• Restorative Dentistry and Endodontics
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• v.34 no.6
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• pp.537-550
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• 2009

During the last two decades, there has been an increasing interest in the impact of oral health on atherosclerosis and subsequent cardiovascular disease (CVD). To date, some periodontal pathogens including Porphyromonas gingivalis (P. gingivalis) have been reported to be relevant to CVD. Porphyromonas endodontalis (P. endodontalis), which shares approximately 87% sequence homology with P. gingivalis, is mostly found within infected root canals. However, recent studies reveal that this pathogen also resides in the dental plaque or periodontal pocket in patients with periodontitis. It has been shown that P. endodontalis invades human coronary artery endothelial cells (HCAEC) and coronary artery smooth muscle cells (CASMC). To evaluate whether P. endodontalis can participate in the progression of atherosclerosis and CVD, we examined the changes in transcriptional gene expression profiles of HCAEC responding to invaion by P. endodontalis in this study. The following results were obtained. 1. Porphyromonas endodontalis was invasive of HCAEC. 2. According to the microarray analysis, there were 625 genes upregulated more than two-folds, while there were 154 genes downregulated by half. 3. Upregulated genes were relevant to inflammatory cytokines, apoptosis, coagulation and immune response. Enhanced expression of MMP-1 was also noticeable. 4. The transcription profiles of the 10 selected genes examined by real-time PCR agreed well with those observed in the microarray analysis. Thus, these results show that P. endodontalis presents the potential to trigger and augment atherosclerosis leading to CVD.

• Proceedings of the Korean Fiber Society Conference
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• 2001.10a
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• pp.235-237
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• 2001

유전자 전달체에는 바이러스성 유전자 전달체와 비바이러스성 유전자 전달체의 두 종류가 있다. 바이러스성 유전자 전달체의 장점은 바이러스가 인체의 여러 세포에 침투가 용이하므로 유전자 전달의 효과가 크다는 것이다. 반면 바이러스에 의한 부작용과 인체의 면역 작용에 바이러스의 퇴치가 빠르게 진행되어 목적하는 효과가 반감된다는 단점이 있다. (중략)

• Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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• 2010.05a
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• pp.1124-1128
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• 2010

본 연구는 도시 개발이전의 유황곡선과 개발이후의 유황곡선을 일치시키기 위하여 강우유출수 제어설비의 크기 결정과 관련된 복합 설계기법을 제안하는데 있다. 우선 CN값을 산출 및 보정한 후, IETD에 따라 분할된 강우사상에 NRCS-CN 방법을 적용하여 직접유출량과 침투량을 산정한다. 직접유출량과 침투량의 장기적인 통계치는 개발이전, 개발이후, 개발이후 유수지 설계, 그리고 개발이후 제안된 복합설계의 경우에 대하여 각각 분석된다. 개발이전의 직접유출량과 침투량을 재현하기 위해서 유전자 알고리즘을 적용하여 유수지 및 저류지의 크기를 추정한다. 분석결과 복합설계 강우유출수 제어설비를 적용하였을 때 개발이전의 지표면 유출수와 침투수의 평균을 잘 재현하였고, 개발이전의 유황곡선이 개선될 여지가 충분히 있음을 확인하였다.

• Journal of Korean Society of Environmental Engineers
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• v.33 no.1
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• pp.1-8
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• 2011

This article proposes a hybrid approach involved in determining the size of stormwater control facilities as part of a very large scale urban retrofit project. The objective of the proposed hybrid approach is to restore the pre-development hydrologic cycle. Firstly, an appropriate IETD is determined to isolate single storm events from the continuous rainfall record. Then, using the NRCS-CN method, direct runoff and infiltration volume are computed for every storm events. Long-term statistics of direct runoff and infiltration volume are analyzed in each case of pre-development, post development, post development with detention only, and post-development with the proposed hybrid approach. In order to preserve long-term statistics of direct runoff and infiltration volume in the case of pre-development, the size of detention and infiltration-based retention are estimated using the genetic algorithm. The result shows that the proposed hybrid approach is very useful for restoring statistics of natural direct runoff and infiltration volume.

• Journal of the Korea Convergence Society
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• v.10 no.8
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• pp.59-65
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• 2019

There are various subtypes of cells in cancer tissues, but it is hard to confirm their composition experimentally. Here, we estimated the cell composition of each sample from gene expression data by using statistical machine learning approaches, two different regression models and investigated whether the cell composition was different between cancer and normal tissue. As a result, we found that CD8 T cell and Neutrophil were increased in oral cancer tissues compared to normal tissues. In addition, we applied t-SNE, which is one of the unsupervised learning, to verify whether normal tissue and oral cancer tissue can be clustered by the derived cell composition. Moreover, we showed that it is possible to predict oral cancer and normal tissue by several supervised classification algorithms. The study would help to improve the understanding of the immune cell infiltration at oral cancer.

• Korean Journal of Remote Sensing
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• v.27 no.1
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• pp.59-68
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• 2011

The analysis of optimal infiltration path is one of the representative fields in which the GIS technology can be useful for the military purpose. Usually the analysis of the optimal path is done with network data. However, for military purpose, it often needs to be done with raster data. Because raster data needs far more computation than network data, it is difficult to apply the methods usually used in network data, such as Dijkstra algorithm. The genetic algorithm, which has shown great outcomes in optimization problems, was applied. It was used to minimize the detection probability of infiltration route. 2D binary array genes and its crossover and mutation were suggested to solve this problem with raster data. 30 tests were performed for each population size, 500, 1000, 2000, and 3000. With each generation, more adoptable routes survived and made their children routes. Results indicate that as the generations increased, average detection probability decreased and the routes converged to the optimal path. Also, as the population size increases, more optimal routes were found. The suggested genetic algorithm successfully finds the optimal infiltration route, and it shows better performance with larger population.

• Korean Journal of Head & Neck Oncology
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• v.13 no.2
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• pp.169-179
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• 1997

서론 : Laminin의 수용기로 알려진 Integrin $\alpha6\beta4$의 세포내 표현 정도는 편평상피암을 위시한 여러 악성종양의 전이능력 및 예후와 밀접한 상관관계가 없다고 알려져 있다. 이 Integrin은 Laminin과 같은 세포와 리간드와 결합하면 상피세포의 기저막 지주 구조물인 hemidesmosome의 세포체질 요소(cytoskeletal element)와 연관되어 그 결과 세포의 기저막과 세포내 케라틴을 연결하는 역할을 한다. Integrin $\alpha6\beta4$는 구조적으로 다른 많은 integrin들과 달리 $\beta$4의 세포질내 영역(cytoplasmic domain)이 특징적으로 크다. 이 세포질내 영역 $\beta$4 integrin의 기능은 아직 밝혀지지 않고 있으나 아마 세포 성장의 신호전달 및 악성종양의 특징인 침윤 전이에 관련할 것으로 보아지고 있다. 재료 및 방법: 저자들은 우선 $\beta$4 integrin의 wild type s-DNA와 $\beta$4 세포질내 영역(cytoplasmic domain) 및 $\beta$4의 tyrosine 인산화 반응 부위가 각각 결손된 c-DNA를 PCR을 통하여 합성하여 pRc/CMV 벡터에 삽입한 후 원래 $\beta$4 integrin의 발현이 결집된 인간 방광암 세포에 Calcium phosphate precipitation 방법으로 주입(transfection)시켜 형질변환된 세포를 면역형광법, Flow cytometry 및 Immunoprecipitation 방법으로 클로닝하여 wild type $\beta$4-full length(Clone FL), truncated $\beta$4-cytoplasmic domain(C1one CD), 및 mutated $\beta$4-tyrosine phosphorylation site (Clone M)을 얻었다. 암 세포의 부착 및 침투 능력의 기능적 연구로 모노 클로날 항체와 fibronectin, laminin, Matrigel을 단백질 기질로 사용하였으며 결과 비교를 위하여 pRc/CMV 벡터만 주입시켰던 클로운과 방광암 세포주를 $\beta$4 integrin 음성 대조군으로 또한 이 Integrin의 높은 발현을 보이는 두경부 편평상피암 세포주를 양성 대조군으로 이용하였다. 결과 : 세포부착능력에 있어서 온전한 $\beta$4 cytoplasmic domain이 존재하는 클로운이 laminin에 강한 부착능력을 보였으나 fibronectin의 부착정도는 $\beta$4 integrin의 표현정도와 관계없이 모든 클로운에서 비슷하였다. Matrigel을 투과하는 암세포 침윤 능력에서는 $\beta$4 integrin의 표현이 존재하는 클로운들이 투과 능력이 높았으나 세포외 리간드가 없는 control membrane을 사용하였을 때와 비교하여 투과능력의 차이를 보이지 않았다. 결론 : 유전자 주입(transfection) 방법으로 integrin의 다양한 클로운의 합성이 가능하여 이 Integrin의 암 세포의 부착 및 침투 능력에서의 기능을 규명 할 수 있게 한다. $\beta$4 integrin은 편평상피 암세포의 부착에 있어서 세포외 리간드 laminin과 특이 결합하여 부착 능력을 높이는 중요한 역할을 하며 편평상피 암세포의 침투에 있어서는 $\beta$4 integrin의 표현이 침투 능력을 높이는 역할을 하나 이때에는 laminin과 같은 리간드와의 특이 결합에 의존하지는 않는 것으로 사료된다.

• Journal of Oral Medicine and Pain
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• v.22 no.2
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• pp.219-232
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• 1997

치아는 성별과 연령의 추정은 물론 혈형 검사와 유전자 검사까지 가능하게 하는 중요한 법의치과학적 자료이다 대부분 치아를 이용한 연구는 핵 DNA가 들어있는 치수에서의 연구로 치수내에는 풍부한 혈액 및 세포가 분포해 있어 핵 DNA가 다량 함유되어 있다. 그러나 순수 상아질에는 핵이 없고 따라서 핵 DNA도 없는 것으로 알려졌지만 치수내에 존재하는 핵 DNA가 상아세관을 통하여 상아질내로 침투할 가능성이 있고 실제 근관치료가 되어 있는 무수치를 감정하게 되는 경우도 있다. 본 연구에서는 이러한 치아중에서도 근관치료를 받은 무수치에서 개인식별에 활용되는 유전자가 검출되는지 여부를 확인하고자 하였다. 40개의 근관치료된 치아상아질에서 DNA출 추출하고 중합효소반응을 이용하여 증폭절편다형(Amp-FLPs)을 실시하고 X-Y homologous amelogenin gene과 STR 유전좌위 F13A01, LPL를 검색하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 40개의 근관치료된 치아중 19개에서 DNA가 추출되었다. 2. X-Y homologous amelogenin gene 검색으로 40개의 근관치료된 치아에서 21의 남자 치아중 5개, 19개의 여자치아중 7개 등 모두 12개 치아에서 성별검사가 가능하였다. 3. F13A01 유전자는 43개의 근관치료된 치아중 6개의 치아에서 검색되었으며, 4개의 대립유전자 및 5개의 유전자형을 관찰하였다. 4. LPL_유전자는 40개의 근관치료된 치아중 7개의 치아에서 검색되었으며, 3개의 대립유전자 및 3개의 유건자형을 관찰하였다. 이상의 결과를 종합하여 볼 때 근관치료된 치아상아질에서 중합효소반응을 이용한 성별검사 및 STR 유전자위의 검색은 일부 치아에서만 가능하였으나, 근관치료된 치아들도 개인식별을 위한 법의치과학적 자료로서 유용할 것으로 사료된다.

• Clinical and Experimental Reproductive Medicine
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• v.27 no.2
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• pp.183-190
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• 2000

연구목적: 포유류의 착상은 배아가 모체의 자궁벽에 매몰되는 현상으로 부착과 침투 과정을 거쳐 진행되며, 이 과정은 스테로이드 호르몬, 성장인자, 세포점착분자, 그리고 cytokine 등의 상호작용으로 이루어진다. 이 시기에 Interleukin-1 (IL-1)과 leukemia inhibitory factor (LIF) 등이 발현되는 것으로 알려져 있다. 본 실험에서는 이들의 발현이 착상과정에 어떠한 역할을 하는지 그 상관관계를 알아보고자 하였다. 재료 및 방법: 착상 전후의 배아와 자궁내막세포에서 LIF 유전자의 발현양상과 $IL-1{\beta}$와 IL-1 receptor antagonist (IL-1ra)를 처리한 LIF 유전자의 발현양상을 역전사중합효소연쇄반응 (RT-PCR)을 통해 비교하였다. 결과: 배아에서의 LIF 유전자 발현은 in vivo와 in vitro 모두에서 상실기와 포배기에 발현되었고, 자궁내막에서는 임신 1일과 4일째에 발현되었는데, 상실기보다는 포배기에, 그리고 임신 1일보다는 착상시기인 4일째의 자궁내막세포에서 발현양이 많은 것으로 나타났다. 자궁내막세포를 배양한 경우 LIF 유전자는 in vivo에서의 발현양상과 동일하게 임신 1일과 4일에 발현되었으며, 배양액에 $IL-1{\beta}$(500pgml)를 처리하였을 경우 LIF 유전자가 초기 임신 (1~5일) 중 발현되는 것으로 나타났다. 2-세포기 배아의 배양시에 $IL-1{\beta}$를 처리한 경우 8-세포기부터 LIF 유전자가 발현되었으며, 또한 IL-1ea(60 ng/ml)를 배양액에 첨가하였을 경우에는 임신1일째 자궁내막에서는 LIF 유전자가 발현되지 않은 반면, 임신 4일째의 자궁내막세포와 상실기, 포배기 배아 모두에서 LIF 유전자 발현이 감소하는 경향을 보였다. 결론: 이러한 결과는 착상 전후 배아와 자궁내막세포에서 IL-1에 의해 LIF 유전자 발현이 조절되며, 그 결과 착상에 영향을 줄 수 있다는 것을 의미한다. 또한 배아와 자궁내막세포에서 IL-1이 LIF 유전자 발현에 영향을 주는 것으로 보아 착상을 위해 IL-1과 LIF의 상호작용이 중요한 요인이라는 것을 확인할 수 있었다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.49 no.1
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• pp.1-7
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• 2013

During meiosis, genetic recombinants are formed by homologous recombination accompanying with the programmed double-strand breaks (DSBs) and strand exchanges between homologous chromosomes. The mechanism is generated by recombination intermediates such as single-end invasions (SEIs) and double-Holliday junctions (dHJs), and followed by crossover (CO) or non-crossover (NCO) products. Our study was focused on the analysis of meiotic recombination intermediates (DSBs, SEIs, and dHJs) and final recombination products (CO and NCO). We identified these meiotic recombination intermediates using DNA physical analysis under HIS4LEU2 "hot spot" system in budding yeast, Saccharomyces cerevisiae. For DNA physical analysis, when the hot spot locus is recognized by restriction enzyme from synchronous meiotic cells, the fragmented DNA that are forming recombination intermediates can be detected and quantified through Southern hybridization analysis. Our study suggests that this system can analyze the structural change of recombination intermediates during DSB-SEI transition, double-Holiday junctions and crossover/non-crossover products in meiosis.