한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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pp.116-123
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2006
생물체의 cDNA를 유리기판위에 고밀도로 첨착 시킨 유전자 칩과 정량적인 방법으로 개별 유전자 발현을 진단 가능한 Real- time PCR (실시간 고분자중합연쇄반응 기술) 기법은 첨단 의학분야와 신약개발 및 독성유전체 연구분야에 활발히 도입되고 있는 기술이다. 본 발표의 첫 번째 부분에서는 유전자칩 에서 얻어진 유전자 발현패턴분석에 기반한 바이오마커 선정 및 real time PCR에 의한 확증 관련 기술 과 유전자칩에서 얻어지는 수많은 데이터를 재정렬 및 다양한 분석기법과 display기술을 활용하여 광범위한 화학물질에 대한 독성효과 분석을 가능하게 해주며, 특정 독성물질에 대한 관련유전자 그룹 발견 및 독성영향에 따른 분류방법에 관한 결과를 발표할 것이다. 또한 바이오마커 활용의 하나로 박테리아세포 기반 바이오센서 제작및 세포칩 개발등에 대한 결과도 추가될 것이다. 두 번째 부분에서는 non-model organism(유전체정보가 확보되지 않은 생물체)인 송사리를 이용하여 새로운 2K 유전자칩을 개발하고, 여기서 각종 화학물질에 대하여 얻어진 수많은 유전자칩 분석 데이타를 활용하여 각각의 화학물질이 보여주는 독성효과를 매우 효과적이고 쉽게 이해할 수 있는 display기술을 개발, 적용함으로써 유전자칩 발현에 기반한 화학물질 독성 screening 및 specificity discrimination을 가능케 하는 예가 발표될 것이다. 이 연구에서 개발한 송사리 유전자칩은 간조직의 RNA를 직접 cDNA화 하는 방식을 취하고 있어 전체 송사리의 유전정보를 필요로 하지 않아 비용 및 효율에서 전체 송사리의 유전정보를 얻는 비용과 노력을 취하지 않고 간에서 발생하는 독성학적 영향 및 유전자의 발현정도를 정밀하고 효율적인 방법으로 얻어 낸다. 현재 2000여개의 cDNA유전자중 50%이상의 유전자가 17베타에스트라디올, 페놀, 노닐페놀, 비스페놀, 감마레이조사, 잔류약품중 이보프란, 다이클로펜악, 농약중의 파라???R, 돌연변이 유발물질 중의 이티비알, 금속류중의 카드뮴을 통해 발현양상과 특정 캐미칼별 발현 특이성이 조사되었고, 이들 유전자는 염기서열 분석을 통해 염기서열이 분석되었으며, 미국 NCBI의 유전자 은행과의 비교를 통해 일부유전자는 새로운 유전자로 밝혀지고 있다. 또한 이 발표에서는 소염진통제계열 의약품인 dichlofenac 이 송사리의 각종 조직에 미치는 독성영향을 Real-time PCR을 이용하여 대표적 스트레스 유전자의 발현에 미치는 영향에 대한 분석 예가 발표될 것이다.
이동통신 및 위성방송등 마이크로웨이브를 이용하는 통신시스팀의 보급이 활발하게 진척됨에 따라 마이크로웨이브 대역에서 동작하는 부품의 산업적 중요성이 부각되고 있다. 여러가지 고주파통신용 부품들 중에서 유전체공진기를 이용한 RF 및 마이크로웨이브 필터와 진동자는 이들 부품의 소형화에 크게 기여하고 있다. 본 분석에서는 유전체 공진기의 소재로 이용되는 마이크로웨이브 세라믹스 및 그 응용부품의 발전과정을 간단히 살펴보았다. 또한 마이크로웨이브 유전체 소재에 대한 특성변수의 중요성을 검토하고, 세라믹 소재기술에 대하여 살펴본 다음 향후 고주파필터 부품개발과 관련한 마이크로웨이브 세라믹스 개발방향을 제시하였다.
본 논문에서는 일반 측정환경에서 자유공간 물질상수 측정법을 사용한 판형 유전체의 유전율 측정 방법을 제안한다. 측정에는 회로망분석기와 동일한 두 개의 혼 안테나가 S-parameter 측정을 위해 사용되었으며, 측정 결과로부터 판형 유전체의 투과 및 반사계수를 계산하였다. 정밀한 측정을 할 수 없는 환경에서 신뢰할 수 있는 유전율을 얻기 위하여 상대적으로 측정 환경에 의한 측정불확도가 작은 투과계수의 크기만을 유전율 추정에 이용하였으며, 최종적으로 다양한 주파수에서 측정된 결과를 비교하여 유전율을 특정하였다.
DNA 복제과정에서의 오류(error)에 의한 유전적 변이(genetic variation)를 통해 개개인이 가지고 있는 유전변이형을 조사하고 특정 질환에 대한 감수성의 차이를 밝히는 유전체 연관성 연구가 의학계 전반에 활발히 진행되고 있다. 개인 간의 DNA 상에 존재하는 염기서열의 차이를 보이는 유전적 변이를 통해 개인간의 형질이 다르게 표현 되는 것을 다형성이라고 하는데 다형성의 원인 중 염기 서열 한 쌍의 변이에 의하여 다른 형질로 표현되는 것을 단일염기다형성(Single Nucleotide Polymorphism; SNP)이라고 정의한다. 유전자 분석 기술의 놀랄만한 발전과 컴퓨터를 이용한 분석 프로그램의 개발에 의해 SNP과 질병의 연관성에 관한 연구는 의학계 모든 분야에서 가속화 되고 있다. 최근 급격하게 빨리 진척되는 연구들에 힘입어 특정 질병에 대한 특정 유전자가 가지는 위험도를 분석하고 환자를 유전적 위험도에 따라 분류하여 진단, 예방 및 치료하는 환자 맞춤식의 진료가 모든 의약학 분야에 적용 될 것으로 생각 된다. 치과 영역에서는 충치와 치주 질환과의 관련성에 대해서 초기 단계의 연구가 진행되고 있는 수준이다. 본 종설에서는 유전체 질병 연구의 현황과 치과 영역에서 시작된 연구를 소개 하고자 한다.
퇴비로부터 분리한 Niabella ginsenosidivorans $BS26^T$ 균주의 유전체서열을 분석하였다. 균주 $BS26^T$의 유전체는 G + C 비율이 44.48%이며, 4,800개의 유전자와 4,704개의 단백질 코딩 유전자, 85개의 위유전자 그리고49개의 RNA유전자를 포함한 단일 원형 염색체로 구성되었으면 그 크기는 5,627,734 bp였다. 균주 $BS26^T$는 인삼사포닌의 당 분해에 관여하는 여러 타입의 글라이코시다제 유전자를 가지고 있었다. 이러한 유전체 분석은 주요 진세노사이드 전환에 관여하는 유전자 특징을 이해하는데 큰 기여가 되었다.
본 논문은 벼 흰 잎마름병균인 Xanthomonas oryzae pv. oryzae(Xoo)의 병원성 유전자의 분자유전학적 연구현황을 기술하고자 한다. 또한 국내 고유 벼 흰 잎마름병균 KACC10331의 유전체해독 정보를 기반으로 다른 Xanthomonas의 유전체와 비교 분석함으로써, Xoo의 주요 병원성 유전자의 분자구조를 구명하고자 한다. 이를 통해 Xoo 고유 병원성 유전자 탐색 및 기능 해석을 위한 기초자료를 제공하는데 목적이 있다. Xoo 유전체에는 5개 과(family)에 속하는 9 type의 Insertion sequence(IS)가 611 copy로 존재하고 있으며, 주로 병원성 관련 유전자군 주위에 많이 분포하고 있는 것으로 나타났다. 현재까지 연구가 수행된 주요 병원성 관련 유전자인 hypersensitive response and pathogenicity (hrp) 유전자, extracellular polysaccharide (EPS) 유전자, extracellular enzyme 유전자, lipopolysaccharides (LPS) 유전자, 그리고 avilulence 유전자의 분자유전학적 연구현황을 기술하였다.
본 논문에서는 LTCC(Low Temperature Co-fired Ceramics) 공정을 이용하여 다층 구조의 의사 유전체 공진기를 설계하고, 이를 HMIC(Hybrid Microwave Integrated Circuit) 형태의 증폭기, 위상천이기와 함께 폐루프를 구성하여 초소형 전압 제어 의사 유전체 공진기 발진기(Vt-ADRO: Voltage-tuned Artificial Dielectric Resonator Oscillator)를 제작하였다. 의사 유전체 공진기는 주기적인 도체 패턴과 적층을 통해 기존의 유전체 공진기보다 소형의 크기를 갖는 공진기이다. 의사 유전체 공진기의 형상은 기본 도체 패턴 원판형을 갖고 이것을 적층하는 구조를 선정하였으며, 공진기의 물리적 치수 및 적층 수에 따른 공진 특성을 분석하였다. 소형의 크기로 제작하기 위하여 LTCC 기판의 상부에 의사 유전체 공진기를 내장하고, 하부에 증폭기, 위상천이기를 집적하였다. 제작된 의사 유전체 공진기 발진기는 $13{\times}13{\times}3mm^3$로 초소형이며, SMT(Surface Mount Technology) 형태를 갖는다. 설계된 발진기는 설계 주파수에서 개루프 발진 조건을 만족하였으며, 폐루프 측정 결과, 발진 주파수는 조정 전압 0~5 V에서 2.025~2.108 GHz, 위상 잡음은 100 kHz offset에서 $-109{\pm}4$ dBc/Hz, 출력 전력은 $6.8{\pm}0.2$ dBm을 보이며, PFTN(Power Frequency Tuning Normalized) FOM(Figure Of Merit)은 -30.88 dB를 보인다.
상당히 성공적인 사람병원체인 결핵균을 Robert Koch가 발견한 이래, 결핵 방제의 상당한 진보에도 불구하고, 결핵의 발생은 현재까지 계속되어오고 있다(Tiruviluamala and Reichman 2002). 그러므로, 완전한 민감성과 특이성을 갖는 신속한 진단방법이 결핵과 결핵의 잠복감염을 진단하는데 요구되어지며(Tiruviluamala and Reichman 2002), 계속적으로 결핵균과 BCG의 유전체와 단백질체 연구를 통하여 결핵 방제수단이 발전되어질 것이다 (Jungblut et al. 1999). 본 연구는 PPD가 결핵을 진단하는 특이한 항원만으로 정확하게 조화를 이루고 있지 않다는 것을 보여주었으며, 그것의 역가는 결론적으로 생물학적으로 평가되어져야 하지만, PPD의 제조는 단백질체 분석 기법에 의해 분석되고 표준화될 수 있음을 보여주었다. 이를 통하여 결핵 피내진단의 일괄된 결과를 위해 PPD 사용 전에 이와같은 단백질체 분석기법을 적용할 수 있을 것으로 사료되며, 본 연구에서 밝혀진 특이 항원은 새로운 피내진단항원으로 적용될 수 있을 것으로 사료된다.
Firmicutes에 속하는 Streptococcus sp. strain NM을 두경부암 환자로부터 분리하였다. 본 연구에서는 약1.90 Mb의 크기와 39.3%의 평균 G+C 함량을 가진 NM 균주의 비완전한 유전체를 보고한다. 유전체는 1,845개의 코딩서열, 12개의 리보솜 RNA 및 58개의 전사 RNA유전자를 포함하였다. 본 유전체로 부터, 항생제내성, 용혈 및 방어시스템과 관련된 유전자들이 확인되었다.
집적회로의 밀도가 높이기 위해 단일 소자의 크기를 줄이는 과정에서 발생하는 소자의 성능 저하를 줄이기 위해 새로운 구조 및 구성 물질을 변경하는 연구가 활발하게 진행되고 있다. 기존의 평면 구조를 변형한 3차원 구조의 n-channel FinFet는 소자의 구성 물질을 바꾸지 않고도 쇼트 채널효과와 누설전류를 줄일 수 있다. 다양한 구조의 유전 물질을 응용한 n-channel FinFEET은 기존의 n-channel FinFET보다 소자의 크기를 줄일 수 있는 가능성을 제시하고 있다. FinFETs에 관한 많은 연구가 진행되어 왔지만, 유전체 물질을 이용한 n-channel FinFETs의 구조에 대한 연구는 매우 적다. 본 연구는 FinFET의fin channel 영역에 유전 물질을 삽입하여 그 영향을 분석한 연구이다. FinFET의 fin channel 영역에 유전 물질을 삽입하여 평면 구조의 MOSFET에서 fully depletion SOI 구조와 같은 동작을 하도록 만들었다. 유전 물질을 삽입한 FinFET 소자의 전기적 특성을 3차원 TCAD 시뮬레이션을 툴을 이용하여 계산하였다. 유전 물질을 삽입한 n-channel FinFET에서 전자 밀도와 측면 전계의 영향이 기존의 FinFET보다 좋은 특성을 확인하였다. 또한 유전물질을 삽입한 FinFETs은 subthershold swing, 누설전류, 소비전력을 줄여 주었다. 이러한 결과는 n-Channel FinFETs의 성능을 향상시키는데 많은 도움이 될 것이다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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