• 한국양식학회지
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• 제16권2호
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• pp.110-117
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• 2003

붉바리(E. akaara)의 뇌하수체에서 추출한 mRNA로부터 RACE 방법으로 cDNA를 cloning하고 염기서열을 분석하였다. 붉바리의 성장호르몬 cDNA는 5' UTR, open reading frame, 3' UTR이 각각 21 bp, 615 bp, 247 bp인 전체 883 bp로 구성되어있다. Adenylation signal로 작용하는 sequence인 AATAAA는 poly(A)로부터 20 bp upstream에 위치하는 것을 확인하였다. 염기서열을 바탕으로 추정한 성장호르몬은 204개의 아미노산으로 구성된 단백질로서 signal peptide(17 aa)와 mature protein(187 aa)을 포함하고 있으며 mature protein의 분자량은 21.3 kDa으로 나타났다. 이 호르몬은 단백질의 3차 구조에 중요한 이황화 결합을 할 수 있는 4개의 cysteine 잔기와 1개의 N-glycosylation site를 가지고 있었다. 붉바리 성장호르몬의 염기서열은 농어목에 속하는 다른 어류의 성장호르몬 염기서열과의 유사도가 높게 나타났으며 orange-spotted grouper, gilthead seabream과 각각 96.9%, 88.6%의 상동성을 보였다.

• KSBB Journal
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• 제19권1호
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• pp.42-49
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• 2004

Racemic epoxide에 대한 입체선택적 가수분해능을 가지고 있는 곰팡이, Aspergillus niger LK로부터 epoxide hydrolase (EH, EC 3.3.2.3) 유전자의 진화적 유연관계 분석을 행하였다. A. niger LK의 EH 염기서열로부터 유추한 EH 단백질 아미노산 서열은 여러 박테리아의 EH들 및 포유동물의 microsomal EH들과 유의적인 유사성을 가지고 있었으며 a/$\beta$ hydrolase fold family에 속하였다. A. niger LK의 EH 단백질의 입체구조예측은 Protein Data Bank에 수록된 lqo7의 3D 결정구조와 90.6% identity를 가지는 것으로 나타났으며 다른 EH들의 아미노산 서열비교를 행한 결과 Asp$^{192}$ , Asp$^{348}$ 및 His$^{374}$ 이 catalytic triad를 구성하고 있는 것으로 추정되었다. 여러 생물종의 EH서열을 기능적 및 구조적 domain 서열을 기초로 하여 multiple sequence alignment를 행하고 Neighbor-Joining/UPGMA method를 이용하여 계통수를 복원한 결과 다른 생물종들의 EH와의 진화거리는 서로 1.841∼2.682로 멀었으나 EH의 기능을 가지기 위한 oxyanion hole 및 a/$\beta$ hydrolase fold family의 catalytic triad는 잘 보존되고 있어 공통조상으로부터 진화되어 왔음을 알 수 있었다.

• 한국해양학회지:바다
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• 제3권2호
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• pp.90-93
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• 1998

국내 남해안의 적조발생지역에서 채집한 Prorocentrum minimum, P. micans, P. triestinum, P. balticum, Gymnodinium sanguineum, Alexandrium catenella, Scrippsiella trochoidea, Heterosigma akashiwo를 순수배양하고 이로부터 PCR을 이용해 약 700 bp에 해당되는 24S rRNA 유전자의 D1과 D2 변이부위를 증폭하고 클로닝한 후 염기서열을 분석하였다. 분석된 염기서열들을 이미 밝혀진 적조원인종들의 것과 ClustalW 프로그램을 사용하여 배열하고 계통수를 구성한 결과 Prorocentrum과 Alexandrium 속의 것들은 형태적인 분류결과와 종수준까지 거의 일치함을 보여주었다. 이러한 연구결과는 그 24S rRNA 유전자의 염기서열분석이 국내에서 발생하는 적조원인종들에 대한 종 수준에서의 신속한 확인에 이용될 수 있음을 제시한다.

• 미생물학회지
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• 제35권1호
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• pp.13-17
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• 1999

Shigella sonnei 는 인체의 장내 감염을 일으키는 병원균의 일종이며, 본 연구에 사용된 S.sonnei KNIH104S는 국내에서 쉬겔라증을 나타내는 환자로부터 분리하였다. S. sonnei KNIH104s의 염색체로부터 aspartate $\beta$-semial-dehyde dehydrogenase를 암호화하는 asd 유전자를 포함하는 1.7 kb BamHI 절편을 pBluescript SK(+) 벡터를 이용하여 클로닝하였으며 pSAB17이라 명명하였다. asd 결실돌연변이주인 E.coli $\chi$6097은 세포벽을 구성하는 중요한 성분인 DL-$\alpha$, $\varepsilon$-diaminopimelic acid가 없는 Luria-Bertani 배지에서 생장함을 확인하였다. 클로닝된 asd 유전자의 염기서열 분석결과 ATG 개시코돈 및 TAA 종결코돈을 지니는 1,104 bp 로 이루어져 있으며, 여기서 유추한 아미노산은 367개로 분자량 40.0 kDa 의 폴리펩타이드를 만들어내고 있다. 염기서열은 대장균의 asd 유전자와 한 부위에서 다르게 나타났지만 아미노산의 서열은 동일함을 알 수 있었다. 그리고 pBluescript SK(+) 벡터와 본 연구에서 클로닝된 asd 유전자를 이용하여 balanced-lethal vector인 pSKA47 및 pSKA47A를 제조하였다.

• 미생물학회지
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• 제40권3호
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• pp.221-225
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• 2004

본 논문에서는 희소 방선균, Pseudonocardia autotrophica(KCTC 9441) 유래 신규 Cytochrome P450 hydroxylase(CYP) 유전자들을 분리하여 염기서열 특성을 규명하였으며, 기존에 밝혀진 다른 방선균 유래 CYP 유전자들과의 연관성을 알아보았다. 이를 위하여 P. autotrophica의 cosmid DNA library를 제작하였고, 방선균에서 발견되는 CYP 유전자군의 보존된 서열로부터 제작된 degenerate primers를 이용한 PCR을 수행하여, P. autotrophica cosmid DNA library를 검색하였다. P. autotrophica cosmid DNA library검색 결과, P. autotrophica에는 염기서열이 서로 다른 4종의 신규 CYP유전자가 존재함이 확인되었으며 (CYP601-1, 601-2, 602, 605), 이들 신규 CYP유전자들은 방선균 유래 2차대사산물의 생합성에 관여하는 CYP유전자와 높은 유사성을 나타냈다. 특히, pESK601에서 확인된 CYP 유전자 및 주변 유전자의 염기서 열을 검색한 결과, polyene 계열의 항진균제, amphotericin과 nystatin의 생합성 유전자들과 매우 높은 유사성을 보임으로써, P. autotrophica에는 신규polyene계열의 항진균제 화합물의 생합성 유전자 군이 존재함도 규명되었다.

• 한국어병학회지
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• 제17권2호
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• pp.91-98
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• 2004

본 연구의 목적은 국내 어류 연쇄구균증 병원체 동정에 있어서 Streptococcus iniae에 대한 구체적인 국내 연구 보고가 없어, 기존에 수행되고 있는 동정방법을 근간으로 16S-23S intergenic spacer region (ISR)의 염기서열을 분석하여 보다 명확한 동정을 실시하고자 하였다. API 20 strep system에 의한 생화학적 성상을 분석해본 결과 정확한 종 동정은 이루어지지 않았지만 기존의 연구에서 보고된 API 20 strep system에 의한 S. iniae의 생화학적 성상과 높은 유사성을 보이는 10균주를 분리할 수 있었다. S. iniae 16S rRNA gene 서열 유래 종 특이적 primer Sin-1 5'-CTAGAGTACACATGTACT(AGCT)AAG-3'와 Sin-2 5'-GGATTTTC CACTCCCATTAC-3'에 의한 PCR-assay 결과 시험균주 10 균주 모두 동일하게 약 300bp의 증폭산물이 관찰되었고, 비 특이적인 반응은 관찰되지 않았다. 시험균주 모두 3개의 16S-23S ISR operon 구조가 관찰되었으나 S. iniae 표준균주 (KCTC 3657)의 경우 단일 구조가 관찰되었다. 16S-23S intergenic spacer region (ISR)의 염기서열을 분석해본 결과 기존에 보고된 S. iniae (Genbank accession number AF 048773)와 96%의 상동성을 보였으며 전체서열에서 상동성을 보이는 근연종이나 근연속은 검색되지 않아 최종적으로 S. iniae로 동정하였다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제35권1호
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• pp.45-50
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• 2020

본 연구는 원주시 내 대형 초밥 뷔페에서 제공되는 초밥, 회 등 26개 수산물 가공품을 대상으로 DNA 바코드를 분석하여 원재료의 종을 동정하였다. DNA 바코드 증폭을 위하여 미토콘드리아의 16S ribosomal RNA 및 cytochrome c oxidase subunit I 유전자 부위를 증폭하는 프라이머 세트를 이용하여 증폭된 PCR 산물의 염기서열을 분석하였다. 확보한 염기서열은 BLAST Search를 이용하여 미국국립보건원 GenBank에 등록되어있는 생물 종의 염기서열과 비교하여 염기서열 유사도와 매칭 점수를 고려하여 최종 종을 동정하였다. 모니터링 결과 분석 제품의 58%는 제품명과 사용된 원재료가 일치하였지만, 27%에서는 불일치가 관찰되었다. 초메기초밥에는 가이양(Pangasianodon hypophthalmus)이 꽃돔회에는 붉평치(Lampris guttatus)가 사용되었으며, 날치알군함 및 청어알무침에는 열빙어(Mallotus villosus) 알이 사용되었음을 확인하였다. 타코와사비군함 및 오징어간장소스에 사용된 원재료는 주꾸미(Amphioctopus fangsiao) 및 남방주꾸미(Amphioctopus membranaceus)로 각각 동정되었다.

• 식물분류학회지
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• 제41권2호
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• pp.130-137
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• 2011

제주도 한라산에 자라는 한라송이풀은 고유종 Pedicularis hallaisanensis Hurusawa로 인식되고 있다. 한편 이 식물은 근연종인 P. amoena, 구름송이풀 또는 이삭송이풀과 형태적으로 유사하여 분류학적 처리가 혼동되어왔다. 본 연구는 이 식물의 분류학적 위치를 파악하기 위하여 한라송이풀과 근연종을 대상으로 외부형태 및 핵 리보소옴 DNA 염기서열을 조사하였다. 한라산의 이 식물은 꽃받침 열편, 화판 상순과 하순의 길이 비, 식물체의 선모 밀도, 개화기 근생엽의 유무 및 염기서열 자료에서 P. amoena 및 구름송이풀과는 뚜렷한 차이를 보였다. 하지만 한라송이풀은 외부형태 및 ITS 염기서열에서 동북아에 분포하는 이삭송이풀과 뚜렷이 구별되지 않았다. 본 연구의 형태 및 분자생물학적 자료는 한라송이풀이 이삭송이풀로 통합되는 것을 지지하였다.

• 미생물학회지
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• 제52권1호
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• pp.116-119
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• 2016

텔로미어를 안정적으로 유지하는 것은 세포의 증식과 생존에 필수적이다. 비록 텔로미어 유지에는 telomerase가 가장 중요한 수단이지만 재조합도 텔로미어 유지를 위한 또 다른 중요한 과정으로 작용한다. 본 연구에서는 효모의 텔로미어 내부에 존재하는 $TG_{1-3}$ 반복서열을 이용하여 텔로미어 재조합을 관찰할 수 있는 유전학적 방법을 개발하였다. 관찰된 재조합 빈도는 내부 $TG_{1-3}$ 반복서열의 존재 여부에 영향을 받았으며, 생성된 $FOA^rCan^r$ 콜로니로부터 추출한 유전체 DNA를 사용하여 URA3와 CAN1 marker 근처 부위를 PCR 증폭한 결과, 각 콜로니들은 marker를 포함한 염색체 말단 부위가 결손 된 것으로 나타났다. 뿐만 아니라, 더 긴 내부 $TG_{1-3}$ 반복서열을 사용하였을 때 재조합 빈도는 더 증가하였다. 이러한 결과는 $FOA^rCan^r$ 콜로니 형성이 내부와 말단의 $TG_{1-3}$ 반복서열 사이의 재조합에 기인한다는 것을 의미한다.

• 미생물학회지
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• 제30권5호
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• pp.403-409
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• 1992

STA1 유전자의 promoter 와 분비신호서열을 이용하여 B. subtilis 의 CMSase 를 분비하는 재조합 효모균주를 육성하였다. STA1A 유전자의 promoter, 분비신호서열, TS region 및 mature glucoamylase N-말단부위의 아미노산 98개와 B. subtilis 의 CMCase 구조유전자가 차례로 연결된 재조합플라스미드 pYESC24 를 제작한후 효모에 형질전환하였으나 CMCase 가 세포외로 분비되지 않았다. 반면에 STA1 의 TS region 및 mature glucoamylase N-말단 아미노산 98 개를 제거하여 CMMase 구조유전자갸 STA1 의 분비신호서열에 바로 연결된 재조합 플라스미드 pYESC11 에 의한 효모형질전환 균주는 CMCase 분비능이 아주 우수하였다. 이 형질전환 균주를 YPD 배지에서 4 일간 배양한 후 세포부위 별 CMCase 역가를 측정한 결과 배양액 1 m/당 총역가 44.7 unit 존재하였으며 이중 93% 이상이 배양상등액에서 관찰되었다.