• Journal of Species Research
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• 제10권3호
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• pp.227-236
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• 2021

To obtain unrecorded freshwater bacterial species in Korea, water and sediment samples were collected from streams, lakes, and wetland of the Han River watershed in 2020. Approximately 800 bacterial strains were isolated on R2A agar after aerobic or anaerobic incubation, and identified using 16S rRNA gene sequences. A total of 28 strains, with ≥98.7% 16S rRNA gene sequence similarity with validly published bacterial species but not reported in Korea, were determined to be unrecorded bacterial species in Korea. The unrecorded bacterial strains were phylogenetically diverse and belonged to four phyla, eight classes, 13 orders, 19 families, and 25 genera. The unreported species were assigned to Acetobacter, Alsobacter, Mesorhizobium, Prosthecomicrobium, and Microvirga of the class Alphaproteobacteria; Vogesella, Formosimonas, Aquincola, Massilia, Acidovorax, and Brachymonas of the class Betaproteobacteria; Pseudoxanthomonas, Thermomonas, Lysobacter, Enterobacter, Kosakonia, and Acinetobacter of the class Gammaproteobacteria; Sulfuricurvum of the class Epsilonproteobacteria; Mycolicibacterium, Agromyces, Phycicoccus, and Microbacterium of the class Actinobacteria; Paenibacillus of the class Bacilli; Clostridium of the class Clostridia; and Flavobacterium of the class Flavobacteriia. The details of the unreported species, including Gram reaction, colony and cell morphology, biochemical characteristics, and phylogenetic position are also provided in the description of the strains.

• 한국양식학회:학술대회논문집
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• 한국양식학회 2004년도 수산관련학회 공동학술대회 발표요지집
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• pp.240-241
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• 2004

• 미생물학회지
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• 제33권4호
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• pp.257-261
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• 1997

겨울철 소양호에서 세균 군집 구조를 파악하고자 총세균수와 EUB338, ALF1b, BET4a, GAM42a와 CF probe 등 fluorescent rRNA targeted oligonucleotide probe 와 반응하는 세균 개체수를 수심별로 측정하였다. 총세균수는 $0.7{\times}10^6{\sim}1.1{\times}10^6cell{\cdot}ml^{-1}$이였으며, 5 m와 10 m 수층에서 높게 나타났다. 총세균수에 대한 Eubacteria의 비율은 34~90%이였으며, 5 m와 10 m에서 낮게 나타났다. Proteobacteria ${\alpha}$-group은 Eubacteria의 10.8-28.7%, ${\beta}$-group은 4.5-53.5%, ${\gamma}$-group은 4.9-35.5%, 그리고 Cytophaga-Flavobacterium group은 6.1-21.1%이였다. 0-5 m 수심에서는 ${\beta}$-group이 28.6-53.5%로 우점하고 있었으며, 10 m에서는 ${\gamma}$-group이 35.5%로 우점하였다. 30, 50 m 수심에서는 ${\alpha}$-group과 Cytophaga-Flavobacterium group이 우점하였다. 세균 군집 구조로 보면 0-2 m, 5-10 m 그리고 30-50 m의 3개층은 각각 독특한 특징을 나타내었다. 이 방법으로 호수 생태계에 대한 새로운 정보를 얻을 수 있었다.

• 미생물학회지
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• 제54권1호
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• pp.81-83
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• 2018

Neisseria 속 균주 KEM232는 사람 평활면 치아우식 부위로부터 분리하였다. 균주 KEM232의 유전체는 G + C 비율이 58.5%, 2,369개의 유전자와 2,210개의 단백질 코딩 유전자, 108개의 위유전자, 51개의 RNA 유전자 그리고 한 개의 CRISPR array를 포함한 단일 원형 염색체로 구성되었으며 그 크기는 2,371,912 bp였다. 균주 KEM232의 최 근연종은 Neisseria baciliformis 로서 두 균주 사이의 16S rRNA 유전자 염기서열의 유사도는 96.8% 그리고 유전체의 평균 염기 동일성은 84%였다.

• Journal of Species Research
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• 제7권2호
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• pp.151-160
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• 2018

Seven bacterial strains, 15J4M-1, 15J13-8, 16MFM10, 15J1-8, SR1-5-4, 15J13-6, and 15J8-11 assigned to the phylum Actinobacteria, Bacteroidetes, and Firmicutes were isolated from soil samples collected from Jeju, Korea. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequence revealed that strains 15J4M-1, 15J13-8, 16MFM10, 15J1-8, SR1-5-4, 15J13-6, and 15J8-11 were most closely related to Bacillus selenatarsenatis $SF-1^T$ (with 99.4% similarity), Brevibacterium luteolum $CF87^T$ (99.5%), Carnobacterium iners CCUG $62000^T$ (99.6%), Exiguobacterium profundum $10C^T$ (99.3%), Larkinella insperata LMG $22510^T$ (99.3%), Pseudokineococcus lusitanus CECT $7306^T$ (99.4%), and Spirosoma endophyticum $EX36^T$ (99.3%), respectively. This is the first report of these seven species in Korea.

• 미생물학회지
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• 제47권3호
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• pp.218-224
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• 2011

케피어그레인을 이용하여 제조한 요쿠르트로부터 젖산균 OA18을 분리하여 그 특성을 조사하였다. 분리된 균주는 그람양성, 구균이었으며, 혐기적 조건에서 이산화탄소를 생성하였다. 균주는 MRS 배지에서 $30-37^{\circ}C$ 온도 범위와 pH 7.0-9.0범위에서 잘 자랐으며, 성장을 위한 최적 온도와 pH는 각각 $37^{\circ}C$와 pH 7.0이었다. 분리된 젖산균은 리보오스, D-글루코오스, cellobiose, D-trehalose 등을 분해하여 산을 생성하였고, L-xylose, D-melibiose, inositol은 분해하지 못하였다. 16S rRNA gene 염기서열 분석을 통해 OA18 균주는 유전자은행(NCBI)에 등재되어 있는 Enterococcus faecalis (AB012212)의 염기서열과 99.8% 동질성이 있음을 확인하였다. 이와 같은 생화학적 특성과 염기서열 분석 결과를 토대로 분리된 균주를 Enterococcus faecalis OA18로 명명하였다. E. faecalis OA18균주는 오르니틴 생성능력과 Streptomyces coelicolor subsp. Flavus, S. coeruleorubidus, S. coeruleoaurantiacus, S. coelicolor, S. coeruleoprunus 대한 항균 활성을 보유하고 있었으며, 0-7% NaCl을 함유하는 MRS 배지에서 증식이 가능한 것으로 조사되었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제29권4호
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• pp.465-470
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• 2013

In January 2012, spreading type petunia cv. Wave Pink plants showing an abnormal growth habit of sprouting unusual multiple plantlets from the lateral buds were collected from a greenhouse in Gwacheon, Gyeonggi Province, Korea. The presence of phytoplasma was investigated using PCR with the primer pairs P1/P6, and R16F1/R1 for nested-PCR. In the nested PCR, 1,096 bp PCR products were obtained, and through sequencing 12 Pet-Stol isolates were identified. Comparison of the nucleotide sequences of 16S rRNA gene of the 12 Pet-Stol isolates with other phytoplasmas belonging to aster yellows or Stolbur showed that Pet-Stol isolates were members of Stolbur. The presence of phytoplasma in petunia was also confirmed by microscopic observation of the pathogens. In this study, Stolbur phytoplasma was identified from spreading type petunia cultivars by sequence analysis of 16S rRNA gene of phytoplasma and microscopic observation of phytoplasma bodies. This is the first report of Stolbur phytoplasma in commercial Petunia hybrida cultivars.

• 미생물학회지
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• 제40권4호
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• pp.307-312
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• 2004

폐수처리에 중요한 역할을 담당하고 있는 세균 군집의 다양성과 폐수종류에 따른 군집차이를 알아보기 위해 분자생물학적 분석방법을 사용하였다. 국내 폐수처리장 슬러지 시료로부터 16S rDNA 클론 라이브러리를 구축하였고, HaeIII RFLP pattern과 염기서열을 분석하였다. 하수처리장 시료에서는 총 1,151개의 클론에서 699개의 서로 다른 RFLP pattern이, 화학산업 폐수처리장 시료에서는 총 1,228개의 클론에서 300개의 서로 다른 RFLP pattern이 관찰되었다. Shannon-Weiner diversity index의 계산결과 하수처리장 슬러지 시료는 8.7,화학산업 폐수처리장 슬러지 시료는 6.1로 하수처리장시료가 더 다양한 군집을 구성하고 있었다. 두 시료에서 우점하는 RFLP pattern에 해당되는 40개의 클론을 선정하여 염기서열 분석과 상동성 검색을 수행하였다. 분석된 서열의 $70\%$인 28개의 클론은 배양이 보고되지 않은 균주의 16S rRNA와 유사도가 높았고, 두 시료 모두 ${\beta}-Proteobacteria$가 우점하였다. 그러나, 하수처리장의 경우 활성슬러지에서 분리된 균주들과 유사한 군집이 많았던 반면, 화학산업 페수처리장의 경우 고온이며, 혐기성이고,탄화수소나 황이 많이 존재하는 환경에서 분리된 균주들과 유사한 군집이 많았다. 이러한 결과는 유입수의 조성에 따른 차이로 생각된다.

• 한국토양비료학회지
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• 제33권4호
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• pp.266-274
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• 2000

토양과 작물근계의 유용미생물을 이용하여 작물생산성을 증대하고 병충해의 생물학적 방제를 위해서는 토양-근계의 미생물군집을 분석하고 그 기능을 밝히는 것이 전제가 되어야한다. 그러나 희석평판법으로는 극히 일부분만이 배양된다는 점을 고려할 때, 생존하지만 배양 불가능한 미생물의 군집 분석도 반드시 병행할 필요가 있다. 따라서 본 연구에서는, 고추재배지의 토양, 근권토양, 근면의 세균군집 구조해석을 위해서, 배양을 거치지 않고 각 시료로부터 직접 DNA를 추출하여 PCR증폭, 16S rDNA cloning, sequencing, 계통 해석을 행했다. 그 결과, 토양중에는 근권세균보다 미지의 동정이 되지 않는 세균이 우점하고 있었다. 27 clones 중에서 16 clones이 그램음성세균의 대표격인 Proteobacteria였으며, 방선균 등이 속해있는 고(高) G+C 그램양성세균군은 1 clone이 검출되었다. 그 외는 CFB 군이 2 clones, Verrucomicrobia가 1 clone이었고, Nitrospira가 1 clone이었으며 4 clones은 어느 군에도 속하지 않았다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제32권2호
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• pp.195-198
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• 2004

Molec-ular analysis was performed on the microflora found In the necrotic pulpal tissue collected from 5 infected root canals that were diagnosed as a periapical abscess. 16S rRNA coding gene (rDNA) library construction and sequencing were performed in order to identify the microflora, The 16S rDNA sequences from 278 clones were identified by a comparison with the database sequence in GenBank. Three phylum and 31 species, which were related to the oral microflora, were identified from the 3 samples (No. 87, 105, and 115). Dialister invisus (5.6％), Peptostreptococcus micron (18.3％), and Veillonella sp. (3.3％) were the organism present in all tee samples. Lac-tobacillusfementum (2.8％),Eubacterumsp./E. infirmum (6.7％), Shuttleworthiasatelles (3.9％), Psudorarnihacfer alactoiyticus (13.3％), Bulleidia moorei (2.8％), and Prevotella denticola (1.1％) were found in two samples. Two phylum and low species of environmental microflora were identified from 2 samples (No.95 and 101). The reason for this might be contamination of the samples with dental water. These results showed that molecular analysis could reveal more diverse microflora that are associated with endodontic infections than that revealed by conventional cultural methods. In addition, these results may of for the basic data to epidemiological studies related with endodontic infection.