• 제목/요약/키워드: 원자

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RNA의 이차 구조 요소 및 삼차 구조 요소를 추출하기 위한 PDB 구조 데이터 마이닝 (Mining the Secondary and Tertiary Structures Elements of RNA from the Structure Data of PDB)

  • 임대호;한경숙
    • 한국정보과학회:학술대회논문집
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    • 한국정보과학회 2003년도 가을 학술발표논문집 Vol.30 No.2 (2)
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    • pp.826-828
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    • 2003
  • 이제까지 Protein이나 RNA와 같은 분자의 구조는, 대부분 X-ray crystallography나 Nuclear Magnetic Resonance (NMR) 방법을 통해 분석이 이루어 졌다. 이 방법들은 실제 분자를 직접 원자레벨에서 분석하는 방법으로, 분자를 구성하는 모든 원자의 3차원 좌표 정보를 얻어 낼 수 있다. 원자의 3차원 좌표 정보는 분자의 전체적인 모양과 구조를 이해하는데 유용한 정보이다. 하지만, 분자의 구조를 좀 더 완벽히 이해하기 위해서는 원자 레벨의 좌표 정보 보다는 좀 더 높은 차원에서의 구조 정보가 필요하다. 특히 분자의 구조를 예측하거나, 분자들 사이에 결합 관계를 예측하기 위해서는, 원자 레벨의 정보만으로는 필요한 모든 정보를 얻을 수 없다. 이러한 경우, 분자의 2차원 또는 3차원 구조 요소 (structural elements)가 더욱 좋은 정보를 제공해 줄 수 있다. Protein 분자의 경우. 이미 3차원 좌표 정보를 이용해서, 2차원 구조 요소를 알아내는 자동화된 방법이 알려져 있다. 그러나 RNA의 경우 protein에 비해 알려진 결정 구조가 적기 때문에. 아직까지 2차원 구조 요소나 3차원 구조 요소를 알아내는 자동화된 방법이 알려져 있지 않다. 따라서, 이제까지는 RNA의 구조 요소를 알아내기 위해, 사람이 직접 RNA분자의 3차원 좌표 정보를 분석함으로써 많은 시간과 노력이 필요했다. 이 때문에, 우리는 RNA의 원자들의 3차원 좌표 정보를 이용해서, 2차원 구조요소와 3차원 구조 요소 정보를 자동화된 방법으로 밝혀내는 알고리즘을 개발하였다. 우리는 분자를 구성하고 있는 원자들의 3차원 좌표 정보를 Protein data bank (PDB)에서 가져왔다. 우리의 알고리즘은 PDB file형태의 데이터라면 protein-RNA 복합체나 RNA 분자 모두에서 RNA의 2차원 구조 요소나 3차원 구조 요소를 얻어낼 수 있다. 우리의 연구는 RNA의 원자레벨의 3차원 좌표 정보를 이용해서 RNA의 구조 요소를 뽑아내는 첫 번째 시도로, 우리의 알고리즘을 통해 얻어진 구조 정보는 RNA의 구조 예측 연구나. protein-RNA complex의 결합 예측 연구에 많은 도움을 줄 수 있으리라 기대된다.

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분자동역학 전산모사를 이용한 탄소박막의 구조해석

  • 이승협;이승철;이광렬
    • 기계저널
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    • 제44권3호
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    • pp.70-78
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    • 2004
  • 이 글에서는 MD 전산모사를 통해 합성거동의 원자규모 해석, 계면에서의 원자혼합 거동, 박막 구조의 원자규모 분석 및 박막 물성과의 관계규명이 가능함을 소개하고, 또한, 탄소에 관한 Tersoft 포텐셜 함수의 한계로부터 포텐셜 함수의 개선이 필요함을 보여준다.

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클릭,e업체-코리아 PDS

  • 신승철
    • 디지털콘텐츠
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    • 4호통권143호
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    • pp.20-21
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    • 2005
  • 산업계를 강타한 원자제 파동은 예고된 것이라는 지적이 많다. 수년 전부터 전문 연구기관들은 중국의 경제개발 가속화, 세계 기상이변, 자원 무기화 추세 등을 근거로 세계적 원자재난 발생을 경고해 왔고 결국 이 경고가 현실로 나타난 것. 원자제 문제 해결 없이는 우리 경제의 본격적인 회복도 불가능하다. 원자재 등 각종 물가정보를 제공해주는 코리아 PDS를 찾아봤다.

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벤처기업을 찾아서 - (주)PSIA, 원자현미경 우리 기술로 제작

  • 한국과학기술단체총연합회
    • 과학과기술
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    • 제35권6호통권397호
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    • pp.30-31
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    • 2002
  • 성남시 상대원동 공단에 자리잡고 있는 벤처기업(주) PSIA(대표이사 박상일)는 세계 최고의 기술인 원자현미경(XE-100)을 순수 우리 기술로 제작하고 있다. 국내에 이미 2백여대의 원자현미경이 연구실과 기업 생산라인에 보급되어 있으며 PSIA가 개발한 핵심기술은 현재 국제특허를 출원 중이다.

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Ge(110) 표면에서 탄소 원자 확산에 대한 수소의 효과

  • 박가람;정석민
    • 한국진공학회:학술대회논문집
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    • 한국진공학회 2016년도 제50회 동계 정기학술대회 초록집
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    • pp.127.2-127.2
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    • 2016
  • 연구된 Si위의 흡착원자들의 확산 메커니즘들에 비해 Ge 표면에서의 확산 메커니즘은 잘 알려져 있지 않다. 최근 연구에 따르면, 수소가 덮인 Ge(110) 표면에서 그래핀 결정 핵생성은 비등방적이며, 낟알 둘레없이 웨이퍼 크기로 성장시킬 수 있음을 보였다. 본 연구에서는 VASP(Vienna Ab-initio Simulation Package)의 NEB(Nudged Elastic Band) 방법을 이용하여 수소가 덮인 Ge(110) 표면과 청결한 표면에서 탄소원자의 확산 과정과 확산에 따른 에너지 장벽을 계산 하였다. 계산 결과 수소가 덮인 표면에서의 탄소원자 확산은 체인 방향으로 각각 3.29 eV, 2.67 eV의 에너지 장벽을 가지고 청결한 표면에서는 탄소원자가 게르마늄 연결을 치환하며 확산한다. 이때 에너지 장벽은 0.82 eV이고 치환된 게르마늄이 확산할 때는 각각 0.64 eV, 0.59 eV의 에너지 장벽을 넘어야 한다. 결과적으로 수소가 덮인 표면에서보다 청결한 표면에서 탄소 확산 에너지 장벽이 낮으며, 청결한 표면에서는 탄소가 게르마늄을 치환하고 치환된 게르마늄이 확산할 확률이 높음을 알 수 있었다.

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MCNP 선원항 평가법에 의한 SMART 압력용기 중성자 조사량 예비평가

  • 김교윤;김하용;송재승
    • 한국원자력학회:학술대회논문집
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    • 한국원자력학회 1998년도 춘계학술발표회논문집(2)
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    • pp.606-611
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    • 1998
  • 330MWt 출력의 신형 원자로인 SMART(System integrated Mod씰w Advanced ReacTor)가 전기 생산뿐만 아니라 해수의 담수화를 위한 에너지 공급을 위해 한국원자력연구소에 의해 개발되고 있다. SMART의 원자로 압력용기에서의 중성자 조사량을 기존의 각분할법 코드 대신에 몬데칼로 수송 코드인 MCNP-4A를 이용하여 평가하였다. MCNP-4A에 의한 몬데 칼로 모사는 각분할법에 비해 핵 단면적 자료, 선원항, 그리고 기하학적 모델링의 문제로부터 야기되는 불확실성을 감소시킬 수 있을 뿐만 아니라 초기 개념 설계 단계에서 상세 노심 출력 분포 자료에 의존하지 않고 선원항을 평가할 수 있는 장점이 있다. 본 연구에서는 원자로 압력 용기 내부의 원자로 노심 및 다른 구조물을 포함하는 전체 원자로 구조에 대하여 몬테 칼로 모사를 적용하였다. 1단계에서는 임계도 계산에 의해 선원항으로 이용되는 원자로 노심내의 열 출력 분포를 평가하고, 2단계에서는 노심내의 열 출력 분포를 고정 선원으로 이용하여 압력 용기에서의 중성자 조사량을평가하였다. 그 결과 SMART 압력용기의 중성자 조사량은 규제 요건을 만족하는 것으로 나타났다.

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세준위 모델원자에서 2광자 광여기 현상 (Two-photon excitation in three-level atom)

  • 김영철;성도현;김기식
    • 한국광학회지
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    • 제5권2호
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    • pp.260-265
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    • 1994
  • 단일모드 외부 전기장과 상호작용하는 세준위 모델원자에서, 기저준위와 최상준위 사이의 2광자 광여기 과정을 살펴보았다. Resolvant 이론을 사용하여, 기저준위와 최상준위만을 포함하는 두준위 모델원자의 유효 Resolvant를 구하고 상호작용 상수와 진동수 어긋남을 변수로 하여 광여기 과정을 분석하였다. 특히, 유효 두준의 모델원자의 양상블을 도입하여 두준위 모델원자들 간의 간섭현상을 통한 일관된 해석을 시도하였다.

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원자로 냉작재 펌프 진단 시스템에 관한 연구 (A Study on the Diagnostic System for Reactor Coolant Pump)

  • 배용채
    • 소음진동
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    • 제8권4호
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    • pp.723-732
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    • 1998
  • 원자력 발전소에서 운전되고 있는 원자로 냉각재 펌프는 대형 수직 펌프로서 증기 발생기로부터 원자로에 냉각재를 순환시키는 중요한 역할을 담당하고 있다. 원자로 냉각재 펌프는 운전 조건 및 각종 결함에 따라 진동, 열적 변형, 마모 등의 비정상 상태에서 운전될 수 있으며, 이로 인한 발전소 신뢰성 저하의 원인이 된다. 따라서 이 펌프의 감시 및 진단에 대한 연구가 계속되어 왔으며 각종 시스템이 설치 운용되고 있다. 그러나 미국내의 거의 모든 냉각재 펌프 감시 시스템은 펌프의 고진동 여부만을 나타내며 진동의 원인을 진단하기 어렵다. 본 연구에서는 최근까지 주로 발생되었던 미국내 원자로 냉각재 펌프의 문제점을 분석하고 이들의 원인별 진동 특성을 지식베이스화 하였으며, 진단시스템 개발을 위한 알고리즘을 제안하였다.

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Kinetic Monte Carlo 시뮬레이션을 이용한 흡착 원자의 확산 계수 결정 (A method for determination of diffusion parameters of adatoms using kinetic monte calo simulation)

    • 한국진공학회지
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    • 제9권4호
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    • pp.419-427
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    • 2000
  • 본 연구는 원자의 주변 환경에 따른 각각의 확산 속도를 구할 수 있는 기구를 제시하였다. STM 또는 HRLEED 등의 실험과 kinetic Monte Carlo(KMC) 시뮬레이션 계산과의 비교를 통하여 테라스 위 흡착 원자의 확산장벽, step 끝 부착 원자의 탈착 확산 장벽, 잘 알려진 Schwoebel 장벽을 포함한 각각의 확산 장벽을 구할 수 있었다. 팔-넓이, 군집 밀도, 거칠기 등이 시뮬레이션 계산과 실험 결과를 비교하는 데에 가장 적절한 원자단위의 구조변수들임을 확인하였고, 특히 아직 잘 사용되지 않은 구조 계수인 가지폭이 확산 장벽을 구별하여 구하는 데에 중요한 역할을 하는 것을 확인하였다.

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광펌핑된 세슘빔원자시계에서 마이크로파 전이신호의 비대칭성 (Asymmetry of microwave transition signal in a Cs atomic beam frequency standard)

  • 강훈수;김영기;정혜연;김재필;송석호;김필수;오차환;이호성
    • 한국광학회:학술대회논문집
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    • 한국광학회 2000년도 하계학술발표회
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    • pp.70-71
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    • 2000
  • 세슘빔 공진기에서 세슘D$_2$ 전이선으로 광펌핑된 원자가 램지공진기에서 마이크로파의 주파수에 따른 초미세준위의 바닥상태간의 원자밀도 전이에 의한 형광 신호의 분포를 펌핑광의 세기에 따라 관측하였다. 펌핑광의 편광방향이 자기장에 나란한 $\pi$편광일 때 각 제만부준위의 마이크로파 전이 신호는 mF=0을 중심으로 $\pm$mF의 신호세기가 대칭적이었으나 펌핑광의 편광 방향이 자기장에 수직인 $\sigma$ $\pm$ 인 경우에는 비대칭적임을 확인하였다. 이것은 펌핑광의 주파수가 세슘빔 공진기에서의 세슘공진주파수에서 detuning이 있는 것에 의한 것으로 예상하였다. 이를 확인하기 위해 원자밀도행렬방정식으로 세슘빔공진기에서 마이크로파 전이신호를 계산하였다. 펌핑광의 세기와 편광방향, detuning에 따른 마이크로파 전이신호의 분포가 실험치와 잘 일치함을 알 수 있었다. 이 연구는 세슘빔 원자공진기에서 펌핑광의 주파수가 세슘공진주파수에 detuning된 정도를 관측할 수 있는 방법을 제시해 준다. (중략)

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