• Korean Journal of Microbiology
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• v.42 no.2
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• pp.153-155
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• 2006

We constructed the null mutants of fission yeast Schizosaccharomyces pombe spSac3 gene that is homologous to budding yeast Saccharomyces cerevisiae SAC3 involved in mRNA export out of nucleus. Tetrad analysis showed that the spSac3 is essential for vegetative growth. The spSac3 mutants harboring pREP81X-spSac3 plasmid showed poly(A)+ RNA export defect in the presence of thiamine. These results suggest that spSac3 is also involved in mRNA export from the nucleus.

• Proceedings of the Korean Institute of Intelligent Systems Conference
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• 2003.05a
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• pp.51-54
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• 2003

진화하드웨어는 하드웨어 스스로 진화하여 필요한 회로를 구성한다 회로를 재구성하기 위해서 유전자 알고리즘을 사용한다. 유전자 알고리즘(Genetic Algorithm)은 전역적 탐색을 통하여 해를 구한다. 하지만 유전자 알고리즘은 많은 개체의 평가를 통하여 이루어지기 때문에 수행하는데 시간이 많이 소요된다. 이전의 연구에서 유전자 알고리즘 프로세서를 이용하여 진화하드웨어를 구성했다. 유전자 알고리즘 프로세서는 유연성이 떨어지고 범용적으로 사용하기 어렵다. 본 논문에서는 CPU를 이용하여 유전자 알고리즘 프로세서를 소프트웨어로 제어하는 방법을 제안한다 소프트웨어로 합성한 신호로 GAP의 동작을 제어하기 때문에 유연성을 가질 수 있다 FPGA에 CPU와 유전자 알고리즘 프로세서를 구현하여 one-chip 하드웨어를 구현한다.

• Proceedings of the Korean Society of Applied Pharmacology
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• 2001.11a
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• pp.106-106
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• 2001

Matrix metalloproteases (MMPs) 는 다양한 세포에서 전이와 침윤성에 중요한 역할을 한다. MMP의 내인성 저해제인 tissue inhibitor of motalloprotease-2 (TIMP-2) 는 MMP-2에 높은 특이성을 지닌다. MMP-2와 TIMP-2사이의 불균형은 침윤성과 전이와 같은 병리학적 과정과 관계되는 extracellular matrix (ECM)의 퇴화를 일으킨다. TIMPs는 분비되는 분자이기 때문에 특정한 암의 유전자 치료에 사용될 가능성을 지닌다. 본 연구에서는 MMP-2가 H-ras에 의해 유도된 침윤성에 책임지는 것으로 보여지는 H-ras MCF10A 세포에 TIMP-2 유전자를 함유하는 retrovirus를 이용하여 연구하였다. TIMP-2 유전자를 함유하는 재조합 retrovirus는 PG13 세포를 infection 시키는데 사용되었다. H-ras MCF10A 세포는 PGl3 세포의 conditioned media로 처리되었을 때, gelatin zymography에서 MMP-2의 분비가 농도의존적으로 저해되었다. 또한 retrovirus에 의한 TIMP-2의 과잉 발현은 농도의존적으로 H-ras MCF10A 세포의 침윤성과 이동성을 상당히 감소시킨다. 이와 같은 실험 결과는 TIMP-2가 H-ras MCF10A 세포에서 MMP-2 분비와 세포의 침윤성, 이동성을 감소시키는 역할을 지닌다는 것과 TIMP-2 유전자를 함유하는 retrovirus가 효과적으로 MMP-2 분비, 세포 침윤성, 세포 이동성을 감소시켰다는 것을 보여 준다. 이는 암의 예방과 치료를 위한 유전자 치료법의 적용에 상당한 가능성을 제시한다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.44 no.2
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• pp.98-104
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• 2008

We constructed the null mutants of fission yeast Schizosaccharomyces pombe rsml gene that is thought to be involved in mRNA export. Though rsm1 gene is not essential for growth, the null mutant strain constructed by replacing the rsm1-coding region with an $kan^{r}$ gene showed growth retardation and mRNA export defects compared to wild type strain. We constructed double mutants which harbor rsm1 null allele and mutant allele of genes involved in mRNA export. The mex67 or npp106 null allele, when combined with rsm1 null allele, showed an additive effect on growth retardation and mRNA export defects. On the other hand, the thp1 null allele restored the defects of growth and mRNA export of rsm1 null mutant. These results suggest that rsm1 plays a role in mRNA export from the nucleus.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.44 no.1
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• pp.80-84
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• 2008

We constructed the null mutants of fission yeast Schizosaccharomyces pombe spDbp5 gene that is homologous to DEAD-box RNA helicase DBP5 in budding yeast Saccharomyces cerevisiae, which plays important roles in mRNA export out of nucleus. A null mutant in an $h^+/h^+$ diploid strain was constructed by replacing the spDbp5-coding region with an $ura4^+$ gene using one-step gene disruption method. Tetrad analysis showed that the spDbp5 is essential for vegetative growth. The haploid spDbp5 null mutants harboring pREP81X-spDbp5 plasmid showed extensive $poly(A)^+$ RNA accumulation in the nucleus and decrease in the cytoplasm after repression of spDbp5 expression. These results suggest that spDbp5 is also involved in mRNA export from the nucleus.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2000.04b
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• pp.259-261
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• 2000

주어진 환경에 대한 특별한 사전 지식 없이 그 환경에 적응할 수 있는 자율이동로봇을 설계할 때는 우선 특정한 상황에서만 유효한 가정들을 될 수 있는 대로 배제하여야 한다. 본 논문에서는 이러한 적응 능력을 갖춘 자율이동로봇을 설계하기 위한 일환으로 유전자 프로그램을 이용하여 로봇의 제어기를 표현하고, 이를 진화하여 로봇이 현재 자신의 주변에서 얻을 수 있는 정보에만 기초하여 목표물을 찾아가는 행동 규칙을 학습하도록 하였다. 로봇은 현재 자신이 놓여있는 환경에 대한 지도를 작성하지 않은 채 현재 자신의 주변에서 얻을 수 있는 지역적인 정보만으로 특정 목표물을 찾아가도록 학습된다. 로봇은 먼저 단층 퍼셉트론을 사용하여 주어진 공간내의 장애물과 목표물을 인지하도록 학습된다. 그 이후 학습된 퍼셉트론을 유전자 프로그램의 함수 노드로 사용하여 트리를 진화시켰다. Khepera 시뮬레이터를 이용한 실험 결과, 로봇은 제한된 지역 정보만을 사용하여 목표물을 찾아가는 행동 규칙을 매우 안정적으로 학습할 수 있었다.

• Proceedings of the Korean Society of Computer Information Conference
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• 2014.01a
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• pp.321-322
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• 2014

게임에서 캐릭터가 현재 위치에서 목적지까지 경로를 탐색하는 것은 매우 중요하다. 특히, 오브젝트나 벽 등의 장애물들이 배치된 복잡한 게임 맵에서는 이러한 장애물을 회피하면서 가능한 최단 경로를 찾아 이동해야 한다. 본 논문에서는 복잡한 게임 맵 상에서 캐릭터가 목적지까지 최단 경로를 탐색하는 방법으로 유전자 알고리즘을 적용하는 방법을 제안한다. 유전자 알고리즘은 모집단(Population)을 구성하는 염색체의 인코딩 및 디코딩, 진화를 위한 연산자인 교차연산(Crossover)과 돌연변이연산(Mutation), 그리고 염색체를 평가하는 목적함수로 구성된다. 본 논문에서는 염색체 구성을 시작 노드에서 목적지 노드까지의 전체 노드로 구성하기 보다는 캐릭터의 현재노드에서 이동할 수 있는 8방향만으로 구성하여 염색체의 크기를 줄였고, 이를 통해 염색체의 인코딩과 디코딩 연산 시간을 줄일 수 있었다.

• Korean Journal of Breeding Science
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• v.49 no.3
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• pp.180-189
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• 2017

Genetically modified (GM) crops have been developed worldwide through the recombinant DNA technology and commercialized by global agricultural companies. Until now, GM crops have not been cultivated commercially in Korea. Commercialization of GM crops requires a compulsory assessment of environmental risk associated with the release of GM crops. This study was conducted to evaluate the frequency of pollen mediated gene flow from Bt transgenic rice (Agb0101) to japonica non-GM rice (Nakdongbyeo), indica non-GM rice (IR36), and weedy rice (R55). A total of 729,917, 596,318 and 230,635 seeds were collected from Nakdongbyeo, IR36, and R55, respectively, which were planted around Agb0101. Selection of the hybrids was determined by repeated spraying of herbicide and Cry1Ac1 immunostrip assay. Finally, the hybrids were confirmed by PCR analysis using specific primer. The hybrids were found in all non-GM rice and out-crossing ranged from 0.0005% at IR36 to 0.0027% at Nakdongbyeo. All of hybrids were located within 1.2 m distance from the Agb0101 rice plot. The meteorological elements including rainfall and temperature during rice flowering time were found to be important factors to determine rice out-crossing rate. Consideration should be taken for many factors like the meteorological elements of field and physiological condition of crop to set up the safety management guideline to prevention of GM crops gene flow.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.45 no.4
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• pp.300-305
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• 2009

We constructed the deletion mutants of fission yeast Schizosaccharomyces pombe spNab2 gene that is homologous to poly(A)-binding protein NAB2 in budding yeast Saccharomyces cerevisiae, which plays crucial roles in mRNA 3' end formation and mRNA export from nucleus into the cytoplasm. A null mutant in an $h^+$/ $h^+$ diploid strain was constructed by replacing the spNab2-coding region with an $ura4^+$ gene using one-step gene disruption method. Tetrad analysis showed that the spNab2 is not essential for vegetative growth and mRNA export. However, over-expression of spNab2 cause the severe growth defects and intensive accumulation of poly(A) RNA in the nucleus. Also, the spNab2-GFP fusions were localized mainly in the nucleus. These results suggest that spNab2 is also involved in mRNA export out of the nucleus.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.04a
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• pp.682-684
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• 2002

RNA 분자의 pseudoknot 구조는 이차 구조의 loop에 있는 염기와 이 loop 외부에 있는 염기와의 결합으로 생성되는 삼차 구조 요소이다. pseudoknot은 삼차 구조 형성에 필수적인 구조 요소일 뿐만 아니라, RNA 분자의 기능에 중요한 영향을 미친다. pseudoknot을 포함한 RNA 구조를 예측하는 문제는 매우 어려우며 많은 계산을 필요로 한다. 현재까지, 병렬 구조를 갖는 수퍼 컴퓨터에서 유전자 알고리즘을 이용한 프로그램의 예측 결과가 가장 우수하다고 알려져 있다. 그러나 이 프로그램은 수퍼 컴퓨터에서만 운용되기 때문에 일반 연구자가 쉽게 사용하기 어려운 단점이 있다. 본 논문은 유전자 알고리즘을 이용한 PC 기반의 pseudoknot 예측 프로그램에 대하여 기술한다. 실헙 결과는 PC 기반에서도 유전자 알고리즘을 이용하여 pseudoknot을 포함한 RNA 구조를 효과적으로 예측하고 있음을 보인다.