로서 플라스민과 비교하여 약 2.25배로 나타났다. 혈전용해활성과 관련하여, B. licheniformis HK-12의 생장에서 최적 pH와 온도는 각각 초기 pH 7.0과 40$^{\circ}C$로 나타났다.

• Ocean and Polar Research
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• 제32권3호
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• pp.309-319
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• 2010

To assess community structure and diversity of archaea, a clone sequencing analysis based on an archaeal 16S rRNA gene was conducted at three sediment depths of the continental slope and Ulleung Basin in the East Sea. A total of 311 and 342 clones were sequenced at the slope and basin sites, respectively. Marine Group I, which is known as the ammonia oxidizers, appeared to predominate in the surface sediment of both sites (97.3% at slope, 88.5% at basin). In the anoxic subsurface sediment of the slope and basin, the predominant archaeal group differed noticeably. Marine Benthic Group B dominated in the subsurface sediment of the slope. Marine Benthic Group D and Miscellaneous Crenarchaeotal Group were the second largest archaeal group at 8-9 cm and 18-19 cm depth, respectively. Marine Benthic Group C of Crenarchaeota occupied the highest proportion by accounting for more than 60% of total clones in the subsurface sediments of the basin site. While archaeal groups that use metal oxide as an electron acceptor were relatively more abundant at the basin sites with manganese (Mn) oxide-enriched surface sediment, archaeal groups related to the sulfur cycle were more abundant in the sulfidogenic sediments of the slope. Overall results indicate that archaeal communities in the Ulleung Basin show clear spatial variation with depth and sites according to geochemical properties the sediment. Archaeal communities also seem to play a significant role in the biogeochemical carbon (C), nitrogen (N), sulfur (S), and metal cycles at each site.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제18권1호
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• pp.141-147
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• 2017

본 연구에서는 클로닝과 생어 염기서열 분석으로 획득된 16S rRNA 유전자 염기서열을 메타분석하여 반려견 분변 박테리아를 조사하였다. 이러한 메타분석을 위해서 RDP 데이터베이스(Release 11, Update 3)에 등록되어 있는 반려견 분변 박테리아 유래 16S rRNA 유전자 염기서열 검색하여 획득하였다. RDP 데이터베이스에서 총 420개의 반려견 분변 박테리아 유래 16S rRNA 유전자 염기서열이 확인되었고, 그 중에서 42개 유전자 염기서열이 배양가능한 박테리아에서 유래한 것으로 확인되었다. 이러한 420개의 유전자 염기서열은 박테리아 분류학상의 '문'(phylum)에서 총 5개(Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Fusobacteria, Proteobacteria)로 분류되었다. 그 중에서 Firmicutes가 가장 우점하는 '문'이었고, 총 420개 유전자 중에서 55.2%를 차지하였다. Bacteroidetes는 32.1%로 두 번째로 우점하는 '문'이였고, 다음으로 Actinobacteria(6.4%), Fusobacteria(3.8%), Proteobacteria(2.4%)가 우점하였다. 박테리아 분류학상의 '속'(genus)에서는 Bacteroidetes의 하위 단계인 Bacteroides가 가장 우점하였고 총 420개 유전자 중에서 30.0%를 차지하였다. 반면에 Firmicutes의 하위 단계인 Clostridium XI는 두 번째로 우점하는 '속'으로 총 420개 유전자 중에서 27.4%를 차지하였다. 추정상의 '종'(species)인 Operational taxonomic units의 수는 82개로 확인되었다. 본 연구의 결과는 반려견 분변 내 미생물 다양성을 이해하는데 도움을 줄 수 있을 것이고, 향후 반려견의 건강과 웰빙에 관한 연구에 활용될 수 있을 것이다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제77권5호
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• pp.227-229
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• 2014

Segniliparus species is a novel genus that is reported to be the new emerging respiratory pathogens. Here, we report a very rare case of S. rugosus pulmonary infection in an immunocompetent patient with non-cystic fibrosis. The organism was identified by 16S rRNA gene sequencing. The patient was successfully treated with antibiotics.

• 환경생물
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• 제41권3호
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• pp.215-222
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• 2023

In 2022, research for native prokaryotic species in Korea reported 10 unrecorded bacterial strains affiliated to phyla Actinomycetota, Bacillota, and Pseudomonadota. The strains formed monophyletic clades with the most closely related species (with ≥98.7% sequence similarity) in the 16S rRNA gene sequencing. Among them, four species of the phylum Actinomycetota, two species of the phylum Bacillota, and four species of the phylum Pseudomonadota have not been reported in Korea, suggesting unrecorded species in Korea. Information on strains such as Gram staining reaction, colony and cell morphology, biochemical characteristics, and isolation sources were provided in the species description.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제30권3호
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• pp.281-288
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• 2015

Vibrio 속에 속한 세균에 의한 식중독은 오염된 해산물 식품의 섭취로 인하여 빈번하게 발생하고 있다. 그러므로 해산물을 날것으로 섭취하는 한국인의 특성을 고려할 때, 빠르고 정확한 Vibrio 검출기술은 식품위생 및 공중보건의 측면에서 매우 중요하다. 이와 관련하여 본 연구에서는 전통적인 배지를 이용한 동정방법의 단점을 보완할 수 있는 생화학적 방법인 Vitek 2 system방법과 분자생물학적 방법인 species-specific PCR 방법을 사용하여 얻은 동정결과를 비교 평가하고자 하였다. 본 연구에서는 5개의 Vibrio 표준균주와 16S rRNA gene sequencing 결과에 의하여 Vibrio 속으로 확인된 24개의 분리균주가 이용되었다. Vitek 2 system방법을 이용한 경우, 이와 같이 본 연구에 사용된 29개 균주 중 Vibrio 표준균주 2개(2/5, 40%), 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 15개(15/24, 62.5%) 등의 총 17개 균주(17/29, 58.6%)가 Vibrio 종으로 동정되었다. 그리고 species-specific PCR방법을 이용한 경우, 위의 29개 균주 중 Vibrio 표준균주 5개(5/5, 100%), 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 16개(16/24, 66.7%) 등의 총 21개 균주(21/29, 72.5%)가 Vibrio 종으로 동정되었다. Vitek 2 system방법과 species-specific PCR방법을 이용하여 동정된 결과를 비교하였을 때 표준균주 중 V. parahaemolyticus, V. mimicus 등의 2개(2/5, 40%), 새우분리균주 24개 중에서 16S rRNA gene sequencing 결과 Vibrio 속으로 확인된 분리균주 7개 (7/24, 29.2%) 등의 총 9개(9/29, 31%) 균주들에 대한 동정결과만이 일치하였다.

• 미생물학회지
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• 제36권3호
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• pp.173-180
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• 2000

부산의 가물치 양식장으로부터 분리된 A. veronii bv. sobria 와 A. caviae를 대상으 로 16S-23S rRNA Intergenic Spacer Region을 cloning 하여 염기서dufd을 분석하였다. A. veronii bv. sobria 는 4그룹의 band pattern이 형성되었고 A. caviae는 1그룹만이 존재하였 다. A. veronii bv. sobria 의 4그룹에 대한 band 수는 2~4개까지 다양하게 나타났으며. 479~481 bp (ISR-1), 513~524 bp (ISR-2), 537~539 bp (ISR-3) 의 염기서열을 밝혀냈다. A. caviae는 3개의 band가 형성되었고,470~480bp (ISR-1), 521~525bp (ISR-2),568~602 bp (ISR-4)의 염기서열을 가지고 있었다. 그리고 이들에 대한 tRNA를 분석한 결과 ISR-1은 tRNAIle(GAT), tRNAAla(TGC)를 가지고 있고 ISR-2,3,4는 tRNAGlu(TTC)를 가지고 있었 다. A. caviae는 ISR-4의 151~281 bp에서 A. veronii bv. sobria 가 가지고 있지 않은 보존 적인 염기서열을 가지고 있었다. 그 중 A. vaviae의 178~197 bp 염기서열을 primer로 design하여 PCR을 실시한 결과 A. caviae 균주에서만 종특이적으로 생성되는 450 bp 정도 의 밴들르 얻을수 있었다.