단백질 폴딩 반응에서 정전기적 상호작용의 역할을 라이신 29를 알라닌으로 치환한 변이 유비퀴틴을 사용하여 탐색하였다. 유비퀴틴의 입체구조에서 라이신 29의 곁사슬은 글루탐산 16과 아스파르산 21의 곁사슬과 근접한 거리에 있어서 곁사슬끼리 정전기적 상호작용을 통하여서 삼차원 입체구조를 안정화시킬 것으로 예측되었다. 라이신을 알라닌으로 치환하여 정전기적 상호작용을 제거하였을 때 유비퀴틴의 native state의 구조적 안정성이 ~20% 감소한 점은 라이신 29에 의한 정전기적 상호작용이 단백질 삼차구조의 안정성에 상당히 기여하고 있다는 점을 시사하였다. 폴딩 반응의 진행 과정을 stopped-flow 장치로 측정한 folding kinetics 실험은 이전에 관찰된 것과 마찬가지로 unfolded state에서 native state로 진행하는 과정에 중간단계를 거치는 three-state on-pathway 메커니즘을 따르는 것으로 나타났다. 더욱이 라이신 29에 의한 정전기적 상호작용이 중간단계의 구조적 안정성에 기여하는 정도가 native state의 구조적 안정성에 기여하는 정도의 ~55%인 것으로 나타났다. 이는 유비퀴틴 폴딩의 중간단계의 구조도 라이신 29에 의한 정전기적 상호작용에 의하여 상당히 안정화 된다는 것을 의미하며 따라서 정전기적 상호작용이 단백질 삼차원 입체구조의 골격이 완성된 폴딩의 마지막 단계에 형성되어 단백질 native state의 안정성에만 기여하는 것이 아니라 중간단계가 형성되는 폴딩 반응의 초기에도 형성되어 폴딩 반응을 이끌어가는데도 기여한다는 것을 의미한다.
2012년 G 단백질 연결 수용체(G-Protein Coupled Receptors ; GPCR) 연구가 노벨 화학상을 받았다. 상당히 많은 병과 관련되어 있어 잠재력이 크고, 많은 연구가 진행 중이다. 현재 리간드와 단백질간의 정전기적 포텐셜 연구를 통한 예측 연구가 진행되고 있지만, GPCR과 리간드 간의 연구에서 아직 리간드의 전하를 통한 단백질과 리간드간의 상호작용 예측 연구가 되어 있지 않다. 그렇기 때문에 이번 연구에서는 8가지 방법으로 전하(charge)를 띠게 하여서 단백질과 리간드의 상호작용을 계산을 통하여 예측하여 보았다.
한국전기전자재료학회 2004년도 춘계학술대회 논문집 반도체 재료 센서 박막재료 전자세라믹스
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pp.64-67
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2004
본 논문에서는 DNA를 이용한 나노 소자에 응용하기 위하여, photo-lithograpy를 사용하여 나노크기(<100)의 간격을 갖는 금 전극을 제작하였다. 그리고 제작되어진 되어진 나노 전극위에 2-Amino ethanthiol(AET)를 코팅하여 AET와 $\lambda$-DNA 사이의 정전기적 상호 작용을 이용, 금 나노전극 사이에 간단하고 고착율을 높이는 실험을 하였다. SEM(Scanning Electron Microscope) 분석을 통해 나노 크기의 전극 간격을 확인하였고, 두 전극사이에 연결되어진 $\lambda$-DNA는 AFM(Atomic force microscope)을 확인하였다.
지르코니아와 금 표면 위에 형성된 메르캡토언데실인산층 사이에서 정전기적 상호작용이 규명되었다. 이를 위하여, 원자힘현미경(AFM)이 표면들 사이에서 pH값과 염 농도에 따라 작용하는 힘의 측정에 이용되었다. 측정된 힘은 Derjaguin-Landau-Verwey-Overbeek (DLVO) 이론으로 해석되어 각 조건에 대해서 표면의 정전기적인 특성들이 정량적으로 산출되었다. 이 표면 특성들의 염 농도와 pH에 대한 의존성이 질량보존의 법칙으로 예측된 결과와 일치하였다. pH 의존성은 표면 위의 이온화 기능기들로 설명될 수 있다. pH 4와 8에서 메르캡토언데실인산층이 지르코니아보다 더 많은 표면전하밀도와 전위차를 가지는 것은 그 층의 이온화 기능기들에 기인한 것으로 생각된다.
EHT 분자궤도함수법 계산으로 9가지 furan, thiophene 및 pyrrole의 2-치환체의 우세한 형태를 구명하였다. 계산 결과는 furan 유도체의 우세한 형태는 trans형인데 이것은 주로 정전기적 상호작용에 의하여 안정화되어 있으며 thiophene에서는 hetero 고리의 S원자와 카르보닐 산소와의 전자적 콘쥬게이션이, 그리고 pyrrole에서는 정전기적 및 콘쥬게이션 효과가 안정한 형태를 결정하는데 작용하고 있다. EHT계산 결과는 실험결과와도 잘 일치된다.
고분자 콤플렉스 (polymer complex)는 두 개 또는 그 이상의 상호 보완적인 전하를 띄는 고분자의 조합에 의해서 형성된다. 이러한 콤플렉스는 정전기적인 힘, 소수성 상호작용, 수소결합, 반데르발스힘 등 여러 힘의 조합에 의해서 일어난다. 이들 힘에 의한 콤플렉스 형성을 그림 1에 나타내었다. 고분자의 긴 사슬로 인하여, 상호보완적인 반복단위가 모여 세그먼트 콤플렉스를 형성하고, 이렇게 모인 많은 반복단위가 자유도의 손실 없이 쉽게 회합한다. (중략)
이산화지르코늄 표면에 흡착되는 금 입자의 분포 또는 그 반대 경우의 분포에 영향을 끼칠 수도 있는 정전기적 상호작용과 금 입자를 코팅한 mercaptoundecanoic acid층의 표면물성을 규명하였다. 이를 위하여, 원자힘현미경(AFM)으로 mercaptoundecanoic acid층 표면과 이산화지르코늄표면 사이의 표면힘을 염 농도와 pH 값에 따라 측정하였다. 측정된 힘은 Derjaguin-Landau-Verwey-overbeek (DLVO) 이론에 의해 표면의 정량적인 전하밀도와 포텐셜 값들로 전환되었다. 이 값들이 염 농도와 pH에 따라 달라지는 특성을 질량보존의 법칙으로 기술하였으며, 산출된 표면 특성의 염 농도 의존성은 이론적으로 예측했던 결과와 일치하는 것으로 확인되었다. Mercaptoundecanoic acid층의 표면이 이산화지르코늄 표면보다 높은 전하밀도와 포텐셜을 갖는 것이 발견되었는데, 이는 mercaptoundecanoic acid층의 이온화 기능기에 기인한 것으로 생각된다.
낮은 농도에서 유기색소와 계면활성제 계의 흡수거동을 계산하기 위해 간단한 모델을 사용해보았다. 실험에서 얻어진 값에 3개의 파라미터가 포함되어 있는 결과식을 적용함으로써 이온쌍형성$(K_O)$, 회합체에 계면활성제 분자첨가의 경우$(K_S)$, 그리고 색소회합반응$(K_D)$에 대한 평형상수들을 계산하였으며 이값들을 이용하여 자유에너지를 계산하였다. $K_O$와 K_S$의 값들은 소수성에 원인이 있는 정전기적 상호작용에서 기대했던 것들보다 컸었고, $K_D$값들은 정전기적 반발력의 차폐효과로 간주할 수 있는 순수한 수용액에서의 알려진 회합값보다 약 10~20배 정도 높았다.
이산화티탄 표면에 흡착되는 금 입자의 분포 또는 그 반대 경우의 분포에 영향을 끼칠 수도 있는 정전기적 상호작용과 금 입자를 코팅한 Glutathione 층의 표면물성을 규명하였다. 이를 위하여, 원자힘현미경(AFM)으로 Glutathione 층표면과 이산화티탄표면 사이의 표면힘을 염 농도와 pH 값에 따라 측정하였다. 측정된 힘은 Derjaguin-Landau-Verwey-Overbeek(DLVO) 이론으로 해석되어 표면의 정전기적인 특성들이 정량적으로 산출되었다. 이 특성들이 염 농도와 pH에 대하여 나타내는 의존성을 질량보존의 법칙으로 기술하였다. pH 8과 11에서 실험으로 산출된 표면 특성의 염 농도 의존성은 이론적으로 예측했던 결과와 일치하는 것으로 관찰되었다. pH 8과 11에서 Glutathione 층의 표면이 이산화티탄 표면보다 높은 정전기적 특성을 갖는 것이 발견되었는데, 이는 Glutathione 층의 이온화-기능-그룹에 기인한 것으로 생각된다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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