• Journal of Life Science
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• v.22 no.3
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• pp.417-427
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• 2012

We compared the transcriptome in response to propanol stress in wild-type and propanol-resistant mutant Escherichia coli using the DNA microarray technique. The correlation value of RNA expression between the propanol-treated wild type and the untreated-one was about 0.949, and 50 genes were differentially expressed by more than twofold in both samples. The correlation value of RNA expression between the propanol-treated mutant and the untreated one was about 0.951, and 71 genes in two samples showed differential expression patterns. However, the values between the wild type and mutant, regardless of propanol addition, were 0.974-0.992 and only 1-2 genes were differentially expressed in the two strains. The representative characteristics among differentially expressed genes in W3110 or P19 treated with propanol compared to untreated samples were up-regulation of hest shock response genes and down-regulation of genes relating to ribosome biosynthesis. In addition, many genes were regulated by transcription regulation factors such as ArcA, CRP, FNR, H-NS, GatR, or PurR and overexpressed by sigma factor RpoH. We confirmed that RpoH mediated an important host defense function in propanol stress in E. coli W3110 and P19 by comparison of cell growth rate among the wild type, rpoH disruptant mutant, and rpoH-complemented strain.

• Journal of the Korean Society of Radiology
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• v.17 no.7
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• pp.1057-1065
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• 2023

Non-invasive liver fibrosis diagnosis is crucial for patients with chronic liver diseases. Many patients cannot undergo liver tissue biopsy, so predicting the degree of liver fibrosis early through meaningful methods can reduce complications related to chronic liver diseases, such as liver cell carcinoma and cirrhosis. This study compared and analyzed the quantitative measurement of liver fibrosis using shear wave elastography in conjunction with liver ultrasound findings and their associations with serum biomarkers (p<0.05). The results showed that the shear wave elastography measurement in the normal group was 4.55 ± 0.69 kPa, while the abnormal contrast group with echogenic patterns had a measurement of 8.27 ± 1.83 kPa. The hepatitis B carrier group exhibited higher shear wave elastography measurements, and among serum biomarkers, AST, ALT, GGT, and PT showed statistically significant positive correlations with fibrosis severity according to SWE categories (p<0.05), while ALP and TB did not demonstrate statistically significant differences (p=0.163, p=0.567). Conversely, Albumin and PLT showed significant negative correlations (p<0.05). Clinically, utilizing shear wave elastography measurements through liver ultrasound in the tracking and repeat testing of liver fibrosis in chronic hepatitis B patients without cirrhosis can assist in achieving more objective diagnoses among healthcare providers.

• Journal of Korean Society of Environmental Engineers
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• v.29 no.8
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• pp.895-903
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• 2007

As for the increasing demanding on the development of direct-ecological landfill monitoring methods, it is needed for critically defining the condition of landfills and their influence on the environment, quantifying the amount of enzymes and bacteria mainly concerned with biochemical reaction in the landfills. This study was thus conducted to understand the fates of contaminants in association with groundwater quality parameters. For the study, groundwater was seasonally sampled from four closed unsanitary landfills(i.e. Cheonan(C), Wonju(W), Nonsan(N), Pyeongtaek(P) sites) in which microbial diversity was simultaneously obtained by 16S rDNA methods. Subsequently, a number of primer sets were prepared for quantifying the specific gene of representative bacteria and the gene of encoding enzymes dominantly found in the landfills. The relationship between water quality parameters and gene quantification were compared based on correlation factors. Correlation between DSR(Sulfate reduction bacteria) gene and BOD(Biochemical Oxygen Demand) was greater than 0.8 while NSR(Nitrification bacteria-Nitrospira sp.) gene and nitrate were related more than 0.9. A stabilization indicator(BOD/COD) and MTOT(Methane Oxidation bacteria), MCR(Methyl coenzyme M reductase), Dde(Dechloromonas denitrificans) genes were correlated over 0.8, but ferric iron and Fli(Ferribacterium limineticm) gene were at the lowest of 0.7. For MTOT, it was at the highest related at 100% over BOD/COD. In addition, anaerobic genes(i.e., nirS-Nitrite reductase, MCR. Dde, DSR) and DO were also related more than 0.8, which showing anaerobic reactions generally dependant upon DO. As demonstrated in the study, molecular biological investigation and water quality parameters are highly co-linked, so that quantitative real-time PCR could be cooperatively used for assessing landfill stabilization in association with the conventional monitoring parameters.

• The Korean Journal of Applied Statistics
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• v.29 no.7
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• pp.1247-1255
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• 2016

Kim and Lee (2015) identified a superior FABP4 gene that improves the grade and fatty acid of Korean cattle. This study selects a superior genotype by expanding genes that influence the economic traits of Korean cattle. Expanded genes are FABP4, SCD, FASN and SREBPs that are related to grade and fatty acid (Oh, 2014). We use the adjusted economic-trait values with environmental factors excluded. We also applied multifactor dimensionality reduction(MDR) method to data of the adjusted economic-trait values. As a result, we identified superior genes and genotypes which improved the grade and fatty acid of Korean cattle.

• Journal of Korean Foot and Ankle Society
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• v.16 no.2
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• pp.108-115
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• 2012

Purpose: To evaluate several risk factors related to re-ulceration of diabetic foot including psychosocial aspects such as familial support and degree of independence of patients' activity. Materials and Methods: We reviewed medical records and performed telephone interview with eighty-five patients who had a history of hospitalization in our hospital due to diabetic foot ulceration from year 2002 to 2010. Based on the collected data, we analyzed several factors such as age, gender, prevalence duration, accompanying diseases, HbA1c level, degree of independence and familial support. Results: The mean age was 61.4 years and most common in the 4th decade. There were 57 cases (67%) of recurrence, predominance of male. Eleven patients with recurrent diabetic foot ulceration had undergone major amputations. Psychosocial problems such as depression, insufficient familial support and mortality were more frequently observed in recurrent group. Conclusion: This study shows that psychosocial factor such as familial support for patient with diabetic foot could be important to reduce the recurrence rate of diabetic foot ulceration. Therefore, we should pay attention to strategic plans for prevention, screening, treatment, and aftercare through the prospective studies including psychosocial risk factor in diabetic foot ulceration.

• Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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• 2006.05a
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• pp.1460-1464
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• 2006

강수량의 특성 및 계절적인 양상은 지협적인 원인이기 보다는 해수면 온도(sea surface temperature)와 같은 기상 현상에 주로 영향을 받는다. 이러한 관점에서 강수량과 같은 수문변량의 장기적인 거동을 기상인자로부터 유추하고자 하는 연구는 무엇보다 중요하며 이러한 추론을 바탕으로 강수량의 장기예측 및 모의를 위한 기본적인 도구로 활용을 가능케 한다. 따라서 본 연구의 주요 목적은 해수면 온도를 기본으로 강수량과 기온의 변동성 및 상관성을 분석하고자 하며, 무엇보다 한반도 근해의 해수면 온도와의 직 간접적인 개연성을 살펴봄으로서 보다 효과적인 강수량 예측을 위한 하나의 변수로서의 가능성을 평가하고자 한다. 이를 위해 다양한 분석 방법 즉, 연주기를 제거하지 않은 자료의 선형적인 지체 상관 분석, 연주기를 제거하기 위해 표준화 된 자료의 지체 상관 분석 및 비모수적 상관분석을 수행하였다. 연주기를 제거하지 않은 자료의 경우 매우 강한 상관관계를 나타내었지만 이는 주로 계절 특성으로 인한 것으로 사료된다. 그러나 연주기를 제거한 Anomaly는 상대적으로 매우 작은 상관성을 보이고 있으나 유의성 검토를 통해 통계적으로 유의한 관계가 존재함을 확인 할 수 있었다. 따라서 강수량의 예측을 하나의 변수로서 이용이 가능할 것으로 사료되나 근해뿐만 아니라 한반도 기상의 연관성을 갖는 타 지역기상인자와의 보다 통합적인 검토가 필요하다 하겠다.

• Applied Biological Chemistry
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• v.36 no.6
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• pp.533-538
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• 1993

The Wx protein, known as starch synthase or starch glucosyl transferase (E.C. 2.4.1.11), is responsible for the amylose synthesis. In an effort to explain the mechanism of amylose biosynthesis, the starch synthase known as Wx protein was identified by analyzing the various wx rice mutants with SDS-PAGE of proteins extracted from rice starch. Finally, the 66 kDa protein was purified by extracting the starch-bound protein fractions followed by Suprose 12 gel filtration chromatography.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2011.06a
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• pp.551-554
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• 2011

덮어쓰기 제약(overwirte limitation)과 삭제 횟수 제한(limitted erase cycle)이 있는 플래시 메모리의 특징이 의하여, 플래시 메모시는 시스템에서 요청한 쓰기 요청보다 많은 수의 쓰기 연산을 수행하게 되는데, 시스템에서 요청한 쓰기요청과 실제 쓰기 연산 간의 비율을 쓰기 증폭 인자(Write Amplification Factor, 이후 WAF)라 한다. WAF는 성능과 신뢰성에 중요한 요소로 본 논문에서는 WAF를 예측 할 수 있는 분석모델을 제안한다. 제안된 모델은 페이지 사상 FTL, 블록 사상 FTL, 혼합 사상 FTL 등 다양한 FTL에서 WAF를 예측 할 수 있으며, 예측에 사용되는 매개 변수로 이용율(utilization), 무작위율(randomness), 연관도(Associativity)만을 사용하여 단순하다는 특성이 있다. 본 논문은 실제 Linux 환경에서 측정한 WAF와 비교 분석 결과 제안된 모델이 WAF를 정확히 예측 할 수 있음을 발견하였다.

• Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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• 2011.05a
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• pp.359-359
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• 2011

기존 수자원계획에 있어서 수문량 예측은 매우 제한적으로 활용되고 있는 실정으로서 최근 기후변화 및 이상기후로 기인하는 기상학적 불확실성 증가에 대해서 효과적으로 대응 하기가 어렵다. 본 연구에서는 기상인자를 활용한 수문변량 예측기법을 개발하고자 하며 국내에 수문자료가 충분한 지역에 대해서 모형의 적합성과 타당성을 평가하고자 한다. 대부분의 수문변량은 해수면온도, 해수면기압, 바람장 등 Large Scale의 기상학적 특성과 연관성을 가지고 있으며 선행시간을 가지고 수문순환에 영향을 주고 있다. 수문변량과 기상학적 변량사이에는 일반적으로 비선형 관계를 가지고 있는 것으로 알려지고 있으며 이러한 비선형 관계를 효과적으로 예측하기 위해서 본 연구에서는 비선형 예측모형을 개발 하고자 한다. 최근 비선형 예측모형에서 불확실성을 고려한 모형에 대한 연구가 활발히 진행되고 있으며 특히, 다중 모형을 사용한 Ensemble 개념의 예측모형 도입이 이루어지고 있다. 본 연구에서는 국내 다목적댐 유입량 및 강수량에 대해서 최적 기상변량을 도출하고 이를 활용한 비선형 Ensemble 예측모형을 개발하였다. 일반적인 선형 회귀분석 모형에 비해 기상현상과 수문현상에 비선형성을 효과적으로 재현할 수 있는 장점을 확인할 수 있었으며 이와 더불어 예측결과에 대한 불확실성을 제공함으로서 신뢰성 있는 수자원 계획을 위한 기초자료로서 활용이 가능할 것으로 판단된다.

• Proceedings of the Korean Society for Food Science of Animal Resources Conference
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• 2005.10a
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• pp.123-126
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• 2005

본 연구는 고등동물의 불포화지방산 생합성의 핵심 효소로 알려져 있는 Stearoyl-CoA desaturase(SCD) 유전자의 특정한 단일염기다형(single nucleotide polymorphism; SNP)이 한우의 도체 및 육질형질에 미치는 영향을 분석하기 위해 SCD 유전자의 Intron 7번 영역의 특정부위를 포함하는 primer를 제작하고, 염기서열 분석을 통하여 유전자 구조를 해석한 결과 총 211bp 크기를 갖는 염기서열의 122번째에서 아데닌(A)${\leftrightarrow}$구아닌(G) 염기치환으로 발생한 단일염기다형(SNP) 부위를 발견하였다. 이들 단일염기다형 염기서열 부위를 PCR-SSCP(single-strand conformation polymorphism) 기법을 이용하여 분석한 결과 3종류의 SNP 유전자형(A/A, A/G 및 G/G)을 검출하였다. 이 가운데 A/G 유전자형이 한우의 근내지방도와 등지방두께와 고도의 유의적 연관성이 있다는 새로운 사실을 발견하였다. 따라서, 본 연구를 통해 개발된 한우 SCD 유전자의 특정한 단일 염기다형 표지인자는 한우의 연령 및 성별에 관계없이 육질이 우수한 고급육을 생산하는 우량 한우의 조기식별에 매우 유용한 DNA 표지인자로 활용할 수 있을 것으로 기대된다.