• 환경생물
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• 제28권2호
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• pp.95-100
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• 2010

우리나라 토양으로부터 분리된 (주와 김 2009) poly (butylene succinate-co-butylene adipate; PBSA) 분해균 Burkholderia cepacia PBSA-7, Bacillus licheniformis PBSA-8 및 Burkholderia sp. PBSA-9에서 PBSA 분해효소를 암호화하는 유전자를 분석하였다. PCR을 수행하여 B.cepacia PBSA-7과 Burkholderia sp. PBSA-9는 약 1.5 Kb, B. licheniformis PBSA-8은 약 600 bp의 lipase 유전자(lip A) 절편을 가지는 것을 확인하였다. 세 균주 모두에서 유전자의 염기서열 내 lipase box인 Gly-X1-Ser-X2-Gly와 Ala-X1-Ser-X2-Gly가 존재하였다. B. cepacia PBSA-7의 PBSA 분해효소 유전자는 family I-1 lipases와 36~40%, family I-2 lipases와는 82~92%의 높은 유전적 상동성을 보였다. 또한 B. licheniformis PBSA-8의 PBSA 분해효소 유전자는 subfamily 1-4 lipases와 64~65%의 유전적 상동성을 나타내었으나, subfamily 1-5에 속하는 lipase들과는 거의 유전적 상동성이 없는 것으로 나타났다. Burkholderia sp. PBSA-9의 PBSA 분해효소 유전자도 family I-1 lipases와 35~37%, family I-2 lipases와는 83~94%로 높은 유전적 상동성을 보여 B. cepacia PBSA-7의 PBSA 분해효소 유전자와 유사한 결과를 보였다.

• 식물병연구
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• 제9권4호
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• pp.189-195
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• 2003

참외의 발효과를 유발하는 세균은 16S rDNA 염기분석에 의해 3 group으로 분류되었다. CM2105균주의 16S rDNA 염기서열은 Microbacterium phyllosphaerae의 염기서열과 99.6%의 높은 상동성을 나타냈고, M. holiorum과도 99.5%의 높은 상동성을 나타냈다. CM2101과 CM2121균주의 16S rDNA 염기서열은 "P. pavonaceae"와 각각 98.9%, 98.8, CM2126균주는 P. costantinii와 99.5%, P. grimontii와 99.0%의 높은 상동성을 나타냈다. CM21131균주의 16S rDNA 염기서열은 Enterobacter cloacae와 99.7%의 높은 상동성 나타냈다. 검정균주의 생리적, 생화학적 특성과 16S rDNA의 염기분석에 따라 CM2105 균주는 M. phyllosphaerae, CM2101, CM2121, CM2126 균주는 Pseudomonas spp., 그리고 CM2113 균주는 E. cloacae로 동정하였다.

• 생명과학회지
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• 제16권6호
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• pp.1036-1043
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• 2006

TAR (Transformation-Associated Recombination) cloning법은 복잡한 고등생물의 게놈으로부터 유전자나 특정 염색체 부위를 선별적 분리를 가능하게 한다. 이 방법은 목적으로 하는 염색체 부위의 주변에 존재하는 비교적 짧은 게놈 염기서열에 대한 정보를 필요로 한다. 이 기술은 출아효모의 spheroplasts 형질전환 동안 목적 유전자를 포함한 게놈 DNA와 그 유전자의 5' 또는 3' 말단 서열 (hook)을 포함하고 있는 TAR vector 사이에 일어나는 상동성 재조합에 의해 이루어진다. 본 연구에서는 TAR cloning 법을 상동성 유전자의 분리에 사용할 수 있는가를 조사하기 위해, 연간과 마우스 게놈의 HPRT 유전자를 선택하였다. 그 결과, 인간과 마우스의 게놈으로부터의 HPRT 유전자의 분리 빈도는 TAR vector로서 hHPRT hook 혹은 mHPRT hook을 사용한 경우에 거의 동일하게 나타났다. 또한 mHPRT 유전자의 gap 부분의 염기서열을 결정하여, 이 부분에 염기서열의 불안정의 요인이 되는 비정상적 특성을 발견하였다. 결론적으로 TAR cloning법을 이용하여 다른 이종 간의 게놈으로부터 상동성 유전자 즉 orthologue의 분리가 가능하였다. 더욱이 TAR cloning 시스템을 이용하여 고등동물 게놈 상에 남아있는 gap 부분을 메움으로서 고등동물의 모든 유전자들의 확인이 가속화될 수 있을 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제36권3호
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• pp.187-191
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• 2000

장티푸스는 Salmonella typhi 에 의해 유발되는 장감염성 질환으로 사람과 동물에 공통되는 질병이다. 본 연구에서는 기 보고된Salmonella typhi KNH100의 염색체 DNA로부 터 방향족 아미노산의 생합성에 관여하는 효소인 3-dehydroquinate hydratase(3- dehydroquinate)를 암호화하는 aroD 유전자를 포함하는 약 3.2 kb의 Sal I 절편을 pSAL62 이라 명명하였다. 클로닝된 재조합 plasmid인 pSAL61에는 ATG 개시코돈과 TGA 종결코돈 을 포함하는 759 염기로 구성된 aroD 유전자가 위치하고 있었다. 또한 S. typhi Ty2, Shigella dysenteriae, 그리고 Escherichia coli 등 다른 장내 세균의 aroD 유전자와 상동성을 비교하여 본 결과 각각 90%, 72.7% 그리고 73%의 상동성을 나타내었다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제35권4호
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• pp.321-325
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• 1996

누에에서 새로운 항세균성 펩타이드 유전자를 탐색하기 위하여 E. coli K12로 체강 주사한 누에 유충의 cDNA 유전자 은행에서 차별화 선별로, 잠재 항세균성 펩타이드 유전자로 추정되는 BmInc8 클론을 분리하였다. BmInc8은 564bp의 크기를 가지며, 59개 아미노산을 coding하는 open reading frame과 2개의 잠정 폴리아데닐화 부위를 보유하고 있었다. BmInc8은 M. sexta에서 분리, 보고된 bactericidine 유전자와 61.2%의 DNA 상동성을 나타내는 것으로, 그 연역된 펩타이드 구조는 항세균성 펩타이드의 일종인 cecropin과 유사한 2가닥의 $\alpha$-helix가 Lysine-Proline 경첩부위에 의해 포개져 있는 형태를 갖는 것으로 추정되었다. 또한 cDNA 삽입 부위의 기능성 검정을 위해 원핵 발현벡터인 pT7-5를 이용하여 E. coli BL21(DE3) 균주에 형질전환하고 IPTG로 induction한 결과 E. coli BL21(DE3) 균주의 성장이 정지됨을 관찰할 수 있었다. 이상의 결과로 BmInc8은 DNA 상동성 비교, 연역 아미노산의 구조 추정 및 cDNA 삽입 부위를 이용한 transient expression 결과 항세균성 펩타이드를 coding하는 유전자임을 추정할 수 있었다. 또한 Bminc8의 cDNA 유전자 정보를 GenBank에 등록하였으며 등록 번호는 U30289이었다.

• 생명과학회지
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• 제12권4호
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• pp.427-432
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• 2002

잇바디돌김(Porptyra dentata)을 대상으로 핵의 18S ribo-somal RNA를 지령하는 유전자 즉 18S rDNA 유전자를 증폭하고, 염기서열분석을 수행하였다. 전체 18S rDNA의 exon 영역 크기는 1822 bp, intron 영역의 크기는 512 bp였다. 이들 exon과 intron 영역의 G+C함량은 각각 49%와 55%씩 나타내었다. 일본산 잇바디돌김(CenBank accession number: AB013183)의 exon 영역과의 비교에서 상동성이 97.1%에 도달하였다. 568번과 569번 염기사이의 upstream에 위치하는 intron 영 역에서는 AB013183과 52.1%의 상동성을 보였다.

• 정보처리학회논문지D
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• 제13D권2호
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• pp.207-214
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• 2006

서열화가 완성된 유전체의 수가 최근에 빠르게 상승하고 있지만, 상동성에 의한 단백질 기능을 예측하는 방법은 충분히 연구되고 있지 않다. 서열화가 완성된 다수의 유전체로부터 유전체 상호간의 BLAST 최대 히트(best-hit)를 사용하여 OPCs(Orthologous Protein Clusters)를 만드는 일은 성공적으로 연구되어 왔다. 그러나 OPCs를 수작업으로 구축하는 것은 시간과 노력이 많이 드는 일이다. 이 논문에서 우리는 서열화가 완성된 다수의 유전체로부터 OPs(Orthologous Proteins)를 클러스터링하는 자동화 방법을 제시하고, 해당 클러스터링의 타당성을 수학적으로 증명 한다.

• 미생물학회지
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• 제39권3호
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• pp.201-205
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• 2003

리그닌 분해에 관련된 효소 중 laccase는 구리 결합부위가, lignin peroxidase와 manganese peroxidase는 헴(heme) 결합부위의 아미노산 서열이 잘 보존된 단백질들이다. 국내에서 분리한 구름버섯(Trametes versicolor)을 대상으로 관련 유전자들의 보존된 지역의 염기서열을 근거로 중합연쇄반응(PCR)에 필요한 primer를 제작하였고, 이를 사용하여 해당 유전자의 조각을 확보하였다. 이를 pGEM-T vector에 cloning하고 그 염기서열을 분석한 결과 약 1.3 kb의 laccase조각은 다른 백색부후균의 laccase와 65～97％의 상동성을 보였다. 또한 185 bp의 lignin peroxidase 조각과 443 bp의 manganese peroxidase조각을 타 백색부후균의 효소들과 비교한 결과 각각 80～95％ 및 61～83％의 상동성을 보였다.

• 한국자원식물학회지
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• 제18권2호
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• pp.240-245
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• 2005

더덕 뿌리에서 유래한 EST cDNA library로부터 GST(glutatione S-transferase)유전자와 높은 상동성을 나타내는 full clone cDNA를 얻었다. 더덕의 GST(glutatione S-transferase), CIGST은 761 bp의 cDNA로 173개의 아미노산을 코딩하는 522 bp의 ORF를 가지고 있으며, A. thaliana(AAC63629) $71\%$, C. chinense(CAI51314) $73\%$, E. esula(AAE65767) $75\%$, H. muticus(CAA55039) $70\%$, N. plumbaginifolia(CAA96431) $77\%$, S. commersonii(AAB65163) $76\%$등 다른 식에서 밝혀져 있는 GST(glutatione S-transferase)와 유의한 상동성을 나타내였다.

• 미생물학회지
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• 제32권2호
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• pp.115-119
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• 1994

Staphylococcus aureus DH1에서 분리된 R-plasmid pSBK203상의 복제개시 인자인 rep 유전자산물의 발현이 어떻게 조절되는가를 밝히기 위해 관련 부위를 확인하고 cloning한 후 그 염기서열을 결정하였으며 이를 같은 계열에 속하는 pT181족 plasmid들의 서열과 그 상동성을 비교 분석하였다. 복제 조절 관련 부위에 염기 삽입 및 염기 결손을 유도함으로써 얻어진 변이체들의 copy수를 측정하여 그 복제 조절 기능에 초래된 변화를 확인하였다.