• 생명과학회지
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• 제19권11호
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• pp.1522-1528
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• 2009

알긴산을 분해하기 위하여 갈조류로부터 분해활성이 있는 해양미생물을 분리하였다. 분리된 균주의 16S ribosomal DNA를 분석한 결과 이전에 보고했던 ALG-5 균주와 비슷한 Streptomyces sp.에 속하는 것으로 나타났다. 상동성이 있는 염기서열로 고안한 특이적인 primer로 PCR을 행함로서 Streptomyces sp. M3의 새로운 alginate lyase 유전자를 클로닝하였다. M3 alginate lyase의 예상 아미노산 서열에는 N-terminal 영역에 YXRSELREM 서열과 C-terimnal 영역에 YFKAGXYXQ 서열이 보존되어 있었다. M3 alginate lyase 단백질의 homology model은 Corynebacterium sp. ALY-1으로부터 얻은 단백질인 alyPG와 같이 $\beta$-jelly roll fold를 main domain으로 가지고 있음이 나타났다. M3 alginate lyase 유전자를 가지는 재조합 E. coli의 세포균질액은 polymannuronate block보다는 polyguluronate block에 대하여 높은 분해력을 가지고 있었다. 아미노산 서열 다중정열 및 homology modeling으로부터 얻은 결과는 M3 alginate lyase가 Family PL-7으로 분류될 수 있음을 말해 준다.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2018년도 춘계학술발표회
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• pp.35-35
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• 2018

터리풀속(Filipendula)은 장미과(Rosaceae), 장미아과(Rosoideae)에 속하는 다년생 초본이며, 북반구 온대지역의 산지지역에 서식하며 15-20여 종이 보고되어 있고, 이 중 10여종이 한국, 중국, 일본, 타이완 등의 동아시아 지역에 분포한다. 본 연구의 목적은 DNA 염기서열 자료를 이용하여 터리풀속(Filipendula)내 종들간의 계통관계를 규명하기 위하여 본 연구를 수행하였다. 이를 위해서 11종 29개체의 터리풀속(Filipendula)샘플과 외군인 산딸기나무속(Rubus)에 속하는 3종 5개체의 샘플을 이용하였다. 추가로 Genbank에서 3속 10종 18개의 염기서열을 다운받아 비교분석에 이용하였다. 계통연구를 위하여 엽록체에 존재하는 atpF-atpH, psbK-psbI, psbA-trnH, matK, rbcL, 5개 마커와 핵에 존재하는 ITS, 총 6개 마커의 염기서열을 생산하였다. 총 52개의 샘플에 대하여 엽록체유전체 5개 마커지역은 염기서열 길이가 3,485bp였고 핵 ITS지역은 631bp였으며, 이들을 합한 염기서열 길이는 4,116bp였다. 계통분석결과, 터리풀속(Filipendula)은 단계통군을 이루었다. F. occidentalis와 F. vulgaris가 기저분류군을 이루었고 이들은 각각의 아속에 해당한다. 그리고 나머지 종들은 모두 하나의 단계통군을 이루었다. 위의 결과들은 1961년 시미즈가 본 속을 Hypogyna아속, Filipendula아속, Ulmaria아속으로 나눈 분류시스템과 일치한다. 나아가 분자계통수에서 Ulmaria아속은 크게 4개의 subclade로 구분되었다. 먼저 subclade I에는 F. vestita, F. kiraishiensis, F. tsuguwoi, F. multijiuga, F. purpurea 등 5개 종으로 구성되었다. Subclade II는 F. ulmaria 한 종으로만 구성되었다. Subclade III에는 F. glaberrima, F. koreana, F. formosa, F.camtschatica 로 구성되었으며 subclade III에는 한국에 서식하는 3종이 포함되었다. Subclade IV에는 F. rubra, F. angustiloba, F. palmata, F. intermedia 4종으로 구성되었다. 이번연구에서는 Ulmaria아속내에 4개의 subclade가 존재함이 처음으로 확인되었다.

• 생명과학회지
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• 제13권6호
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• pp.958-969
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• 2003

인간 Y 염색체는 엄격히 부계 유전되고 그 길이의 대부분은 남성 감수분열 동안 교차가 일어나지 않는다. 비록 이영역이 비 재조합 영역 Y (non-recombining region Y: NRY)로 불려왔지만, 풍부한 재조합의 발견으로 그것은 남성 특이 영역 (male-specific region Y: MSY)으로 재 명명(命名)되었다. MSY는 이질염색질 (heterochromatin) 서열과 세가지 분류의 진정염색질 (euchromatin) 서열 (X-전위영역, X-퇴화영역, 증폭영역)이 모자이크화 되어있다. X-전위영역의 서열은 X 염색체의 상동 좌위와 약 99% 동일성을 가진다. X-퇴화영역 서열은 고대 상 염색체가 현대의 X와 Y 염색체로 진화되면서 남아 있는 부분이다. 증폭영역의 8개의 회문구조는 인간 Y염색체의 남성 특이영역의 4분의 1을 차지한다. 이들은 많은 정소 특이 유전자를 포함하고, 회문구조서열 사이의 상동성은 약 99.97%이다. 이 회문구조의 양쪽 팔은 계속되는 유전자 교환에 의해 유지되며, 서로 협력하여 진화된다. 새로 태어나는 남성당 평균 약 600 염기당 하나가 Y-Y유전자 교환을 겪고, 정소 특이적 다중유전자군의 진화에 중요한 역할을 한다.

• 생명과학회지
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• 제21권9호
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• pp.1281-1287
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• 2011

왕대속은 벼과 또는 화본과에 속하는 다년생 목본성 초본이며 아시아의 인도와 중국에 많은 종이 주로 분포한다. 식물에서 속간 속내 계통관계 추론을 위해 널리 이용되고 있는 ITS 부위가 있다. 이 속에 속하는 우리나라 자생 식물 왕대 속내 네 식물종 간 계통 관계를 평가하기 위해 핵 게놈의 ITS 부위로 평가하였다. DNA 서열 배당은 많은 갭(gaps)을 가지고 있었다. 이 속 내 서열 변이는 일부 삽입과 결실이 발견되었고 속내 종간 변이는 자연도태에 의한 것으로 밝혀졌다. 이 속의 오죽과 분죽은 세 계통도(MP, ML, and NJ)에서 모두 같은 분지군을 형성하여 가장 근연관계에 있었다. 기존의 형태학적 특성과 단순 반복 서열(ISSR)의 결과와 유사한 계통 관계를 나타내어 왕대속에서 ITS의 서열이 이들 분류군에 매우 유익한 정보를 제공하고 있음을 시사하였다.

• 한국수산과학회지
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• 제35권6호
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• pp.676-681
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• 2002

우리나라 주요 해산 어종인 쥐노래미 (Hexagrammos otakii)로부터 성장호르몬 유전자 CDNA를 클로닝하고 이의 염기서열과 발현 특성을 분석하였다. 뇌하수체 조직으로부터 CDNA library를 제작하였으며 membrane filter hybridization 및 expressed sequence tag기술을 이용하여 성장호르몬 CDNA transcript들을 대량 발굴하였다. 총 확보된 full-length clone 39개중 31개가 동일한 형태로 나타났으나 나머지 클론들에서는 5'쪽의 염기서열 변이, ORF내의 염기서열 삽입, 3'쪽의 여기서열의 변이 등이 검출되었다. RT-PCR과 RNA dot blot 분석을 수행한 결과 본 연구에서 얻어진 쥐노래미 성장호르몬 transcript들은 뇌하수체 특이적인 전형적인 어류 성장호르몬 발현 특성을 나타내었다.

• 디지털융복합연구
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• 제16권12호
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• pp.231-241
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• 2018

이 연구는 명성에 대한 진화심리학적 접근을 시도한다. 학제적 분석을 통해 명성에 대한 새로운 이해와 피알이론개발의 토대를 마련하는 것이 목적이다. 그 첫 단계로 Tall Puppy Scale을 활용해 유명인에 대한 한국인의 일반적 태도를 측정한다. 유명인에 대한 지지보상과 몰락선호를 검증하고 한국의 결과를 호주의 것과 설문을 통해 비교한다. 성공한 유명인들에 대한 한국인들의 태도는 호주인들보다 첨예했다. 포용성은 낮았고, 공격성은 높았다. 보상선호와 몰락선호를 함께 고려했을 때 한국인의 명성서열심리는 호주인들보다 6배 이상 공격적이었다. 명성서열심리를 설명하는 제1변수는 자존감이었다. 자존감이 높은 사람들은 성공한 유명인에 대해 관대하고 그들의 사회적 필요성에도 공감하고 있었다. 남성보다 여성이, 나이가 많을수록, 친구가 적을수록, 의사표현에 소극적일수록, 그리고 느끼는 경쟁이 치열할수록 유명인에 대한 공격성향이 강한 것으로 드러났다. 개인의 자존감은 명성의 진화심리를 이해하는 핵심 척도였다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제14권2호
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• pp.139-147
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• 2009

BLAST는 생명정보학 분야에서 가장 많이 사용하는 도구이다. 이 도구는 입력서열을 기존 서열 데이터베이스와 신속히 비교하고 그 기능을 예측한다. 생물학자는 BLAST를 이용하여 실험의 범위, 시간과 비용을 줄일 수 있다. 하지만, 서열 데이터 양이 급격히 증가함에 따라 그 처리 시간도 같이 증가하여 성능개선 방안이 필요하다. 본 논문에서는 대용량 BLAST처리 성능 향상을 위한 PC 기반의 클러스터 인프라 (E-Cluster)를 제시하고 이 기반에서 데이터베이스 분할기법 (Logical Partitioning)과 질의 라우팅 기법(Intra-Query)을 제안한다. 제안된 시스템을 평가하기 위해 다양한 길이의 서열들과 NR 데이터베이스와 비교하여 응답시간(Response Time), 성능 향상(Speedup), 효율(Efficiency) 관점에서 평가한다. 본 실험을 통해 기존 SMP, Cluster, 그리드 기반의 BLAST 시스템보다 성능, 효율이 뛰어남을 확인하였고, 특히 제안한 시스템의 최대 효율은 600%로 매우 높았다.

• 한국패류학회지
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• 제12권2호
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• pp.85-90
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• 1996

3종의 복족류(Rapana venosa, Reishia bronni, Anthosiphonaria sirius)와 1종의 다판류, Lepidosona(Lepidosona) coreanica에 대한 18S ribosomal DNA의 염기서열을 밝히고 이들을 이미 보고된 18종의 이매패류, 2종의 복족류 그리고 1종의 다판류의 염기서열과 비교분석하였다. 그 셜과 복족류는 V4 region에서 다른 연체동물과 구별되는 독특한 inseerted sequinces를 가지고 있었으며, V2 region에서 복족류(Prosobranchia와 Pulmonata)와 이매패류(Pteriomorphia 와Heteerodonta) 각각의 두 아강들이 서로 다른 특징적인 insertions 또는 deletions으로 구분되었다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2012년도 한국컴퓨터종합학술대회논문집 Vol.39 No.1(A)
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• pp.30-32
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• 2012

본 논문에서는 고성능 컴퓨팅 환경에서 유전체 서열 분석 도구들을 벤치마크 하기 위한 시스템을 개발하고 실제 유전체 데이터를 이용하여 성능을 비교하였다. 이 벤치마크 시스템은 유전체 분석 파이프라인 절차에 따라 다양한 분석 도구들을 CPU 멀티 코어와 GPU 매니 코어 환경에서 선택적으로 구동할 수 있도록 지원한다. 따라서, 서로 다른 환경에서 수행된 다양한 유전자 분석 도구의 성능을 실제 유전체 서열 데이터를 이용하여 비교하고 시각화할 수 있다.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제26권12호
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• pp.1548-1555
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• 1999

본 논문에서는 하이퍼그래프의 {{{{k분 분할을 위한 서열화(vertex ordering) 알고리즘의 효율을 개선하기 위한 후처리 알고리즘인 재서열법을 소개한다. 제안된 알고리즘은 {{{{k분 분할을 위한 다양한 알고리즘에 쉽게 적용될 수 있다. 보통 초기 분할은 서열화를 기반으로 하는 알고리즘에 의해 형성된다. 그 후 제안된 알고리즘은 클러스터와 정점을 재배열하여 분할하는 과정을 반복함으로써 분할의 효율을 향상시켜간다. 이 방법을 여러 가지 그래프에 적용하여 향상된 결과를 얻었다.Abstract This paper addresses the post-processing algorithm for {{{{k-way hypergraph partitioning by using a cluster and vertex reordering method. The proposed algorithm applies to several {{{{k-way partitioning algorithm. Generally, the initial partition generating method is based on a vertex ordering algorithm. Our reordering algorithm construct an enhanced partitioning by iteratively partition the reodered clusters and vertices. Experimental results on several graphs demonstrate that reodering provides substantial enhancement.