• Journal of Plant Biotechnology
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• v.33 no.3
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• pp.209-222
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• 2006

The whole genome sequence was completed in arabidopsis and rice. Large amounts of EST data have been available from many other plants. Also, vast quantities of diverse biological data have been generated by various '-omics' technologies such as transcriptomics, proteomics, and metabolomics. Bioinformatics plays an essential role in extracting useful information from these tremendous amounts of biological data. In this review we introduced experimental methods to generate massive data, applications to plant science such as plant disease resistance and molecular breeding and bioinformatics tools and web sites available in plant biotechnology R&D. We concluded that new experimental methods and bioinfomation analysis techniques have made major contributions to the development of plant biotechnology and that bioinformatics has become a critical factor in plant biotechnology R&D.

• KSCI Review
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• v.12 no.1
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• pp.48-67
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• 2004

• Journal of the Korean Society for information Management
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• v.23 no.4 s.62
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• pp.89-110
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• 2006

Life science is one of the most important fields which have direct influence on human life. Many domestic life scientists in the industries, educational organizations and research institutes have been producing important results in a variety of forms such as papers, research notes, presentation materials, books and teaching materials. Open Archiving Community has been constructed in order to share and exchange research information related to life science between researchers. The domestic life scientists can acquire valuable information through the community quickly and efficiently. In this study, the community system has been designed and implemented to provide free access to all data including metadata registry of the bibliographic information on life science and research results accumulated by researchers of their own accord. The community system also has been designed and implemented based on Web 2.0 and provides users with BBS by subjects.

• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.12
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• pp.118-121
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• 2003

21세기 들어 IT기술의 급격한 발전을 통한 컴퓨터의 이용 확산은 생물학 분야에 대단한 영향을 미치게 되었고 이러한 현상은 생물정보학이라는 새로운 학문으로 탄생하게 되었다. 생물정보학은 유전자 및 단백질의 정보를 포함한 생물체의 모든 정보를 효율적으로 처리 가공하여 유용한 정보를 창출해 내는 새로운 융합학문이다. 이러한 생물정보학은 특히 1990년대 이후 발전한 생명과학 및 유전체 관련 지식이 폭발적으로 늘어남에 따라 이러한 정보를 효과적으로 관리하기 위해 급격하게 신장하게 되었으며, 이미 생물산업 분야의 핵심응용 기술로 인정받고 있다. 본고에서는 이러한 생물정보학의 국내외 현황과 흐름을 분석해보고 KISTI의 역할 및 앞으로의 방향에 대해 검토해 보고자한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2008.06c
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• pp.230-235
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• 2008

생명정보 대량 획득기술의 하나인 마이크로어레이(microarray)는 DNA와 각종 유적자 연구에 사용되는 도구로서 확립되면서, 생명정보학(bioinformatics)분야의 발전에 크게 기여하였다. 그러나 마이크로어레이는 생명정보학분야의 핵심기술 중 하나로 발전하였음에도 불구하고 마이크로어레이 실험으로 생성되는 데이터는 형태가 다양하고 매우 복잡한 형태를 갖기 때문에 데이터의 공유나 저장에서 많은 어려움을 겪는 것이 사실이다. 따라서 마이크로어레이 실험결과 분석을 위한 최소한의 컨텐츠가 정의되고 표준화 되었다. MIAME 데이터, MAGE-OM/ML과 같은 표준화된 공개 저장소는 전문 생물학 연구단체에게 과거부터 지금까지 주요 관심사가 되어왔다. 하지만 많은 공개저장소의 설립되었지만 마이크로어레이 데이터의 구조적 특징을 고려하여 효과적인 설계를 하지 않은 것이 사실이다. 본 논문은 표준을 따르는 동시에 마이크로어레이 데이터의 구조적 빈발 패턴이 반복되는 계층적 특징을 반영하는 전략을 제안한다. 이를 통하여 복잡한 데이터의 구조를 객체들의 빈발 패턴을 파악하여 그 계층을 줄임으로서 복잡도를 줄일 수 있었다. 이 과정에서 관계형 데이터베이스 기반의 공개저장소의 성능에 영향을 주는 관계 테이블(join-table)의 숫자는 줄어든다. 이에 따라, 성능은 개선된다. 이 전략을 통하여 생성된 테이블의 숫자는 원본 데이터를 단순 매핑시켜 저장하는 방법에 비하여 약 31%줄어든다. 결국 MAGE-ML 데이터의 저장과 로딩 시간은 이 논문에서 제시하는 전략을 적용하지 않은 방법에 비해 60%에서 65%를 줄일 수 있었다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.04b
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• pp.229-231
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• 2002

최근 생물 유전자 정보에 대한 관심이 커지면서 이를 위한 효과적인 분석 방법이 요구되고 있다. 특히, 분류기의 데이터로 사용하기 위해서 필요한 특징만을 뽑는 과정인 특징 추출은 대량의 유전자 정보에서 의미 있는 정보를 선별하는 중요한 과정이다. 그러나 유전자 정보는 사용되는 데이터의 특징규모가 매우 크기 때문에 일반적인 데이터 마이닝 기법으로는 분석이 힘들다. 본 논문에서는 효율적인 거대규모 특징 추출을 위해 유전자 알고리즘(GA)파 신경망을 사용한 특징추출 방법을 소개하고, 종분화 기법을 사용한 효과적인 특징추출 방법을 제시한다. 그리고, CAMDA 2000에 공개된 암 DNA Microarray로 안종류를 분류하는 문제에 대하여 성능을 평가하였다.

• Review of KIISC
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• v.18 no.2
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• pp.76-86
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• 2008

인터넷을 통한 공공 및 민간 부분 서비스 제공이 활성화됨에 따라 이들 서비스를 제공받기 위해 사용자들은 자신의 개인정보를 서비스 제공자에게 제공하게 되고, 서비스 제공자들은 가입자들의 개인정보를 관리하기 위해 일반적으로 데이터베이스를 이용하고 있다. 최근 개인정보에 대한 중요도와 필요성이 증가함에 따라 정보보호 제품에 대해 일반 보안기능 및 신뢰성 평가뿐만 아니라 개인정보 소유자의 프라이버시가 보장되는지를 평가할 수 있는 평가기준 마련 필요성이 제기되고 있다. 본 논문에서는 OECD, 미국 FTC, 유럽연합 등 정보보호 선진국에서 제정한 프라이버시 보호원칙과 기존 DBMS 보안 요구사항을 함께 반영한 개인정보 DB 관리기술에 대한 보안 요구사항을 개발하였다. 개발된 보안 요구사항은 TTA 개인정보 생명주기 관리모델(안)의 생명주기 단계를 기준으로 각 생명주기 단계에서 수행되는 기능 특성에 따라DBMS 보안측면과 프라이버시 보호 측면을 함께 고려하여 작성되었다.

• Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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• 2008.05a
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• pp.431-432
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• 2008

정보처리 기술의 발전에 따라 정보기술을 통한 생명과학 문제 해결을 연구하는 생명정보학(bioinformatics) 분야에서도 보다 대용량의 바이오 정보를 처리하게 되었다. 특히 우리 몸을 이루는 핵심 요소인 단백질의 기능 예측 자동화는 다루어야 할 정보량이 매우 방대한 관계로 일찍부터 컴퓨터를 사용한 정보처리 기법이 중요하게 다루어져 왔다. 본 연구에서는 특정 단백질 주변의 미세환경 (microenvironment)에 관한 정보를 수집하고 분석하여 그 기능이 알려진 다른 종류의 단백질 주변의 미세환경과 비교함으로써 기능을 예측하는 방법에 대해 소개한다.

• Korea Information Processing Society Review
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• v.15 no.2
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• pp.105-112
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• 2008

신약 개발의 효율상의 한계를 적극적으로 극복하기 위해서는, 인간 생명 현상에 관계되는 전체 유전자 정보와 이에 수반되는 단백질, 화합물정보들을 그 의미론 정보와 동시에 전산화하고, 전산 모사와 계산 작업을 통해 정보를 역으로 재 가공하는 작업이 필요하다. 또한 재사용성이 높은 대량의 전산 자원이 필요하며, 응용상의 실제연구에 직결되는 유연하고 편리한 사용자 환경이 필수적이다. 따라서 본 연구에서는 생명과학과 화학 정보를 대량으로 관리하기 위한 정보 체계와 전산 자원 관리 및 작업 수행을 그리드 컴퓨팅 환경에서 진행하였으며, 이를 통해 e-Science 포탈의 구축과 함께 현장 서비스를 통해 현실적으로 생명 연구의 혁신을 도모할 수 있는 결과를 제공할 수 있다.

• The Journal of the Korea Contents Association
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• v.10 no.6
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• pp.49-54
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• 2010

As information on gene sequences is not only diverse but also extremely huge in volume, high-performance computer and information technology techniques are required to build and analyze gene sequence databases. This has given rise to the discipline of bioinformatics, a field of research where computers are utilized to collect, to manage, to save, to evaluate, and to analyze biological data. In line with such continued development in bioinformatics, the Korea Institute of Science and Technology Information (KISTI) has built an infrastructure for the biological information, based on the information technology, and provided the information for researchers of bioscience. This paper analyzes the reference fields of Genbank, the most frequently used gene database by the global researchers among the life information databases, and proposes the interface method to NDSL which is the science and technology information integrated service provided by KISTI. For these, after collecting Genbank data from NCBI FTP site, we rebuilt the database by separating Genbank text files into the basic gene data and the reference data. So new tables are generated through extracting the paper and patent information from Genbank reference fields. Then we suggest the method of connection with the paper DB and the patent DB operated by KISTI.