• Korean Journal of Microbiology
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• v.36 no.2
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• pp.112-118
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• 2000

A new gene encoding an acidophilic TEX>$\alpha$-amylase of Bacillus cil-culans KCTC3004 was cloned into Eschericlzia coli using pUC19 as a vector. The gene localized in the 5.8 kb PstI DNA fragment was expressed independently of its orientation in the cloning vector showing enzyme activity about 40 times greater than that produced by the original B, circulans The optimum pH and temperature of the cloned enzyme were pH 3.6 and 45^{\circ}C.$ respectively. The enzyme hydrolyzed starch to produce maltotriose and maltooligosaccharides. The SDS-PAGE and zymopram of the enzyme produced in E coli(p.4L850) indicated a molecular weight of 55,000.

• Proceedings of the Korean Society of Fisheries Technology Conference
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• 2003.05a
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• pp.43-43
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• 2003

우례기속(Epinephelus)에 속하는 어종 간의 계통분류학적 관계를 추정하기 위하여, 능성어아과(Epinephelinae)에 속하는 10종의 어류로부터 cytochrome b 유전자를 PCR증폭하고 클로닝한 후 그 염기서열을 밝혔다. PCR 증폭을 위한 프라이머들은 지금까지 밝혀진 여러 어종의 cytochrome b 유전자 주변부의 tRNA 유전자의 보존된 영역에 근거하여 디자인하였다. (중략)

• Korean Journal of Microbiology
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• v.27 no.2
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• pp.77-84
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• 1989

The temperature sensitive (ts) mutation on RNA1 gene of Saccharomyces cerevisiae prevents growth at restrictive temperature ($36^{\circ}C$) by accumulation of precursor tRNA, rRNA and mRNA (Hutchison et al., 1969; Shiokawa and Pogo, 1974; Hopper et al., 1978). RNA1 gene was cloned by complementation of the temperature sensitive growth defect of an rna1-1 mutant strain and identified by retransformation and concomitant loss of recombinant plasmid on non-selective condition. By deletion mapping, it was found that RNA1 gene resides within 3.5kb of BgII fragment.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.31 no.1
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• pp.27-36
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• 1993

Rhizobium fredii USDA191 은 대기 중의 질소를 환원하여 식물체의 생육에 필요한 질소원을 공급해주는 세균으로 다량의 체외 다당류를 합성한다. 전위요소 Tn5의 삽입에 의한 돌연변이 유도로 다당류결핍 변이주 R. fredii YKL293 가 분리되었으며 이 변이주로부터 Tn5 에 인접한 DNA 단편이 pUC19 에 클로닝되었고(plyk5293),이 DNA 단편을 탐침으로 하여 .lambda.NM1149 에 구성되 USDA191 genomic library 로부터 야생형체외다당류 합성관련 유전자(exo) 를 함유한 클론 .lambda. NM1149 22E 를 plaque 혼성화에 의하여 분리하였다. 클론 NM1149.22E 에 들어있는 exo 유전자를 pBR322 에 옮겨서 pJW33을 만들고, 재조합체 pJW33 을 Escherichia coli POII734 에 도입시켜 lacZ 구조유전자를 함유한 MudI 1734 가 exo 유전자의 프러모토와 융합되어 lacZ 구조유전자의 전사가 이루어지도록 하였다. 위와 같이 만들어진 재조합체 플라스미드 pUM21을 함유한 E. coli JM83 은 .betha.-galactosidase 를 합성하였으며, 야생형 tacZ 유전자를 갖고 있는 E. coli LE392 에 비해서 14-25배 정도 낮은 역가를 보였다.

• 대한생식의학회:학술대회논문집
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• 2001.03a
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• pp.195-205
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• 2001

태반 영양배엽 (trophoblast)은 포유동물의 발생과정 중 가장 먼저 분화되는 세포로서, 자궁환경내에서 배아가 착상, 발생, 및 분화하기 위해서 반드시 필요한 태반을 형성하는 색심적인 세포이다. 영양배엽 세포의 분화과정중의 결함은 배아의 사산이나 임신질환 등의 치명적 결과를 초래한다. 하지만, 영양배엽 세포의 분화를 조절하는 분자생물학적인 메카니즘은 아직 규명되지 않고 있다. 영양배엽 세포의 분화를 조절하는 경로를 규경하기 위한 선결과제는 분화된 영양배엽 세포에서만 발현하는 많은 유전자들이 밝혀져야만 한다. 본 연구팀은 최근에 분화된 영양배엽 세포에서만 발현하는 두 종류의 새로운 유전자들을 찾았다. 한 종류는 homeobox를 보유하고 있는 조절 유전자 Psx이고, 다른 한 종류는 임신호르몬인 태반 프로락틴 라이크 단백질 유전자 PLP-C${\beta}$이다. 본 연구과제의 목표는 이들 유전자의 기능과 조절 메카니즘을 규명함으로써, 영양배엽 세포의 분화를 조절하는 조절경로를 밝히는 것이다. 이를 위하여 다음과 같은 일련의 연구를 수행할 것이다. 1) Psx 유전자가 분화된 영양배엽 세포에서만 발현케 하는 조절 메카니즘을 규명하기 위해 functional assays, in vitro footprinting, gel mobility shift assays, 생쥐형질전화, UV crosslinking, Southwestern blot 등의 방법을 통해 Psx 유전자의 cis-acting 요인과 trans-acting factor를 밝혀 분석한다. 2) 영양배엽 세포의 분화조절 경로를 규명하기 위해 random oligonuclotide library screening, DD-PCR, subtractive screening 등의 방법을 이용하여 Psx 유전자에 의해 조절되는 하부유전자를 밝힌다. 3) Psx 유전자를 knock-out시켜 영양배엽 세포가 발달 및 분화하는데 미치는 역할을 밝힌다. 4) Yeast two-hybrid screening방법을 이용하여 태반 프로락틴 유전자의 수용체를 찾아 이들의 신호전달 기전을 밝힌다. 제1차년 연구결과로서, mouse와 rat으로부터 각각 Psx 유전자의 genomic DNA를 클로닝하여, 유전자 구조를 비교한 결과, mouse Psx (mPsx2)는 4개의 exons으로 이루어져 있는 반면에, rat Psx (Psx3)는 3개의 exons으로 구성되어 있었다. 즉, rPsx3는 mPsx2의 exon1이 없었다. Notrhern blot과 in situ hybridization 분석에 의해 mouse와 rat에서 Psx 유전자가 다르게 발현 조절되는 현상을 밝혔다. 실제로 mPsx2와 rPsx3의 5'-flanking지역을 클로닝하여 염기서열 분석 결과 전혀 homology를 찾을 수 없었다. 또한, 이들 각각 promoter의 activity를 luciferase reporter를 이용하여 조사한 결과 Rcho-1 trophoblast cells에서 각기 다른 activity를 보여 주는 것을 발견하였다. Psx 유전자의 transcription start sites는 Primer extension에 의해 밝혔다. 또한 Psx2 유전자를 knock-out 시키기 위해 targeting vector를 Osdupde1에 제작하였다. 본 과제를 시작할 때 새로운 프로락틴 유전자 하나를 클로닝하여 이 유전자를 PLP-I라고 이름을 붙였다. 이 후 이 유전자 (PLP-I)는 PLP-C${\beta}$라고 이름을 붙이게 되었다. Mouse PLP-C${\beta}$ 유전자의 counterpart를 rat에서 찾아 염기서열을 비교한 결과 mouse와 rat에서 PLP-C${\beta}$유전자의 homology는 약 79% (amino acid level)였다. 본 연구과정을 통해 또 하나의 새로운 PLP-C subfamily member를 mouse로부터 클로닝 하였고, 이 유전자를 PLP-C${\gamma}$라 하였다. PLP-C${\beta}$와 PLP-C${\gamma}$의 발현 유형은 Northern blot과 in 냐셔 hybridization 분석에 의해 태반의 제한된 spongitrophoblast와 trophoblast giant cells에서만 발현하는 것을 밝혔다. 놀랍게도 이들 두 새로운 유전자는 alternative splicing에 의해 두 종류의 isoform이 있음을 밝혔다. PLP family member 유전자로서 splicing에 의한 isoforms을 보여 주는 유전자로는 PLP-C${\beta}$와 PLP-C${\gamma}$가 최초이다. 이들 isoform mRNAs의 발현 유형은 RT-PCR 방법을 이용하여 규명하였다. 또 하나의 새로운 발견은 PLP-C${\beta}$와 PLP-C${\gamma}$가 독특한 유전자 구조를 갖고 있었다. 즉, PLP-C${\beta}$는 exon3의 alternative splicing에 의해 5개 혹은 6개의 exons을 갖는 two isoforms이 생긴다. 반면에 PLP-C${\gamma}$는 exon2가 alternative splcing이 되면서 7개의 exons을 갖거나 6개의 exons을 갖는 isoforms을 만든다. 그리고, PLP-C${\gamma}$의 promoter activity를 trophoblast Rcho-l${\gamma}$ 세포주를 이용하여 PLP-C${\gamma}$ 의 1.5 kb 5'-flanking 지역이 trophoblast-specific promoter activity를 갖고 있음을 밝혔다. PLP-C${\gamma}$ 유전자의 transcription start site는 Primer extension에 의해 밝혔다. 제 1차 년도의 연구결과를 토대로, 2차년에서는 다음단계의 연구를 수행하고자 한다. 즉, 1) mPsx2와 rPsx3의 promoter를 비교분석 함으로서 mouse와 rat에서 Psx 유전자가 다르게 조절되는 메카니즘 규명, 2) Psx와 PLP-C 유전자의 promoter에 있는 cis-acting elements 탐색, 3) Psx2와 Psx3의 단백질을 이용하여 이들이 binding하는 target sequence 규명, 4) 제작한 Psx2 targeting vector를 이용하여 ES cells에서 Psx2 유전자 knock-out, 5) Psx 유전자를 과발현시키는 세포주를 만들고 Psx에 의해 조절되는 유전자 탐색, 6) 새로 밝히 PLP-C members 유전자들의 조절기전을 Rcho-1 세포주를 이용하여 여러 거지 성장인자와 다른 호르몬에 대한 반응을 탐색, 7) Psx와 PLP-C${\gamma}$ 유전자의 chromosomal mapping 등을 밝힐 것이다.

• Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
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• v.14 no.6
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• pp.3114-3119
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• 2013

The mangrove ecosystems have the capacity to act as a sink of heavy metals entering aquatic ecosystems. Despite their potential exposure to metal contaminated sediments, mangroves appear to be highly tolerant to heavy metals. In this study, we cloned metal tolerance gene from mangrove plant. Using CTAB method, RNA were isolated from leaves and root tissue of Rhizophora stylosa habitated at Weno island in Micronesia Chuuk lagoon using CTAB method and phytochelatin synthase 1 (PCS1) gene was cloned using gene specific primers. Expression of PCS1 gene was increased 1.91 fold and 2.72 fold in mangrove propagules exposed to 100 ppb Cd and 10 ppb Cu, respectively. These results indicate that expression of PCS1 gene are promising tools for health assessment of mangrove ecosystem.

• KSBB Journal
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• v.17 no.4
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• pp.370-375
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• 2002

Isolation of a gene and determination of its expression pattern are essential in understanding its function. Among the genes localized in 12ql3, stSG3435 EST was chosen to study its expression pattern. The full-length CDNA was cloned by screening of human brain CDNA library and its sequence was determined by serial deletion followed by automated sequencing of the clones with overlapping fragments. The sequence analysis revealed that stSG 3435 CDNA displayed 100% identity to human MYGI and 86% identity to mouse melanocyte proliferation gene-1 (Gamm 1) originally identified from melanocyte, suggesting that MYGI determined by Northern blot analysis revealed the strongest expression in testes with ubiquitous expression in all the tissues tested. In order to investigate the cellular localization of its protein product, the green fluorescence protein gene was fused into the full-length coding sequence of MYGI, Transfection of the fusion construct followed by confocal microscopy resulted in the green fluorescence signal as a punctate state in cytoplasm indication that MYGI was localized in one of the cellular organelles.

• Journal of Life Science
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• v.8 no.3
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• pp.235-240
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• 1998

Matrix metalloproteinases(MMPs) are a group of zinc enzymes responsible for degradation of the matrix components such as collagen and proteoglycans in normal embryogenesis and remodeling and in many disease processes such as arthritis, cancer, periodontitis, and osteprocess. Genetically distince MMPs have been characterized and their genes have been cloned thus far from a variaty of species but not from fishes. In this stydy, a mmp cDNA was cloned by using RT-PCR(reverse transcriptase dependent polymerase chain reaction) from Scylliorhinus toraxzame(shark), agroup of cartilaginous fish, abundant in the coast of Pusan, Korea. It has 74% base homologue with membrane type matrix matalloproteinase-3 genes(mt3-mmps) from human, rat and chick, and also shows more than 90% residue homologue with them. In addition, it has cysteine switch domain, zinc binding domain(HExGH motif), propeptide cleavage site, and RRKR motif, which are present in MMPs. This result indicates that cDNA fragment cloned here may be mt3-mmp or its analogous gejne cDNA fragment of Scylliorhinus torzame.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.25 no.1
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• pp.40-45
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• 1987

The gene for the Bdi I modification enzyme, which is one of Bdi I restriction-modification system, fromBrevibacterium divaricatum FERM 5948 was cloned and expressed in E. coli. For cloning of the Bdi I methylase gene, we have initially used three cloning site(EcoRI, BamHI and Sal I) of plasmid vector pBR 322 and adopted the retransformation method after Bdi I restriction endonuclease cleavage. Selection of transformants carrying the gene was based on the resistance of the modified plasmid encoding the enzyme to cleavage by Bdi I restriction enzyme, and the recombinant plasmid pBDIM 116 containing 5.6kb EcoRI insery was proved to carry the gene. Crude cell extracts prepared from strains carrying the plasmid pBDIM 116 contained an S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity specific for the Bdi I recognition site, ATCGAT. The restriction map was constructed with 11 restriction enzyme, and the Bdi I restriction-modification system was also discussed.

• Journal of Life Science
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• v.13 no.1
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• pp.105-109
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• 2003

Epoxide hydrolase (EH) gene from Aspergillus niger #33 was cloned from cDNA library generated by reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR). The nucleotide sequence analysis revealed that the deduced amino acid sequence was almost similiar to that of A. niger LCP521 previously reported. The cloned EH gene was transformed into Saccharomyces cerevisiae and expressed by addition of galactose. The recombinant S. cerevisiae showed hydrolytic activity toward racemic phenyl oxirane substrate based on chiral GC analysis, and can be used as a potential biocatalyst for the preparation of chiral phenyl oxirane.