• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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• pp.116-123
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• 2006

생물체의 cDNA를 유리기판위에 고밀도로 첨착 시킨 유전자 칩과 정량적인 방법으로 개별 유전자 발현을 진단 가능한 Real- time PCR (실시간 고분자중합연쇄반응 기술) 기법은 첨단 의학분야와 신약개발 및 독성유전체 연구분야에 활발히 도입되고 있는 기술이다. 본 발표의 첫 번째 부분에서는 유전자칩 에서 얻어진 유전자 발현패턴분석에 기반한 바이오마커 선정 및 real time PCR에 의한 확증 관련 기술 과 유전자칩에서 얻어지는 수많은 데이터를 재정렬 및 다양한 분석기법과 display기술을 활용하여 광범위한 화학물질에 대한 독성효과 분석을 가능하게 해주며, 특정 독성물질에 대한 관련유전자 그룹 발견 및 독성영향에 따른 분류방법에 관한 결과를 발표할 것이다. 또한 바이오마커 활용의 하나로 박테리아세포 기반 바이오센서 제작및 세포칩 개발등에 대한 결과도 추가될 것이다. 두 번째 부분에서는 non-model organism(유전체정보가 확보되지 않은 생물체)인 송사리를 이용하여 새로운 2K 유전자칩을 개발하고, 여기서 각종 화학물질에 대하여 얻어진 수많은 유전자칩 분석 데이타를 활용하여 각각의 화학물질이 보여주는 독성효과를 매우 효과적이고 쉽게 이해할 수 있는 display기술을 개발, 적용함으로써 유전자칩 발현에 기반한 화학물질 독성 screening 및 specificity discrimination을 가능케 하는 예가 발표될 것이다. 이 연구에서 개발한 송사리 유전자칩은 간조직의 RNA를 직접 cDNA화 하는 방식을 취하고 있어 전체 송사리의 유전정보를 필요로 하지 않아 비용 및 효율에서 전체 송사리의 유전정보를 얻는 비용과 노력을 취하지 않고 간에서 발생하는 독성학적 영향 및 유전자의 발현정도를 정밀하고 효율적인 방법으로 얻어 낸다. 현재 2000여개의 cDNA유전자중 50%이상의 유전자가 17베타에스트라디올, 페놀, 노닐페놀, 비스페놀, 감마레이조사, 잔류약품중 이보프란, 다이클로펜악, 농약중의 파라???R, 돌연변이 유발물질 중의 이티비알, 금속류중의 카드뮴을 통해 발현양상과 특정 캐미칼별 발현 특이성이 조사되었고, 이들 유전자는 염기서열 분석을 통해 염기서열이 분석되었으며, 미국 NCBI의 유전자 은행과의 비교를 통해 일부유전자는 새로운 유전자로 밝혀지고 있다. 또한 이 발표에서는 소염진통제계열 의약품인 dichlofenac 이 송사리의 각종 조직에 미치는 독성영향을 Real-time PCR을 이용하여 대표적 스트레스 유전자의 발현에 미치는 영향에 대한 분석 예가 발표될 것이다.

• 미생물학회지
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• 제47권4호
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• pp.375-380
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• 2011

천안의 단국대학교 근처에서 채취된 벼 뿌리로부터 내생 방선균 한 주를 분리 동정하였다. 표면 살균된 벼 뿌리를 분리 배지 위에 올려 놓고 배양하면 4주 후에 뿌리 표면에 형성된 방선균 콜로니를 볼 수 있었다. 이 중에서 한 균주 JK-5를 분리하여 동정하였다. 16S rDNA 염기서열을 확인한 결과 이 분리균주 JK-5는 Streptomyces diastaticus subsp. ardesiacus와 동일한 균주였다. 형태학적 관찰과 화학분류학적 결과에 의해 분리균주 JK-5의 분류학적 위치를 확인하였다. 기중균사의 형태는 flexible하며 포자사슬은 타원형의 약 30개 정도의 매끄러운 포자로 이루어 졌다. 세포벽은 L,L-diaminopimelic acid를 포함하고 있었다. 당 분석에서는 특이적인 당이 발견되지 않았다. 지방산으로는 anteiso-15:0, anteiso-17:0, iso-16:0 가 주요 성분이었다. 퀴논 분석결과 MK-9 ($H_6$)와 MK-9 ($H_8$)이 주요 성분으로 나타났다. GC 함량은 72%로 측정되었다. 식물병원성 곰팡이에 대하여 비교적 높은 항진균활성을 보여 주었다. 벼에 감염된 분리균주 JK-5가 뿌리와 줄기에서 균사체를 형성하며 왕성하게 생장하는 것을 SEM을 통하여 확인하였다.

• 미생물학회지
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• 제32권4호
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• pp.245-251
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• 1994

영지속(Ganoderma)에 속하는 7종 10균주에 대하여 미토콘드리아 DNA의 제한효소 분절양상 비교를 통한 계통분석을 수행하였다. 여러 가지 제한효소들 중 생산된 절편이 충분한 정보를 가지고 있으면서 서로 구별할 수 있는 6가지의 제한효소를 분석에 이용하였다. 절편양상을 설 비교하여 전체 절편중 공통된 절편의 개수를 구하고 이로부터 염기위치당 염기치환율을 구하였으며, 이를 균주간의 진화거리로 계산하여 PHYLIP package의 Neighbor-joining 방법에 이한 계통도를 얻고 그 결과를 고찰하였다. 특이한점은 G. lucidum의 3균주와 G. lobatum 이 유연관계가 많이 있다는 점이다. 이러한 결과는 G. lucidum과 G. lobatum은 종의 다양성으로 인하여 과거부터 복합종으로 취급되어 왔으며 고전적인 영지속의 분류에 문제점이 많이 있음을 시사해 주고 있다. 따라서 영지속의 분류가 진화경로에 바탕을 둔 자연분류가 되기 위해서는 형태분류 뿐만 아니라 배양 분류와 분자생물학적이 sqnstjr등 다양한 기준에 의해서 재고되어야 할 것으로 판단된다.

• 대한방사선기술학회지:방사선기술과학
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• 제42권3호
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• pp.187-194
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• 2019

The purpose of this study was to evaluate the pathologic results of hepatic parenchyma parameters such as liver parenchyma, liver surface, liver margin and liver, portal vein, spleen size, And to evaluate the usefulness of fibrosis progression and hepatic ultrasonography. The sensitivity, specificity, positive predictive value, and prognostic value according to the stage of fibrosis and grade of inflammation were divided into two groups according to the morphologic variable "A" through ultrasound and "B" We evaluated the predictive value and predicted the variables to evaluate fibrosis in clinical diagnosis and treatment of patients with chronic liver disease. The sensitivity and specificity of hepatic fibrosis in hepatic morphologic variables and other size variables were highest in liver surface and edge. The morphologic parameters used in the evaluation of fibrosis were clinically relevant in distinguishing the fibrosis stage from the results of liver biopsy.

• 한국균학회지
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• 제31권3호
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• pp.121-128
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• 2003

국내 유통균주에 대한 Phellinus속의 분류체계를 확립하고 종간구별을 위한 신속동정법을 개발하기 위해 계통학적 정보를 지니고 있는 ITS1, 5.8S rRNA및 ITS2부위의 염기서열을 밝히고 ITS1과 ITS2 부위의 다양한 염기서열을 이용하여 종 특이적인 유전자 탐침을 개발하였다. 본 연구에서 조사된 바에 의하면, 상황버섯으로 시판되고 있는 국내유통균주는 총 9균주로서 P. pini가 4종, P. baumii가 3종, P. igniarius와 P. linteus가 각각 1종으로 확인되었으며 P. gilvus은 조사되지 알았다. 그 중 P. pini는 대부분 중국에서 수입된 제품이었고 P. igniarius를 포함한 P. baumii는 주로 북한산 제품으로 조사되었다. 한편 P. linteus와 P. baumii는 변이가 높은 ITS1 , ITS2 부위에서도 다른 종에 비하여 높은 상동성을 나타내어 종 특이적인 유전자 탐침이 유효하지 않은 반면에 P. igniarius, P. pini, P. gilvus종에 대한 detection primer로 각각 IF1-IR3, PF1-PF3, GF2-FR4 primer는 유전자 탐침이 유효함을 확인하였다. 유연관계가 아주 가까운 P. linteus와 P. baumii에 대한 정확한 분석을 위해서는 변이가 심한 ITS 부위와 보존성이 높은 18S rDNA 부위의 염기서열을 함께 분석, 비교하여야 가능하리라 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제16권6호
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• pp.1006-1013
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• 2006

식품안전에 대한 관심이 증가되고 있는 현재, 생물학적 화학적 위해요소로 분류되고 있고, 현재 많은 나라에서 규제치를 설정하고 있는 곰팡이 독소인 ochratoxin A(OTA)에 대한 정량적 측정이 가능한 고속검색법을 개발 하고자 단클론성 항체를 이용하여, 측정시 분리과정이 필요 없는 형광편광면역분석법(FPIA)을 개발하고 최적화 시켰다. 동일구조를 가지는 형광물질 표식자인 OTA-EDF를 합성하여 OTA에 대한 특이항체와 경쟁반응을 시켜 나타나는 형광-편광도(mP)의 변화를 측정하였다. 이는 면역분석법의 특이성과 민감성을 충분히 만족하였다. OTA의 검출범위는 0.5-200 ng/ml였고, 검출한계는 0.3 ng/ml였다. 개발된 분석법은 다른 곰팡이 독소들과의 교차반응은 없었고 높은 특이성과 재현성 및 회수율을 나타내었다. HPLC 방법에 의한 회수율은 88-84%로 다소낮게, FPlA법의 회수율은 90-110%로 다소 높게 나타났다. 16점의 현미시료를 분석하였을 때, 2점이 상관관계가 높게 12-20 ppb 정도 오염된 것으로 나타났다. 4점은 FPIA 및 HPLC 모두에서 음성으로 판정되었다. 개발된 FPIA는 복잡한 전처리 방법이 필요 없는 신속한 검색이 가능하므로, 식품 및 환경에서의 OTA 잔류 검사에 유용하게 사용될 수 있을 것이다.

• Radiation Oncology Journal
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• 제14권4호
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• pp.281-290
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• 1996

목적 : 흉부방사선조사시 심장이 포함됨으로써 다양한 정도의 심장손상이 발생되고 이로써 방사선치료의 효과를 감소시키게 된다. 따라서 이들의 발생빈도를 감소시키기 위해 여러방법이 시도되었으며 이중 혈류장애 개선제로 알려진 pentoxifylline (3,7-dimethyl-1(5-oxyhexyl-xanthine)) (이하 PTX로 약함)을 방사선조사와 동시에 투여하여 심장에서의 방사선손상을 감소시키고자 하였으며 이의 효과는 병리조직학적 검사를 통해 관찰하였다. 대상 및 방법 : ICR마우스 수컷 180마리를 각각 대조군, 방사선조사단독군, 방사선조사와 PTX투여군으로 구분하고 각 군은 다시 방사선조사후의 기간에 따라 1, 3, 6, 10일과 2, 3, 4, 6, 8, 12, 16, 20주의 12개 소군으로 나누었다. 방사선조사는 4 MV 선형가속기를 이용하여 15Gy를 일회로 심장을 포함한 흉부에 시행하였고 PTX투여는 1일 50mg/kg을 방사선조사 다음날부터 실험완료시까지 매일 배부의 좌우측에 번갈아 피하주사 하였다. 일정한 관찰기간후 심장을 절제 하여 병리학적 검사를 시행하였고 이들의 변화를 급성과 만성으로 나누어 병변의 정도에 따라 각각 4등급으로 분류한 후 합산하여 점수화하였다. 이들 결과는 Student's t-test를 이용하여 각군의 관찰기간에 따른 변화와 각 군간의 병리소견상 변화의 차이점에 대해 통계적 유의성이 검증되었다. 결과 : 방사선조사가 시행되지 않은 대조군은 비특이성심근염외에는 별 특이한 소견을 보여주지 않았다. 방사선조사후의 급성변화는 이염성백혈구성 심낭염과 혈관내피세포의 공포화 및 풍선화가 있었고 만성기 심장손상의 변화로는 단핵세포성 심낭염, 심낭섬유화, 혈관내피세포변화, 심근의 퇴행성 변화와 심근섬유화등이 관찰되었다. 심장손상의 병리학적 소견을 각 군에 따라 점수화하여 비교한 결과 급성변화에서는 방사선조사단독군이 1일-6주에 2-4점을, PTX투여군이 1-3점의 분포를 보여 주었다. 이들 변화는 각 군 모두 3주까지 유사하였으며 4주이후부터 PTX투여군의 변화소견이 방사선조사단독군에 비해 빨리 회복됨을 보여 주었고 이는 통계학적으로 의미있는 소견임이 확인 되었다. 만성심장손상소견은 방사선조사단독군이 4-8주에 5-6점의 변화소견을 보였고 이후 12주에 심근의 섬유화현상시작으로 7-9점의 병리소견을 보였으며 PTX투여군은 4-12주에 이르기까지 1-4점을 보인후 16주의 심근섬유화현상으로 5-6점의 소견을 보여주었고 이들 군간의 변화정도의 차이는 통계학적으로 유의성이 있음이 확인 되었다. 결론 : PTX투여 결과 급성 방사선심장손상의 병리학적 변화정도는 유사하였으나 빨리 회복되는 추세가 관찰되었고 만성 방사선심장손상에서는 방사선조사단독군에 비해 심근의 퇴행성 변화 및 섬유화정도의 의미 있는 억제 및 감소효과를 보여주었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제29권5호
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• pp.555-563
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• 2016

국내 농가에서 재배되고 있는 산초 및 초피유전자원의 형태학적 특성과 유전적 다양성을 분석하여 분자생물학적 분류와 유전자원평가에 활용하고자 하였다. 산초 수집계통간의 유전적 다형성은 증폭된 총 88개 밴드 중 85개의 다형성 밴드가 검출되어 96.5%였으며, 초피나무 수집계통은 총 58개 밴드 중 다형성 밴드는 35개로 60.3%의 다형성을 나타내었다. 산초나무 수집 계통의 UBC 861 프라이머 500 bp 영역과 UBC 862 프라이머 300 bp 영역에서 종 특이적인 밴드가 검출되었다. 신품종 육종의 기초자료로 활용하고자 유전적 유사도 지수를 산출한 결과, 총 32계통간의 유전적 유사도 지수는 최저 0.116에서 최고 0.816 사이로 산초나무의 종내 유전적 유사도 지수는 0.177∼0.780, 초피나무의 종내 유전적 유사도 지수는 0.250∼0.816 사이로 낮게 나타나 교배육종 소재로 활용이 기대된다. 군집분석 결과, 유전적 유사도 지수 0.302에서 산초나무와 초피나무 수집 계통이 분리되어 산초나무 2개 그룹과 초피나무 1개 그룹으로 유집되었다. 반면 유집된 그룹과 형태학적 특성과 연관성은 없었다. 본 연구 결과를 바탕으로 ISSR 마커로 산초와 초피의 종간 구분 마커 개발이 기대되며, 유전적 유사도를 바탕으로 교배육종 소재 선발의 가능성이 평가되었다.

• 생명과학회지
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• 제33권7호
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• pp.593-604
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• 2023

바다는 지구 표면의 70% 이상을 차지하고 있으며, 그 자체가 대부분 탐사되지 않은 미지와 기회의 공간으로 제시되고 있다. 특히, 우리나라는 삼면이 바다로 둘러싸인 반도로 해양 연구의 중요성이 강조되고 있다. 매우 복잡하고 다양한 환경을 가지고 있는 해양은 막대한 생물학적 다양성을 보이고 있으며 미생물학적 측면에서도 해양 환경은 다양하고 극단적인 온도, 압력, 일사량, 염분, pH 등을 가지고 있어 생태학적으로 특이한 서식처를 제공한다. 이로 인해 육상과는 달리 계통분류학적으로 매우 다르며, 다양한 미생물들이 서식하나 그 다양성, 분리, 배양 그리고 이들이 생산해 내는 2차 대사산물 등에 대한 연구는 아직도 미진한 상황이다. 1990년대까지도 거의 연구되지 않던 해양 환경 자생 미생물의 생리활성물질에 대한 연구는 2000년대 들어 해양 방선균이 생산해 내는 천연물에 대한 연구가 가속화 되기 시작했다. 이후, 박테리아, 고세균, 조류 등을 활용한 항균제, 항암제, 항산화제, 항염증제 등과 같은 의약품 개발 분야 뿐만 아니라 및 바이오 플라스틱 생산, 바이오 연료 생산, 이산화탄소 포집, 생균제 발굴 및 개발 등의 다양한 산업분야에서 해양 미생물을 활용한 연구가 가속화 되고 있는 실정이다. 본 총설에서는 해양미생물을 활용한 생명과학 및 생명공학 기술 분야의 연구 성과 및 최신 동향을 소개하고자 한다. 이를 통해 독자들이 의약소재 개발 외 제반 천연물 관련 분야의 기반 및 응용 연구의 중요성을 인식하고 미래 해양 유래 소재를 이용한 바이오 연구 개발의 최적화 및 실용화 연구에 적극 도움이 되길 기대한다.

• 한국환경생태학회지
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• 제36권3호
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• pp.220-256
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• 2022

지역적으로 식물 다양성을 보전하기위한 가장 필수적인 항목은 전체 목록의 작성이다. 특히 석회암 지대는 식물다양성이 높을 뿐만 아니라 특이적인 식물의 분포지로 알려져 있다. 그럼에도 불구하고 보호지역으로 지정된 곳은 소수에 불과하다. 본 연구는 한반도의 중부에 위치한 석회암 지대인 고양산과 문래산 일원에 분포하는 식물현황을 조사하였다. 총 8회의 조사를 통해 113과 357속 592종 15아종 44변종 3품종 654분류군이 관찰되었다. 환경부지정 멸종위기야생식물은 개병풍, 가시오갈피나무, 복주머니란 및 큰바늘꽃 4분류군이 분포하였다. 한국고유종은 32분류군, 식물구계학적특정식물종은 V등급이 5분류군, IV등급이 41분류군, III등급이 36분류군이 조사되었다. 국가적색목록 평가에 따라 멸종의 위협이 높은 위기(EN; Endangered)종으로 평가되는 식물은 2분류군, 취약(VU; Vulnerable)종으로 평가되는 식물은 7분류군 그리고 준위협(NT; Near threatened)종으로 평가되는 식물은 7분류군이 분포하였다. 귀화식물은 총 41분류군이 조사되었고 그중 생태계교란외래식물은 4분류군이 있었다. 본 조사지역인 고양산과 문래산 일원은 석회암 지대 내에서 높은 식물다양성을 나타내고 있고 멸종위기야생식물인 개병풍의 핵심 분포지에 해당할 뿐만 아니라 개야광나무의 소수 분포지 중 하나를 포함하고 있는 등 보전의 가치가 높은 것으로 평가되었다. 이러한 점에 따라 고양산과 문래산 일원과 주변의 식물다양성이 우수한 지역을 평가하여 특별보호구역으로 지정할 것을 제안한다.