• Title/Summary/Keyword: 식물 모델링

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Nucleotide Sequence Analysis and Secondary Structure Modeling of the 3'-Noncoding Regions of Two Korean Strains of Turnip Mosaic Virus (순무 모자이크 바이러스 두 한국계통의 3' 말단 비번역부위에 대한 염기서열분석 및 2차구조 모델링)

  • 최장경;류기현;최국선;박원목
    • Korean Journal Plant Pathology
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    • v.11 no.3
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    • pp.271-277
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    • 1995
  • The RNA nucleotide sequences of the 3/-noncoding regions (3'-NCRs) of two Korean strains of turnip mosaic virus (TuMV), Ca and cqs, have been determined from their cDNA clones that encompassed the 3'-terminal regions of the viral genomic RNAs. The 3'-NCRs of both strains were 209 nucleotides long, terminated with GAC residues and poly (A) tails. The potential polyadenylational signal motif, UAUGU, was located 140 nucleotides upstream from the poly (A) tail in each of the virus. A highly conserved hexanucleotide sequence [A G U G A/U G/C], which was common in the 3'-NCRs of the potyvirus RNAs, was also found at the regions of 119 bases upstream from the 3'-end. Comparison of the 3'-NCRs of the two Korean isolates with those of four strains from Canada, China and Japan showed significantly identical genotypes (94.3∼99.5%). The secondary structure of three loops with long stems was found within the 3'-NCRs by sequence analysis. The substituted bases in the region among the six TuMV strains did not alter their secondary structures. Length of the 3'-NCRs of the know 11 potyviral RNAs and TuMV RNAs was different from one another and their nucleotide sequences showed 55.7% to 24.0% of homology. The 3'-NCR, therefore, is considered to be useful for phylogenetic studies in potyviruses.

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Contour-based Procedural Modeling of Leaf Venation Patterns (컨투어기반 잎맥 패턴의 절차적 모델링)

  • Kim, Jin-Mo
    • Journal of Korea Game Society
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    • v.14 no.5
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    • pp.97-106
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    • 2014
  • This study proposes an efficient method to model various and diverse leaves required to express digital plants such as flowers and trees in virtual landscape easily and intuitively. The proposed procedural method divides a leaf mainly into a blade and vein thereby detecting contours from binary images that correspond to blades and generating leaves by modeling leaf veins procedurally based on the detected contours. First of all, a complicated leaf vein structure is divided into main veins, lateral veins, and tertiary vein while all veins grow procedurally directing from start auxin to destination auxin. Here, to calculate destination auxin required for growth automatically, approximated contours from binary images that correspond to blades are found thereby calculating candidate destination auxin. Finally, natural digital leaves are generated by applying a color combination method. Through the proposed method, natural and various leaves can be generated and whether the proposed method is efficient or not is verified through the experiment.

Deposition Mechanism and Modeling of Particulate Organic Matter and Suspended Sediment in Riparian Vegetation (식생영역에서 입자성 유기물과 유사이송의 퇴적과정 및 모델링)

  • Jeon, Ho Seong;Lee, Woo Dong;Kim, Kyu Ho;Hong, Il
    • Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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    • 2016.05a
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    • pp.380-384
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    • 2016
  • 홍수완화의 관점에서 강을 관리하기 위하여 수자원의 이용과 생태계보전, 하천흐름과 형태학적 변화들에 대하여 충분히 이해하고 합리적으로 설명하는 것이 필요하다. 최근에 수변지역에서 발달된 식생은 홍수시에 감속영역과 생물들의 피난처를 제공하는 것 이외에 횡단방향의 혼합작용을 활성화하여 유사와 식물의 씨앗 및 입자성 유기물(POM)을 포착하는 기능을 하고 특히 흐름과 유사이송 및 하도 지형변화에 큰 영향을 주기 때문에 중요하다. 입자성 유기물(POM)은 하천생태계를 지탱하는 에너지원으로서 다양한 형태로 존재하고 미생물의 분해를 받아 무기화된 식생의 번무와 물질순환의 시발점이 되기도 하지만 현재까지 식생영역 내에서 그 공급과정에 관련이 있는 운동기구에 관한 연구는 아직 부족한 실정이다. 따라서 본 연구는 식생영역의 유사퇴적 및 분급작용, 입자성 유기물의 포착을 일으키는 원인과 흐름의 특징 중 식생영역 내에서 흐름방향으로 감속에 주목하여 수리 모형실험을 실시하였고 수변식생에서 부유사와 POM의 퇴적과정에 대하여 검토 및 모델링을 실시하였다. 수리 모형실험 결과 CPOM과 FPOM 모두 유사의 퇴적없이 그 자체로는 퇴적이 되지 않았고 수변식생의 종방향 이송의 경우 식생에 의해 퇴적된 부유사가 사련 형태로 형성이 되어 CPOM이 사련의 배후에서 캡쳐 되었다. 또한 두가지 샘플 움직임의 상호작용은 사련의 파고와 파장의 전파속도를 감소시켰다. 식생지역에서 횡방향 분산의 경우에 대해서는 각각의 유사 크기에 대한 퇴적물의 능선은 식생의 경계를 따라 형성되었고 운동의 범위는 유사 퇴적의 능선에 의해 촉진되어 횡방향으로 확산하며 확장되었다. 이러한 결과를 바탕으로 제한된 경험적인 지식보다 오히려 실험을 통하여 식생을 동반하는 장소에서 유사와 POM의 거동특성 차이 및 간섭작용을 명확히 한 후 현장에서 관측된 현상과 비교 검증이 필요하다고 사료되며 추후에 운동기구를 모델링 및 업그레이드 해 나가는 것이 앞으로의 하천생태계 예측평가에 필요하다고 판단된다.

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Growth Model of Common Ice Plant (Mesembryanthemum crystallinum L.) Using Expolinear Functions in a Closed-type Plant Production System (완전제어형 식물 생산 시스템에서 선형 지수 함수를 이용한 Common Ice Plant의 생육 모델)

  • Cha, Mi-Kyung;Kim, Ju-Sung;Cho, Young-Yeol
    • Horticultural Science & Technology
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    • v.32 no.4
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    • pp.493-498
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    • 2014
  • The objective of this study was to make growth and yield models for common ice plant (Mesembryanthemum crystallinum L.) using expolinear functional equations in a closed-type plant production system. Three-band radiation type fluorescent lamps with a 12-hours photoperiod were used, and the light intensity was $200{\mu}mol{\cdot}m^{-2}{\cdot}s^{-1}$. Nutrient film systems with three layers were used for plant growth. Environmental conditions, such as air temperature, relative humidity and $CO_2$ concentration were controlled by an ON/OFF operation. Leaf area, shoot fresh and dry weights, light use efficiency of common ice plant as function of days after transplanting, accumulative temperature and accumulative radiation were analyzed. Leaf area, shoot fresh and dry weights per area were described using an expolinear equation. A linear relationship between shoot dry and fresh weights was observed. Light use efficiency of common ice plant was $3.3g{\cdot}MJ^{-1}$ at 30 days after transplanting. It is concluded that the expolinear growth model can be a useful tool for quantifying the growth and yield of common ice plant in a closed plant production system.

Establishment of Basis Strategy for Health Recovery in Yeongsan River (영산강 건강성 회복을 위한 기본전략 수립)

  • Kim, Seok-Gyu;Kim, Hong-Tae;Ko, Kwang-Yong;Rhew, Doug-Hee;Jing, Dong-Il
    • Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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    • 2009.05a
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    • pp.1744-1747
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    • 2009
  • 하천의 상류부터 하류까지 통합적이고 유기적인 수질관리를 통해 모든 생명에 젖줄이 될 수 있는 하천환경을 조성하는 방안을 모색하고 가용 수자원의 효율적 활용을 통해 건천화된 영산강의 유량을 풍부하게 하는 한편, 이상강우에 대비한 고품격 하천설계로 재해로부터 안전한 하천으로 역할을 수행할 수 있는 방안을 강구할 필요가 있다. 더욱 생물의 서식지를 복원하고 단절된 하천을 연계하여 BLUE-GREEN 네트워크를 형성하고 하천의 생물다양성을 증진하여 많은 동 식물들이 활동하고 서식하는 생태적으로 건전한 하천으로 조성하는 방안과 마한 및 백제문화의 산물인 영산강 유역의 역사유적과 황금박쥐 서식처 등과 같은 환경자원을 발굴 연계하여 미래지향적인 지역문화를 재창조하는 방안을 모색할 필요가 있다. 따라서 본 연구에서는 미래지향적 인 지역문화를 창조하고 하천의 생물다양성을 증진하기 위해 가장 우선시 되어야 할 수질개선을 위해 영산강 유역에서 가장 시급한 문제점을 발굴하고 맑고 문제점 해결을 위한 대안을 설정하여 수질모델을 이용하여 대안에 따른 수질모델을 이용하여 수질개선 효과를 분석하였다.

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EFDC-WASP을 이용한 낙동강 살리기 사업에 따른 수질 변화 예측 모델링

  • Seo, Dong-Il;Kim, Min-Ae
    • Water for future
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    • v.44 no.3
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    • pp.24-31
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    • 2011
  • 본 연구는 낙동강의 4대강 살리기 사업에 의한 수질 변화를 예측하기 위하여 미국환경부에서 사용하는 3차원 수리동역학 모델 EFDC와 수질모델 WASP7을 연계 하는 방법을 택하였다. 수질모의결과, 사업에 의하여 전반적으로 BOD5 농도는 다소 감소하고 TN과 TP 농도는 거의 유사한 수준을 나타내었다. BOD5 농도의 감소는 체류시간이 증가함에 따라 유기물의 산화 또는 분해에 제공되는 시간이 증가되어 나타난 영향으로 분석된다. TN과 TP는 침강 또는 식물의 흡수 등에 의해 수체에서 제거되나 사업에 의해 크게 영향을 받지 않은 것으로 분석되었다. Chl-a 농도는 금호강이 유입되기 전 상류에서는 사업에 의해 심각한 수준으로 증가하는 것으로 분석되었으나, 금호강 유입 이후 이러한 증가 경향은 상당 부분 둔화되는 것으로 나타났으며 낙동강 하구언부근에서는 사업으로 인하여 Chl-a 농도가 감소되는 것으로 나타났다. Chl-a 농도의 변화는 TN 및 TP 농도가 사업에 의해 전반적으로 크게 차이가 나지 않음에 따라 영양염류의 농도변화에 의한 영향은 크게 작용하지 않은 것으로 판단되며, 보 건설에 의한 체류시간의 증가와 준설 또는 수심의 증가에 따른 광량의 감소가 복합적으로 작용한 결과에 의한 것으로 분석된다.

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Design and Implementation of Ontology based Situation-Awareness Middleware for Intelligent Food-warehouse Management (지능적 식품 저장고 관리를 위한 온툴로지 기반 상황인지 미들웨어 설계 및 구현)

  • Kim, Ki-Hwan;Nam, Tae-Woo;Yeom, Keun-Hyuk
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2011.06a
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    • pp.178-181
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    • 2011
  • 식물 저장을 위한 저온 저장고의 수요가 증가함에 따라 지능화되고 효율적인 저장고 관리 시스템에 대한 요구 또한 증가하고 있다. 기존의 저장고 관리 시스템은 관리자의 경험에 의존적이거나 센서의 임계치에 따른 단순한 상황 판단만이 가능한 수준으로, 식품에 따른 정밀한 신선도 관리가 불가능하다. 그에 따라 식품의 신선도 관리, 저장고 관리의 효율성 향상을 위해 상황인지 기술 도입이 고려되고 있으며, 그 중 환경 정보(Context)에 대한 관계를 모델링하기 위한 적합한 온톨로지 기반 상황인지 기술이 가장 주목받고 있다. 본 논문에서는 이러한 온톨로지를 이용하여 식품 저장고 운영에 필요한 상황인지 기능을 제공해줄 상황인지 미들웨어를 제안하며, 환경 정보 모델링 도구와 센서 및 저장고 운영 정보를 획득하는 방법, 이를 활용한 상황 추론을 수행할 온톨로지 매핑 방법을 제시하였고 이를 실질적으로 수행해 줄 상황인지 프로세스를 설계하고 구현하였다.

A DNA Coding Method for Evolution of Developmental Model (발생모델의 진화를 위한 DNA 코딩방법)

  • 이동욱
    • Journal of the Korean Institute of Intelligent Systems
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    • v.9 no.4
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    • pp.389-395
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    • 1999
  • 최근 몇 년간 생물학적 발생에 대한 구조 및 둥작원리의 모델링에 대한 빠른 진전이 일어나고 있다. 세포자동자(cellular automata CA)와 린드마이어-시스템(L-system)은 다세포의 대표적인 발생/발달 모델이다. L-시스템은 식물의 그래픽 표현에 적용되어 오고 있으며 CA는 인고생명의 연구모델과 인공두뇌의 건축 등의 분야에 적용되어 오고 있다, 현재까지 CA와 L-시스템의 발생규칙은 설계자의 설계에 의존하고 있다. 그러나 진화연사방법을 도입하면 CA와 L-시스템을 자동으로 설계할수 있다. 발생규칙의 진화를 위해서는염색체의 코트화가 필요하다. DNA 코딩방법은 유전자의 중복과 여분을 가지고 있으며 규칙의 표현에 적합한 코딩방법이다. 본 논문에서는 CA와 L-시스템의 규칙을 진화시키기 위한 DNA 코딩 방법을 제안한다.

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Buliding Clustered EST database for In Silico Cloning (전산 클로닝을 위한 Clustered EST 데이터베이스 구축)

  • Lee, Jin-Kwan;Choi, Eun-Sun;Ryu, Keun-Ho
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2001.10a
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    • pp.105-108
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    • 2001
  • cDNA(complementary DNA)를 복제(cloneing)하여 염기 서열화 한 EST(Expressed Sequence Tag) 데이터는 여러 생물체들의 염기서열 정보들과 비교를 통해 유사점을 찾거나 기능적 부위 검색을 통해 유전자 기능을 추정한 수 있어 기능 유전체 연구에 많이 사용되고 있다. EST 데이터를 식물은 특정종(Species)별로, 동물의 경우 종의 조직별로 클러스터링 함으로써 아직 알려지지 않은 종의 유전자를 밝혀낼 수 있음은 물론 유전자의 발현에 따른 단백질의 기능도 알아낼 수 있다. 따라서 이 논문에서는 NCBI에서 flatfile 형태로 제공하는 EST 데이터를 분석하여 관계형 데이터베이스로 모델링하고 구축하였다. 또한 EST 데이터의 효율적인 사용을 위하여 데이터를 특정 종의 조직별로 클러스터링하여 제공하는 시스템을 설계하고 구현하였다.

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