• Korean Journal of Plant Taxonomy
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• v.47 no.2
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• pp.161-169
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• 2017

The genome size is one of the basic characters of an organism, and it is widely applied in various fields of biology, such as systematics, breeding biology, population biology, and evolutionary biology. This factor was recently highlighted in genome studies because choosing a representative of a plant group having the smallest genome size is important for the efficiency of a genome project. For the estimation of the genome size, flow cytometry has recently been highlighted because it is a convenient, fast, and reliable method. In this study, we report the genome sizes of 15 taxa of Lamiaceae from nine genera distributed in Korea using flow cytometry. Data pertaining to the genome size for all of our species have not been reported thus far, and the data from Agastache, Clinopodium, Elsholtzia, and Isodon are the first reported for each genus. The genome sizes of 15 genera and 39 species were reported to the Plant DNA C-values Database (http://data.kew.org/cvalues/). Scutellaria indica L. has a genome size of 0.37 pg (1C). This is the fourth smallest value among the 98 Lamiaceae taxa in the Angiosperm DNA C-value Database, indicating that this taxon can be used as a reference species in the genome studies in Lamiaceae as a native Korean species. The largest genome size observed in this study is in Phlomis umbrosa Turcz. (1C=2.60 pg), representing the possible polyploidy origin of this species in the family.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2002.10c
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• pp.76-78
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• 2002

본 논문에서는 지역사회 유전체역학센터 및 질환군별 유전체연구센터로부터 수집되는 한국인 유전체 시료와 이에 관련된 시료 접수 정보, 시료 보관 위치 정보, 시료 정도 관리(Quality Control) 정보, 분양 정보 등을 체계적으로 저장ㆍ관리하기 위하여 시료 정보 관리 시스템을 구축하였다. 시료 접수자 및 정보 관리자는 시료 정보 관리 시스템을 통해 인간의 DNA, cell, serum, urine 등과 같은 유전체 시료를 접수하고 관리할 수 있으며 이들 정보에 대한 집계 현황을 참조할 수 있다. 또한, 지역사회 유전체역학센터 및 질환군별 유전체연구센터에서 입력한 개인식별 정보, 임상 정보, 생활습관 정보 등과 유전체 시료 정보와의 연계가 가능하다. 이는 관련 연구진에게 인간 유전체 시료를 활용할 수 있는 기반을 제공함으로써 유전체 연구의 활성화에 기여할 수 있다.

• KOGO NEWS
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• v.5 no.3
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• pp.8-12
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• 2005

• Korean Journal of Microbiology
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• v.43 no.4
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• pp.317-320
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• 2007

In this paper, we have developed base-calling error detection program and algorithm which show the list of the genes or sequences that are suspected to contain base-calling errors. Those programs detect dubious bases in a few aspects in the process of microbial genome project. The first module detects base-calling error from the Phrap file by using contig assembly information. The second module analyzes frame shift mutation if it is originated from real mutation or artifact. Finally, in the case that there is control microbial genome annotation information, the third module extracts and shows the candidate base-calling error list by comparative genome analysis method.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• v.26 no.3
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• pp.129-139
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• 2019

The human respiratory tract hosts both pathogenic and commensal bacteria. The development of well-conserved 16S rRNA sequencing and culture-independent techniques has enabled many achievements in the study of the human microbiome. Microbial composition of the respiratory tract in early childhood has been shown to correlate to respiratory health in later stages of life. This review highlights current understandings of respiratory microbiota development in healthy children, examples of microbial interactions, impacts on the host immune system, and the relationship between respiratory tract microbiome and respiratory health.

• The Journal of Korean Institute of Electromagnetic Engineering and Science
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• v.25 no.3
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• pp.269-281
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• 2014

In this paper, a systematic design of a low phase noise voltage-tuned dielectric resonator oscillator(VTDRO) using loop group delay is proposed. Designed VTDRO is closed-loop type and consists of a cascade connection of a resonator, phase shifter, and amplifier. Firstly, a reference VTDRO is fabricated and its phase noise and electrical frequency tuning range are measured. Both the phase noise and electrical frequency tuning range depend on the loop group delay. Then, a required value of loop group delay for a new VTDRO with a low phase noise can be systematically computed. In addition, its phase noise and electrical frequency tuning range can be theoretically estimated using those obtained from the measurement of the reference VTDRO. When the loop group delay increases, the phase noise decreases and the electrical frequency tuning range also decreases. The former predominantly depends on the resonator structure. Therefore we propose a systematic design procedure of a resonator with high group delay characteristics. The measured loop group delay of the new VTDRO is about 700 nsec. The measured phase noise of the new VTDRO show a state-of-the-art performance of 154.5 dBc/Hz at 100 kHz frequency offset and electrical frequency tuning range of 448 kHz for a voltage change of 0~10V. The oscillation power is about 4.39 dBm.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• v.18 no.1
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• pp.27-32
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• 2003

고혈압은 다양한 유전적 요인과 환경적 요인이 상호작용하는 다인자성 질환으로 알려져 있으며, 최근의 연구에 의하면 사립체 DNA에 존재하는 유전적 다형성이 고혈압과 유의한 관련성을 나타낸다는 보고가 있다. 이에 본 연구에서는 한국인 집단을 대상으로 하여 사립체 DNA의 5178번째 위치의 염기서열에 존재하는 A/C 다형성이 고혈압과 관련성을 나타내는 지를 분석하였다. 환자-대조군 연구를 수행한 결과, 사립체 DNA의 5178번째 위치에 존재하는 다형성의 대립 유전자 빈도는 한국인에서 고혈압군과 정상 혈압군 사이에 유의한 차이를 나타내지 않았다. 따라서, 이 다형성은 적어도 한국인에 대해서는 고혈압에 유의하게 영향을 미치는 유전적 소인은 아닌 것으로 사료된다.

• KOGO NEWS
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• v.5 no.3
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• pp.13-18
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• 2005

• Proceedings of the Korean Vacuum Society Conference
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• 2016.02a
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• pp.208.1-208.1
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• 2016

히드라란 단세포 생물로써 강장동물에 속한다. 촉수가 많이 있으며, 그 촉수에는 독이 있다. 번식 방식으로는 출아법을 이용한다. 출아를 할 때에는 한 마리가 아닌 여러 마리의 히드라가 동시에 출아를 하기도 하며, 출아를 하고 있는 히드라는 촉수가 들어난 순간부터 먹이 섭취가 가능해진다. 이 출아법을 이용하여 번식을 하는 히드라가 DBD처리를 했을 시, 히드라 출아에 차이를 보인다면 다른 생물에게도 DBD 처리를 했을 시, 영향을 미친다고 생각하고 실험을 진행하였다. DBD(Dielectric Barrier Discharge)는 두 전극 사이에 유전체층이 있으며, 외부에서 교류 전압을 가해준다. 그러면 유전체 사이에서 방전이 발생되는데, 방전된 것을 플라즈마라고 한다. DBD라는 유전체 장벽 방전으로써 주위를 이온화 시켜 만드는 플라즈마에 유전체를 씌어 생물에게 최대한 해가 되지 않도록 만든 것이다. 유전체 장벽 방전에ROS(Reactive Oxygen Species)라는 산소와 결합된 기체들이 생성된다. DBD로 인해서 생성되는 ROS를 히드라에 처리했을 경우 히드라 출아수에 변화를 통해서 해를 끼치는 정도를 알아보고자 하였다. 그 결과 아르곤 기체에 의한 ROS로 처리한 히드라는 대조군 보다 히드라의 출아수의 변화가 있는 것으로 관찰되었고, 공기를 이용하여 방전한 DBD의 ROS로 처리한 히드라는 대조 군과 비교하여 큰 변화가 없어 보였다. 따라서 아르곤 대기압 DBD플라즈마를 이용하여 만든 ROS가 히드라에게 직접적인 영향을 준 것으로 보였다. 이 결과를 토대로 아르곤DBD를 이용한 ROS 처리는 생물에게 영향을 줄 수 있다는 것을 이 실험을 통해 간접적으로 확인해 볼 수 있었다.

• Korean Journal of Microbiology
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• v.51 no.4
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• pp.329-337
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• 2015

All known genomes (N=10) in the order Nitrosomonadales were analyzed to contain 9,808 and 908 gene clusters in their pan-genome and core genome, respectively. Analyses with reference genomes belonging to other orders in Betaproteobacteria revealed that sizes of pan-genome and core genome were dependent on the number of genomes compared and the differences of genomes within a group. The sizes of pan-genomes of the genera Nitrosomonas and Nitrosospira were 7,180 and 4,586 and core genomes, 1,092 and 1,600, respectively, which implied that similarity of genomes in Nitrosospira were higher than Nitrosomonas. The genomes of Nitrosomonas contributed mostly to the size of the pan-genome and core genomes of Nitrosomonadales. COG analysis of gene clusters showed that the J (translation, ribosomal structure and biogenesis) category occupied the biggest proportions (9.7-21.0%) among COG categories in core genomes and its proportion increased in the group which genetic distances among members were high. The unclassified category (-) occupied very high proportions (34-51%) in pan-genomes. Ninety seven gene clusters existed only in Nitrosomonadales and not in reference genomes. The gene clusters contained ammonia monooxygenase (amoA and amoB) and -related genes (amoE and amoD) which were typical genes characterizing the order Nitrosomonadales while they contained significant amount (16-45%) of unclassified genes. Thus, these exclusively-conserved gene clusters might play an important role to reveal genetic specificity of the order Nitrosomonadales.