Given a set of DNA read sequences, de novo sequence assembly reconstructs a target sequence without a reference sequence. For reconstruction, the assembly needs the overlap phase, which computes all overlaps between every pair of reads. Since the overlap phase is the most time-consuming part of the whole assembly, the performance of the assembly depends on that of the overlap phase. There have been extensive studies on the overlap phase in various fields. Among them, three state-of-the-art results for the overlap phase are Readjoiner, SOF, and Lim-Park algorithm. Recently, a rapid development of sequencing technology has made it possible to produce a large read dataset at a low cost, and many platforms for generating a DNA read dataset have been developed. Since the platforms produce datasets with different statistical characteristics, a performance evaluation for the overlap phase should consider datasets with these characteristics. In this paper, we compare and analyze the performances of the three algorithms with various large datasets.
Proceedings of the Korean Institute of Surface Engineering Conference
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2017.05a
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pp.110-110
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2017
마이크로 플루이딕 디바이스는 화학, 생물학 실험 및 생체 의학 진단을 위한 플랫폼으로 지난 20년간 그 사용 및 연구가 증가되어 왔다. 마이크로 플루이딕 디바이스를 제작하는 데 있어 가장 일반적으로 사용되는 재료는 실리콘이지만 비용이 많이 들고 불투명하므로 광학 검출이 필요한 곳에 적용이 제한된다. 이러한 측면에서 열가소성 플라스틱은 상업화의 중요한 요소인 대량 생산에 있어 큰 잠재력을 가지고 있으며 저렴하고, 가공이 쉽고, 유연하고, 광학적으로 투명하고, 화학적으로 불활성이며, 생체적합성을 가진다. 본 연구에서는 열가소성 플라스틱의 일종인 PMMA Poly(methylmethacrylate)를 효율적으로 접합하기 위해 비교적 낮은 온도와 낮은 압력에서 에탄올을 활용한 접착방식을 개발하였다. 먼저, PMMA 기판의 전체 표면을 $80^{\circ}C$에서 20 분 동안 에탄올로 처리한 후, $60^{\circ}C$에서 20 분간 열 압착하는 방식으로 영구적인 결합이 이루어졌다. 결합 강도 및 채널의 sealing 정도를 확인하기 위해, 인장 강도, 누수 및 파열 테스트를 수행하였다. 결합강도는 약 12.4 MPa로 타 연구와 비교할 때 매우 높았으며 마이크로 채널의 전체 내부 체적보다 거의 450 배 높은 강한 액체 흐름을 견딜 정도로 견고한 결합이 유지되었다. 열가소성 플라스틱의 본딩에 사용되는 유기 용매는 광학 특성을 희생시키지 않으면서 결합 속도를 높일 수 있지만, 결합 공정 중에 용매로 인해 마이크로 채널이 막히는 현상이 발생될 수 있다. 따라서, 견고한 본딩을 유지하면서 채널 막힘을 방지하기 위해 마이크로 채널을 소수성으로 선택적으로 처리하여 내벽의 표면 특성을 튜닝해 주는 기법을 추가로 적용하였다. 본 연구에서 사용한 방법은 아민-PDMS (polydimethylsiloxane) 링커를 적용하여 기판 표면의 극성을 변경시켜 주었다. 아민-PDMS 링커는 PC (polycarbonate), PET (polyethylene terephthalate), PVC (polyvinyl chloride) 및 PI (polyimide)와 같은 다양한 열가소성 플라스틱의 표면 소수성을 현저히 증가시키며 화학적, 열적 안정성이 뛰어나다. 아민-PDMS 링커는 PMMA의 카보닐 그룹과 반응할 수 있는 아민 사이드 그룹을 포함하는 PDMS 백본으로 구성되며 처리된 대상표면을 소수성으로 만든다. 아민-PDMS 링커 처리 이후 채널은 소수성으로 변화되었으며 이는 접촉각(contact angle)의 증가로 확인되었다. 코팅된 채널을 에탄올로 30분간 80도에서 처리하여도 소수성은 그대로 유지되어 마이크로 채널의 선택적인 소수성 코팅이 성공적으로 수행되었다.
Journal of the Korean Association of Geographic Information Studies
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v.21
no.1
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pp.106-114
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2018
DEM(Digital Elevation Model) are now easily produced with advancing remote sensing technology. Depending on desired task, UAV can produce high resolution DEM. But high resolution comes with issues of data storage and processing time and cost. To check the effect of DEM resolution, this study compares six geomorphological parameters derived from different resolution DEM in a test area around Chuncheon, Korea. The comparison analysis was based on statistics of each derivatives of slope, curvature, flow direction, flow accumulation, flow length and basin. As a result, it was found that DEM remained unchanged and so did the flow accumulation area. However, slope, curvature, flow length and basin numbers were decreased with the normalization of increasing pixel size. DEM resolution should be carefully selected depending on the precision of application required.
Journal of the Korea Organic Resources Recycling Association
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v.4
no.2
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pp.63-69
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1996
Korean cabbage waste is produced in huge amounts in the process of dealing, and most of them are discarded imposing burden on our environment. In case of Garakdong agricultural and marine market in Seoul, the daily average amount of Korean cabbage waste is estimated more than 355ton(64.1% of the overall amount in waste occurrence). Recycling the cabbage waste is important for the protection of environment and reuse of waste materials. We examined the present situation of occurrence of the cabbage wastes, normal properties of the dietary fiber, and the conversion of high value-added dietary fiber from the cabbage wastes. As a result of examination of the content of dietary fiber in Korean cabbage waste, we found that the dietary fiber content(2.5%) was higher than the known value(0.7%), and that in the process of extraction of dietary fiber, there was no significant difference between the samples added with amylase and protease compared to control.
Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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2010.08a
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pp.189-189
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2010
최근 연구와 생산에 가속이 붙기 시작한 AMOLED는 모두 LTPS TFT를 사용하고 있다. LTPS TFT는 높은 전자 이동도를 가지고 있기 때문에 현재 각광 받는 AMOLED에 잘 맞는다. 하지만 LTPS TFT는 균일성이 낮고 고비용이라는 문제점이 있으며, 현재 대면적 기술이 부족한 상태이다. 극복방안으로 AMOLED를 타겟으로 하는 Oxide TFT와 a-Si TFT의 기술이 발전되고 있다. Oxide TFT는 AMOLED backplane으로 사용될 수 있는 강력한 후보 중의 하나이다. Oxide TFT는 단결정 산화물과 다결정 복합 산화물 두 가지 범주를 가지고 있다. 본 연구에서는 다결정 Oxide TFT의 하나인 ZTO TFT를 연구함으로서 Engineer의 근본적 이슈인 저비용에 초점을 맞추어 소자특성을 확인해보도록 한다. n-type wafer 에 PE-CVD 장비를 이용하여 SiNx를 120 nm 증착하고, channel layer인 ZTO 용액을 spin-coating을 이용하여 형성하였다. 균일하게 형성된 ZTO의 결정을 위하여 $500^{\circ}C$에서 1시간 동안 공기 중에서 annealing을 하였다. 과정을 거친 ZTO는 약 30 nm 두께로 형성되었다. Thermal evaporator를 이용하여 Source, Drain의 전극을 형성 하고, wafer 뒷면에는 Silver paste를 이용하여 Gate를 형성하였다. 제작된 소자를 dark room temperature 에서 측정 하였다. 측정된 소자는 우수한 전기적 특성과 0.96 cm2/Vs 인 이동도를 얻어냈다. 이러한 소자의 안정성에 따른 전기적 특성을 관측하기 위하여 상온에서 $100^{\circ}C$ 까지의 온도 스트레스를 주었다. Stress에 따른 소자는 상온에서 시작하여 온도가 올라갈수록 이동도가 낮아지고, 문턱전압 증가와 SS이 커짐을 알 수 있었다. 캐리어의 운동 매커니즘에서 온도가 올라가면 격자진동의 영향을 크게 받음으로서 캐리어의 이동도가 낮아져 전기적 특성이 낮아지는 점이 본 연구에도 적용됨을 알 수 있었다. 본 연구를 통하여 화학적 안정성을 지닌 소자라는 점과 더불어 여타 TFT공정에 비하여 현저히 낮은 공정비용을 통하여 AMOLED가 요구하는 수준의 특성에 가까운 소자를 제작할 수 있다는 것을 확인하였으며 앞으로의 추가적인 연구에 따라서 더욱 완성된 공정기술을 기대할 수 있었다.
Kim, Jung Sub;Jo, Nanhyeon;Nam, Jung Soo;Lee, Sang Won
Transactions of the Korean Society of Mechanical Engineers A
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v.41
no.7
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pp.607-612
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2017
Recently, additive manufacturing (AM) technology, also known as 3D printing technology, has attracted attention as an innovative production method to fabricate functional components having complex shapes with saving materials. In particular, a fabrication of poly lactic acid (PLA) parts through a fused deposition modeling (FDM) technique has attracted much attention in the medical field. In this paper, an experimental study on the identification of dominant process parameters influencing mechanical properties of PLA parts fabricated by the FDM process is conducted, and their optimal values for maximizing the mechanical properties are obtained. Three process parameters are considered in this research, namely, layer thickness, a part orientation and in-fill. It is known that thin layer thickness, part orientation diagonal to the tension direction, and full in-fill are optimal conditions to maximize the mechanical properties.
Fire resistance ceiling system is the structure of which the ceiling installed under the slave of the structure has the fire resistance performance. Because of having the fire resistance performance, fire resistive coatings on steel beams can be reduced and large span structures can be constructed. So, it have advantages of convenience for construction, shorten for construction time and cost reducing. In foreign country, it is general that one system consisting of slave and ceiling is constructed as a fire resistance system. But in Korea, there are no fire resistance ceiling systems thus economical efficiency due to being high-rise and light-weight of structures is not secured. Therefore research and development of nominal fire resistance ceiling systems is necessary. On this study, fire resistances of standard non-loadbearing ceiling systems were assessed and basic informations for developing the fire resistance non-loadbearing ceiling systems were presented.
Journal of The Korean Society of Agricultural Engineers
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v.57
no.5
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pp.29-35
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2015
The optimal greenhouse scales for controlled tomato should be studied because the increase of oil price and labor costs following the shortage of workforce makes greenhouse cultivation hard to gain profits. The purpose of this study is to estimate optimal production scales by greenhouse types for controlled tomato. The translog cost function is estimated based on the production cost survey data. The results can be summarized as follows: First, the average production cost of controlled tomato per kg decreases as the production scale increases. Second, according to the tomatoes farm of standard farming income data of RDA, the minimum production scale is 23 ton. Third, the estimated output of single-span greenhouse considering production scale with minimum average cost is 345 ton and production cost per kg is 1,476 won. The corresponding figures of multi-span greenhouse are 415 ton and 936 won, respectively. The study results can be used as basic materials for efficient decision making of tomato farmhouses and novice farmers. Also, the study shows that multi-span greenhouse should be encouraged to be built, since it requires lower marginal cost than single greenhouse. The results of this paper will help increase the income of farmhouses and cut expenses for the coming years.
Kim, Hyun-Bum;Lee, Jae-Jun;Jang, Hwan-Hak;Park, Gyung-Jin
Transactions of the Korean Society of Mechanical Engineers A
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v.36
no.5
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pp.497-504
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2012
The mobile harbor is a new innovative system that delivers containers from a containership to a harbor without good infrastructure. A crane is installed on the deck of the mobile harbor and transfers the containers. The structure of the crane is influenced by the inertia force that occurs from a moving support. Thus an accurate safety verification considering the moving support is required. Lightweight of the crane structure is also significant in the design for low production cost and efficient operation. Dynamic response optimization can be exploited to achieve these two requirements. Equivalent static loads method is employed for dynamic response optimization of the crane. The equivalent static loads method transforms dynamic loads to equivalent static loads, and static response structural optimization with the transformed equivalent static loads are solved. The process proceeds in a cyclic manner. A new method is proposed to consider the moving supports and the structure of the mobile harbor is optimized using the proposed method.
Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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2011.02a
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pp.376-377
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2011
결정질 실리콘 태양전지 연구에 있어서 가장 중요한 부분은 재료의 저가화와 공정의 단순화에 의한 저가의 태양전지 셀 제작 부분과 고효율의 태양전지 셀 제작 부분이다. 본 논문에서는 마이크로 블라스터를 이용하여 폐 실리콘 웨이퍼를 태양전지용 재생웨이퍼를 제작함으로써 고효율을 가지는 단결정 실리콘 웨이퍼를 저 가격에 생산하기 위한 것이다. 특히 마이크로 블라스터를 이용하여 폐 실리콘 웨이퍼를 가공 할 때 표면에 생성되는 요철은 기존 태양전지 셀 제작에서 텍스쳐링 공정과 같은 표면 구조를 가지게 됨으로써 태양전지 셀에 제작 공정을 줄일 수 있는 효과도 가지게 된다. 마이크로 블라스터는 챔버 내에 압축된 공기나 가스에 의해 가속 된 미세 파우더들이 재료와 충돌하면서 재료에 충격을 주고 그 충격에 의해 물질이 식각되는 기계적 건식 식각 공정 기술이다. 이러한 물리적 충격을 이용하는 마이크로 블라스터 공정은 기존 재생웨이퍼 제작 공정 보다 낮은 재처리 비용으로 간단하게 태양전지용 재생웨이퍼를 제작 할 수 있다. 하지만 마이크로 블라스터를 이용하면 표면에 식각된 미세 파티클의 재흡착이 일어나게 되므로 이를 제거하기 위하여 DRE(damage remove etching) 공정이 필요하게 된다. 본 연구에서는 이방성, 등방성 식각 공정으로 태양전지용 재생웨이퍼를 제작하기 위해 가장 적합한 DRE 공정을 찾기 위해 등방성 식각은 RIE 식각으로, 그리고 이방성 식각은 TMAH 식각을 이용하였다. 마이크로 블라스터 공정 후 표면 반사율과 SEM 사진을 이용한 표면 요철 구조를 확인 하였고, DRE 공정 후 표면 반사율과 SEM 사진을 이용하여 표면 요철 구조를 확인 하였다. 각각의 lifetime을 측정하여 표면 식각으로 생성된 결함들을 분석하여 태양전지용 재생웨이퍼 제작에 가장 적합한 공정을 확인 하였다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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