• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2005년도 가을 학술발표논문집 Vol.32 No.2 (2)
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• pp.799-801
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• 2005

현재 마이크로어레이 기술은 대량의 유전자 발현 데이터 특히 종양과 관련한 데이터들을 쏟아내고 있다. 이 데이터를 기반으로 종양의 종류에 따른 유전자들의 차별적 발현 양상을 분석하고 발현량의 변화가 두드러지는 유전자들에 기반하여 종양을 분별할 수 있는 분류 모델을 구축한 후, 이것을 종양을 진단하거나 예측하는데 이용할 수 있다. 대부분의 종양은 생성 매커니즘에 따라 세부 부류로 나눌 수 있고 세부 부류에 따라 치료 방법이나 예후가 달라지므로, 정확하게 종양의 세부 부류를 진단하는 것이 매우 중요하다. 본 논문에서는 종양의 종류에 따라 발현량이 민감하게 변화하는 유전자들을 뽑아내기 위한 특징 추출 방법들과 추출된 특징들에 기반해서 종양의 종류를 분별할 수 있는 기계학습 알고리즘들의 조합들의 성능을 비교분석 하였다.

• 한국임상수의학회지
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• 제19권2호
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• pp.195-198
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• 2002

개에서 자연적으로 발생한 12예의 종양에 대해, 종양 억제 유전자 p53의 변이와의 관계를 확인해 보았다. 종양조직에서 일반적인 방법으로 DNA를 추출하여, PCR 기법으로 p53을 증폭하여 염기서열을 확인한 결과, 개의 유선암종 예에서 exon 8의 codon 285에서 CCT $\longrightarrow$ TCT (proline $\longrightarrow$ serine)로 점변이 된 것이 확인되었다. 또한 악성 비만세포 종양 예에서도 exon 8의 codon 249에서 AGT $\longrightarrow$AGC로 점변이 된 것이 확인되었으나 silent point mutation (serine)으로 판명되었다. 이상의 결과를 토대로 개의 유선암종과 악성 비만세포 종양에서 종양억제 유전자 p53의 변이가 확인되었으며, 이는 종양의 형성과 관련된 p53의 역할이나 종양의 치료 및 예후 판정에 p53 을 활용하는 연구의 초석이 되리라 사료되며, 차후 이 유전자에 대한 광범위한 연구가 지속되어야 하리라 생각된다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제11권10호
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• pp.1924-1929
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• 2007

오늘날 인간 프로젝트와 같은 종합적 인 연구의 궁극적 목적을 달성하기 위해서는 이 들 연구로부터 획득한 대량의 관련 데이터에 대해 새로운 현실적 의미를 부여할 수 있어야 한다. 마이크로어레이를 기반으로 하는 종양 분류 방법은 종양 종류에 따라 다르게 발현되는 유전자 양상을 통계적으로 발견함으로써 정확한 종양 분류에 기여 할 수 있다. 따라서 현재의 마이크로어레이 기술을 이용해서 효과적으로 종양을 분류하기 위해서는 특정 종양 분류와 밀접하게 관련이 있는 정보력 있는 유전자를 선택하는 과정이 필수적이다. 본 논문에서는 암에 걸린 흰쥐 외피 기간 세포 분화 실험에서 얻어진 3840 유전자의 마이크로어레이 cDNA를 이용해 데이터의 정규화를 거쳐 정보력 있는 유전자 목록을 별도로 추출하여 보다 정확한 종양 분류 모델을 구축하고 각각의 실험 결과들을 비교 분석함으로써 성능평가를 하였다. 피어슨 적률 상관 계수를 이용하여 선택된 유전자들을 멀티퍼셉트론 분류기로 분류한 결과 98.6%의 정확도를 보였다.

• 대한골관절종양학회지
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• 제6권4호
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• pp.143-151
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• 2000

목적 : p53 종양억제 유전자는 사람의 암에서 변형이 가장 많이 발견되는 유전자로 유잉 육종에서 p53 유전자의 변형을 관찰하고자 하였다. 재료 및 방법 : 유잉육종 환자 35례의 파라핀 블록을 사용하였으며, 유전자의 결핍과 p53 유전자의 염기서열의 변형을 관찰하였다. 결과 : 정성적인 중합효소 연쇄반응을 이용한 p53의 4-9번까지의 유전자검사중 2례에서 동일성의 유전자 결핍이 관찰되었으며, exon 5-8의 유전자 중합효소 연쇄반응에서는 3례에서 missense 점돌연변이가 관찰되었다. 결론 : 이상의 결과로 p53은 유전적으로 적은 부분에서 유잉육종에 관여하는 것으로 관찰 되었다.

• 대한두경부종양학회:학술대회논문집
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• 대한두경부종양학회 1998년도 제3차 춘계심포지움
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• pp.115-117
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• 1998

• Journal of Chest Surgery
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• 제37권3호
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• pp.261-266
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• 2004

식도암 환자에서 조기진단 및 수술적 치료 방법의 상당한 진전에도 불구하고 환자의 예후는 여전히 좋지 않다. p53 종양 억제유전자는 세포의 성장과 증식을 조절하는 것으로 알려져 있고 nm23 유전자는 설치류 흑색종에서 종양의 전이억제 효과가 있다고 알려져 있다. 이 실험은 p53과 nm23유전자 발현과 식도암 환자의 임상병리학적인 특징상의 관련성을 알아보고자 하였다. 가톨릭대학교 의과대학 부속 성모병원에서 수술한 식도암 환자 40명의 조직을 대상으로 하였고, p53 변이형 단백질과 nm23단백질을 면역화학적 염색을 시행하여 <10% 양성 종양세포 : negative ; 10∼30% 양성 종양세포: ＋; 30∼50% 양성 종양세포 : ＋＋; >50% 양성 종양세포: ＋＋＋의 4개의 군으로 분류하였고, 또한 종양의 침습 정도는 none, mild, moderate, severe로 분류하여 평가하였다. p53 변이형 단백질과 nm23 단백질의 과발현은 생존율 및 임상병리학적 특징과 연관성이 없었고, 또한 p53 및 nm23유전자 발현의 조합 분석에서도 유의한 상관관계를 발견하지 못하였다.

• 한국정보처리학회:학술대회논문집
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• 한국정보처리학회 2007년도 추계학술발표대회
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• pp.713-716
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• 2007

오늘날 인간 프로젝트와 같은 종합적인 연구의 궁극적 목적을 달성하기 위해서는 이들 연구로부터 획득한 대량의 관련 데이터에 대해 새로운 현실적 의미를 부여할 수 있어야 한다. 따라서 현재의 마이크로어레이 기술을 이용해서 효과적으로 종양을 분류하기 위해서는 특정 종양 분류와 밀접하게 관련이 있는 정보력 있는 유전자를 선택하는 과정이 필수적이다. 본 논문에서는 암에 걸린 흰쥐 외피 기간 세포 분화 실험에서 얻어진 3840 유전자의 마이크로어레이 cDNA를 이용해 데이터의 정규화를 거쳐 유사성 척도 방법으로 정보력 있는 유전자들을 추출한 후, DT, NB, SVM, MLP 알고리즘을 이용하여 클래스 분류 모델을 구축하고, 성능을 비교분석하였다. 피어슨 적률 상관 계수를 이용하여 선택된 50 유전자들을 멀티퍼셉트론 분류기로 분류한 결과 94.8%의 정확도를 보여 가장 최적의 조합을 보였다.

• Nuclear Medicine and Molecular Imaging
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• 제42권3호
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• pp.235-245
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• 2008

목적: 간암은 치명적인 질환으로 유전자 치료가 기존 치료의 대체적 치료로 기대되고 있으며, 이러한 치료법의 발달과 함께 유전자의 발현을 평가할 수 있는 보고 유전자 시스템의 필요하다. 그 중 HSV1-tk 유전자는 보고 유전자로서 필요한 조건을 두루 만족시키고 있을 뿐만 아니라 별도의 치료유전자를 따로 이입할 필요가 없다는 장점을 가지고 있어 가장 많이 사용되는 방법이다. 이 연구는 간암의 유전자 치료를 위해 간암 동물 모델에서 유전자로 HSV1-tk를 사용하고 보고 기질로 방사성 요오드 표지 2'-fluoro-2'-deoxy-1-${\beta}$-D-arabinofuranosyl-5-iodouracil (FIAU)를 사용하여 소동물 양전자 방출영상(positron emission tomography, PET)을 얻어 비침습적 생체 유전자 발현 영상의 가능성을 확인하고 자 하였다. 대상 및 방법: HSV1-tk 보고 유전자 이입 간암세포주인 MCA-tk와 MCA 세포주를 이용하여 in vitro 상에서의 [$^{125}I$]FIAU의 섭취실험과 섭취량과 발현량의 상관성평가를 위해 세포수 백분율에 따른 섭취실험을 실시하였다. 피하 간암 동물모델을 이용하여 [$^{125}I$]FIAU의 생체분포를 평가하였으며 [$^{125}I$]FIAU를 이용하여 소동물 PET을 통한 생체영상을 분석하였다. 결과: HSV1-tk 유전자가 이입된 MCA-tk 세포에서는 특이적인 동위원소의 집적이 발생하였으며 대조군인 MCA에서는 거의 집적이 이루어지지 않았다. 섭취 후 480 분에서 두 세포주의 섭취비는 15 배로 나타났다. MCA-tk 세포주의 백분율이 증가함에 따라 [$^{125}I$]FIAU의 섭취량도 직선적 상관관계($R^2=0.9644$)에 따라 증가하여 기질의 섭취량이 유전자 발현량을 잘 반영하고 있음이 확인되었다. 피하 종양 동물모델의 생체분포 결과 [$^{125}I$]FIAU는 초기에 신장으로 빠르게 배출되며 1 시간 이후 생체내 deiodinase에 의하여 분해되어 위와 갑상선의 섭취가 증가된 값을 보였다. MCA-tk 종양 대 혈액 비와 MCA-tk 종양 대 근육 비는 투여 후 24 시간 사이에 최대 641의 값을 나타내었다. 또한 HSV1-tk 유전자가 발현하지 않은 MCA종양에 비하여 MCA-tk 종양은 192.7 배 높은 섭취를 보여 [$^{125}I$]FIAU의 섭취는 HSV1-tk 유전자 발현에 특이적임을 확인하였다. MCA-tk 종양 대 간의 집적의 경우에도 초기 1시간에 13.8 배, 4 시간에 66.8 배, 24 시간에 혈액 비와 비슷한 정도의 588.3배 이상의 대조도를 보여 주었다. [$^{124}I$]FIAU를 보고 기질로 사용한 소동물 PET 생체영상에서 대조군인 MCA 종양과 보고 유전자가 이입된 MCA-tk 종양에의 집적이 차이가 매우 큰 대조도를 보여주었으며 생체분포 결과와 일치하는 양상을 나타내었다. 결론: $^{125}I$-FIAU가 세포 섭취율 시험과 생체 분포에서 MCA-tk 종양에 높은 집적을 나타내었고 $^{124}I$-FIAU를 이용한 소동물 PET 영상에서 MCA-tk 종양이 표적장기인 간이나 MCA 종양에 비하여 매우 높은 대조도를 나타냈다. 향후, 간암의 유전자 치료에서 FIAU은 HSV1-tk를 보고 유전자로 사용할 때 적절한 기질로서 비침습적으로 핵의학 영상을 이용한 유전자 발현의 평가를 가능하게 할 수 있을 것으로 기대된다.

• Journal of Chest Surgery
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• 제42권2호
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• pp.141-147
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• 2009

배경: 폐암의 암화과정에 관여하는 21번 염색체 장완에 존재하는 종양억제유전자를 발굴하고자 하였다. 대상 및 방법: 21q11.2 구역의 USP25, 21q21.2 구역의 NCAM2, ADAMTS1, 그리고 21q22.1 구역의 Claudin-8 (CLDN8), Claudin-17 (CLDN17), TIAM1 유전자를 대상으로 비소세포폐암 세포주에서 이들 유전자의 발현 정도와 돌연변이 및 촉진자 메틸화 유무를 조사하였다. 결과: 13가지 비소세포폐암 세포주 가운데 7가지 세포주(L132, H157, H358, H522, H1299, H1703, HCC2108)에서 CLDN8, CLDN17의 발현이 유의하게 감소되었고, ADAMTS1의 경우 6가지 세포주(A549, SW900, H1299, H1373, H1703, H1793)에서 발현양이 유의하게 감소되었다. 유전자 발현의 감소가 있는 세포주와 그렇지 않은 세포주간의 PCR-SSCP의 band pattern의 차이가 없으며 염기서열의 분석에서도 genetic alteration은 관찰되지 않았다. 발현이 감소되어 있는 세포주에 5-Aza-CdR을 처리한 경우 유전자의 발현양이 유의하게 증가되었다. 결론: ADMTS1, CLDN8, CLDN17 유전자는 폐암의 암화과정에 관여하는 종양억제유전자일 가능성을 시사하며, 유전자의 발현 감소는 유전자 촉진자 부위의 methylation에 의함을 시사한다.

• 대한골관절종양학회지
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• 제8권3호
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• pp.69-75
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• 2002

워너 증후군은 상염색체 열성 유전을 하는 희귀한 성인 조로 질환이다. 이 질환은 조기 노화를 보일 뿐만 아니라, 악성 종양의 발생 빈도도 증가하게 되는데, 골연부 조직의 종양이 많이 발생하게 된다. 그러나 악성 종양의 발생 원인은 단순한 조기 노화 현상으로만 보기보다는 하나의 종양 증후군으로 보는 경향이 있으며, 그 이유는 워너 증후군 환자에서 발생하는 종양의 위치, 병리적 소견, 나이 등에서 정상인과는 많은 차이를 보였기 때문이다. 최근의 분자 유전학적 연구들에 의해서 워너 증후군은 DNA의 복제, 복구, 재생에 관여하는 Werner helicase의 유전자 변이와 관련이 있음이 밝혀졌다. 워너 증후군의 유전자 이상은 이러한 DNA 복구과정에 문제를 일으키고, 유전자의 불안정성을 증가시켜 종양의 발생 가능성을 높이게 된다. 육종의 발생과 워너 증후군의 연관성에 관한 향후의 연구들은 정상적인 노화의 과정과 육종의 발생 기전에 관한 많은 정보를 제공할 수 있을 것으로 사료된다.