• Title/Summary/Keyword: 단백질 바

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Building a Integrated Protein Data Management System Using the XPath Query Process (XPath 질의 처리를 적용한 단백질 데이터 통합 관리시스템 구축)

  • 차효성;정광수;정영진;류근호
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2004.10b
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    • pp.103-105
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    • 2004
  • 최근 바이오 인포매틱스 분야의 발전에 따라 방대한 양의 유전체 데이터에 대한 연구가 진행되고 있으며, 이러한 데이터를 효율적으로 다루기 위해 다양한 형태의 파일과 데이터베이스들이 사용되고 있다. 하지만 표준화의 미비로 인하여 데이터의 관리 및 변환에 어려움이 많다. 따라서 이 논문에서는 시퀀싱을 통해 생성된 유전체 및 단백질 서열 데이터의 통합 저장 관리를 위해 서열 정보의 편집, 저장 및 검색과 서열 파일 포맷 변환을 수행하는 서열 정보관리 시스템의 구현을 목적으로 한다. 이러한 요구사항을 만족시키기 위해 바이오 인포메틱스 데이터를 다루기 위한 표준으로 BSML(Bioinformatic Sequence Markup Language)을 채택하고 이질적 플랫파일들은 DTD를 기반으로 BSML 스키마로 통합 및 저장한다. 그리고 객체 관계 데이터베이스 특성을 적용하여 XML 문서를 보다 쉽게 저장 관리하고 범위 또는 구조적 질의에 효율적인 XPath 질의 처리를 위한 시스템을 개발하였다.

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Bio-Gateway System Architecture for Integrating Heterogeneous Bio-Databases (이질형 바이오 데이터베이스 통합을 위한 게이트웨이 시스템)

  • Jung, Jin-Hee;Jung, Min-A
    • Journal of the Korea Institute of Information and Communication Engineering
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    • v.9 no.8
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    • pp.1828-1833
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    • 2005
  • The Integration of biological databases is critically important because of the interconnectedness of biological research. But it's not easy to integrate these databases for the different formats and designers in heterogeneous environments. So initial design is indispensable to integrate heterogeneous databases. In this paper, after we performed conceptual modeling on a popular nucleotide database, GenBank and a protein database, Swiss-Prot and integrated them by considering cross-reference. we also propose the integration system architecture called Bio-Gateway System, which can help users query closely linked information between two biological databases within one system differently from existing systems as well as query easily on condition that user knows fine condition for less effort.

Component Proteins and Protease Activities in Excretory-Secretory Product of Sparganum (스파르가눔 분비배설항원의 단백질 봉성 및 단백질분해효소 활성)

  • Cho, Seung-Yull;Chung, Young-Bae;Kong, Yoon
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • v.30 no.3
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    • pp.227-230
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    • 1992
  • Spirometra mansoni plerocercoid (sparganum) was incubated in saline at $4^{\circ}C{\;}or{\;}37^{\circ}C$ up to 100 hours. Protein contests in the excretory$.$secretory product (ESP) were rather constant (mean 7.7 mg of protein/gram of sparganum) in the preparations. Reducing SDS-PAGE of ESP showed similar protein subunit compositions with those in crude extract. Antigenic 36 and 31 kDa Proteins were major bands in ESP. ESP exhibited specific activities of protease(2.9~5.3 units/mg) at pH 6.0 and pH 7.5. Presence of protease activity in ESP may be a supporting evidence that hitherto known cysteiRe protease of sparganum is possibly secreted.

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BioMEMS 기술을 이용한 바이오 샘플의 정량적 분석방법

  • Kim, Jun-Won;Kim, Ho-Jin
    • Journal of the KSME
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    • v.52 no.8
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    • pp.37-40
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    • 2012
  • 이 글에서는 DNA, 단백질 등과 같은 생체분자(biomolecule)뿐만 아니라 세포 수준에서의 정량적 분석(quantitative analysis)을 위한 강력한 도구로서 마이크로어레이 기반의 바이오멤스 기술에 대해 소개하고자 한다.

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Pattern Matching Automata for the Extraction of Protein Names (단백질 이름 추출을 위한 패턴 매칭 오토마타)

  • Park Jun-Hyung;Hong Ki-Ho;Yang Ji-Hoon
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2006.06a
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    • pp.28-30
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    • 2006
  • 텍스트마이닝(text mining) 기법을 통해 생물학 문헌으로부터 단백질 이름과 그들 간의 상호 관계를 추출하는 시스템이 제안된 바 있다[1]. 이 시스템에서 단백질 이름을 추출하는 과정을 패턴 일치 오토마타(PMA: Pattern Matching Automata)라는 방법을 이용하여 좀 더 유연하고 높은 성능을 가지도록 개선할 수 있었다. 본 논문은 예제를 통해 PMA의 학습, 테스트 과정과 결과를 설명함으로써 단백질 이름 추출작업에서의 PMA의 가능성과 성능 향상을 위한 앞으로의 방안을 제시한다.

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A Machine Learning Approach for Automatic Protein Name Extraction from Journal Articles (기계학습 알고리즘에 근거한 단백질 이름의 자동 추출)

  • 김정호;백은옥;이공주
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2004.04b
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    • pp.259-261
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    • 2004
  • 생물학 분야의 문헌으로부터 유전자 및 단백질 이름을 추출하는 기술은 바이오 텍스트 마이닝 분야의 기반 기술로 그 중요성이 점차 증대되고 있다. 이 연구에서는 생물학 분야 문헌의 초록으로부터 하나의 토큰으로 구성된 single gene name은 물론 여러 개의 토큰으로 이루어진 multi gene name까지 유전자나 단백질의 이름을 자동으로 추출하는 시스템 TagGeN(Tagger for Gene Name)을 제안한다. TagGeN은 기존의 태거와 달리, 문자나 숫자 이외의 기호를 포함한 유전자나 단백질 이름의 품사 처리에 있어 개선 방안을 제시하고, 여러 토큰으로 이루어진 이름의 인식에 있어 나란한 두 토큰이 갖는 태그 정보를 이용한 조건부 확률에 근거하여 Markov 모델을 도입한다. 위와 같은 개선방안을 구현한 TagGeN은 성능면에서 기존의 유사시스템에 비해 recall 20.8%, precision 4.7%의 성능향상을 보임으로써 본 연구에서 제안한 방법론의 효과를 입증한다.

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Automatic Protein Function Prediction Through Processing Large-Scale Protein Microenvironment Information (대용량 미세환경 정보처리를 통한 단백질 기능 예측 자동화)

  • Min, Hye-Young;Yoon, Sung-Roh
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2008.05a
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    • pp.431-432
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    • 2008
  • 정보처리 기술의 발전에 따라 정보기술을 통한 생명과학 문제 해결을 연구하는 생명정보학(bioinformatics) 분야에서도 보다 대용량의 바이오 정보를 처리하게 되었다. 특히 우리 몸을 이루는 핵심 요소인 단백질의 기능 예측 자동화는 다루어야 할 정보량이 매우 방대한 관계로 일찍부터 컴퓨터를 사용한 정보처리 기법이 중요하게 다루어져 왔다. 본 연구에서는 특정 단백질 주변의 미세환경 (microenvironment)에 관한 정보를 수집하고 분석하여 그 기능이 알려진 다른 종류의 단백질 주변의 미세환경과 비교함으로써 기능을 예측하는 방법에 대해 소개한다.

Effects of Dietary Energy and Protein Levels on the Performance of Brown Layer in Summer (산란계 사료의 에너지 및 단백질 수준이 하절기에 있어서 갈색산란계의 생산성에 미치는 영향)

  • 이승우;이상진;김영일;오세정
    • Korean Journal of Poultry Science
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    • v.14 no.2
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    • pp.125-135
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    • 1987
  • Total 720 brown layers were fed 9 rations differing in metabolizable energy (2500, 2700 and 2900 kcal/kg) and crude protein (13, 15 and 17%) levels for a period of 12 weeks in order to study the effects of dietary energy and protein levels on the performance of brwon layer in summer. As metabolizable energy level increased from 2500 to 2900Kcal/kg of feed egg production, daily feed and protein intake were decreased, but daily energy intake, energy requirement and feed cost per kilogram of egg mass were increased. There were no significant difference in egg weight, feed conversion and motality among dietary energy levels. On the other hand, as dietary Protein level increased from 13 to 17% egg Production, egg weight, daily protein intake and protein requirement per kilogram of egg mass were increased, but feed and energy requirement and feed cost per kilogram or egg mass were decreased. However daily feed intake and mortality were not affected by dietary protein level.

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국민영양향상에 기여도 큰 '라면' - 맛있고 값싸고 간편한 조리로 더욱 인기

  • 한국식품공업협회
    • Food Industry
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    • s.21
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    • pp.59-62
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    • 1974
  • 라면-. 맛있고 값싸고 조리가 간편해서 라면은 스피드시대, 인스탄트시대에 가장 사랑받는 식품으로 각광을 받고 있다. 한국영양학회에서 조사보고한 바에 따르면 우리나라 사람은 하루 단백질 80g, 지방 40g을 섭취해야하는 데도 실제 섭취하고 있는 영양은 단백질 66g, 지방 17g으로 태부족-. 그러나 라면 1개로 필요영양의 50$\%$이상을 총족할 수 있다는 것. 뿐만 아니라 라면에는 칼슘$\cdot$라이신 등이 풍부하게 함유돼 어린이 성장촉진제 노릇까지 한다고.

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유전공학기법을 이용한 새로운 당뇨병 치료제의 개발 연구

  • 이승엽;이추희;남두현
    • Proceedings of the Korean Society of Applied Pharmacology
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    • 1993.04a
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    • pp.138-138
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    • 1993
  • 인슈린 유사체를 유전공학적 방법으로 생산하여 새로운 당뇨병 치료제로써의 가능성을 타진한다. 인슈린 B 사슬의 C 말단 아미노산 codon을 threonine 대신을 methionine을 지령하도록 하고 여기에 인슈린 A사슬을 지령하는 염기를 바로 부착시켜, 이를 대장균에서 발현시키므로써 외사슬 인슈린 선구체를 제조하고, 이를 분리 정제한 다음 취화브롬 으로 절단하므로서 ($B^{30}$-homoserine) 인슈린을 제조한다. 1. 외사슬 인슈린 전구체 유전자를 합성한 후 대장균의 발현 운반체내 e-galactosidase 유전자와 융합시켜 도입하므로서 재조합된 융합단백질을 생산하였다. 2. 재조합 대장균을 발효한 후 urea 융합단백질을 분리하고 DEAE-Sephacel과 Sephadex G-200을 이용하여 순수 정제하였다.

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