• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.04a
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• pp.425-427
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• 2003

IP 단편을 이용한 공격은 서비스 거부 공격 외에도 이를 이용하여 패킷 필터링 장비나 네트워크 기반의 침입탐지 시스템을 우회할 수 있어 그 심각성이 크다. 그러나 일부 네트워크 기반의 침입탐지 시스템은 IP 패킷단편 재조합 기능을 제공하지 않기 때문에 IP 단편의 취약점을 이용한 공격을 탐지하지 못한다. 본 논문에서는 IP 조각 패킷을 재조합 하지 않고도 단편과 관련된 헤더정보를 분석함으로써 공격을 실시간으로 탐지해 낼 수 있는 IP 단편 필터링 모듈을 설계하고 구현한다.

• Proceedings of the Korea Multimedia Society Conference
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• 2003.05b
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• pp.295-298
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• 2003

IP 단편화는 서로 다른 네트워크 환경에서 IP 패킷의 효율적인 전송을 보장해 주고 있다. 하지만 시스템이 비정상적인 IP 단편을 적절히 재조합하지 못함으로써 시스템에 심각한 문제를 일으킬 수 있다. 그래서 본 논문에서는 네트워크 상에서 IP 단편화 공격을 탐지할 수 있는 방법을 제안한다. 제안한 방법은 IP 단편화 총격에 대해서 TCP 패킷을 NIDS가 미리 재조합을 함으로써 IP 단편화 공격에 대해 효율적인 탐지가 가능하다

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.04a
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• pp.940-942
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• 2004

자바가상기계의 메모리 할당에서 서로 다른 크기의 메모리 할당과 해제는 힙 영역과 자바 스택 영역에 심각한 외부 단편화를 발생시킨다. 자바가상기계에서 외부 단편화는 가비지 콜렉션의 발생을 증가시키고 메모리를 할당하기 위한 메모리 접근이 증가되는 고비용의 동작이 발생하므로 소규모 메모리에서 동작하는 임베디드 자바가상기계에서 성능저하가 발생하게 된다. 본 논문에서는 임베디드 자바가상기계에서 외부 단편화를 최소화하고 메모리를 효율적으로 관리하기 위한 한 가지 방안으로 고정크기 메모리 할당 방법에 대한 연구이다. 고정크기 메모리 할당 기법은 자바가상기계의 힙 영역에 가장 큰 객체의 크기를 기준으로 할당하고 자바 스택 영역에 가장 큰 스택 프레임을 기준으로 할당하도록 하여, 힙 영역과 자바 스택 영역에 외부 단편화를 최소화하도록 하는 메모리 할당 정책이다. 고정 크기 메모리 할당은 내부 단편화에 따른 메모리 낭비가 발생될 수 있지만, 외부 단편화는 최소화되기 때문에 가비지 콜렉션 발생 횟수를 감소시킬 수 있으며, 회수된 메모리 공간을 재구성하는 고비용을 제거 할 수 있다. 또한 할당 해제된 영역들은 Free-List로 연결되어 메모리 할당을 위한 메모리 접근을 최소화시키는 장점을 가진다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2008.06b
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• pp.536-541
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• 2008

이차적인 저장공간으로 사용되는 하드디스크의 용량은 기술의 발전으로 나날이 커져가고 있다. 이렇게 디스크 용량이 증가함에 따라 파일 시스템의 단편화 현상은 더더욱 심화되며, 전체적인 시스템의 성능을 떨어뜨리는 주원인이 되고 있다. 우리는 단편화 현상 해결을 위한 첫 단계로 자동적이고 지속적인 단편화 측정을 위한 자동적인 레이아웃 스코어링(Autonomic Layout Scoring)기법을 제안한다. ALS 기법을 활용하면 파일 시스템이 생성된 후, 계속해서 단편화 현상의 정도를 측정하게 되며 이를 토대로 단편화 현상을 제거하기 위한 기법을 적용할 수 있다. 본 논문에서는 ALS 기법을 설계하고 리눅스 2.6 버전의 EXT2 파일 시스템에 구현하였다. 그리고 실제 파일 시스템을 수행하면서 단편화 현상을 측정하는 과정과 아이노드, 블록 그룹, 슈퍼 블록이 각각 노화되는 정도를 측정한 결과를 보인다.

• Proceedings of the Korea Database Society Conference
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• 1997.10a
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• pp.504-514
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• 1997

관계형 데이터베이스의 성능을 향상시키는데 중요한 요소 중의 하나는 트랜잭션을 처리하기 위해 데이터를 디스크에서 주기억장치로 옮기는데 필요한 디스크 액세스(access) 횟수이다. 본 연구는 관계형 데이터베이스에서 트랜잭션을 처리할 때, 릴레이션(relation)을 수직분할하여 디스크에 단편(fragment)으로 저장하므로써 필요한 단편만 액세스하여 액세스 횟수를 감소시키는데 목적이 있다. 단편에 속성을 중복할당하여 수직분할하므로써 트랜잭션을 만족시키는 단편의 수를 감소시켜 중복할당을 고려하지 않은 방법보다 디스크 액세스 횟수를 감소시킬 수 있다. 갱신트랜잭션의 경우 하나의 속성이 갱신되면 중복된 속성을 모두 갱신하여야 하므로 액세스 횟수가 증가하지만, 조회트랜잭션의 경우 각 단편에 속성을 중복할당하여 액세스 횟수를 감소시킬 수 있다. 본 연구에서는 속성의 중복을 허용하여 단편을 구성하는 경우에 중복을 고려하지 않은 경우를 포함하므로 효과적으로 디스크 액세스 횟수를 감소시킬 수 있다. 본 연구에서는 중복할당을 고려하여 디스크의 액세스 횟수를 최소화시킬 수 있는 수직분할문제의 0-1 정수계획모형을 개발하고, 모형에 대한 최적해법으로 분지한계법을 제안한다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.34 no.1_2
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• pp.58-63
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• 1998

Fragment assembly problem is to reconstruct DNA sequence contigs from a collection of fragment sequences. We have developed an efficient X-window program, XFAP, for assembling DNA fragments. In the XFAP, the dimer frequency comparison method is used to quickly eliminate pairs of fragments that can not overlap. This method takes advantage of the difference of dimer frequencies within the minimum acceptable overlap length in each fragment pair. Hirschberg algorithm is applied to compute the maximal-scoring overlapping alignment in linear space. The perfomance of XFAP was tested on a set of DNA fragment sequences extracted from long DNA sequences of GenBank by a fragmentation program and showed a great improvement in execution time, especially as the number of fragments increases.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.47 no.3
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• pp.263-267
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• 2011

Genomic fingerprinting methods are useful in determining relatedness among bacterial strains. However, random coincidences in sizes of two DNA fragments in two different fingerprints may occur, resulting in erroneous interpretation of relatedness between two bacterial genomes. In this study, I estimated the probability of occurrence of DNA bands of identical size in fingerprints of two unrelated genomes, so that the significance of fingerprint-based estimation of genome relatedness could be analyzed. The probability could be estimated as outputs of a function formulated with the three parameters: the numbers of observed fragments, all possible sizes of fragments and observed fragments common in a given pair of fingerprints. The parameter most instrumental to significance of relatedness estimation was the number of all possible sizes of fragments. To keep the number of coincidentally-common size of fragments below 10, about 200 fragments should be distinguishable in the fingerprints.

• Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
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• v.10 no.12
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• pp.2329-2334
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• 2006

In this paper, we proposed a method complementing failure of combining DNA fragments, defect of conventional contig assembly programs. In the proposed method, very long DNA sequence data are made into a prototype of fragment of about 700 bases that can be analyzed by automatic sequence analyzer at one time, and then matching ratio is calculated by comparing a standard prototype with 3 fragmented clones of about 700 bases generated by the PCR method. In this process, the time for calculation of matching ratio is reduced by Compute Agreement algorithm. Two candidates of combined fragments of every prototype are extracted by the degree of overlapping of calculated fragment pairs, and then degree of combination is decided using a fuzzy reasoning method that utilizes the matching ratios of each extracted fragment, and A, C, G, T membership degrees of each DNA sequence, and previous frequencies of each A, C, G, T. In this paper. DNA sequence combination is completed by the iteration of the process to combine decided optimal test fragments until no fragment remains. For the experiments, fragments or about 700 bases were generated from each sequence of 10,000 bases and 100,000 bases extracted from 'PCC6803', complete protein genome. From the experiments by applying random notations on these fragments, we could see that the proposed method was faster than FAP program, and combination failure, defect of conventional contig assembly programs, did not occur.

• Microbiology and Biotechnology Letters
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• v.41 no.1
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• pp.17-25
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• 2013

The thermotolerant methylotrophic yeast Hansenula polymorpha is an attractive model organism for various fundamental studies, such as the genetic control of enzymes involved in methanol metabolism, peroxisome biogenesis, nitrate assimilation, and resistance to heavy metals and oxidative stresses. In addition, H. polymorpha has been highlighted as a promising recombinant protein expression host, especially due to the availability of strong and tightly regulatable promoters. In this study, we investigated the possibility of employing human serum albumin (HSA) as the fusion tag for the secretory expression of heterologous proteins in H. polymorpha. A set of four expression cassettes, which contained the methanol oxidase (MOX) promoter, translational HSA fusion tag, and the terminator of MOX, were constructed. The expression cassettes were also designed to contain sequences for accessory elements including His8-tag, $2{\times}(Gly_4Ser_1)$ linkers, tobacco etch virus protease recognition sites (Tev), multi-cloning sites, and strep-tags. To determine the effects of the size of the HSA fusion tag on the secretory expression of the target protein, each cassette contained the HSA gene fragment truncated at a specific position based on its domain structure. By using the Green fluorescence protein gene as the reporter, the properties of each expression cassette were compared in various conditions. Our results suggest that the translational HSA fusion tag is an efficient tool for the secretory expression of recombinant proteins in H. polymorpha.

• Journal of the Korea Society of Computer and Information
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• v.14 no.10
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• pp.101-110
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• 2009

The 6LoWPAN(IPv6 Low-power Wireless Personal Area Network) performs IPv6 header compression, TCP/UDP/IGMP header compression, packet fragmentation and re-assemble to transmit IPv6 packet over IEEE 802,15.4 MAC/PHY. However, from the point of view of security. It has the existing security threats issued by IP packet fragmenting and reassembling, and new security threats issued by 6LoWPAN packet fragmenting and reassembling would be introduced additionally. If fragmented packets are retransmitted by replay attacks frequently, sensor nodes will be confronted with the communication disruption. This paper analysis security threats introduced by 6LoWPAN fragmenting and reassembling, and proposes a re-transmission mechanism that could minimize re-transmission to be issued by replay attacks. Re-transmission procedure and fragmented packet structure based on the 6LoWPAN standard(RFC4944) are designed. We estimate also re-transmission delay of the proposed mechanism. The mechanism utilizes timestamp, nonce, and checksum to protect replay attacks. It could minimize reassemble buffer overflow, waste of computing resource, node rebooting etc., by removing packet fragmentation and reassemble unnecessary.