• 한국약용작물학회지
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• 제16권3호
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• pp.195-198
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• 2008

Karyotypic analysis and FISH (fluorescence in situ hybridization) with 45S and 5S rRNA genes were carried out in Persicaria tinctoria H Gross. The somatic metaphase chromosomes were ranged from 2.25 ${\mu}m$ to 1.50 ${\mu}m$ in length. Chromosome number was 2n = 4x = 40 with the basic number of x = 10. The chromosome complement of the species consisted of 16 pairs of metacentrics (chromososomes 1,2,3,4,6,7,8,9, 10, 11, 12, 13, 15, 18, 19 and 20) and 4 pairs of submetacentrics (chromosome 5, 14, 16 and 17). The karyotype formula was K(2n) = 4x = 32 m + 8 sm. In FISH analysis, three pairs of 45S rRNA gene loci on the terminal region of submetacentrics (chromosomes 5, 16 and 17) and two pairs of 5S rRNA gene loci on the centromeric region of metacentrics (chromosomes 9 and 11) were detected, respectively.

• 한국어병학회지
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• 제26권2호
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• pp.77-88
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• 2013

본 연구에서는 2012년 8월, 우리나라 울산 소재의 강도다리 양식장에서 뚜렷한 증상 없이 강도다리 폐사가 발생하여 그 원인을 밝히고자 하였다. 기생충, 세균, 바이러스 검사를 수행하였으며, 내부 장기에서 균이 순수 분리되어 해당 분리균주의 표현형 및 유전적 특성을 분석하였다. 순수 배양된 균체를 확인하여 계대 배양하여 생화학적 성상과 16S rRNA 유전자와 capsular polysaccharide (CPS) 유전자의 염기서열 분석 결과 Photobacterium damselae subsp. piscicida으로 동정되었다. Photobacterium damselae subsp. piscicida와 Photobacterium damselae subsp. damselae는 TCBS agar 배지의 균주 배양 유무, 16S rRNA 및 CPS 유전자 분석을 통해 구분할 수 있었다. 실험 균주는 ofloxacin과 gentamycin에 대해서 감수성을 나타냈으며, 배양 온도에 따른 발육시험 시 $18^{\circ}C$ 및 $25^{\circ}C$에서 시험한 다른 균주에 비해 유의적으로 높은 생장율을 나타내었다.

• 미생물학회지
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• 제39권3호
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• pp.192-196
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• 2003

다양한 유산균 자원을 확보하기 위한 일환으로, 동치미에서 유산균을 분리하였다. 동치미에서 분리된 균주는, 당이용성과 16S rRNA 유전자분석을 통하여,Lactobacillus plantarum HB1으로 밝혀졌다. 이 균주는 Gram 양성균이었으며, catalase를 갖고 있지 않았다. 16S rRNA유전자의 염기배열 120 bp을 분석해 본 결과,1～88 bp 영역에서는 기존의 것과 거의 100%의 상동성을 보여 주었고,나머지 32 bp의 영역에서는 상당한 변이를 보여 주었다. 따라서 본 균주는 기존의 L. plantarum과는 다른 균주임을 확인할 수 있었다. 동치미의 무에 포함되어 있는 질산염은 체내에서 아질산염으로 바뀐다. 아질산염은 아민과 반응을 일으켜 니트로사민이 되는데, 이 성분은 위암 발생을 일으키는 주요인자중의 하나이다. 동치미에서 분리된 본 균주의 배양액에 400 ${\mu}M$의 아질산염을 첨가한 경우 1시간30분 후에 거의 소거되었다. 아질산염 소거작용에 관여하는 본 균주 배양액 중의 특정성분의 분리, 소거작용 기작 등에 관한 보다 깊이 있는 연구가 앞으로 필요하다.

• 생명과학회지
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• 제24권4호
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• pp.361-369
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• 2014

16S rRNA gene PCR법은 환자 검체로부터 병원성 미생물을 검출 및 동정에 사용되어진다. 본 연구는 대량의 임상미생물 진단을 위해 bacterial 16S rRNA 부위 유전자 서열을 이용하여 광대한 범위와 높은 특이도를 가지는 primer을 포함한 PCR법을 개발하였다. 10개 표준 균주 16S rRNA 보존 부위의 유전자 서열을 기반으로 primer set를 구축하였다. 98명 환자 검체에서 임상 미생물을 분리하였다. 98개 균주는 phenotypic 방법을 이용하여 확인하고, 개발된 primer set와 universal primer set를 이용한 PCR법으로 확인하였다. 획득한 PCR 산물은 forward primer, reverse primer, 그리고 자동화 DNA 분석기를 이용하여 각 균주의 16S rRNA 유전자 서열을 분석 및 확인하였다. 본 연구에서 개발된 primer set와 universal primer set의 임상미생물 검출에 대한 효율성을 평가하였고, 또한 phenotypic 방법과 분자생물학적 방법을 비교했다. 분리된 98개 균주를 대상으로 개발된 primer set로 16S rRNA PCR을 진행하여 778 bp 크기의 단일밴드로 증폭 되었음을 확인했다. 총 98개중 94개 균주(95.9%)는 phenotypic 결과와 동일함을 확인했다. 새로 개발된 primer set를 이용한 결과는 universal primer set를 이용한 98개 균주(100%)의 결과와 동일함을 확인하였다. 개발된 16S rRNA gene PCR법은 임상미생물 검출 및 동정에서 신속성, 정확성, 그리고 검사 비용 절감의 장점을 가진다. 개발된 primer set는 병원성 미생물 동정에서 효율성을 확인했다.

• 미생물학회지
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• 제54권1호
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• pp.81-83
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• 2018

Neisseria 속 균주 KEM232는 사람 평활면 치아우식 부위로부터 분리하였다. 균주 KEM232의 유전체는 G + C 비율이 58.5%, 2,369개의 유전자와 2,210개의 단백질 코딩 유전자, 108개의 위유전자, 51개의 RNA 유전자 그리고 한 개의 CRISPR array를 포함한 단일 원형 염색체로 구성되었으며 그 크기는 2,371,912 bp였다. 균주 KEM232의 최 근연종은 Neisseria baciliformis 로서 두 균주 사이의 16S rRNA 유전자 염기서열의 유사도는 96.8% 그리고 유전체의 평균 염기 동일성은 84%였다.

• 식물병연구
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• 제17권3호
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• pp.265-271
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• 2011

우리나라에서 화훼류에 7종류의 파이토플라스마병이 발생하였다. 국화의 Ph-ch1과 Ph-ch2, 나리의 Ph-lily, 페튜니아의 petunia flat stem(PFS-K), 포인세티아의 poinsettia branch inducing(PoiBI-K), 스타티스의 statis witches' broom (SWB-K)과 아잘레아의 azalea witches broom(AWB) 등이다. 16S rRNA 유전자 염기서열을 기본으로 화훼류 파이토플라스마를 분류한 결과 우리나라에는 aster yellow(AY), stolbur와 X-disease 순으로 많이 발생하였다. 파이토플라스마의 특징적인 병징 가운데 하나인 대화증상은 단자엽 식물인 나리와 페튜니아, 포인세티아와 같은 쌍자엽식물에서 모두 발생하였다. 또한 대화증상은 stolbur 그룹의 Ph-lily, AY 그룹의 petunia PFS-K와 X-disease의 포인세티아 PoiBI-K에서 모두 나타났다. 이 결과는 16S rRNA 유전자 염기서열에 기초를 둔 파이토플라스마 분류와 증상과는 일관성있게 일치하지 않는다는 것을 알 수 있다. 우리나라 화훼류에서 발생한 7종의 파이토플라스마를 대추나무빗자루, 오동나무빗자루, 묏대추나무빗자루, 뽕나무 오갈 및 모감주나무파이토플라스마 등 5종의 수목 파이 토플라스마와 16S rRNA 유전자의 염기서열을 비교한 결과 88.5-99.9%의 매우 높은 상동성을 나타내었다. 특히 뽕나무오갈병 파이토플라스마는 PoiBI-K를 제외한 6종의 화훼류 파이토플라스마와 96.3-99.9% 가장 높은 상동성을 나타내었다. 이 결과로 우리나라 화훼류에 발생한 파이토플라스마병은 매개충을 통하여 수목으로부터 전염되었을 것으로 추정되었다.

• 미생물학회지
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• 제51권2호
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• pp.148-155
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• 2015

세균 16S rRNA 유전자 특이 프라이머를 기초로 하여 중합 효소연쇄반응을 이용하여 Pleurotus eryngii (큰느타리 버섯)의 내부에 존재하는 세균의 다양성을 조사하였다. 세균 16S rRNA의 라이브러리는 버섯 갓(BC, body cap)와 줄기(BS, body stipe)로 구성하였다. BC 20 클론은 네 그룹으로 구별되었고 가장 큰 그룹은 Firmicutes (클론의 40%) 있었다. 그러나, BS 20 클론은 여섯 그룹으로 나뉘어졌고 가장 큰 그룹은 Actinobacteria (클론의 40%) 있었다. 전체 버섯 내에 존재하는 세균 그룹은 그람양성 세균(62.5%) 있었다.

• 한국수산과학회지
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• 제33권2호
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• pp.103-109
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• 2000

열목어를 비롯한 산천어, 시마연어, 연어, 무지개송어 등 우리나라 연어아과 어류의 집단구조분석을 위한 기초자료를 얻기 위하여, 미토콘드리아 ribosomal RMA 유전자 영역의 염기서열변이를 비교${\cdot}$분석하였다. 미토콘드리아 DNA의 125 rRNA(945 bases, 열목어 의 경우 946 bases), Valine transfer RNA (72 bases), 및 16S rRNA(1513 bases) 등 3개의 유전자 영역에 걸쳐, 최대 2531 bases의 염기서열을 PCR/direct sequencing하여 얻었는데, 모든 염기변이중 전이가 월등히 우세하게 나타났으며, 종내${\cdot}$종간변이율은 모두 $0.5{\%}$이하로 낮게 나타나, 다른 영역에 비해 rRNA 유전자 영역에서의 염기서열이 매우 보존적임을 보여주었다. 또한, 미토콘드리아 rRNA 유전자 염기서열은 연어류의 속 (genus)단계 이상에서 집단분류표지인자로 유용하게 쓰일 수 있으리라 사료되어진다. 미토콘드리아 rRNA 염기서열자료를 기초로 구성된 phylogenetic tree를 통해 이들 종간의 진화적인 유연관계를 살펴본 결과, 시마연어가 무지개송어보다는 연어와 더 근연인 것으로 나타났으며, 열목어는 가장 유연이 먼 종임을 확인할 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제55권3호
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• pp.220-225
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• 2019

최근 10년간 미생물생태분석 기반의 연구는 차세대염기서열분석법이 개발된 이래로 지속적으로 증가하고 있다. 장내미생물생태와 건강의 연관성은 미생물 생태학 분야에 있어서 중요한 결과로 여겨지고 있다. 미생물 군집 분석은 주로 16S rRNA 유전자 가변 영역의 염기서열을 통해 분석되지만 이는 미생물의 활성 정보를 제공하지 않는다. 본 연구에서는 cDNA 기반의 미생물 생태분석을 수행하고 DNA 및 cDNA기반의 미생물생태분석 결과를 비교하였다. 두 가지의 서로 다른 접근법이 Butyrate producer와 probiotics와 같이 장내 대사과정에서 중요한 미생물의 abundance 뿐만 아니라 비만 지표로 알려진 Firmicutes 와 Bacteroidetes의 비율에 있어서 차이가 있음을 나타내었다. 따라서, cDNA 기반 미생물 군집은 이전에 수행된 DNA 기반 미생물 군집 분석과 비교하여 장내미생물생태의 역할과 관련된 또 다른 분석 방향성을 제공한다.

• 한국치위생학회지
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• 제13권5호
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• pp.889-900
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• 2013

Objectives : Molecular biology techniques were employed to assess diversity of bacterial in children's dental caries. Methods : DNA of germs was extracted and the diversity of the 16S rRNA clones was analyzed by amplified rDNA restriction analysis and sequencing. The experimental samples were pit and fissure caries (PC), deep dentinal caries (DC), smooth surface caries (SC), and supragingival plaque (PQ) from 50 children of age less than 12 years old. The control group was healthy teeth supragingival plaque (HT). Thirty clones from each 16S rRNA clone library of 5 samples were randomly selected, thus a total of 150 clones were analyzed. Results : Amplified rDNA restriction analysis uncovered 18, 20, 11, 17, and 22 phylotypes from healthy teeth, pit and fissure caries, deep dentinal caries, smooth surface caries, and supragingival plaque, respectively. Sequencing analysis found the dominance of Actinomycs naeslundii and Fusobacterium nucleatum in the healthy teeth; Leptotrichia sp. in the pit and fissure caries; Actinomyces sp., Streptococcus mutans, and Rahnella aquatilis in the deep dentinal caries; Streptococcus mutans and Actinomyces sp. in the smooth surface caries; Enterobacter hormaechei and Streptococcus sanguinis in the supragingival plaque. Conclusions : Clonal analysis identified 6 phyla, 20 genera, and 51 species.