• Proceedings of the Korean Society for Applied Microbiology Conference
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• 1979.10a
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• pp.246.3-247
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• 1979

우유를 원료로하여 만든 치-즈나 발효유에는 Streptococcus나 Lactobacillus와 같은 유산균이 주로 사용되는데 이러한 제품에 발효가 많이 존재한다는 것이 보고되어 있으나, 그 존재의의에 대해서는 아직 불명한 점이 많다. 따라서 본 실험에서는 발효유에 존재하는 효모의 역활을 검토하기 위하여, 발효유제품의 starter로 사용되는 Lactobacillus와 효모 Saccharomyces fragillis 그리고 Deba-ryomyces hansenii 사이에 어떠한 상호작용이 있는지 를 알아보았다. 본 실험에 사용한 유산균수는 L.casei와 L. bulgaricus를 시판발효유제품에서 분리하였고 효모균수는 당학과 보존중인 D. hansenii, S. fragilis를 사용하였다. 유산균과 효모에 대한 단독배양과 혼합배양을 실시하고, 온도와 배양기간중에 나타나는 생균수와 산도변화를 관찰하였다. 유산균의 생균수 측정에는 B.C.P agar, 효모는 Y.M agar를 사용하였다. 산도는 일반분석법에 준하여 실시하였다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.42 no.1
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• pp.1-6
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• 2006

Saccharomyces cerevisiae Dna2 helicase/endonuclease plays an essential role in removing DNA primers during Okazaki fragment processing in eukaryotic DNA replication. Genome-wide scale co-immunoprecipitation experiments predicted that Dna2 interacts with a novel protein YHR122W (1). In this study, we observed that overexpression of YHR122W gene suppressed the temperature-sensitive phenotype of $dna2\Delta405N$ mutation. To investigate direct interaction between these two proteins, a histidine-tagged recombinant YHR122W protein was expressed and purified from E. coli. Physical interaction between the purified YHR122W and Dna2 proteins was detected by enzyme-linked immunosorbent assays. Further more, the complex formation was most efficient at physiological salt concentration, 150 mM NaCl. The genetic and physical interactions between YHR122W and Dna2 shown in this study suggest that the biological functions of these two proteins may be closely related each other.

• Microbiology and Biotechnology Letters
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• v.16 no.4
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• pp.287-292
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• 1988

The interaction between Lactobacillus acidophilus and Kluyveromyces fragilis on the utilization of amino acids in soymilk was investigated. K. fragilis assimilated relatively well various amino acids such as Met., ILe., Phe., Leu., Thr., Lys., Val., Arg., Tyr., Ser., Asp., Ala. and Glu. that existed only in trace amounts in soymilk. K. fragilis did not utilized Gly., while hi accumulated His. L. acidophilus hydrolyzed soyprotein to liberate various amino acids. Among various amino acids, it utilized Met., ILe., Thr., Tyr., Ser., Val. and His. as growth factors and accumulated Leu., Phe., Lys., Arg., Glu., Asp. and Ala. among the essential amino acids required by K. fragilis and Gly. These results implied that K. fragilis grew on amino acids that existed only in trace amounts in soymilk, but it's growth was stimulated by amino acids such as Leu., Phe., Lys., Arg., Glu., Asp. and Ala. ac-cumulated by L. acidophilus.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.55 no.3
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• pp.199-205
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• 2019

Yeast two-hybrid (Y2H) technique has been used to study protein-protein interactions, but its application particularly to a large-scale analysis of protein interaction networks, is limited by the fact that the technique is labor-intensive, based on scoring colonies on plate. Here, we develop a new reporter for the measurement of the protein-protein interactions by flow cytometry. The yeast harboring interacting proteins can also be enriched by fluorescence-activated cell sorting (FACS) or magnetic-activated cell sorting (MACS). When two interacting proteins are present in the same yeast cell, a reporter protein containing 10 tandem repeats of c-myc epitope becomes localized on the surface of the cell wall, without affecting cell growth. We successful measured the surface display of c-myc epitope upon interacting p53 with SV40 T antigen by flow cytometry. Thus, the newly developed Y2H assay based on the display of c-myc repeat on yeast cell wall could be used to the simultaneous analysis of multiple protein-protein interactions without laborious counting colonies on plate.

• The Microorganisms and Industry
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• v.17 no.1
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• pp.19-24
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• 1991

tRNA는 그 생화학적인 역할이 잘 알려져 있고 구조적으로 안정하며, 이용할 수 있는 분자 생물학적인 자료가 많아, 유전자 발현과 유전자 산물간의 조직적인 상호작용을 연구하는데 적합한 재료이다. 효모의 미토콘드리아에는 24개의 tRNA 유전자가 잇어, 단백질 합성에 필요한 tRNA를 자급하고 있으나, 유전자 발현과 processing에 관여하는 모든 정보가, tRNA의 5' 부위를 process하는데 관여하는 효소중 RNA subunit인 9S RNA를 산출하는 tsl 유전자를 제외하고, 핵 유전자에 존재한다. 효모의 대표적인 종인 Saccharomyces cerevisiae의 $tRNA^{Asp}$ 유전자에 결함이 생긴 한 돌연변이 균주의 성질을 조사하고, 억제현상(suppression)을 규명하므로써 tRNA의 구조적 특성을 파악하고, 나아가 미토콘드리아 생성에 관여하는 핵 유전자를 찾아보고자 한다.

• The Science & Technology
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• v.29 no.2 s.321
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• pp.76-77
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• 1996

지난 1월9일 '식물ㆍ미생물 상호작용에서의 말론산 대사의 중요성'이란 논문으로 한국과학상을 받은 연세대 생화학과의 김유삼교수는 어렸을 때부터 과학을 좋아했고 대학에 입학해서도 생화학이 재미있어 일찍부터 자신의 진로를 결정했다고 한다. 김유삼교수는 "지금까지는 말론산과 식물의 관계에 초점을 맞춰 연구했지만 앞으로는 두뇌와 관련된 말론산연구를 계속하겠다"고 자신의 포부를 밝힌다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.43 no.4
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• pp.250-255
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• 2007

The RecA protein of Deinococcus radiodurans is essential for the extreme radiation resistance of this organism. The central steps involved in recombinational DNA repair require DNA-dependent ATP hydrolysis by recA protein. Key feature of RecA protein-mediated activities is the interactions with ssDNA and dsDNA. The ssDNA is the site where RecA protein filament formation nucleates and where initiation of DNA strand exchange takes place. The effect of sequence heterogeneity of ssDNA was examined in this experiment. The rate of homopolymeric synthetic ssDNA-dependent ATP hydrolysis was constant or nearly so over a broader range of pHs. For poly(dT)-dependent ATP or dATP hydrolysis, rates were generally faster, with a broader optimum between pH 7.0 and 8.0. Activities of RecA protein were affected by the ionic environment. The ATPase activity was shown to have different sensitivity to anionic species. The presence of glutamate seemed to slimulate the hydrolytic activity. Dr RecA protein was shown to require $Mg^{2+}$ ion greater than 2 mM for binding to etheno ssDNA and the binding stoichiometry of 3 nucleotide for RecA protein monomer.

• Proceedings of the Korean Society for Food Science of Animal Resources Conference
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• 1997.06a
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• pp.40-49
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• 1997

육제품 제조용 starter culture에 대한 연구는 기초과학을 바탕으로 관련 미생물의 생리대사 특성은 물론 이들의 환경적응성이나 상업적인 생산공정개발에 이르기까지 상당한 발전을 거듭해 왔다. 특히, 최근에 와서 유전공학의 응용으로 starter균주의 대사능력을 조절할 수 있고 생물학적 안전성을 쉽게 검증할수 있을 뿐만 아니라 원하는 활력을 안전하게 보존할 수 있도록 하는 연구도 진행되고 있다. 미생물의 생육환경인 육의 발효과정에 대한 연구를 통하여 육제품 starter culture개발의 근간이 되는 지식을 얻게 되었으며 어떤 요인이 발효과정중 starter 균주의 대사능력과 성장에 영향을 주는지 또한 발효과정중 starter culture간의 상호작용 및 starter와 윈래 혼합육에 존재하는 균들사이에서 일어나는 상호작용에 관한연구, 나아가서는 Bacteriocine과 Bacteriophage가 육제품제조에서 어떤 의미를 갖고 있는지 등에 관한 연구도 활발히 이루어지고 있다. 특히 이런 연구결과들을 통하여 이들 starter의 실제 상업적인 이용에 있어 원료육이나 부재료, 향신료의 선정은 물론 제조 공정을 제어하여 제품의 안전성을 기대할 수 있을 뿐만아니라 하나의 starter culture로 여러 종류의 발효sausage를 제조하여도 제품마다 최상의 능력을 발휘할 수 있는 새로운 균주의 개발에도 기여할 수 있다. 스타타컬쳐에 대한 연구상황은 균주별로 다르나 유산균에 대하여 가장 많이 연구되어 있고 Micrococci에 대한 연구도 상당히 진전되어 있다. 특히할만한 점은 아시아의 발효생선이 육제품 발효에 이용되는 Staphylococcus carnosus종의 habitat로 밝혀진 것이다. 뿐만 아니라 곰팡이 균주도 실제 praxis에 적합하게 개발시킬수 있다. 따라서 앞으로 발효육제품제조에 있어 starter culture가 갖는 의미는 매우 중요하며 특히 짧은 숙성기간을 거치는 발효소시지의 제조에 있어서는 필수불가결한 공정의 한 분야로 자리잡게 될 것이다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.49 no.3
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• pp.215-220
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• 2013

Against environmental stresses, many bacteria utilize the alternate sigma factor RpoS that induces transcription of the specific set of genes helpful in promoting bacterial survival. Intracellular levels of RpoS are determined mainly by its turnover through proteolysis of ClpXP protease. Delivery of RpoS to ClpXP strictly requires the adaptor protein RssB. The two-component-type response regulator RssB constantly interacts with RpoS, but diverse environmental changes inhibit this interaction through modification of RssB activity, which increases RpoS levels in bacteria. This review discusses and summarizes recent findings on regulatory factors in RssB-RpoS interactions, including IraD, IraM, IraP anti-adaptor proteins of RssB and phosphorylation of N-terminal receiver domain of RssB. New information shows that the coordinated regulation of RssB activity in controlling RpoS turnover confers efficient bacterial defense against stresses.

• Journal of Korean Society of Environmental Engineers
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• v.33 no.5
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• pp.314-324
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• 2011

Algal biomass cultivated by wastewater is potentially useful resource for biodiesel production. However, little is known about algal nutrient metabolism and microbial interaction with bacteria under real municipal wastewater condition. In this work, we characterized nitrogen and phosphorus removals of municipal wastewater by a representative wastewater-growing algal population. Ankistrodesmus gracilis SAG 278-2, and analyzed its ecological interaction with wastewater bacterial communities. Compared to wastewater sludge itself, algal-bacterial co-culture improved nutrient removal. According to bacterial community analysis with 16S rRNA genes, a selective and dominant growth of a Unclassified Alcaligenaceae population resulted from algal growth in the algal-bacterial co-culture. The selectively stimulated bacterial population is phylogenetically close to Alcaligenes faecalis subsp. 5659-H, which is known to be co-present interact with algae in aquatic environment. These findings suggest that algal growth/metabolism may have effects on selection of a specific bacterial population in algal-bacterial co-cultures that can efficiently remove nutrients from municipal wastewater.