• Proceedings of the Korea Contents Association Conference
• /
• 2014.11a
• /
• pp.55-56
• /
• 2014

치쿤구니아열은 치쿤구니아 바이러스(chikungu- nya virus)에 감염된 매개 모기(열대숲모기 및 흰줄숲모기)에 물려 감염되는 급성 열성 질환으로 잠복기가 짧고 치료제가 없기 때문에 조기 진단이 매우 중요한 급성전염병이다. 아열대기후로 진입하는 우리나라에서도 흰줄숲모기가 자주 발견되기 때문에 이 질병으로부터 결코 자유롭지가 않다. 치쿤구니아 바이러스 감염을 진단하기 위한 진단키트를 개발하기 위해 먼저 타깃 유전자 부위 선정이 매우 중요하다. 본 연구에서는 생명정보학을 기반으로 이 바이러스 만을 검출할 수 있는 epitope를 예측하고자 한다. 이 바이러스의 capsid 유전자를 찾고 유사한 바이러스의 유전자들과 multiple alignment를 수행하여 이 바이러스만이 가지고 있는 독특한 부위를 추출하였다. 이후 ProtScale Tool 프로그램으로 선택한 단백질의 친수성(hydrophilicity), 접근성(accessi- bility), 유연성(flexibility), 회전(${\beta}$-turns) 등의 특성을 모두 만족하는 부위를 선별하여 진단키트 제작을 위한 epitope를 제시하고자 한다.

• Proceedings of the Korea Society for Simulation Conference
• /
• 1999.10a
• /
• pp.114-120
• /
• 1999

본 연구는 Heuristic 알고리즘 및 유전자알고리즘(GA)을 이용하여 3단계의 통합차량운송계획 모델의 개발이다. 차량경로문제(VRP : Vehicle Routing Problem)를 해결하기 위한 접근방법으로 기존의 Saving 알고리즘을 개선하여 사용하였으며 유전자 알고리즘(Genetic Algorithm)의 각종 연산자 (Operators)들을 계산하여 사용하였다. 본 모델은 다음 3단계의 접근방법을 사용하였다 ; 1) 다 물류 센터의 문제해결을 위한 영역활당(Sector Clustering) 모델, 2) 경로계획모델(VRP Model), 및 3) 최적 운송계획모델(GA-TSP Model). 본 모델들을 다양한 운송환경에서, 거리산정방법, 가용운송장비 대수, 운송시간의 제한, 물류센터 및 운송지점의 위치 및 수요량 등 다양한 파라메터들을 고려한 통합시스템으로 3개의 Component로 구성된 GUI-Type 프로그램을 개발하고 Sample 응용결과를 보였으며 기존의 모델들 보다 우수한 결과를 보였다.

• Journal of KIISE:Computing Practices and Letters
• /
• v.5 no.2
• /
• pp.209-222
• /
• 1999

개발 과정의 생산성과 프로그램의 신뢰성을 향상시키기 위하여 소프트웨어 재사용이 매우 중요하며 , 효과적인 재사용을 위해서 세밀한 분류 방법과 정확한 검색 방법에 기반한 객체 지향 재사용 라이브러리가 필수적이다. 본 연구에서는 재사용 라이브러리의 다중 클러스터링(multi-way clustering) 분류 방법과 클러스터 기반 선형 검색(cluster-based linear retrieval) 방법에 유전자 알고리즘(genetic algorithm)을 적용한다. 다중 클러스터링은 부품들이 할당된 클러스터 개수, 클러스터 내부 유사도 그리고 클러스터들 사이의 유사도를 최적화하는 클러스터링을 찾아 부품을 세밀히 분류하는 것이고, 클러스터 기반 선형 검색은 주어진 질의와 유사한 부품을 많이 포함하는 클러스터를 검색하는 것이다. 본 논문에서는 유전자 알고리즘이 시뮬레이티드 어닐링 알고리즘(simulated annealing algorithm) 보다 우수한 해를 찾는 것을 실험을 통하여 보이고, 또한 본 알고리즘을 이용한 CORBA 기반의 재사용 클래스 라이브러리(RCL)를 기술한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2002.04a
• /
• pp.13-15
• /
• 2002

생물정보학 관련 프로그램들은 대부분 인터넷을 통해서 많은 생물학자, 생화학자 들에게 생물 정보 검색 및 처리 서비스를 제공한다. 이런 서비스를 제공하는 많은 프로그램들은 데이터베이스로부터 유전자 등의 데이터를 검색하고 처리한다. 이때 각각 클라이언트의 요청마다 매번 데이터베이스의 검색을 수행한다면 많은 시간이 걸리게 된다. 또한 서버에 과부하를 초래하여 응답시간이 길어질 수 있다. 본 논문에서는 서버의 과부하와 응답시간을 줄이기 위해 사용자의 요청을 그룹화하여 일정 시간 간격으로 일괄 처리하는 방법을 제안한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
• /
• 2004.04b
• /
• pp.340-342
• /
• 2004

Promsearch는 인간 DNA에서 코어 프로모터 영역을 예측하는 프로그램이며, PWM(position weight matrix)과 신경망을 기반으로 전사시작지점을 예측한다. 프로그램은 대량의 서열 데이터를 처리할 수 있도록 구성되었으며, 본 논문에서는 인간 염색체 22번에 대한 프로모터 예측 결과를 제시한다. Annotated된 936개의 유전자와 Promsearch가 예측한 프로모터간의 위치의 상관관계를 계산한 결과 87개에 대해 프로모터 예측 결과가 의미 있는 것으로 밝혀졌다. 예측의 민감도는 25%이며, Promsearch가 대규모 시퀀싱 프로젝트에서 나오는 대량의 서열 데이터를 1차적으로 분석하는 도구로서 사용될 수 있음을 확인하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
• /
• v.44 no.1
• /
• pp.82-88
• /
• 2017

Transgenic lily plants have been obtained after particle bombardment, using PDS-1000/He system and scale explants of lilies, followed by PPT (D-L-phosphinothricin) selection. In this study, scales of the lily plants cv. 'red flame' were bombarded with a plasmid containing the bar gene as a selectable marker, and the AtSIZ gene as a gene of interest, showing salt tolerance and drought tolerance respectively, and both being driven by the CaMV 35S promoter. For optimization of a protocol, factors which optimized and showed a high transformation efficiency under following conditions, were considered: a bombardment pressure of 1100 psi, a target distance of 6 cm and $1.0{\mu}m$ of gold particle, and 24-h pre-culture and post-culture on MS medium containing 0.2 M sorbitol and 0.2 M mannitol as osmoticum agents. After bombardment, all the bombarded scales of lily were transferred to MS medium without selective agents, for a week. Subsequently, these bombarded scales were transferred to a selection MS medium containing 10 mg/l PPT, and incubated for a month for further selection, after which they were cultured for another 4-8 weeks with a 4-week subculture regime on the same selection medium. After transferring into hormone-free MS medium, the PPT-resistant scales with shoots were successfully rooted and regenerated into plantlets. PCR analysis revealed that the surviving putatively transformed plantlets indicated the presence of both the bar gene and the AtSIZ gene. In conclusion, when 100 scales of lily cv. Red flame are bombarded, this study produced approximately 17-18 transgenic plantlets with an optimized bombardment protocol. The protocol described here can contribute to the breeding program of lilies.

• Journal of the Korean Society of Propulsion Engineers
• /
• v.8 no.3
• /
• pp.44-52
• /
• 2004

In this study, a component map generation method using experimental data and the genetic algorithms are newly proposed. In order to generate the performance map for components of this engine, after obtaining engine performance data through many experimental tests, and then the third order equations which have relationships the mass flow function the pressure ratio and the isentropic efficiency as to the engine rotational speed were derived by using the genetic algorithms. A steady-state performance analysis was performed with the generated maps of the compressor by the commercial gas turbine performance analysis program GASTURB. In comparison, it was found that the component maps can be generated from the experimental test data by using the genetic algorithms, and it was confirmed that the analysis results using the generated maps were very similar to those using the scaled maps from the GASTURB.

• The KIPS Transactions:PartD
• /
• v.8D no.1
• /
• pp.81-86
• /
• 2001

one key goal of software testing is to generate a 'good' test data set, which is consideres as the most difficult and time-consuming task. This paper discusses how genetic algorithns can be used for automatic generation of test data set for software testing. We employ mutation testing to show the effectiveness of genetic algorithms (GAs) in automatic test data generation. The approach presented in this paper is different from other in that test generation process requireas no lnowledge of implementation details of a program under test. In addition, we have conducted some experiments and compared our approach with random testing which is also regarded as a black-box test generation technique to show its effectiveness.

• Proceedings of the Korean Society of Propulsion Engineers Conference
• /
• 2004.10a
• /
• pp.195-200
• /
• 2004

In this study, a component map generation method using experimental data and the genetic algorithms are newly proposed. In order to generate the performance map for components of this engine, after obtaining engine performance data through many experimental tests, and then the third order equations which have relationships the mass flow function the pressure ratio and the isentropic efficiency as to the engine rotational speed were derived by using the genetic algorithms. A steady-state performance analysis was peformed with the generated maps of the compressor by the commercial gas turbine performance analysis program GASTURB(1). In comparison, it was found that the component maps can be generated from the experimental test data by using the genetic algorithms, and it was confirmed that the analysis results using the generated maps were very similar to those using the scaled maps from the GASTURB.

• Korean Journal of Poultry Science
• /
• v.41 no.3
• /
• pp.191-196
• /
• 2014

The identification and utilization of potential candidate genes with significant effects on economically important traits have become increasingly important in poultry breeding programs. The ovocalyxin-32 (OCX-32) gene is located chromosome 9 in chicken, plays an important role in eggshell formation. This study was performed to assess the association between single nucleotide polymorphisms (SNPs) of OCX-32 gene and egg production traits in the Korean native chicken. Four Korean native chicken population (n = 181; including 46 females of Ogol, 46 females of white, 43 females of gray and 46 females of black) were used to analyze two SNPs (c.494A>C and c.267T>G) in the OCX-32 gene by PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restricted Fragment Length Polymorphism). We measured egg production traits of age at first egg, first egg weight, egg production ratio and egg weight. The SNP c.494A>C was significantly associated with egg production ratio in Korean Ogol chickens (p<0.001) and egg weight in Korean white chickens (p<0.05). SNP c.267T>C was significantly associated with egg weight in Korean Ogol chickens (p<0.05). But there was no significant association in Korean gray and black chickens. Results suggest the possibility of using molecular markers in OCX-32 gene as a tool for performance and egg production traits in Korean native chicken breeding program.