• 한국버섯학회지
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• 제4권2호
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• pp.43-47
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• 2006

국내에서 재배하여 생산되고 있는 상황버섯의 일종인 PMO-P4균주에 대한 ITS 영역의 염기서열 분석을 실시하였으며 목질 진흙버섯으로 잘 알려져 있는 P. linteus와 함께 RFLP분석을 통하여 상호 비교한 결과 PMO-P4균주는 P. baumii로 판명되었다. 이 결과를 토대로 이미 보고되어 있는 Phellinus속 균주들과의 종간 ITS 영역의 상동성을 비교한 결과 48.6%-72.2%였으며 본 연구에서 비교한 종들 가운데서는 P. linteus와 상동성이 가장 높았으며 P. gilvus와 상동성이 가장 낮았다.

• 미생물학회지
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• 제38권4호
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• pp.267-275
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• 2002

미생물 유전체 프로젝트의 결과인 유전체 서열에 대해, 비교 유전체 분석을 수행할 수 있는 분석 도구인 GComp를 개발하였다. 이 도구는 국부 상동성 계산을 BLAST나 FASTA를 사용하여 수행한 후에 그 결과를 받아들여, 상동성을 보이는 부분을 분석하고 위치 파악 및 연결한 뒤, 두 유전체간의 상동성 정도를 일목요연하게 보여줄 수 있는 테이블과 파일들을 생성한다. 한편. 그 결과를 그래픽으로 표시하고 전체를 살펴볼 수 있는 인터페이스 기능을 구현하였다. 시험 데이터로 기존의 미생물 유전체 서열을 상대로 분석하면서, 유전체 서열의 핵산 및 단백질 수준에서의 비교분석 결과를 통해 두 유전체에 대한 비교 정보를 효과적으로 확인할 수 있었고, 보다 다양한 분석을 위한 도구 개발의 기준을 설정할 수 있었다.

• 한국가금학회:학술대회논문집
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• 한국가금학회 2003년도 제20차 정기총회 및 학술발표회
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• pp.67-68
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• 2003

한국 재래 닭의 유전적 특성 규명 및 기능 유전체 연구의 기초재료를 확보하고자 대량 EST 염기서열 결정 및 생물정보학 분석을 실시하였다. 대량 EST 염기서열 분석을 위한 첫 번째 단계로 재래 닭의 뇌, 비장, 정소, 배아 생식기를 이용하여 cDNA library를 구축하였다. 각각의 library로부터 총 15,121개의 클론을 선정하여 염기서열을 결정하였다. 생물정보학 분석결과 15,121개의 염기서열은 총 10,353개의 contig로 정리되었다. 이들 염기서열을 기존 데이터베이스를 대상으로 tBlastX(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) 분석을 실시한 결과, 염기서열 중 56 ％가 기존 데이터베이스에 존재하는 유전자와의 상동성을 보였다. 상동성을 보이는 유전자들은 유전자의 구조 및 기능 분석에 이용될 것이고, 상동성을 보이지 않는 유전자들은 microarray와 같은 대량 유전자 발현분석 시스템을 이용하여 선별한 후 기능분석이 실시될 것이다.

• 한국균학회지
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• 제25권1호통권80호
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• pp.46-67
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• 1997

1985년부터 1993년까지 장원도 일대에서 채집한 20균주와 외부에서 분양 받은 6균주를 대상으로 교배실험, PCR-RFLP 분석, 그리고 RAPD분석을 통해 상호 유연 관계를 알고자 하였다. 교배실험에서는 A. gallica 6균주, A. ostoyae 5균주, A. tabescens 2균주만이 친화성을 나타내었다. A8(KNU-250)균주는 A. gallica와 A. ostoyae에 모두 친화성을 나타내어 배양적 특징과 유사한 결과가 나타났다. rDNA의 IGS영역의 PCR-RFLP분석에서 A. mellea와 A. ostoyae 각 균주들 간의 유사도는 1.000으로 100%의 상동성을 보여주었다. A. tabescens는 $0.919{\sim}0.974$로 높은 유사성을 나타냈다. A. gallica는 $0.619{\sim}1.000$의 유사도로 나타났다. A19와 A22균주는 고립된 한 집단으로 나타났으며 유사도는 1.000으로 100% 상동성을 보였고, 다른 집단과의 유사도가 $0.051{\sim}0.108$로 10% 미만의 상동성을 나타내고 있다. RAPD분석을 통한 A. mellea의 유사도는 $0.983{\sim}1.000$으로 상동성이 높게 나타났으며, A. ostoyae도 $0.994{\sim}1.000$으로 높은 상동성을 보여 주었다. A. tabescens의 균주간의 유사도는 $0.594{\sim}0.953$으로 나타났으며, A. gallica는 $0.280{\sim}0.733$의 유사도를 나타내 균주간의 변이가 나타난 것으로 생각된다. 특히, A19, A22균주가 다른 집단과 거리가 먼 한 집단으로 나타났는데 그들 간의 유사도는 0.921로 92%의 상동성을 보였고, 다른 4개 집단과의 유사도가 $0.012{\sim}0.069$로 7% 미만의 상동성을 나타내고 있다. 본 실험에서 분류된 Armillaria속균은 5종으로 4종은 각각 이미 알려진 종으로 A. mellea, A. ostoyae, A. tabescens, A. gallica로 동정되었고 남은 1종은 미기록종이라고 생각된다.

• 생명과학회지
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• 제8권3호
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• pp.249-256
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• 1998

일본의 잡종잉어 ${\beta}$사 globin유전자의 염기배열로부터 추정되는 아미노산 배열과 이미 보고되어 있는 ${\beta}$사 globin의 아미노산 배열을 비교한 결과, 금붕어와 가장 높은 상동성인 97.3%를 나타내었으며, 거울잉어 ${\beta}_B$와 95.2%, 거울 잉어 ${\beta}_A$와 93.9%의 높은 상동성을 나타내었다. 다음으로 송어(76.9%), 전기뱀장어(71.4%), 혹다랑어(61.9%), 성대(59.9%), 양태(58.5%), 시라칸스(52.4%), 폐어(46.9%), 상어(38.1%) 및 전기가오리(36.1%)의 순으로 나타났다. 또한 ${\beta}$사 globin의 아미노산 배열의 상동성을 기초로하여 분자진화의 계통수를 구하였을 때, 각각의 진화거리로부터 일본의 잡종잉어와 금붕어가 0.013으로 가장 가깝고, 분기한 것이 가장 근년인 것으로 생각되어졌다. 그 다음이 같은종인 거울잉어로 진화거리는 0.035였으며, 연골어류나 폐어와는 그 진화거리가 크게 벌어져 있어 상당히 오래전에 분기한 것으로 추정되었다. 일본 잡종이어의 ${\beta}$사 globin유전자로부터 추정되는 아미노산 배열과 이미 보고되어 있는 다른 척추동물의 아미노산 배열과 비교한 결과, 상동성은 오리(58.1%), 닭(57.8%), 쥐(55.1%), 사람(52.4%), 개구리(50.7%), 및 염소(45.9%)의 순으로 나타났다.

• 미생물학회지
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• 제33권2호
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• pp.86-91
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• 1997

Pseudomonas sp. DJ77로부터 클로닝된 glutathione S-transferase 유전자(phnC)의 염기서열을 결정하였다. 603bp의 open reading frame(ORF)이 존재하였고 개시코돈 앞에서 Shine-Dalgarno sequence를, 종결코돈 뒤에서는 terminator sequence를 발견하였다. phnC 유전자에서 만들어지는 phnC 단백질은 21,416 Da으로 SDS-polyacrylamide gel 전기영동 결과와 일치하였다. PhnC는 Bulkholderia cepacia LB400, Cycloclasticus oligotrophus RB1의 GST와 각각 53.7%, 49%의 높은 상동성을 나타냈다. 아미노산 서열의 상동성과 필수잔기들의 존재유무로 판단할 때 PhnC GST는 theta class GSTs와 진화적으로 유연관계가 높았지만 alpha, mu, pi, sigma class GSTs에서 구조적, 기능적으로 중요하다고 알려진 아미노산 잔기들이 PhnC GST에도 보존되어 있었다. 또한, phnC 유전자의 위치가 C. oligotrophus RB1, B. cepacia LB400 등의 GST 유전자 위치와 유사하다는 점에서 PhnC 효소는 난분해성 방향족 탄화수소의 분해에 관여하는 것으로 생각된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제34권1호
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• pp.15-22
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• 2006

Ochrobactrum anthropi JW-2의 염색체 DNA로부터 paraquat 내성 유전자 pqrA를 포함하는 4,971 bp의 DNA 염기서열을 결정하였다. 염기서열 분석 결과 2개의 불완전한 ORF(orf1, orf5)와 4개의 완전한 ORF(orf2, pqrA, orf3, orf4)가 존재하는 것으로 나타났는데 orf1, pqrA, orf4, orf5는 direct strand에 orf2와 orf3은 reverse complementary strand 존재하였다. Orf1은 개시코돈이 결손된 불완전한 서열로서, response regulator receiver의 ATP binding region과 상동성을 나타내었다. Orf2는 tetR family에 속하는 transcription repressor와 높은 상동성을 나타내었고 H-T-H motif가 존재하는 것으로 나타났다. 따라서 orf2가 pqrA 유전자의 전사조절에 관여하는 repressor로 추정되어 pqrR2로 명명하였다. Orf3은 lysR type의 transcription activator와 높은 상동성을 나타내었고 N-terminal 부위에 H-T-H motif와 C-terminal 부위에 substrate binding domain이 존재하는 것으로 나타났다. 따라서 orf3은 pqrA의 전사조절에 관여하는 transcription activator로 추정되어 pqrR1로 명명하였다. Orf4는 amino acid ABC transporter의 periplasmic amino acid-binding protein과 상동성을 나타내었으며, orf5는 종결 코돈이 없는 불완전한 ORF로서 amino acid ABC transporter의 permease protein과 상동성을 나타내었다. 이와 같은 결과로 미루어 pqrA 유전자 주위에 존재하는 전사조절 유전자들이 paraquat 내성유전자인 pqrA의 발현조절을 통하여 paraquat에 대한 내성획득에 관여하는 것으로 판단되었다.

• 한국인터넷방송통신학회논문지
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• 제11권4호
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• pp.113-118
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• 2011

서열 상동성 분석은 생명현상에 관여하는 물질을 정렬, 색인하여 데이터베이스 하는 것으로, 생명정보학의 유용성을 입증하는 분야이다. 본 논문에서는 구조가 복잡한 진핵생물의 서열 패턴을 단백질 서열로 변환하기 위해 은닉마르코프모델을 이용하는 GenScan 프로그램을 이용한다. 서열상동성 분석 중 최소거리 탐색 문제는 문제의 크기가 커지면 계산량이 기하급수적으로 증가하여 정확한 계산이 불가능해진다. 따라서 유사한 아미노산간의 치환과 상이한 아미노산간의 치환 점수를 차등화한 점수표를 적용하고, 은닉마르코프모델 등을 적용해 정교한 전이 확률모델을 적용한다. 변환된 서열을 서열 상동성 분석을 위해 사용되는 blast p를 이용하여, 은닉 마르코프 모델을 도입함으로 인해 단백질 구조 서열로 변환하는 데에 있어서 우수한 기능을 제공함을 알 수 있다.

• 한국식품과학회지
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• 제35권1호
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• pp.97-102
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• 2003

Cook-chill 제품의 원료로 사용하는 시금치와 수세한 시금치에 대해 Aeromonas hydrophila, Escherichia coli O157:H7, Plesiomonas shigelloides, Pseudomonas aeruginosa, Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia enterocolitica, Bacillus cereus, Campylococcus spp., Clostridium perfringens, Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus 등 12종류의 병원성세균의 존재 여부를 확인하였다. 이들 시금치로부터 4종의 병원성세균을 분리하여 API kit와 ATB 자동 동정기를 포함한 형태학적 및 생화학적 방법에 의해 동정하였다. MacConkey agar에서 분리된 균은 그람 음성 간균으로 glucose를 이용하여 gas를 생성하며, lactose 음성, sucrose 양성, lysine 양성으로 ATP system에서 A. hydrophila 종에 대해 99.9%의 상동성을 보였다. Cereus Selective agar에서 분리된 균은 그람 양성 간균, 포자 형성균으로 catalase 양성, mannitol 음성, lecithinase 양성, Simmon's citrate 음성, $NO_2$ 생성 양성, arginine 양성균으로 ATB system에서 B. cereus 종에 대해 99.8%의 상동성을 보였다. Clostridium Perfringens agar에서 분리된 균은 그람 양성 간균, 혐기성균으로 포자를 형성하며, mannitol 양성, lecithinase 양성으로 ATB system에서 C. perfringens 종에 대해 99.9%의 상동성을 보였다. Baird-Parker agar에서 분리된 균주는 그람 양성 구균으로 mannitol, lecithinase, lactose, clumping factor, coagulase 및 hemolysin 양성, xylose 음성으로 ATB system에서 S. aureus 종에 대해 97.8%의 상동성을 보였다. Salmonella spp., E. coli O157:H7, Y. enterocolitica를 포함한 다른 병원성세균은 분리되지 않았다. 시금치에서 분리한 S. aureus 5균주 중 2균주는 SET-RPLA kit에서 enterotoxin type A를 생성하였고 3균주는 enterotoxin을 생성하지 않았다. B. cereus 5균주는 CRET-RPLA kit에서 모두 enterotoxin을 생성하였다.

• 원예과학기술지
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• 제29권2호
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• pp.116-122
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• 2011

본 연구에서는 지리산에서 자생하는 한국 특산종인 노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 EST library를 제작하고 서열을 분석하였다. 노각나무의 유엽을 재료로 cDNA library 만들었고 1,392개의 cDNA에 대한 부분 서열 분석을 진행하였다. EST와 unigene 서열의 분석은 컴퓨터를 기반으로한 filtering과 수작업 그리고 NCBI의 BLAST 분석을 통해 수행하였다. 벡터 서열과 100bp 이하의 서열을 제거한 후 1,301개의 EST를 분석하였다. 전체 150개의 contig와 743개의 singleton을 분리하여 총 893개의 unigene을 분리해냈으며 서열 분석을 통해 95개의 microsatellite를 확인하였다. NCBI 데이터베이스의 BLASTX로 상동성을 검색한 결과 EST의 65%는 기능을 알고 있는 유전자와 11.6%의 EST는 아직까지 기능이 보고되지 않은 유전자와 높은 상동성을 보였다. 남아 있는 23.2%의 EST는 기존에 데이터베이스에 보고된 유전자와 상동성을 보이지 않는 유전자로 밝혀졌다. 다양한 데이터베이스를 기반으로 한 유사성 기반 기능 분석은 노각나무의 EST가 포도나무와 포플러와 높은 유사성을 보인 것을 확인하였다. 기능에 따른 분류에 있어 molecular function은 nucleotide binding, biological process는 transport, cellular component는 plastid가 가장 높은 비율로 나왔다. 본 연구를 통해 얻어진 EST 자료는 노각나무의 새로운 유전자원에 대한 연구의 기본 자료로 유용하게 활용될 것이다.