• Title/Summary/Keyword: 다양한 도메인 기능

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Search method of Domain for prediction of protein function (단백질의 기능 예측을 위한 도메인 검색 방법)

  • 허미영;김홍기;최진성
    • Proceedings of the IEEK Conference
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    • 2003.11b
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    • pp.239-242
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    • 2003
  • 모든 생명체는 유전자의 최종 산물인 다양한 단백질들이 각각의 복잡한 기능을 수행함과 동시에 그들 사이의 긴밀한 상호작용에 의해 생명을 유지한다. 도메인 (Domain)은 단백질의 기능적 단위로서 한 개 단백질은 최대 수십 개의 도메인을 가지는데 이들 도메인에 대한 정보는 단백질의 기능을 예측하는데 도움이 될 수 있다. 본 논문에서는 종양을 억제하는 기능을 가지는 단백질과 그러한 기능을 가질 것으로 추정되어지는 단백질의 아미노산 서열, 또 기능이 밝혀지지 않은 미지의 아미노산 서열을 가지고 이미 밝혀져 있는 도메인 서열과 비교 검색하여 이들 사이에 일치하는 도메인을 통하여 표적 단백질의 기능 동정에 관한 연구에 도움이 되며, 또한 기능이 밝혀지지 않은 아미노산 서열의 도메인을 검색하여 새로운 기능을 예측함으로써 다른 실험적 방법과 비교하여 시간과 비용을 절약할 수 있는 효과적인 방법을 얻었기에 제안하고자 한다.

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A Visualization and Inference System for Protein-Protein Interaction (단백질 상호작용 추론 및 가시화 시스템)

  • Lee Mi-Kyung;Kim Ki-Bong
    • Journal of KIISE:Software and Applications
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    • v.31 no.12
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    • pp.1602-1610
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    • 2004
  • As various genome projects have produced enormous amount of biosequence data, functional sequence analysis in terms of tile nucleic acid and protein becomes very significant. In functional genomics and proteomics, the functional analysis of each individual gene and protein remains a big challenge. Contrary to traditional studies, which regard proteins as not components of a whole protein interaction network but individual entities, recent studies have focused on examining functions and roles of each individual gene and protein in view of a whole life system. In this regard, it has been recognized as an appropriate method to analyze protein function on the basis of synthetic information of its interaction and domain modularity. In this context, this paper introduces the PIVS (Protein-protein interaction Inference & Visualization System), which predicts the interaction relationship of input proteins by taking advantage of information on homology degree, domain modules which input sequences contain, and protein interaction relationship. The information on domain modules can increase the accuracy of the function and interaction relationship analysis in terms of the specificity and sensitivity.

Automatic Information Extraction for Structured Web Documents (구조화된 웹 문서에 대한 자동 정보추출)

  • Yun, Bo-Hyun
    • Journal of Internet Computing and Services
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    • v.6 no.3
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    • pp.129-145
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    • 2005
  • This paper proposes the web information extraction system that extracts the pre-defined information automatically from web documents (i.e, HTML documents) and integrates the extracted information, The system recognizes entities without lables by the probabilistic based entity recognition method and extends the existing domain knowledge semiautomatically by using the extracted data, Moreover, the system extracts the sub-linked information linked to the basic page and integrates the similar results extracted from heterogeneous sources, The experimental result shows that the system extracts the sub-linked information and uses the probabilistic based entity recognition enhances the precision significantly against the system using only the domain knowledge, Moreover, the presented system can the more various information precisely due to applying the system with flexibleness according to domains, Because bath the semiautomatic domain knowledge expansion and the probabilistic based entity recognition improve the quality of the information, the system can increase the degree of user satisfaction at its maximum. Thus, this system can satisfy the intellectual curiosity of users from movie sites, performance sites, and dining room sites, We can construct various comparison shopping mall and contribute the revitalization of e-business.

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PreSPI: Design and Implementation of Protein-Protein Interaction Prediction Service System (PreSPI:단백질 상호작용 예측 서비스 시스템 설계 및 구현)

  • Kim, Hong-Soog;Jang, Woo-Hyuk;Lee, Sung-Doke;Han, Dong-Soo
    • Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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    • 2004.11a
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    • pp.86-100
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    • 2004
  • 계산을 통한 단백질 상호작용 예측 기법의 중요성이 제기되면서 많은 단백질 상호 작용 예측 기법이 제안되고 있다. 하지만 이러한 기법들이 일반 사용자가 손쉽게 사용할 수 있는 서비스 형태로 제공되고 있는 경우는 드물다. 본 논문에서는 현재까지 알려진 단백질 상호작용 예측 기법 중 예측 기법의 완성도가 높고 상대적으로 예측 정확도가 높은 것으로 알려진 도메인 조합 기반 단백질 상호 작용 예측 기법을 PreSPI(Prediction System for Protein Interaction)라는 서비스 시스템으로 설계하고 구현하였다. 구현된 시스템이 제공하는 기능은 크게 도메인 조합 기반 단백질 상호 작용 예측 기법을 서비스 형태로 만들어 제공하는 기능으로 입력 단백질 쌍에 대한 상호작용 예측이 중심이 된 핵심기능과, 핵심 기능으로부터 파생되는 기능인 부가 기능, 그리고 주어진 단백질에 대한 도메인 정보검색 기능과 같이 단백질 상호작용에 관하여 연구하는 연구자에게 도움이 되는 일반적인 기능으로 구성되어 있다. 계산을 통해 단백질 상호 작용을 예측하는 시스템은 대규모계산이 요구되는 경우가 많아 좋은 성능을 갖추는 것이 중요하다. 본 논문에서 구현된 PreSPI 시스템은 서비스에 따라 적절히 그 처리를 병렬화 함으로써 시스템의 성능 향상을 도모하였고, PreSPI 가 제공하는 기능을 웹 서비스 API 로 Deploy 하여 시스템의 개방성을 지원하고 있다. 또한 인터넷 환경에서 변화되는 단백질 상호 작용 및 도메인에 관한 정보를 유연하게 반영할 수 있도록 시스템을 계층 구조로 설계하였다. 본 논문에서는 PreSPI 가 제공하는 몇 가지 대표적인 서비스에 관하여 사용자 인터페이스를 중심으로 상술함으로써 초기 PreSPI 사용자가 PreSPI 가 제공하는 서비스를 이해하고 사용하는 데에도 도움이 되도록 하였다.있어서 자각증상, 타각소견(他覺所見)과 함께 이상(異常)은 확인되지 않았으며 부작용도 없었다. 이상의 결과로부터, ‘펩타이드 음료’는 경증고혈압 혹은 경계역고혈압자(境界域高血壓者)의 혈압을, 자각증상 및 혈액${\cdot}$뇨검사에도 전혀 영향을 미치지 않고 저하시킨다고 결론지었다.이병엽을 염색하여 흰가루 병균의 균사생장과 포자형성 등을 관찰한 결과 균사가 용균되는 것을 볼 수 있었으며, 균사의 용균정도와 분생포자형성 억제 정도는 병 방제효과와 일치하는 경향을 보였다.을 의미한다. IV형은 가장 후기에 포획된 유체포유물이며, 광산 주변에 분포하는 석회암체 등의 변성퇴적암류로부터 $CO_{2}$ 성분과 다양한 성분의 유체가 공급되어 생성된 것으로 여겨진다. 정동이 발달하고 있지 않으며, 백운모를 함유하고 있는 대유페그마타이트는 변성작용에 의한 부분용융에 의해 형성된 멜트에서 결정화되었으며, 상당히 높은 압력의 환경에서 대유페그마타이트의 결정화작용 과정에서 용리한 유체의 성분이 전기석에 포획되어 있다. 이때 용리된 유체는 다양한 성분을 지니고 있었으며, 매우 낮은 공융온도와 다양한 딸결정은 포유물 내에 NaCl, KCl 이외에 적어도 $CaCl_{2},\;MgCl_{2}$와 같은 성분을 포함하고 있음을 지시한다. 유체의 용리는 적어도 $2.7{\sim}5.3$ kbar 이상의 압력과 $230{\sim}328^{\circ}C$ 이상의 온도에서 시작되었다.없었다. 결론적으로 일부 한방제와 생약제제는 육계에서 항생제를 대체하여 사용이 가능하며 특히 혈액의 성분에 유의한 영향을 미치는 것으로 사료된다. 실증연구가 필요할 것으로 사료된다.trip과 Sof-Lex disc로 얻어진 표면은 레진전색제의 사용으로 표면조도의 개선

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Development of Programmable Automation Controllers (PACs) having Multi-Domain Functionality (다양한 도메인 기능을 갖는 PAC 시스템 개발)

  • Kim K.D.;Lee K.J.;Kim H.N.;Oh J.S.;Kim C.B.
    • Proceedings of the Korean Society of Precision Engineering Conference
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    • 2005.06a
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    • pp.250-253
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    • 2005
  • A Programmable Automation Controller (PAC) has been developed by Turbotek Co., Ltd. The developed system has multi-domain functionality-including sequence control, motion control and HMI- on a single platform. The PAC also has a common development platform for the design and integration of multi-domain automated systems. Since hardware of the developed system has modular architectures, performance and specification of the controller are determined by combination of specific modules. The developed system employs de facto standards such as OPC interface that allow users to easily exchange data as part of networked multi-vendor systems.

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BPEL Engine Generator for adding New Functions to BPEL based on Attribute Grammar and Aspect-Oriented Programming (속성문법과 관점지향 프로그래밍 기법을 이용한 BPEL에 새로운 기능을 추가하는 BPEL 엔진 생성기)

  • Kwak, Dongkyu;Kim, Jongho;Choi, Jaeyoung
    • KIPS Transactions on Software and Data Engineering
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    • v.4 no.5
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    • pp.209-218
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    • 2015
  • BPEL is used in various domains since it can describe the flow of works according to conditions and rules, and it can call web services in service-oriented computing environments. However, new functions that are not provided by BPEL grammar are required in specific domains. Generally, when new functions are required, the domain-specific language should be newly defined and developed, which requires high development cost. In this regard, a new function needs to be defined and added instead of developing domain-specific language with the new functions added. However, such methods only allow an addition of a single function, and it is difficult to design and add new functions according to the needs. This paper defines XAS4B document, which extends the BPEL grammar function through XML schema in order to add new functions, and proposes BPEL engine generator that generates BPEL engine with the new functions added by processing the document. The XAS4B document enables the creation of a new grammar added to BPEL using XML schema. It also shows the process of adding new functions to BPEL engine using AspectJ, JAVA implementation of aspect-oriented programming. The proposed system can add new functions using AspectJ without modifying BPEL engine. This allows the provision of new functions at low cost in various domains.

The Static and Dynamic Customization Technique of Component (컴포넌트 정적/동적 커스터마이제이션 기법)

  • Kim, Chul-Jin;Kim, Soo-Dong
    • Journal of KIISE:Software and Applications
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    • v.29 no.9
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    • pp.605-618
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    • 2002
  • The CBD (Component Based Development) is a requisite technique for the Time-To-Market, and a highly reusable component should be provided to develop a variety of domain applications with the use of components. To increase the reusability of components, they should be developed by analyzing requirements of many different kinds of domains. However, to analyze requirements of a variety of domains related to the components to be developed and to include them inside the components will give burden to developers. Also, providing only general components that have common facilities for the several domains is not easy to accomplish the time-to-market since there are other domains that the developers have to develop. As such, developing common component through the analysis of several domains at the time of the CD (Component Development) does not always guarantee high reusability of the component, but gives burden to developers to develop another development since such components have common functions. Considering this, this paper proposes the component customization technique to reuse common components as well as special components. The reusability of the component can be increased by providing changeability of the attribute, behavior and message flow of the component. This customization technique can change the message flow to integrate developed components or to provide new functions within the component. Also, provides a technique to replace the class existing within the component with other class or to exchange the integrated component with the component having a different function so that requirements from a variety of domains may be satisfied. As such, this technique can accept the requirements of several domains. As such, this customization technique is not only the component with a common function, but it also secures reusability components in the special domain.

A Design and Implementation of Policy-based QoS Resource Management System (정책기반 자원관리 시스템의 설계 및 구현)

  • Jung, Yoon-Hee;Choi, Tae-Sang;Jung, Tae-Su
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2000.04a
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    • pp.1084-1088
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    • 2000
  • 현재 인터넷에서 QoS(Quality of Service )를 보장하기 위해 다양한 메커니즘이 제안되고 있다. 통신망에서 QoS를 지원하기 위해서는 해당 응용 서비스마다 적절한 자원을 할당하고 자원 사용을 모니터링 및 제어하며, 이례적인 사건이 발생하였을 경우 자원을 재할당할 수 있도록 지원하는 자원관리 기능이 요구된다. 본 논문에서는 차등서비스를 제공하는 인터넷에서 QoS를 제공하기 위해 망자원을 관리 및 제어하는 정책기반 자원관리시스템의 설계 및 구현에 대해 기술한다. 정책기반 자원관리 시스템은 도메인 내의 사용자나 망 관리자로부터 QoS 요구를 받으면 도메인 내의 자원사용량과 자원사용정책에 따라서 내부자원을 할당하고, 이웃도메인과는 QoS가 보장되도록 SLA(Service Level Agreement)를 체결하는 기능을 수행한다. 구현한 정책기반 자원관리시스템은 정책정보를 PIB(Policy Information Base)의 형태로 정책 데이터베이스에 저장하며, 정책서버와 정책 클라이언트 사이에는COPS(Common Open Policy Service)프로토콜을 사용하여 정책 정보를 송수신함을 특징으로 한다.

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A Study on the Methodology for Merging the Heterogeneous Domain Ontologies (이질의 도메인 온톨로지내의 개념간 병합 방법 연구)

  • Kong Hyun-Jang;Hwang Myung-Gwun;Kim Pan-Koo
    • Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference
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    • 2004.11a
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    • pp.677-680
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    • 2004
  • 시맨틱 웹의 개발에 대한 연구가 많이 진행됨에 따라 많은 도메인 온톨로지들이 구축되고 있다. 많은 개발자들이 연구 겉과를 바탕으로 온톨로지를 제작하고 있으나, 개발자들의 개인 관점의 차이, 명확한 온톨로지 구축 방법론의 부재, 온톨로지 구축 도구의 다양성 등의 문제에 따라 동일한 주제의 온톨로지 일지라도 내용에서 많은 차이점이 발생하고 있다. 이러한 온톨로지 언어적 수준, 온톨로지적 수준의 차이 때문에 각각 온톨로지의 상호운용성이 떨어진다. 또한 현재 온톨로지 구축 도구들의 기능들은 온톨로지 생성, 편집, 추론 등이 주를 이루고 있고, 동일한 주제에 대한 이질의 도메인 온톨로지를 병합하는 기능은 부족한 실정이다. 이에 본 논문에서는 각각의 개발자에 의해 개발된 동일한 도메인의 온톨로지들을 병합하여 더욱 완전한 온톨로지 구축을 위한 병합 방법을 연구하였다. 병합 방법은 대형의 온톨로지인 워드넷(WordNet)을 기반으로 하여, 이러한 이질의 도메인 온톨로지들을 공통된 주제를 중심으로 세부적인 단계를 거쳐 병합을 꾀하였다.

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