• 한국어류학회지
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• 제33권4호
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• pp.217-225
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• 2021

양태과는 경제적으로 중요한 저서성 바닷물고기로써 인도태평양과 지중해의 열대 또는 온대지역의 하구역에 서식한다. 이번 연구에서 우리는 차세대염기서열분석법을 이용하여 flathead의 일종인 Platycephalus cultellatus Richardson, 1846의 전장 미토콘드리아 유전체를 최초로 분석하였다. 그 총 길이는 16,641 bp이었고, 단백질암호화 유전자 13개, 리보솜 RNA 유전자 2개, 전량 RNA 유전자 22개로 구성되었다. 그 유전자의 구성과 배열은 전형적인 척추동물과 같았다. 단백질암호화 유전자 13개를 바탕으로 작성된 분자계통수에서 P. cultellatus는 같은 과에 속하는 종들과 단계통군을 형성하였고, P. indicus를 비롯하여 Platycephalus sp.로 등록된 표본들과 함께 분기하였다. 또한 DNA 바코딩 분자마커로 널리 사용되는 cox1 유전자를 바탕으로 작성된 분자계통수에서 우리의 표본은 같은 종에 속하는 표본들과 단계통군을 형성하여 그 분류학적 위치가 명확하게 밝혀졌다. 이번 연구에서 새롭게 분석된 P. cultellatus의 미토콘드리아 유전체는 이후 flatheads의 분류와 분자계통을 위한 중요한 기초정보로 활용될 것이다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제35권4호
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• pp.271-276
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• 1997

메타고니무스속 흡충의 형태학적인 차이점은 잘 알려져 있으나 이러한 미세한 형태학적 차이로 종을 분류할 수 있을 지에 대해서는 의문시되어 왔다. 이 연구는 비교적 유전자 염기서열이 잘 보존되어 있 어 종간 또는 strain간의 차이를 밝힐 수 있는 리보솜리보핵산 유전자 중 ITSI 유전자와 사립체 COI 유전자를 중합효소반응으로 증폭시킨 후 제한효소로 소화시켜 나타나는 밴드의 차이를 관찰하였다 요 코가와흡충 (M. yokogawai)의 피 낭유충은 삼척산 은어에서 , 미야타흡충 (Metagonim Miyata type) 은 충주산 피라미에서, 타카하시홉충 (M. tnkqhqsrii)은 충주산 붕어에서 분리하여 사용하였다. 세 종류 충체에서 얻은 ml 유전자 증폭산물은 제한효소 Rsc I, Ak I 및 Msp I에 의해 서로 다른 크기의 밴드 로 소화되었다. 세 종류 충체의 사립체 COI 유전자 증폭산물도 Rsc I과 AIu I에 의해 서로 다른 양상으로 잘라졌다. 추정 유전자 차이 (estimated genetic divergence)는 미야타홉충과 요코가와흡충이 0.034880, 요코가와흡충과 타카하시홉충이 0.018179, 미야타흡충과 타카하시흡충이 0.028098 이었다. 이 결과로 보면 미야타흡충은 별개의 종으로 볼 수 있으며,다른 충체보다 이른 시기에 진화하였음 을 알 수 있다.

• 생명과학회지
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• 제19권7호
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• pp.949-955
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• 2009

점막 상피는 외부 인자를 감지하는 최전선의 인식부위로서 외부스트레스 자극을 하부의 반응 신호로 전달하는 주요 세포이다. 리보솜독성 반응을 유발하는 데옥시니발레놀 (DON) 및 그 관련 곰팡이 독소는 푸자륨 곰팡이 오염에 의한 식중독성 소화기 염증성 질환과의 연관성이 알려 져 있다. 본 연구의 목적은 DON이 상피세포 감지 신호 전달 분자로서 PKR과 EGR-1이 관련 되고 이들이 상피세포에서의 염증성 사이토가인 인터루킨 8의 생성에 관련 된다는 가정 하에서 연구를 수행 하였다. PKR 발현의 세포내 작용 억제는 DON에 의해 유도되는 인터루킨 8의 생성을 감소시켰다. 또한 DON에 의한 IL-8 전사 활성화는 PKR 억제에 의하여 장관 상피세포에서 감소하였다. PKR 저해제의 처리는 EGR-1 promoter 활성, mRNA, 단백질 유도 등을 감소를 유발하였으며 MAP kinase (ERK1/2, p38, JNK)는 변화가 적거나 오히려 PKR 저해제의 전처리에 의하여 항진 되었다. 결론적으로 DON에 의해 자극된 감지신호인 EGR-1은 자체적으로 또는 PKR 신호를 경유하여 인터루킨8의 생산을 항진하는데 주요한 기능을 하였다. 이를 통하여 향후 리보솜 독성 반응과 관련된 소화기 염증유발의 주요한 기전을 제공하고 있다.

• 한국가금학회지
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• 제47권1호
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• pp.9-19
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• 2020

본 연구는 고병원성 조류 인플루엔자 바이러스(high pathogenic avian influenza virus; HPAIV)와 저병원성 조류인플루엔자 바이러스(low pathogenic avian virus; LPAIV)가 감염된 오리의 폐세포에서 보고된 기존 전사체 데이터를 재분석하여 조류 인플루엔자 감염에 대응하는 숙주의 공통 전사체를 발굴하고, 생물정보 분석을 실시하여 바이오 마커로서 가능성을 제시하기 위하여 수행하였다. 이전 연구에서 생산된 microarray 데이터 세트를 재분석하여, HPAIV와 LPAIV가 각각 감염된 오리의 폐세포에서 각각 총 731 및 439개의 차등발현 유전자를 발굴하였다. 이들 차등발현 유전자 중에서, 227개의 유전자가 HPAIV와 LPAIV가 감염된 세포에서 공통적으로 조절되어, 193개의 유전자는 발현이 증가한 반면, 34개의 유전자는 발현이 감소하였다. 생물정보 분석을 통하여 차등발현 유전자들의 기능에 대한 주석달기를 실시하여, 리보솜과 단백질 대사 및 유전자 발현 관련 GO가 풍부해짐을 확인하였다. REACTOME 분석을 통하여 단백질 및 RNA 대사 경로 및 콜라겐 생합성과 변형을 포함한 조직 복구 경로가 조절됨을 확인하였다. 보다 구체적으로, 번역 및 RNA 품질 관리 경로에 관여하는 단백질을 코딩하는 유전자는 HPAIV 및 LPAIV 감염에 반응하여 발현의 증가 또는 감소하는 방향으로 조절되어 AIV가 숙주 번역 기계를 억제함으로써 숙주 방어 시스템을 회피할 수 있거나 번역을 위해 세포질로 내보내기 전에 AIV가 억제될 수 있음을 시사한다. AIV 감염은 바이러스 감염으로 인한 조직의 병변 형성을 조절하는 경로를 활성화시킬 수 있음을 시사한다.

• 자연과학논문집
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• 제16권1호
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• pp.15-29
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• 2005

내열성의 cyclomaltodextrin glucanotransferase (CGTase)를 이용하여 열에 안정한 싸이클린 텍스트린 (CD)을 생산하기 위하여 매우 높은 CGTase 활성을 보이는 고열성이며 호알카리성인 B-13세균을 분리하여 형태적, 생리학적 특성과 16S 리보솜 RNA 서열분석 등을 통하여 Bacillus cereus B-13으로 동정하였다. Bacillus cereus B-13 2% 가용성 전분, 1% 효모 추출물, 1% $Na_2CO_3$ 등을 함유하는 SYC 배지 (pH 8.5)에 접종하여 $50^{\circ}C$에서 24시간 배양하였을 때 최고의 CGTase 활성(130 U/ml)을 보였다. 또한 부분 정제된 CGTase의 작용 최적 온도와 pH는 각각 $60^{\circ}C$, pH 8.5-9.0 이었고 $80^{\circ}C$이하와 pH5.0-10.0에서 안정하였다. 1% 가용성 전분을 부분 정제한 CGTase와 작용시켰을 때 49%의 CD 수율을 보였다.

• 생명과학회지
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• 제27권6호
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• pp.694-701
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• 2017

알려진 단독배양이 가능한 원핵생물 중 최소게놈을 가지고 있는 Mycoplasma genitalium보다 보존적 유전자 수가 적은 14개 원핵생물의 유전자를 보존적 유전자 관점의 COG (Clusters of Orthologous Group of proteins)로 검토하였다. 분석대상은 M. genitalium, 초고온성 고세균으로 세포외공생을 하는 Nanoarchaeum equitans, 진정세균으로 식물의 세포내에 기생하는 병원균인 Candidatus Phytoplasma 속 4개와 식물의 수액을 섭취하는 곤충의 세포내에 공생하는 9종이었다. M. genitalium이 가진 367개의 보존적 유전자 중에서, 284개가 비교대상 다른 원핵생물과 공통이었다. M. genitalium 등 분석대상 원핵생물 모두에 보존적 유전자는 29개로, 이들은 리보솜 구성단백질 22개 등 번역관련 25개, RNA 중합효소의 소단위체 3개, 단백질 접힘관련 1개 등으로 단백질의 중요성을 알 수 있었다. 분석대상 15개 원핵생물 중 Candidatus Phytoplasma속 4개 균주 모두에만 존재하는 COG는 40개 였다. 속(genus)이 서로 다른 나머지 9개의 Candidatus는 곤충에 공생한다는 공통점이 있지만 COG0539 (Ribosomal protein S1) 하나만 공통적이었고, 이는 곤충 세포내 공생체들 사이에 보존적 유전자가 다양함을 나타내는 것으로 판단되었다. 본 연구의 결과는 배양이 불가능한 세균의 보존적 유전자 이해에 대한 단서와 함께 아미노산, 항생제, 의약품, 유기합성 전구체 등을 효율적으로 합성하는 원핵생물의 조작에 필요한 기초자료로 활용이 가능할 것이다.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제31권1호
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• pp.37-45
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• 2024

목적: 본 연구는 마크로라이드 불응성 마이코플라즈마 폐렴(macrolide-unresponsive Mycoplasma pneumoniae pneumonia, MUMP)의 임상 양상 및 관련 인자와 2차 치료제로서 doxycycline (DXC), tosufloxacin (TFX) 및 corticosteroid (CST) 사용 후 해열되는 데까지 걸리는 시간의 차이를 평가하고자 하였다. 방법: 2018년 7월부터 2020년 2월까지 노원을지대학교병원에 발열 및 호흡기 증상과 함께 흉부 엑스선 상 폐렴 소견이 있어 입원하여 마이코플라즈마 폐렴으로 진단받은 18세 이하의 환자들의 의무기록을 후향적으로 분석하였다. M. pneumoniae의 23S 리보솜 RNA (23S rRNA) 유전자의 점 돌연변이 유무로 마크로라이드 내성을 확인하였다. MUMP는 마크로라이드계 항생제 치료 개시 후 72시간 이상 발열(≥38.0℃)이 지속된 경우로 임상적으로 정의하였다. MUMP의 경우, CST를 추가한 군과 이차 항생제인 DXC 또는 TFX로 변경한 군으로 구분하였다. 결과: 총 157명의 마이코플라즈마 폐렴 환자 중 MUMP 군은 83명(52.9%)이었으며, C-반응단백(C-reactive protein, CRP)의 상승(3.2±3.0 vs. 2.4±2.2 mg/dL, P=0.047), 흉부 X-선상 대엽/분절성 폐렴, 흉수(56.6% vs. 27.0%, P<0.001; 6.0% vs. 0.0%, P=0.032) 그리고 23S rRNA 유전자의 점 돌연변이(96.4% vs. 64.6%, P<0.001) 가 MUMP와 유의한 연관성을 보였다. MUMP 군 83명 중 30명(36.1%)은 DXC로, 38명(45.8%)은 TFX로 항생제를 변경하였고 15명(18.1%)은 CST를 추가하였다. 2차 치료로 변경 이후 발열 호전까지 걸린 평균 시간을 각 군별로 비교하였을 때 CST 군이 DXC, TFX 군보다 발열 호전까지의 시간이 유의하게 짧았고(10.3±12.7 vs. 19.4±17.2 시간, P=0.043; 10.3±12.7 vs. 25.0±20.1 시간, P=0.003), DXC 군과 TFX 군 사이에는 유의한 차이를 보이지 않았다(19.4±17.2 vs. 25.0±20.1 시간, P=0.262). 결론: CRP의 높은 상승과 흉부 X-선 상 대엽/분절성 폐렴 및 흉막 삼출, 그리고 23S rRNA A2063G 점 돌연변이가 마크로라이드 불응성과 유의한 연관이 있었다. CST 환자군에서 DXC나 TFX 환자군에 비하여 더 빠른 발열 호전을 보였다. 향후 MUMP에 대한 최적의 2차 치료제를 결정하기 위해 더 큰 규모의 전향적 연구가 필요하다.

• 미생물학회지
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• 제46권3호
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• pp.233-239
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• 2010

Bacillus subtilis에 존재하는 DEAD-box RNA helicase에 대한 유전자 상동성 검색을 통해 yqfR, yfmL, ydbR, deaD 의 4종류의 유전자를 확인하였고 이들 유전자 각각의 결손 돌연변이체를 제조하였다. 이들 돌연변이체들의 특성을 알아보기 위하여 LB 배양액을 사용하여 여러 온도에서의 생장 속도를 조사하였다. LB 배양액에서 $37^{\circ}C$의 생장 결과 ydbR 결손 균주가 다소 생장이 느려지나($T_d$=53 min) 다른(yqfR, yfmL, deaD) 결손 돌연변이체들은($T_d$=30-40 min) 결손이 없는 야생형 균주 CU1065와($T_d$=32 min) 유사하였다. 반면에 $22^{\circ}C$에서의 생장은 CU1065 ($T_d$=102 min)에 비해 yqfR ($T_d$=151 min), yfmL ($T_d$=214 min), ydbR ($T_d$=343 min) 결손 균주 순으로 생장속도가 느린 저온 민감성을 보인다. deaD의 $22^{\circ}C$에서의 생장 속도는 ($T_d$=109 min) CU1065와 ($T_d$=102 min) 매우 유사하여 저온 민감성을 보이지 않았다. 그리고 이들 유전자들의 이중, 삼중, 사중의 결손 균주들을 제조하였고, 여러 온도에서 ($42^{\circ}C$, $37^{\circ}C$, $22^{\circ}C$) LB 배양액을 사용하여 생장 속도를 측정 하였다. 다중 결손은 단일 결손보다 더 심한 저온 민감성을 보이며, 이중 결손의 경우, ydbR과 yfmL의 결손이 다른 조합의 결손보다 보다 큰 저온 민감성을 나타내었다 ($T_d$=984 min). 이러한 저온 민감성은 E. coli의 csdA 혹은 srmB 결손의 결과와 유사하며 리보솜 조립과 관련이 있는 생리적 기능으로 보인다.