• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.10b
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• pp.274-276
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• 2004

단백질 간 상호작용은 생물체 내에서 발생하는 모든 생명 현상을 이루는 기본 단위로써, 이를 종 수준에서 밝히고자 하는 시도가 yeast와 초파리, Worm 등에서 보고되었다. 대량으로 존재하는 상호작용 데이터들은 종래에 서열로 시도되던 유연관계 비교 및 기능 유추 등에 기본 정보로 활용되고 있다. 본 연구에서는 다른 종에 속하는 동일 기능 단백질 즉, ortholog를 찾음에 있어, 기존의 서열 접근 방식 이외에 상호작용 정보론 추가로 사용하는 시스템을 고안하여 서열방식만을 활용하던 이전의 방식이 지니는 문제점을 극복하고자 하였다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.04c
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• pp.365-367
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• 2003

염기서열 디자인은 DNA computing, 샘물정보학 등의 분야에서 실험 설계시 고려해야할 중요한 문제 중의 하나이다. 이 문제는 다양한 조건을 만족시키는 최적의 염기서열 집합을 생성하는 조합 최적화 문제로 생각될 수 있으며, 염기서열이 갖추어야 할 조건을 적합도 함수로 사용한 진화 연산 등의 방법이 적용되어 왔다. 본 논문에서는 여러 논문들에서 제시된 적합도 함수의 구체적인 형태를 해 공간상에서 조사해 보았으며, 각 적합도 함수간의 관계도 분석해 보았다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2002.11c
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• pp.1729-1732
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• 2002

DNA의 염기서열이 밝혀지면서 인간 생체에 대한 다양한 연구가 활발히 진행되고 있다. 응용분야 중 친자확인에 DNA 염기서열을 이용하려는 시도가 최근에 연구되고 있다. 본 연구는 DNA의 반복 염기서열을 이용하여 수작업으로 이루어지고 있는 친자 찬인 방법을 데이터베이스 기술을 이용하여 수행하는 최초의 연구이다. 방대한 양의 자료에서 친자확률을 계산하는데 걸리는 시간은 DB를 구축하는 방법에 크게 좌우된다. 본 논문에서는 친자확률을 계산하는 시간을 최소화할 수 있는 DB를 설계하고 또한 최소 시간내에 질의 결과를 획득하는 질의 구성하는 방법을 제안한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2002.11c
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• pp.2337-2340
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• 2002

본 연구는 생물정보학(Bioinformatics)의 가장 기초적인 분야중 하나인, 새롭게 밝혀진 유전자 서열과 이미 밝혀진 유전자 서열 사이의 유사성(similarity)이나 상동성(homology)을 찾기 위한 방법에 대한 연구 중 지역 서열정렬로 사용하는 알고리즘인 Smith-Waterman 알고리즘이 갖고 있는 문제를 파악한다. 긴 서열에 대한 선호를 막고 대신 부분적인 지역 정렬을 다수 개 찾아 정렬시키는 알고리즘을 제안하기로 한다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2003.05b
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• pp.927-930
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• 2003

Automated sequencer로부터 얻게된 서열은 PCR이나 sequencing의 영향 등으로 기존의 자료 또는 분자생물학자가 원하는 서열과는 조금씩 차이점을 나타내게 되고, 이를 보정하기 위해 수작업으로 처리하게 된다. 이는 아주 간단함 작업임에도 불구하고 30분에서 1시간, 많게는 몇 시간씩 걸리는 불편함을 감수하고 있다. 본 논문에서는 분자 생물학자들이 효율적으로 서열을 분석하게 하는 sequence finishing program의 구현에 관하여 논의하였다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2003.05b
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• pp.1019-1022
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• 2003

두 서열을 비교하여 유사성(similarity)이나 상동성(homology)를 찾기 위한 서열 정렬 방법 중에서 지역 정렬에 많이 사용되는 Smith-Waterman 알고리즘의 제한점인 Mosaic effect와 Shadow effect를 극복하기 위한 효율적인 방법을 살펴보고, 하나의 최대 값이 아닌 다수개의 최대 값을 찾아 다수개를 정렬함으로써 서열내에 존재 할 수 있는 다수개의 지역 정렬을 찾고 Normalized sequence alignment 알고리즘을 이용하여 서열 정렬된 결과들의 우선 순위를 매겨본다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2001.10b
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• pp.73-75
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• 2001

최근 DNA 분자의 병렬성을 이용한 DNA 컴퓨팅 기법들이 활발히 개발되고 있다. 그러나, DNA 컴퓨팅은 실제 생체 분자인 DNA를 사용하기 때문에 생체분자의 화학적 성질에 의한 오류의 가능성을 항상 내포하고 있다. 이러한 문제를 극복하고자 오류의 가능성을 최소화시키는 방법들이 연구되고 있고, 특히 DNA 서열을 만들 때 오류의 가능성을 최소화시키는 방법들이 많이 연구되고 있다. 본 논문에는 현재 개발하고 있는 시스템인 NACST를 간단히 소개한 후, DNA 컴퓨팅에 사용할 DNA 서열을 생성하기 위해서 유전자 알고리즘을 사용하는 방법을 제안하며, 유전자 알고리즘을 이용하여 DNA 서열을 효율적으로 생성하기 위한 적합도 함수들에 대해서 구체적으로 살펴보았다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2008.11a
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• pp.364-366
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• 2008

본 논문에서는 지놈 연구에서 반드시 필요한 유전체 서열정보의 상동성 검색을 위해 해외 데이터베이스에만 의존하고 있는 국내 지놈 연구자들에게 더욱 빠르고 쉽게 접근할 수 있는 서열블라스트를 만들 수 있는 방법을 제공함으로써 국내 지놈연구에 도움이되고자 특정 종류의 유전자정보 만을 모아놓은 지놈 서열블라스트 시스템을 설계하고 구현하는 방법을 제시하였다. 이 시스템을 활용하면 많은 생물 지놈 연구자들의 연구시간을 획기적으로 단축할 수 있을 것이다.

• Journal of the Korea Academia-Industrial cooperation Society
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• v.18 no.12
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• pp.466-472
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• 2017

This study was designed to examine the diversity census of fungi in rumen microbiome via meta-analysis of fungal 28S rDNA sequences. Both terms, "rumen" and "ruminal," were searched to retrieve the sequences of rumen fungi. As of September 2016, these sequences (n=165) of ruminal origin were retrieved from the Ribosomal Database Project (RDP; http://rdp.cme.msu.edu), an archive of all 28S rDNA sequences and were assigned to the phyla Ascomycota, Neocallimastigomycota, and Basidiomycota, which accounted for 109, 48, and 8 of the 165 sequences, respectively. Ascomycota sequences were assigned to the genera Pseudonectria, Magnaporthe, Alternaria, Cochliobolus, Cladosporium, and Davidiella, including fungal plant pathogens or mycotoxigenic species. Moreover, Basidiomycota sequences were assigned to the genera Thanatephorus and Cryptococcus, including fungal plant pathogens. Furthermore, Neocallimastigomycota sequences were assigned to the genera Cyllamyces, Neocallimastix, Anaeromyces, Caecomyces, Orpinomyces, and Piromyces, which may degrade the major structural carbohydrates of the ingested plant material. This study provided a collective view of the rumen fungal diversity using a meta-analysis of 28S rDNA sequences. The present results will provide a direction for further studies on ruminal fungi and be applicable to the development of new analytic tools.

• Journal of Life Science
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• v.19 no.8
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• pp.1003-1008
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• 2009

Abalone (genus Haliotis) is a woody species with a long life span that is primarily distributed throughout the world, including Asia. This species is regarded as a very important marine gastropod mollusk in Korea and China, and also in food industries around the world. We evaluated a representative sample of the five species with nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacer sequences (ITS) to estimate genetic relationships within the genus. Aligned nucleotide sequences of the length of the 5.8S subunit of all taxa of Haliotis were found to constant of 160 bp nucleotides. However, aligned nucleotide sequences of the length of ITS1 were varied within genus Haliotis, varying from 272 in H. diversicolor aquatilis to 292 in H. discus hannai. Aligned nucleotide sequences of the length of ITS2, especially, vary from 722 in H. diversicolor aquatilis to 752 in H. sieboldii. Total alignment length is 763 positions, of which 78 are parsimony-informative, 57 variable but parsimony-uninformative, and 459 constant characters. H. discus hannai was similar to H. discus, while H. diversicolor aquatilis was more distinct. ITS analysis may be useful in germ-plasm classification several taxa of genus Haliotis.