• 제목/요약/키워드: 유의적 유전자

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한국인 류마티스 관절염 환자의 봉독약침 치료반응과 Matrix Metalloproteinase-1의 유전자 다형성 연구 (Response to Bee Venom Acupuncture and Polymorphism of Matrix Metalloproteinase-1 Gene in Korean Patients with Rheumatoid Arthritis)

  • 이상훈;최도영;이윤호
    • Journal of Acupuncture Research
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    • 제21권1호
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    • pp.211-225
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    • 2004
  • 목적 : 류마티스 관절염 환자의 골 파괴에 중요한 역할을 하는 것으로 알려진 Matrix Metalloproteinase-1(MMP-1) 유전자의 단일 염기 다형성을 분석하고, 나아가 봉독약침 치료에 대한 반응과의 연관성을 조사하기 위하여 본 연구를 시행하였다. 방법 : 미국류마티스학회의 류마티스 관절염 기준에 해당하는 122명의 한국인 류마티스 관절염 환자와 건강한 92명의 대조군을 대상으로 pyrosequencing 방법을 이용하여 MMP-1 유전자의 -519 위치의 다형성을 비교 분석하였으며, 류마티스 관절염 환자군을 다시 유전자 유형에 따라 동통 관절수, 종창 관절수, 조기 강직, 통증 강도, 삶의 질 평가도구인 HAQ, 환자 및 의사의 전반적 질병상태 평가, ESR, CRP 등의 항목을 치료 전후 평가하여 비교 분석하였다. 결과 : 1. 류마티스 환자군과 건강한 대조군간에 MMP-1 유전자의 단일 염기 다형성의 유전자형의 분포와 대립유전자 발현 빈도에 통계적으로 유의한 차이가 나타났으며, 이는 MMP-1 유전자 다형성이 한국인 류마티스 관절염 환자의 질병 감수성과 관련이 있음을 추정할 수 있다. 2. 각 유전자형 그룹간 치료전 질병의 중증도 평가에서 임상 평가와 혈액의 급성 염증 반응물질 평가에서 통계적으로 유의한 차이는 없었다. 3. 급성 염증 반응의 지표인 ESR과 CRP level의 봉독약침 치료 전후 변화는 MMP-1의 유전자 다형성과 유의한 연관이 없었다. 4. 각 유전자형 그룹간의 치료 전후 질병 호전도 비교에서, AA 유전자형이 종창 관절수 평가에서 더나은 호전을 보였으며, 다른 모든 평가에서는 통계적으로 유의한 차이가 없었으며, 향후 관련 유전자와의 연관성 연구가 필요하다고 사료된다.

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생쥐 지방조직에서의 아디포넥틴과 포도당수송체-4 유전자 발현의 상관관계 (Correlation of Gene Expression between Adiponectin and Glucose Transporter 4 in Mouse Adipose Tissue)

  • 이용호
    • 생명과학회지
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    • 제24권8호
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    • pp.895-902
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    • 2014
  • 아디포넥틴은 이미 합성된 GLUT4의 translocation 증가를 통해 포도당의 세포내 유입을 촉진하며 인슐린 민감도를 증가시키는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서는 장기간(6주령부터 16, 26, 36, 47, 및 77주령까지)의 고지방식이(HFD)를 섭취한 비만 C57BL/6 생쥐와, 칼로리제한(CR) 또는 thiazolidinedione (TZD) 섭취에 의해 인슐린 민감성이 회복된 생쥐들로부터 지방조직을 적출하여 아디포넥틴과 GLUT4 의 mRNA 발현의 변화를 조사하였으며, 선형회귀분석(linear regression analysis)을 통해 아디포넥틴과 GLUT4 유전자 발현량 사이의 상관관계를 평가하여 아디포넥틴이 GLUT4 유전자 발현의 전사단계에서도 영향을 미치는지의 가능성을 확인하고자 하였다. 지방조직에서의 유전자 발현량은 TaqMan probe를 이용한 real-time PCR로 정량되었다. 실험결과, 지방조직에서의 아디포넥틴 mRNA발현량은 여러 조건의 생쥐 그룹들 사이에 유의한 변화가 나타나지 않았지만, GLUT4의 유전자 발현량은 HFD군에서는 감소하고, CR군(p<0.05)과 TZD군(p=0.007)에서는 유의하게 증가하는 변화가 확인되었다. 또한, 아디포넥틴과 GLUT4 mRNA 발현량 사이에는 유의한 상관관계를 나타내고 있음이 확인되었다. ND군(p<0.0001), HFD군 p<0.0001), 또는 각각의 주령과 식이별 소그룹, 그리고 CR군(p=0.002) 에서도 두 유전자간의 발현량이 유의하게 연관되어 있었다. 그러나 TZD군(p=0.73)의 생쥐에서는 그 연관성이 사라짐을 관찰하였다. 이는 TZD가 아디포넥틴 유전자 발현에는 영향을 미치지 않지만, GLUT4유전자 발현은 촉진하기에 두 유전자 사이에 유의하지 않은 상관관계로 변화되었음을 시사한다. 이들 결과는 아디포넥틴과 GLUT4의 유전자 발현은 강하게 연관되어 있으며, 두 유전자 발현 조절에 대한 공통적인 작용기전의 존재 가능성 또는 아디포넥틴이 GLUT4 translocation뿐만 아니라 GLUT4의 유전자 발현에도 직접적으로 작용하고 있음을 시사한다.

사료내 벤조산 첨가가 이유돼지의 장내 미생물 균총 및 면역체계에 미치는 영향 (Effect of Dietary Benzoic Acid on Beneficial Microflora and Immune Response in the Intestine of Weaning Pigs)

  • 오희경;최영환;김영해;김유용
    • 생명과학회지
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    • 제22권10호
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    • pp.1307-1315
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    • 2012
  • 본 연구에서는 이유자돈 사료에 벤조산 첨가가 위장 내 소화물과 방광 내 뇨의 pH, 장내 유익 미생물 균총수 및 장 조직 내 염증성 싸이토카인 유전자 발현양에 미치는 영향을 조사하였다. 자돈기 5주 동안 이유자돈 사료 내 벤조산 0.3%과 0.5% 첨가는 자돈 위 내 pH는 감소시키지는 않았으나, 방광 내 뇨의 pH 수치는 유의적으로 감소하는 것으로 나타났다. Lactobacillus casei 수는 맹장부위에서 벤조산 0.5% 첨가구와 대조구에서 유의적으로 가장 높게 나타났다. Lactobacillus plantarum 수는 맹장부위에서 벤조산 0.5% 첨가구에서 가장 높게 나타났다. 또한, 직장부위에서 L.plantarum 수는 대조구를 제외하고 모든 처리구에서 유의적으로 높게 나타났다. Bacillus subtillis 수는 맹장부위에서 벤조산0.5% 첨가구와 대조구에서 유의적으로 가장 높게 나타났으며, 직장부위에서는 벤조산0.3%와 0.5% 첨가구에서 가장 높게 나타났다. IL-$1{\beta}$ mRNA 유전자 발현 수준은 소장 상단에서는 벤조산 0.5%와 항생제 처리구에서, 소장중부에서는 벤조산 0.3%와 0.5% 처리구에서, 말단부위에서는 벤조산 0.3% 처리구에서 대조구보다 유의적으로 낮게 나타났다. IL-6 mRNA 유전자 발현 수준은 소장중부에서는 벤조산 0.5% 처리구에서 대조구보다 유의적으로 낮게 나타났다. TNF-${\alpha}$ mRNA 유전자 발현 수준은 소장 중단에서 벤조산 0.5%와 항생제 처리구에서 대조구 보다 낮게 나타났다. 본 실험을 통하여, 자돈 사료 내 benzoic acid 0.5% 첨가는 뇨의 pH 감소와 장내 유익 미생물 균총 수 조절 및 소장 내 면역체계 반응에 긍정적인 영향을 미치므로 자돈 건강을 향상 할 수 있으리라 사료된다.

Transferrin 유전자빈도에 의한 제주마의 유전적 특성 (Genetic Features of Cheju Horses based on Transferrin Gene Frequency)

  • 양영훈;김남영
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제46권1호
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    • pp.15-22
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    • 2004
  • 제주마의 세 구룹의 집단(group I , 제주도축산진홍원 관리마; group Il , 농가사육마; group III, 제주경마장의 경주마)과 외래품종인 Thoroughbred, Mongolian horse 및 Quarter horse에 있어서 transfemin 유전자 분포를 비교하기 위하여 Transferrin 유전자 exon 13, 15 및 16에 대하여 SSCP 분석을 수행하였다. 조사된 유전자의 빈도는 집단간의 유전적 분화거리를 측정하는데 이용되었고 집단분화의 유의성을 검정하였다. 집단분화를 나타내는 Fst 값에 의하면 제주마 group I 은 group Il (0.067) 및 group III(0.070)와는 가깝게 위치하고 있었으나 Mongol 집단과는 0.091 로, Thoroughbred 집단과는 0.189의 유전적으로 거리가 다소 먼 분화된 집단관계를 보여주고 있었다. 또한 제주마 group I 은 외래품종인 Thoroughbred, Mongolian horse, American Quarter 집단뿐만 아니라 제주마 group Il 및 m와도 차별화 되는 집단으로 유지되고 있음을 보여주고 있었다'(p <0.05). 제주 경마장에 경주마로 이용되고 있는 제주마 group ill는 제주마 group I 및 Thoroughbred 품종집단에 대해서 칩단분화에 유의성이 안정 ( p < 0.01)되 었고 나머지 다른 집단과는 집단분화의 유의성이 없었다(p > 0.05). 제주마 group Il, group Ill 및 몽고마 사이에는 분화 확률의 유의성이 없어서 이들 집단간에는 유전자 빈도가 매우 유사한 것으로 생각되었다. 이로서 비교적 짧은 기간에 번식환경의 격려 또는 외래품종의 유전자 유업에 의하여 제주마의 transferrin 유전자 빈도는 제주마 집단간에 이질화를 초래하고 있으며, 집단의 분화가 유전자의 유엽이 원인이라면 혈통보존되는 축산 진홍원의 관리집단 이외의 제주마 집단은 외래 품종의 유전자 유업으로 제주마의 고유한 유전적 특성이 빠른 속도로 희석될 것으로 생각된다.

단백질 상호작용 네트워크를 통한 유전체 단위반복변이와 트랜스유전자 발현과의 연관성 분석 (Genome-Wide Association Study between Copy Number Variation and Trans-Gene Expression by Protein-Protein Interaction-Network)

  • 박치현;안재균;윤영미;박상현
    • 정보처리학회논문지D
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    • 제18D권2호
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    • pp.89-100
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    • 2011
  • 인간 유전체에 존재하는 유전적 구조 변이(genetic structural variation) 중 하나인 유전체 단위반복변이(Copy Number Variation, CNV)은 유전자의 기능 발현과 밀접한 관련이 있다. 특히 특정 유전 질병이 있는 사람들을 대상으로 CNV와 유전자발현의 관계를 밝히는 연구가 계속 진행되고 있지만, 정상인 유전체에 대한 CNV의 기능적 분석은 아직 활발히 이루어지고 있지 않다. 본 논문에서는 다수의 정상인 샘플에서 찾아낸 공통된 CNV에 대하여 유전자들과의 기능적 관계를 유전자의 분자적 위치와 상관없이 밝힐 수 있는 분석 방법을 제시한다. 이를 위해 서로 다른 이질적인 생물학데이터를 통합하는 방법을 제시하고 공통된 CNV와 유전자와의 연관성을 분자적 위치와 상관없이 계산할 수 있는 새로운 방법을 제시한다. 제안된 방법의 유의성을 보이기 위해서 유전자 온톨로지 (Gene Ontology) 데이터베이스를 이용한 다양한 검증 실험들을 수행하였다. 실험결과 새롭게 제안된 연관성 측정방법은 유의성이 있으며 공통된 CNV와 강한 연관성을 갖는 유전적 기능의 후보들을 시스템적으로 제시할 수 있는 것으로 나타났다.

유전자군 분석의 방법론과 응용 (A Method for Gene Group Analysis and Its Application)

  • 이태원
    • 응용통계연구
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    • 제25권2호
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    • pp.269-277
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    • 2012
  • 마이크로어레이 분석은 특이 발현하는 개별적인 유전자보다 유전자 온톨로지(Gene Ontology)와 같이 기능적 분류나 생물학적 경로(pathway)와 관련된 유전자군을 찾아내는 것이 그 해석의 용이성 때문에 최근 더욱 많은 연구가 진행되고 있다. 약물 처리에 의한 생물학적 반응을 연구할 때, 한 유전자군에 속하는 유전자들 각각의 특이 발현 여부의 유의성을 나타내는 $p$-value들을 취합하여 그 유전자군의 유의성을 결정하는 통계 검증 방법을 본 논문에서 소개하였다. 본 논문에 제시된 유전자군 분석(Gene group analysis) 방법은 Fisher's exact test나 permutation test와 같은 기존의 대표적인 방법들보다 더 정확하고 적용범위가 넓음을 실재 생물학 실험 자료의 분석을 통해 보였다. 제시된 유전자군 분석 방법은 SAS 프로그램으로 구현되었고 저자의 홈페이지(http://cafe.daum.net/go.analysis)에서 내려 받아 사용할 수 있다.

한우 종모우의 소 성장호르몬 유전자 다형과 정액성상과의 관계 (Relationships Between Bovine Growth Hormone Gene Polymorphism and Semen Characteristics in Hanwoo Bull)

  • 이성수;김진호;정준;박노형
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제44권6호
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    • pp.693-700
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    • 2002
  • 한우 종모우에 있어 소 성장호르몬 유전자의 출현빈도를 알아보고 소 성장호르몬 다형과 정액성상과의 관계를 살펴보기 위하여 실시하였다. 한우 종모우 109두의 소 성장호르몬 유전자를 Alu I 제한효소로 처리하여 PCR-RFLP로 분석하였다. Leucine(Leu)과 valine(Val) 유전자의 출현빈도는 각각 0.88과 0.12이었다. 소 성장호르몬 VV 유전자형을 지닌 한우 종모우가 다른 유전자형을 지닌 종모우보다 정액성상(정액량, 정자농도, 총정자수)이 떨어지는 경향을 보였지만 소 성장호르몬의 유전자형이 정액성상에 유의적인 영향은 미치지 못하였다. 채취순번에 따른 영향에 있어서도 VV 유전자형을 지닌 종모우가 다른 유전자형을 지닌 종모우보다 정액성상이 떨어지는 경향을 보였지만 유의적인 차이는 나타내지는 못하였으며 다만 년도에 따른 영향에 있어 1998년도 VV 유전자형을 지닌 종모우가 다른 유전자형을 지닌 종모우보다 총정자수에 있어 유의적으로 적게 나타났다(P<0.05). 전체적으로 소 성장호르몬 유전자의 VV 유전자형을 지닌 종모우의 정액성상이 다른 유전자를 지닌 종모우의 정액성상보다 낮은 경향을 보였지만, 조사한 109두의 한우 종모우 중 VV 유전자형을 지닌 종모우가 1두로 분석되어 이 종모우의 정액성상만을 이용하여 소 성장호르몬 유전자다형이 정액성상에 미치는 영향을 살펴보았기에 종모우 선발시 기초자료로 이용하기에는 추가적인 시험이 필요할 것으로 사료된다.

합성유전자를 이용한 식물단백질의 향상 (Plant Protein Improvement by Synthetic Gene)

  • 김태금;양문식
    • KSBB Journal
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    • 제7권3호
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    • pp.155-160
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    • 1992
  • 식량으로 쓰이는 식물 단백질은 공통적으로 Isoleucine, Lysine, Methionine, Threonine, Tryptoplan등 5가지 필수아미노산이 결핍되어있다. 본 연구에서는 이러한 필수아미노산을 다량 함유한 단백질을 발현시킬 수 있는 합성유전자를 fekaqo에서 높은 수준으로 발현시키고자 강한 식물 promoter로 알려진 CaMV 35S, CaMV duplicate 35S promoters를 사용하였다. 형질 전환 및 재분화된 식물을 분석한 결과 본 합성 유전자가 식물 nuclear genome 안으로 도입을 안정하여 잘되었고 mRNA수준까지는 유의적인 증가를 보였으나 단백질 수준에서는 유의적 수준의 증가를 관찰할 수 없었다.

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마이크로어레이 데이터의 기호코딩을 통한 유의한 후보 유전자 검출 (Candidate Significant Gene Recommendation with Symbolic Encoding of Microarray Data)

  • 이건명;이혜리;김원재;윤석중;김용준;정필두;김은정
    • 한국지능시스템학회:학술대회논문집
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    • 한국퍼지및지능시스템학회 2007년도 춘계학술대회 학술발표 논문집 제17권 제1호
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    • pp.417-420
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    • 2007
  • 마이크로어레이는 생명과학 분야에서 사용되는 대규모의 유전자 발현정도를 동시에 측정할 수 있는 도구이다. 마이크로어레이 실험은 많은 양의 데이터를 생성하기 때문에, 자동화된 효과적인 분석기법이 필요하다. 이 논문에서는 약물의 영향 분석을 위해 약물의 투여량 및 투여후의 시간대별로 샘플을 추출하여, 마이크로어레이를 이용하여 유전자의 발현량을 분석하는 경우에, 약물에 대해서 반응하는 유전자를 추출하는 데이터 마이닝 기법을 제안한다. 제안한 방법에서는 유전자의 발현정도값을 이전 시간의 값을 기준값으로 하여 증가, 감소, 답보에 해당하는 기호로 매핑하여, 분석자가 원하는 패턴을 보이는 유전자를 추천한다. 한편, 유전자의 상호간에 많은 영향을 주고 받기 때문에 특정 약물을 투여할 때, 이에 직접적인 영향을 받는 것도 있지만, 이와는 전혀 상관없이 동작하는 것도 있기 때문에, 제안한 방법에서는 이러한 약물 투여와 유의성이 있을 가능성이 있는 유전자만을 전처리과정을 통해서 필터링하는 기법을 활용한다. 제안한 방법은 실제 약물 투여 실험 샘플에 대한 마이크로어레이 데이터에 적용하여 활용가능성을 확인하였다.

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미토콘드리아 ND1 유전자 염기서열 비교를 통한 국내 서식 황소개구리의 유전적 다양성 조사 (Genetic Diversity of Rana catesbiana Captured on various sites in Korea based on mitochondrial ND1 sequence)

  • 이지영;심재한;정인실
    • 한국산학기술학회:학술대회논문집
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    • 한국산학기술학회 2005년도 춘계학술발표논문집
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    • pp.297-300
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    • 2005
  • 1970년대 식용을 위한 양식을 목적으로 일본에서 수입된 황소개구리가 국내 하천과 호서생태계에 큰 피해를 주었으나, 최근 급속히 그 개체수가 줄어든 것으로 추정되므로 이번 연구에서는 국내에 서식하는 북미산 황소개구리의 유전자 분석을 통하여 개체동태군에 대한 유전적 연관을 조사하였다. 이를 위하여 전라남도 지역에서 서식하는 황소개구리를 채집하여 이미 발표된 북미산 황소개구리와 미토콘드리아 ND1/tRNA 유전자 1215bp의 염기서열을 비교, 분석하였다. 북미산과 비교하였을 때 조사한 국내 서식 개체 모두에게 ND1/tRNA 유전자 1개 위치에서 염기변화가 발견되었으나 이는 도입 개체군의 유전자인지 국내 특이변이가 진행된 것인지 확실하지 않다. 또한 조사한 개체 일부에서 유전자 염기서열의 6위치에서의 변이가 발견되었으나 국내 서식 황소개구리는 미국산 황소개구리와의 유전적 차이가 거의 없으며, Kimura-2-parameter 분석결과 국내 서식 황소개구리 개체 내에서 $98.7\%\~100\%$의 높은 유사성을 보여 종내 유전적 차이가 거의 없는 것으로 보인다. Neighbor-Joining과 Maximum Parsimony 분석 결과, cluster를 이루는 개체군의 차이를 보였으므로 개체들이 분화되어 나온 시점과 위치가 다른 것으로 확인되었지만 장흥, 영암, 고흥의 개체가 국내 도입시기의 개체군에 속하며 광주, 남평 지역의 개체군이 고흥의 한 개체로부터 분화되어 나왔음을 추정할 수 있다. 이러한 결과로부터 국내에 서식하는 황소개구리가 도입 후 지역 특이적 분화가 일어났다고 결정하기는 무리가 있으며, 이와 같이 유전적 유전도가 높은 개체들간의 교배에 따른 유전적유전적 다양성의 감소가 최근에 관찰되는 국내산 황소개구리의 급격한 감소원인들 중의 하나일 가능성을 시사한다.년도) 18,756, 2045(년도) 22,595, 시장점유율 증가로 인한 수출액 증가분 누적(억원) : 2015(년도) 3,411, 2025(년도) 8,847, 2035(년도) 14,433, 2045(년도) 18,005 또한 시나리오 비교평가를 실시하여 본 결과, 본 연구에서 정의한 순편익 누적(Cumulative Net Profit) 변수를 적용하면 현재 연구비 추세 대비 $30\%$ 까지 연구비를 증가 시키는 것이 효율적임을 알 수 있었다.성, 생산 용이성, 제품 디자인의 우수한 정도가 a=0.01 수준 하에서 유의적으로 추정되었다. 이들 변수들 중에서 품질경쟁력에 가장 큰 영향을 미치는 측정변수는 제품의 기본 성능, 수명(내구성), 신뢰성, 제품 디자인의 순서로 추정되었다. 이것은 한국 제조업이 아직 산업 디자인이 품질경쟁력에 크게 영향을 미치는 성숙단계에 이르지 못하였음을 의미한다. (2) 제품 디자인에게 영향을 끼치는 유의적인 변수는 연구개발력, 연구개발투자 수준, 혁신활동 수준(5S, TPM, 6Sigma 운동, QC 등)이며, 제품 디자인은 우선 품질경쟁력을 높여 간접적으로 고객만족과 고객 충성을 유발하는 것으로 추정되었다. 상기의 분석결과로부터, 본 연구는 다음과 같은 정책적 함의를 도출하였다. 첫째, 신상품 개발과 혁신을 위한 포괄적인 연구개발 프로젝트를 품질 경쟁력의 주요 결정요인(제품의 기본성능, 신뢰성, 수명(내구성) 및 제품 디자인)과 연계하여 추진해야 할 것이다. 둘째, 기업은 디자인 경영 마인드 제고와 디자인 전문인력 양성을, 대학은 디자인 현장 업무를 통하여 창의력 증진과 기획 및 마케팅 능력 교육을, 정부는 디자인 기술개발 및 디자인 교육지원의 강화를 통하여 각각 디자인 경쟁력$\rightarrow$품질경쟁력을 제고시켜야 할 것이

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