• Journal of Plant Biotechnology
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• v.42 no.4
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• pp.312-325
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• 2015

In this review, we summarized the trends of genomics and transcriptomics research on peach, a model species of Rosaceae. Peach genome maps have been developed from various progeny groups with many next-generation sequencing (NGS) based single nucleotide polymorphism markers. Molecular markers of qualitative traits and quantitative trait loci (QTL) such as fruit characteristics, blooming date, and disease resistance have been analyzed. Among many characteristics, markers related to flesh softening and flesh adhesion are useful for marker assisted selection. Through comparative genomics, peach genome has been compared to the genome of Arabidopsis, Populus, Malus, and Fragaria species. Through transcriptomics and proteomics, fruit growth and development, and flavonoid synthesis, postharvest related transcriptomes and disease resistance related proteins have been reported. Recently, development of NGS based markers, construction of core collection of germplasm, and genotyping of various progenies have been preceded. In the near future, accurate QTL analysis and identification of useful genes are expected to establish a foundation for effective molecular breeding.

• The Magazine of the IEIE
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• v.28 no.10
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• pp.102.1-102
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• 2001

• The Korea Genome Conference
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• 2003.09a
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• pp.34-34
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• 2003

• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
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• 2012.05a
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• pp.35-36
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• 2012

생체센서, 나노안테나, 테라헤르츠 전송선, 나노레이저, 물성분석기의 기본구조로 쓰이는 나노원기둥 배열의 전자기적 특성을 해석할 수 있는 기법을 소개한다. 테라헤르츠 이상 주파수에서는 반드시 금속을 유전체로 모형화해야한다. 전자기파가 유전체 나노원기둥 배열에서 반사와 투과되는 특성을 공진주파수 관점에서 연구하여 다양한 첨단응용에 활용할 수 있다.

• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.5
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• pp.51-61
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• 2001

국내의 유전체 연구도 2000년을 시작으로 본격화되었으며, 미생물의유전체 서열 결정을 수주 이내에 완료할 수 있는 시설을 갖추고 있는 벤처기업도 이미 등장하였다. 한편, 이들 과제의 산물인유전체정보로부터 유용한 학문적 결과와 산업적 결과를 얻기 위해 유전체후속(post-genome) 프로젝트들이 최근에 진행되고 있다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.47 no.3
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• pp.263-267
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• 2011

Genomic fingerprinting methods are useful in determining relatedness among bacterial strains. However, random coincidences in sizes of two DNA fragments in two different fingerprints may occur, resulting in erroneous interpretation of relatedness between two bacterial genomes. In this study, I estimated the probability of occurrence of DNA bands of identical size in fingerprints of two unrelated genomes, so that the significance of fingerprint-based estimation of genome relatedness could be analyzed. The probability could be estimated as outputs of a function formulated with the three parameters: the numbers of observed fragments, all possible sizes of fragments and observed fragments common in a given pair of fingerprints. The parameter most instrumental to significance of relatedness estimation was the number of all possible sizes of fragments. To keep the number of coincidentally-common size of fragments below 10, about 200 fragments should be distinguishable in the fingerprints.

• Korean Journal of Organic Agriculture
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• v.31 no.4
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• pp.395-412
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• 2023

The morphology and whole genome sequence of Hyphantria cunea nucleopolyhedrovirus W1 (HycuNPV-W1) isolated in Korea were analyzed for the use as an eco-friendly control agent against H. cunea. The HycuNPV-W1 had irregular tetrahedral polyhedra with a size of 1.5-2.2 ㎛ which is similar to that of previously reported HycuNPV isolated in Korea. As a result of whole viral genome analysis, HycuNPV-W1 was composed of 131,353 bp, which is 1,606 bp shorter than that of the previously reported HycuNPV. The G+C content was 45% and six of the homologous repeated regions were found, so there was no significant difference from the previous report. As a result of ORF analysis, HycuNPV-W1 contains total of 145 ORFs which is three ORFs less than the previous report, while two ORFs were exclusively found in HycuNPV-W1. The functions of these ORFs remains unclear and are not considered to have a significant influence on the characteristics of the HycuNPV. The genome vista analysis showed that the overall sequence identity between HycuNPV-W1 and the previously reported HycuNPV was very high. The whole genome of HycuNPV-W1 analyzed was found to be similar to those of the previously reported HycuNPV, however, it is supposed to be a novel resource in Korea with different isolate.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2003.10a
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• pp.200-209
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• 2003

주어진 염기서열에서 유전자 영역을 예측하는 유전자 구조 예측은 유전체 프로젝트의 중요한 과정 중 하나이며 유전체 프로젝트 전체에 큰 영향을 준다. 진핵생물의 유전체가 원핵생물의 유전체에 비해 더 복잡한 구조를 가지기 때문에 진핵생물의 유전자 구조 예측 모델 역시원핵생물에 비해 다양한 모델이 제안되었다. 본 연구팀은 duration hidden markov model을 기본형태로 하여 EGSP(Eukaryotic Gene Structure Prediction)프로그램을 개발하였다. 현재 개발된 진핵생물의 유전자 구조 예측 알고리즘 중에서 GenScan이 가장 정교한 젓으로 보고 되고 있는데, EGSP의 결과분석을 위해 Genscan과 함께 GeneID, Morgan의 예측결과를 여러 가지 기준에서 비교하였다. EGSP는 정교한 예측모델을 가지고 있음에도 각 구성모듈에 대한 파라메터의 정교함에서 부족한 면이 나타나므로, 모델의 개선과 각 모듈의 조율을 통해 더욱 개선된 결과를 가지게 될 것이다.

• Proceedings of the Korean Institute of Electrical and Electronic Material Engineers Conference
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• 2004.07b
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• pp.578-581
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• 2004

유전체가 삽입된 공동 공진기는 유전체에 대부분의 전자계가 집속되어 있기 때문에, 도체 손실이 매우 적고 높은 Q값과 온도 안정성이 뛰어나다. 동일한 주파수에서 동작하는 다른 필터에 비해 상대적으로 작기 때문에 소형화에도 적합하다. 본 논문에서는 유전체가 삽입된 공동 공진기의 전자기 분포와 특성을 수치해석과 HFSS(High Frequency Structure Simulator)를 이용하여 분석하였고 이 결과를 토대로 HFSS를 이용한 순차적 방법을 도입하여 4-pole 이중모드 대역통과 필터를 설계, 제작하였다.

• Proceedings of the KAIS Fall Conference
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• 2008.11a
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• pp.264-266
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• 2008

본 논문은 유한한 유전체 격자구조의 정확한 주파수 선택 특성을 해석하고자 새로운 방법을 제시하였다. 기존의 오차, 근사화를 갖고 있는 해석방법과는 달리 유한한 구조에서 근사화가 전혀 없는 방법을 제시하였다. 유한한 격자구조의 유전체는 내부에 존재하는 필드 분포가 한정되어 있으며 구조 파라메터등에 따라 유한한 모드만이 생길 수 있어 입사되는 필드에 따른 생성 모드가 한정되어 있다. 본 논문은 이러한 방법을 이용하여 유전체 격자구조의 주파수 선택특성에 활용에 이용될 수 있을 것으로 사료된다.