• 제목/요약/키워드: 한국산 마커

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차세대 염기서열 분석을 이용한 굴참나무(Quercus variabilis)의 microsatellite 마커 개발 및 특성 분석 (Identification and Characterization of Polymorphic Microsatellite Loci using Next Generation Sequencing in Quercus variabilis)

  • 백승훈;이제완;홍경낙;이석우;안지영;이민우
    • 한국산림과학회지
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    • 제105권2호
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    • pp.186-192
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    • 2016
  • 본 연구는 차세대 염기서열 분석방법을 이용하여 굴참나무의 microsatellite 마커를 개발하고 특성을 분석하기 위해 수행되었다. GS-FLX Titanium 차세대 염기서열 분석 장비를 이용하여 305,771개의 read를 얻었고, 117 Mbp의 데이터를 생산하였다. De novo assembly를 통하여 7,326개의 contig를 확보하였다. 크기가 500 bp 이상이 되는 contig는 2,921개로 나타났다. 그 중 microsatellite 영역을 포함하는 contig는 606개(20.75%)로 나타났으며, 총 microsatellite의 수는 911개로 확인되었다. 그 중 13개의 microsatellite 유전자좌에서 굴참나무 개체 간 다형성이 관찰되었다. 이들 microsatellite 유전자좌에 대하여 주왕산 집단에서 관찰된 유효 대립유전자수($A_e$)는 평균 4.966(2.439~7.515)로 나타났다. 평균 이형접합도 관측치($H_o$)와 평균 이형접합도 기대치($H_e$)는 각각 0.873(0.731~1.000)과 0.766(0.590~0.867)으로 나타났다. 다형성이 관찰된 모든 microsatellite 유전자좌에서 null 대립유전자는 관찰되지 않았으며, 마커 간 연관불평형은 나타나지 않았다. 따라서 본 연구에서 개발된 13개의 microsatellite 마커는 굴참나무 집단의 유전변이 분석에 유용할 것으로 사료된다.

한국 토종오리의 개체 식별 및 품종 구분을 위한 Microsatellite 마커 탐색 (Investigation of Microsatellite Markers for Traceability and Individual Discrimination of Korean Native Ducks)

  • 서동원;술타나;최누리;김연수;진실;허강녕;진선덕;이준헌
    • 한국가금학회지
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    • 제42권1호
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    • pp.1-8
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    • 2015
  • 최근, 한국의 소비자들이 건강에 대한 관심이 증가하면서 단일불포화 지방산이 풍부해 건강에 긍정적인 영향을 줄 수 있는 오리고기의 수요가 급격하게 증가하고 있다. 하지만 대부분의 종 오리는 수입에 의존하고 있는 실정이기 때문에, 토종오리의 개발 및 보급이 필요한 실정이며, 이는 종자주권의 확립 및 농가 소득 증대에도 매우 필요한 일이라 할 수 있다. 따라서 본 연구에서는 24개의 microsatellite 마커를 확보하였으며, 이들 마커의 대립유전자수는 1~16개, 이형접합도는 0~0.865, 다형성은 0~0.841로 확인되었다. 이들 마커를 이용하여 임의 집단에서 동일개체 출현빈도를 계산한 결과는 임의 집단 $1.64{\times}10^{-16}$, 전형매 집단 $2.60{\times}10^{-7}$, 반형매 집단 $1.30{\times}10^{-12}$으로 높은 개체식별률과 친자확인도를 확인할 수 있었다. 하지만 이들 마커를 이용한 계통분석 결과, 토종오리와 실용오리 집단을 정확하게 구분하기에는 어려운 것으로 확인되었다. 따라서 추가연구를 통해 토종오리의 순종화 및 더 정확한 토종오리와 실용오리 집단 구분이 가능한 마커 개발이 필요할 것으로 사료된다.

국내 재배마늘의 Cytochrome P450 유전자의 염기다형성 분포 (Nucleotide Polymorphisms of Cytochrome P450 Genes in Domestic Garlic Cultivars)

  • 권순태;정진보
    • 한국자원식물학회지
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    • 제31권5호
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    • pp.531-537
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    • 2018
  • 국내 재배종 마늘을 대상으로 상처(wound) 처리에 특이적으로 발현되는 Cyt. P450 cDNA (ORF 1,419 bp) 중 1,210~1,240 bp 사이에 존재하는 heme-binding domain (HB-domain)의 염기서열 다형성을 바탕으로 국내산 재배마늘의 HB-domain의 다형성 분포를 조사하였다. 국내 재배마늘에서 7개의 각각 다른 염기서열을 가진 HB-domain 마커를 탐색하였고, 전국 6개 지역의 재배농가에서 임의로 수집한 120개 마늘의 마커 종류별 분포도를 조사하였다. 경북, 충남, 충북, 강원지역에서 재배되는 한지형 마늘은 아미노산서열 FGGGRRICPG, DNA서열 5'-TTT/GGC/GGT/GGA/CGG/AGA/ATA/TGT/CCT/GGA-3'인 KP2형의 HB-domain을 가진 재배종이 51.3%로 가장 많이 분포하였고, KP1형 13.7%, CP형 11.3%, CM형 8.8%, KW2형 5% 및 기타 1.3%인 것으로 나타났다. 경남지역 재배지에서 수집한 난지형 마늘은 아미노산서열 FGAGRRICPG, DNA서열 '5-TTT/GGC/GCA/GGA/CGG/AGA/ATT/TGT/CCT/GGA-3'인 KM형이 52.5%로 가장 많았고, KP2형 22.5%, KW2형 5%, KP1 및 CP형이 각각 2.5%가 분포하는 것으로 나타났으나 CM형은 존재하지 않았다. 이 결과는 우리나라에 재배되는 마늘은 유전적으로 상당히 혼재된 상태로 존재하며, 특정 지역을 대표하는 유전적 특징을 가진 재배종을 단정하기는 어려운 것으로 판단된다.

항원결정부위 예측을 위한 통합시스템 개발 (Development of Integration System for Epitope Prediction)

  • 진혜정;이지후;이인성;김학용
    • 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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    • 한국콘텐츠학회 2015년도 춘계 종합학술대회 논문집
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    • pp.227-228
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    • 2015
  • 질병 치료에 대한 패러다임이 과거 치료 위주에서 조기진단 및 예방의 개념으로 전환되고 있으며 진단용 마커와 단클론 항체 제작은 핵심 기술로 부각되고 있다. 현재까지의 항원결정부위(epitope) 예측은 단백질의 1차구조인 아미노산 배열 순서를 바탕으로 추출되어 진다. 하지만 항원결정부위는 수용성의 항체와 직접 결합하기 때문에 친수성 잔기가 차지하는 비율이 높아야 하며, 면역계가 쉽게 인지할 수 있도록 노출되어 있어야하고, 긴 선상의 폴리펩티드 단백질이 3차원 구조를 형성하기 위해 회전, 유연성 등이 요구된다. 따라서 한 가지 성질 중심으로 할 경우 오류가 나올 가능성이 있다. 이를 보완하기 위하여 본 연구에서는 친수성(hydrophilicity), 극성(polarity), 파묻힘성(buried residues), 접근성(accessibility), 회전성(${\beta}-turns$), 유연성(flexibility), 굴절성(refractivity) 등을 분석한 후 통합 예측시스템을 개발하였다. 이를 검증하기 위해 고양이 백혈병 바이러스의 항원결정부위를 예측해보았다.

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인지기능 개선을 위한 식품유래 생리활성소재에 대한 체계적 문헌고찰 (Bioactive compounds in food for age-associated cognitive decline: A systematic review)

  • 강은영;최봉교;김현경;고광웅
    • 한국식품과학회지
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    • 제53권3호
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    • pp.278-289
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    • 2021
  • 본 연구는 인지기능 개선에 도움이 되는 천연기능성소재를 선발하기 위해 체계적 문헌고찰을 실시하였다. 2020년 10월 06일 기준 문헌검색을 통해 16,184건을 수집하였고 선택 및 배제 기준에 따라 총 27건의 문헌을 선별하였다. 27건 중 ω-3 지방산 관련 논문 12건, 비타민 B군 관련 논문 8건, 비타민 D와 E 관련 논문 각각 1건이었으며, 안세린/카르노신, 베테인, 카페인, 크로뮴, 피소스티그민 관련 논문이 각각 1건이었다. 각 문헌의 비뚤림 위험 평가를 진행한 결과 ω-3 지방산 관련 논문 2건, 비타민 B군 관련 논문 1건, 베테인, 카페인, 피소스티그민 관련 논문의 비뚤림 위험이 '높음'으로 평가되었고, 비뚤림 위험이 높다고 평가된 6건의 논문들을 제외하고 근거수준평가 및 결과분석을 시행하였다. ω-3 지방산 관련 논문은 6-24개월동안 DHA 0.48-2.2 g, EPA 203-720 mg의 용량을 함께 또는 따로 중재하여 총 1,031명의 대상자 중 437명의 유의적인 효과를 확인하였다. 경도인지장애 환자를 대상으로 진행된 ω-3 지방산 논문에서는 인지기능영역(공간력, 기억력, 회상력, 언어력)과 인지기능 관련 바이오마커(Aβ-42, APP mRNA)를 개선시키는 등 치매개선에 긍정적인 효과를 나타냈다. 그러나 치매 환자를 대상으로 한 ω-3 지방산 연구에서는 인지기능평가에 대한 개선효과를 확인하기 어려웠다. 비타민 B 관련 논문은 6 또는 24개월 동안 엽산 400-800 ㎍, 비타민 B12 25-500 ㎍, 비타민 B6 20 mg의 용량을 함께 또는 따로 중재하여 총 1,180명의 대상자 중 530명에서 유의적인 효과를 확인하였다. 비타민 B군의 섭취는 치매 위험성과 관련된 혈중 호모시스테인 농도를 감소시켰으며, 혈중 ω-3 지방산의 농도와 높은 상관관계를 나타내는 것을 확인할 수 있었다. 그 외에 비타민 D와 E는 인지기능관련 바이오마커(Aβ-42, APP mRNA, PS1 mRNA)를 감소시키고 인지기능평가(WAIS-RC, ADAS-cog) 개선효과를 나타냈으며 안세린/카르노신은 치매척도검사를 개선하였고 크로뮴 섭취는 기억력 부분의 인지기능영역을 유의적으로 개선하였다. 그러나 ω-3 지방산과 비타민 B를 제외한 연구들은 선별된 문헌의 개수가 제한적이며, 개선 효과를 판단할 근거가 부족하였다. 중재 기간 및 용량에 따라 결과를 종합하면, ω-3 지방산은 6개월 이상 DHA 0.48-2.2 g, EPA 203-720 mg의 용량을 복합 또는 DHA 단독으로 중재했을 경우 인지기능 개선 효과를 확인할 수 있었으며, 엽산 400-800 ㎍, 비타민 B12 25-500 ㎍, 비타민 B6 20 mg의 용량을 복합 또는 엽산을 단독으로 6개월 이상 중재할 경우 혈중 호모시스테인 농도 감소와 인지능력개선을 확인할 수 있었다.

느타리 버섯에서 수한 품종 특이 SCAR marker 개발 (Development of Suhan Strain-specific SCAR Marker in Pleurotus ostreatus)

  • 서경인;장갑열;유영복;박순영;김광호;공원식
    • 한국균학회지
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    • 제39권1호
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    • pp.31-38
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    • 2011
  • 현재 70개 이상의 느타리 품종이 유통되어 재배되고 있다. 본 연구에서는 81개 품종을 수집하여 핵산지문법으로 분석하였다. 이중 수한과 그 유사품종에서 특이하게 나타나는 밴드를 이용하여 수한 품종에 특이적인 SCAR marker로 개발하였다. 수한 품종 특이 band에 대한 clone을 기존에 알려진 유전자 염기서열과 유사성이 있는지를 확인한 결과 POMFBO1 Pleurotus ostreatus cDNA clone MFB02-A05, mRNA sequence와 92%의 homology를 나타냈고, 등록된 아미노산 서열과의 유사성을 확인한 결과 큰졸각버섯인 Laccaria bicolor의 predicted protein과 가장 높은 sequence homology (BlastX score = 73.9, E value = $5e^{-25}$)를 보였다. 본 연구를 통하여 개발된 수한특이 마커는 정확한 품종구분이 요구되는 종균유통 과정에서 수한계통 품종을 구분하는 유용한 마커로 이용될 것으로 기대된다.

조팝나무의 유전적 다양성과 집단구조 분석을 위한 ISSR 분석 (Genetic Diversity and Population Structure of Spiraea prunifolia for. simpliciflora by Inter-Simple Sequence Repeats)

  • 허만규
    • 생명과학회지
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    • 제19권9호
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    • pp.1183-1189
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    • 2009
  • 조팝나무는 목본이며 약용으로 매우 중요하며 우리나라 산림청 지정 보호수종이다. 이 속내 7집단에서 85개체에 대해 ISSR (inter simple sequence repeats) 마커로 이들 집단에 대한 유전적 변이와 집단구조를 조사하였다. 65개의 다형성 좌위와 78개 ISSR 유전자형을 얻었다. 덕유산 집단과 능동산 집단에는 1개체 이상 공유하는 유전자형이 포함되어 있었다. 전체 유전적 다양도는 종수준과 집단수준에서 각각 0.293과 0.183이였다. 집단의 분화($G_{ST}$)는 0.373으로 나타났다. 따라서 전체 변이의 37.3%는 집단 간에 있었다. ISSR 마커로 한국 내 조팝나무 집단의 분화는 잘 분리되어 ISSR로 조팝나무 집단 연구에 유익하며 유전적 다양도와 집단구조의 통찰은 종보전에 대한 기초 정보로 활용할 수 있을 것으로 사료된다.

DNA 염기서열에 근거한 선인장과 신품종 왕가시천년초[Opuntia humifusa (Raf.) Raf. f. jeollaensis E. J. Kim & S. S. Whang] (Opuntia humifusa (Raf.) Raf. f. jeollaensis E. J. Kim & S. S. Whang, a new forma based on three DNA markers)

  • 김은정;크리쉬나모르씨 스리칸스;이은애;황성수
    • 식물분류학회지
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    • 제44권3호
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    • pp.181-187
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    • 2014
  • 세 개 유전자의 DNA 분자서열을 이용해서 전라도 지역에서 재배되고 있는 신품종 왕가시천년초(O. humifusa (Raf.) Raf. f. jeollaensis E. J. Kim & S. S. Whang)의 분류학적 지위와 한국산 손바닥 선인장들의 분류학적 유연관계가 조사되었다. 신품종 왕가시천년초는 형태학적으로나 생육 지역이 천년초와 비슷하지만, 노란색 꽃의 안쪽 중심에 붉은 색이 있고, 3 cm 길이의 강모가 많이 발달되어서 차이가 있다. 분자적인 연구결과는 왕가시천년초가 O. humifusa complex에서 Macrocentra 계열에 포함되어 Humifusa 계열에 포함되는 한국산 O. humifusa와 다르게 나타났다. 왕가시천년초는 천년초와 마찬가지로 주로 농장에서 재배되고 있어서 품종으로 지위를 주었다. 한국산 손바닥선인장 3종에 대한 분류학적 유연관계가 자세히 논의되었다.