• Communications for Statistical Applications and Methods
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• 제16권6호
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• pp.915-923
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• 2009

광범위 유전자 연관(genome-wide association) 연구에서는 무수히 많은 유전자들 중에 인간의 질병에 관련된 유전자를 찾아왔다. 기존의 인간 질병에 관련된 유전자를 찾는 방법에서 이렇게 많은 유전자들 중에서 우수한 유전자를 찾는데 직접 이용할 시에는 계산이 복잡해지고 비용이 많이 들어가며 시간이 오래 걸린다는 단점이 생긴다. 따라서 이번 수많은 유전자들 중 주요 유전자 그룹을 찾는 방법으로 SNPHarvester가 개발되였다. 본 연구에서는 인간의 질병이 아닌 한우의 여러 경제형질에 관련된 우수 유전자를 SNPHarvester를 이용하여 17 개의 SNP들 중에서 우수한 유전자 그룹을 찾았고 의사결정나무(decision tree)를 이용하여 한우의 여러 경제형질을 높일 수 있는 SNP 그룹 내의 우수 유전자형도 함께 규명할 수 있었다.

• 한국콘텐츠학회:학술대회논문집
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• 한국콘텐츠학회 2013년도 춘계 종합학술대회 논문집
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• pp.41-42
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• 2013

최근 노령화가 급속히 진행되면서 노화에 대한 연구가 활발히 진행되고 있다. 하지만 노화현상은 광범위한 표현형을 지니고 있는 생명현상으로 이에 대한 체계적인 연구를 지원하기 위한 웹포털 사이트가 필요한 실정이다. 특히 노화에 따른 질병과의 연관성 및 관련 유전자에 대한 정보를 수집하고 이를 체계적으로 분석할 수 있는 통합정보시스템은 향후 노화연구를 지원하기 위한 가장 핵심적인 요소라고 할 수 있다. 본 연구에서는 기존 노화와 관련된 461개의 유전자를 기반으로 관련된 질병과의 연관성을 OMIM 데이터베이스를 활용하여 분석하였다. 또한 관련 단백질의 기능을 GO데이터베이스 분석을 통해 유전자의 기능을 분석하였다. Pubmed에서 제공하는 노화관련 논문들의 MeSH 정보 분석을 통해서 노화와 관련된 용어를 분석하였다. 노화와 관련된 64개의 유전자를 키워드로 NCBI의 pubmed 데이터베이스로부터 관련논문을 다운로드 받아 생물학적 상호작용 정보를 추출했다. 생물학적 상호작용은 NCBI에서 제공하는 Metamap 데이터베이스를 기반으로 각각의 생물학적 용어를 정의했다. 현재 노화 유전자 64개에 대해 128,729개의 생물학적 상호작용 정보를 추출했고, 8대 노인성만성질환에 대해 301,176개의 생물학적 상호작용 정보를 추출하였다.

• 대한치과교정학회지
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• 제34권6호
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• pp.537-543
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• 2004

Microsatellite market는 유전연관분석을 위한 매우 유용한 유전표지이다. 그러나 대부분의 market들은 서양인의 정보를 이응하고 있으므로 다른 종족에서 사용할 때는 종족간에 존재할 수 있는 유전 변이의 현저한 차이를 검증해야 한다. 한국인과 일본인 집단에서 종족간 유전 변이를 조사하기 위하여, 각각 96명의 비 혈연관계의 한국인과 일본인 개체들에서 DNA를 채취하였다 그리고 microsatellite set(ABI PRISM Linkage Mapping Set- HDS, Applied Biosystems, Foster City, CA, USA)을 이용하여 1번 인간 염색체 전 부위에 걸쳐 51개의 microsatellite marker들을 배열하고 부착된 marker들의 위치를 분석하여 대립유전자 빈도와 이형질성을 결정하였다 그 결과, 한국인과 서양인 집단 사이에는 현저한 차이를 보였으나 한국인과 일본인 집단 사이에서는 매우 유사하였다. 본 연구의 결과는 유전 연관 연구에 앞서 일반적으로 상용되는 microsatellite marker에 관한 광범위한 검증을 반드시 시행하여야 한다는 것을 나타낸다. 또한 한국인과 일본인 집단 사이에서 유사하게 나타난 대립유전자 빈도와 이 형질성은 두 민족간의 동질성이 높다는 것을 의미하므로 두 민족을 대상으로 한 1번 인간염색체와 관련된 유전 질환의 유전 연관 연구를 시행할 때 동일한 microsatellite marker의 이용 가능성을 제시하였다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제48권4호
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• pp.327-334
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• 2016

최근 사람과 가축에 항균제의 과도한 사용으로 감염병을 일으키는 병원성 세균들의 항균제 내성이 증가하고 있다. 본 연구에서는 PCR과 염기서열분석법을 이용하여 충청지역 일개의 대학병원에 의뢰된 임상검체와 같은 지역에서 사육된 닭으로부터 분리된 P. mirabilis 균주를 대상으로 16S ribosomal RNA methyltransferase(RMTase) 유전자와 integron을 조사하였다. 또한 Repetitive extragenic palindromic sequence-based PCR (REP-PCR)을 이용하여 P. mirabilis 균주들의 역학적 연관성 조사하였다. 총 38균주의 P. mirabilis 중에서 임상검체로부터 분리된 7균주 (18.4%)만이 RMTases 유전자를 가지고 있었는데 이들은 모두 amikacin, tobramycin, 및 gentamicin에 내성을 나타냈다. 또한 대상균주 중 23균주(60.5%)가 class 1 integron을 가지고 있는 것으로 나타났으며 class 2 및 class 3 integron은 검출되지 않았다. 본 연구에서 확인된 integrons에는 aminoglycoside 내성유전자(aadA2, aadA5, aadA7, 및 aacCA5), ${\beta}$-lactmam 내성유전자($bla_{PSE}$), erythromycin 내성유전자(ereA), lincosamides 내성유전자(linF), 및 trimethoprim 내성유전자(dfrA12, dfrA17 및 dfrA32)등이 유전자 카세트로 포함되어 있었다. 본 연구결과 RMTase 유전자는 임상검체로부터 분리된 P. mirabilis 균주에만 확산되어 있었던 반면 class 1 integrons는 임상검체와 닭으로부터 분리된 P. mirabilis 균주에 광범위하게 확산되어 있음을 확인할 수 있었다. 게다가 닭으로부터 분리된 균주 중에는 동일한 REP-PCR 밴드패턴을 보인 균주들이 있었는데 이는 닭들 사이에서 P. mirabilis 균주가 수평확산 되었음을 의미한다. P. mirabilis 균주에서 항균제 내성유전자의 확산을 막기 위해서는 내성유전자 지속적인 모니터링과 감시가 필요할 것으로 사료된다.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제5권1호
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• pp.9-16
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• 2001

Biogenic amine 류에는 catecholamine, indoleamine 그리고 histamine이 있으며, 동물의 다양한 생리 현상과 행동양식 조절에 중요한 역할을 담당한다. 이중 indoleamine 류인 세로토닌(serotonin혹은 5-hydroxytryptamine, 5-HT)의 경우 최근 들어 그 수용체 아형의 유전자 규명과 발현 조절, 중추신경계 및 표적 기관에서의 역할, 특히 항우울 효과와 같이 행동 및 심리적인 영향 등에 대해 광범위하게 연구되고 있다. 본 논문은 5-HT의 합성 경로, 수용체 아형, 생식과 관련된 기능에 대해 서술하였다. 특히 생식과 관련된 5-HT의 신경내분비학적인 역할로 GnRH-LH-sex steroids 축 조절 기능과 이에 관여하는 수용체 아형들, 생식 조절에 있어서 5-HT 효과의 성적 이형 양상, 중추신경계 이외 기관에서의 역할, 성행동의 조절에 대한 연구 결과들을 요약하였다. 5-HT의 기능에 대한 연구는 특히 현재 주목 받고 있는 '삶의 질' 고양과 밀접하게 연관되어있는 유망한 주제 가운데 하나로 판단된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제45권5호
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• pp.962-974
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• 1998

연구배경: 최근 폐암은 전세계적으로 증가 추세에 놓여 있을 뿐 아니라 서구에서는 여성 폐암 환자의 비율이 크게 늘고 있으며 이미 폐암은 유럽과 미주에서 사망원인 1위의 암종으로 이미 우리 나라를 비롯하여 다른 여러 국가에서도 비슷한 경향을 보이고 있다. 원발성 폐암의 80%가 비소세포폐암으로 진행이 국소적인 폐암인 경우 수술적 제거가 주된 치료이나 이러한 양호한 경우에도 환자의 약 50% 만이 5년이상 생존할 수 있다. 확실히 비슷한 병기에도 불구하고 환자의 생존률은 현격한 차이를 보이고 있기 때문에 폐암의 분자학적, 생물학적 특정 등에 대한 연구가 진행되어 생존률을 보다 정확하게 예측하고 각각의 환자에 대한 보다 알맞는 치료 방법을 적용하기 위한 새로운 예후적 인자를 알려는 노력이 진행되고 있다. 앙은 세포의 증식과 함께 apoptotic 세포 소실의 감소에 의해 성장할 수 있다. 일반적으로 고형 종양은 성장과 세포의 손실은 종양의 전이, 분화, 죽음 등의 다양한 생물학적인 기전에 의하여 야기된다. 이중에 세포의 죽음은 면역학적 반응, 불가항력적인 미세환경의 상태 (세포의 괴사), 또는 apoptosis와 같은 유전자적인 조절에 의하여 생기게 된다. 암은 세포 주기의 증가로 인한 방법(종양 유전자의 활성도의 종가)과 세포 주기 진행억제의 감소(암억제 유전자의 소실), bcl-2의 과발현과 같은 antiapoptosis signal의 감소 및 bax의 감소 또는 p53의 돌연변이와 같은 proapoptosis signal의 감소 등을 야기하게 되는 유전자의 돌연변이에 의해 발생된다고 할 수 있다. 세포소실에 대한 변수에 대해 체계적인 연구가 거의 없지만 몇몇 단일 변수에 대한 연구가 진행되었다. 이에 저자들은 비소세포폐암에서 예후적 인자로서의 p53과 bcl-2의 발현이 환자의 예후에 어떠한 영향을 보이는지 알기 위해 본 연구를 시행하였다. 방 법: 1980년부터 1994 년 한양대학교 부속병원에서 비소세포폐암으로 진단된 후 술전 병기가 초기(병기 I-IIIa) 라고 판단되어 치료 목적으로 광법위 폐절제술을 시행받은 환자중 수술후 1 달이내에 수술의 합병증으로 사망한 예를 제외한 환자와 이들의 폐절제 조직 총 84예를 대상으로 하였는데 환자는 원발 폐암과 림프절에 대해 광범위 절제술(엽절제술 또는 전폐절제술)을 시행하였으며 환자는 술전에 아무런 치료 (방사선 또는 항암약제 치료)도 받지 않았고 술후에는 각각의 조직학적 병기에 따라 보조 치료를 받았다. 폐절제로 얻은 조직의 조직학적 특징은 WHO 표준 기준에 맞추었고 또한 환자의 조직병리학적 병기 판정은 TNM 병기 판정 기준에 맞추었다. 이와 같이 얻어진 이용하여 p53과 bcl-2 각각의 단클론 항체로 면역조직화학적 염색을 시행하였고 이의 발현과 환자의 생존률과의 연관성을 알아보았다. 결 과: p53과 bcl-2의 발현은 총 84예에서 시행하여 각각 47예 56.0%, 15예 17.9%의 발현율을 보였다. bcl-2의 발현군은 생존기간이 $64.23{\pm}10.73$달이었으나 음성군은 생존기간이 $35.28{\pm}4.39$달 (p=0.03)로 전체 환자의 생존과 bcl-2의 발현은 밀접한 연관을 보였고 cyclin D1은 양성 발현군의 생존 기간이 $22.76{\pm}3.50$개월, 음성 발현군의 생존기간이 $45.38{\pm}5.64$개월 (p=0.0515)로 생존율과의 상당한 통계적인 연관성의 가능성을 나타내었지만 p53 의 경우는 통계적 의의를 찾을 수 없었다(양성군의 생존기간 $34.71{\pm}6.12$ 달, 발현 음성군의 생존기간 $45.35{\pm}6.30$ 달, p=0.21). 결 론: 결론적으로 본 연구에서는 비소세포폐암에서 bcl-2의 발현은 양호한 예후 인자로 작용하였으며 p53의 발현은 비소세포폐암의 예후적인 인자로의 통계학적 의미를 찾을 수가 없었다. 또한 bcl-2의 발현과 p53 발현 사이에 역관계가 있다는 보고가 있어서 이의 연관성을 알아보았으나 생존율에 대한 bcl-2와 p53의 발현에서 일어날 수 있는 네가지 조합 ; bcl-2(+)/p53(+), bcl-2 (+)/p53(-), bcl-2(-)/p53 (+) 및 bcl(-)/p53(-) 사이에서 통계학적 의의를 발견하지 못하였다. 결론적으로 폐암의 발암과정은 어느 한 유전자 또는 인자에 의해 야기되는 단순한 과정이 아니고 여러 조절인자들의 복합적인 복잡, 다양한 상호간의 작용에 의해서 서로 영향을 주므로써 폐암의 발암과정의 중요한 기전이 된다고 생각되므로 보다 광범위한 연구가 필요하다고 사료된다.

• 과학기술학연구
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• 제1권1호
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• pp.71-103
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• 2001

현대사회에서 과학기술은 긍정성과 부정성의 양면을 지니고 있다. 과학기술의 긍정성에만 초점을 맞추는 사장들은 과학기술에 대한 사회적 수용성을 강조하는 반면, 과학기술의 부정성에만 초점을 맞추는 사람들은 과학기술에 대한 사회적 통제를 강조하는 경향이 있다. 그러나 본 논문은 이처럼 과학기술에 대한 사회적 수용과 통제를 상호 배타적인 것으로 보는 기계적 대립구도를 무너뜨리고 양자를 유기적 연관을 가지는 것으로 파악하고자 한다. 즉, 본 논문은 과학기술에 대한 진정한 의미의 사회적 수용성은 과학기술에 대한 일반 시민들의 광범위한 참여에 기반한 공공적 토론을 통해 사회적 통제를 행사함으로써 증진될 수 있다고 보는 것이다. 물론 이처럼 사회적 통제를 거친 다음에 수용되는 과학기술은 원래의 그것과는 내용과 형태 둥에 있어 다소 달라질 수 있는데, 이는 사회적 통제가 과학기술을 재구성하는 역할을 하기 때문이다. 이러한 문제의식에서 본 논문은 우리나라에서도 지난 1990년대 중반 이후부터 사회적으로 격렬한 논란거리가 되어 온 생명공학 분야, 특히 유전자변형 작물과 생명복제 문제를 사례로 하여 과학기술을 둘러싼 사회적 논쟁과 시민사회단체들의 활동들을 과학기술의 사회적 통제와 수용성의 연계라는 점에서 분석하고 있다.

• 생명과학회지
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• 제33권7호
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• pp.538-548
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• 2023

식물 천연추출물에서 항균력을 갖는 활성 물질을 분리하고 이를 구강 건강 관리 제품에 사용하려는 연구가 진행되고 있다. 본 연구에서는 유기용매를 사용하여 독활과 우방자로부터 추출한 복합 화합물에 대한 구강 감염균인 Streptococcus mutans의 특정 유전자 발현 변화를 분석하여 항균 기작을 분석하고자 하였다. 전사체 분석 결과, 두 가지 천연추출물에 의해 다양한 대사 및 생리 작용과 연관된 유전자의 발현이 공통적으로 증가하거나 감소하는 것으로 나타났다. 세 가지 유전자(SMU_1584c, SMU_2133c, SMU_921)는 공통적으로 높은 수준으로 발현되었으며, 특히 이 중 SMU_921 (rcrR)은 두 가지 sugar phosphotransferase system (PTS)의 전사 활성자로써 당원의 수송과 생물막 형성에 기여하는 것으로 알려져 있다. 또한, 우방자 추출물에 비해 다수의 유전자 발현 변화에 영향을 미치는 것으로 나타난 독활 추출물의 성분 분석을 진행하였고, 활성 분획의 가스 크로마토그래피-질량분석법(GC-MS)을 통해 두 가지 활성 단일 물질을 동정하였다. 물질 분리 과정에서 여러 유기용매 분획 중 hexane층(ACEH)의 항균 활성이 가장 높게 관찰되었다. 다양종 미생물 군집을 사용한 실험결과, S. mutans에 대한 ACEH의 항균 특이성이 관찰되었으나, 상대적으로 S. sanguinis와 S. gordonii의 생균수도 크게 감소하는 것으로 나타났다. 이러한 결과는 독활 천연추출물의 광범위한 항균 활성을 시사하며, 동정한 단일 물질의 항균 기작을 분석하여 맞춤형 항균 소재 개발에 중요한 기초 자료를 제공할 수 있다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제5권2호
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• pp.105-110
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• 2008

목 적: 자간전증은 임신 특이적 질환으로, 면역 반응 관련 결합 요소의 증가에 의한 광범위한 혈관내피 기능손상을 나타낸다. 자간전증을 이끄는 생태병리학적 기전에 관여하는 세포내부 결합요소-1 (intracellular adhesion molecule-1; ICAM-1)은 면역반응의 시작을 유도하고, 그것의 혈장 정도와 기능은 유전적으로 영향을 받는다. 그러므로 우리는 이번 연구에서 한국인 자간전증 임산부에서 ICAM-1의 유전자 다형성 부위인 K469E의 분포를 평가하고 자간전증과 이 유전자 다형성 사이의 연관성을 조사하였다. 대상 및 방법: 이 유전자 다형성은 SNapShot kit와 ABI Prism 3100 Genetic analyzer를 사용하여 197명의 자간전증임산부와 193명의 정상 임산부의 말초 혈액에서 분석하였다. 결 과: ICAM-1 유전자 다형성인 K469E의 유전자형과 대립유전자 빈도는 자간전증 임산부와 정상 임산부 사이에 차이가 없었다. 유전자형인 KK, KE, EE는 자간전증 임산부에서 각각 40.6%, 43.7%, 15.7%였고, 정상 임산부에서 38.9%, 45.1%, 16.1%였다. 그리고 K와 E 대립유전자 빈도는 자간전증 임산부에서 각각 0.62, 0.38이었고 정상 임산부에서 0.61, 0.39였다. 다중회귀분석결과에서 자간전증 발생 위험도는 K469E의 이종접합 유전자형 (KE)이나 돌연변이 유전자형(EE)을 수반하는 그룹에서 증가되지 않았다. 결 론: 이 연구는 ICAM-1 유전자 다형성인 K469E가 한국인 임신부의 자간전증 발생과 연관이 없음을 나타낸다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제49권1호
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• pp.28-39
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• 2017

잔류성 유기 오염 물질은 후성학적 메커니즘과 비만의 발달에 영향을 줄 수가 있다. 폴리브롬화 디페닐 에테르는 주요한 잔류성 유기 오염 물질 중 하나이며, 난연제로 널리 쓰인다. 출생전 잔류성 유기 오염 물질과 같은 내분비교란물질에 노출시 LINE-1 (long interspersed nuclear elements)의 global DNA 메틸화와 비만 위험도의 증가에 영향을 미칠 수 있다. 따라서, 이번 연구는 임신한 스프라그-돌리 백서를 이용하여 태반과 모유를 통하여 전달된 BDE-47, BDE-209가 LINE-1에서의 후성학적인 변화와 obesogen으로서 발달과정에 따른 유전적 비만 감수성의 증가에 영향을 줄 수 있는지에 대해서 보고자 하였다. 어미와 새끼에서 LINE-1의 광범위 DNA 메틸화와 비만과 관련된 유전자 발현은 methylation-sensitive high resolution melting analysis (MS-HRM), direct bisulfite sequencing와 quantitative real time polymerase chain reaction (qPCR)을 사용하여 각각 분석하였다. MS-HRM 결과는 출생 후 4일의 노출군 새끼에서 (4마리 중 2마리) LINE-1의 광범위 DNA 저메틸화 양상을 보여주었지만, bisulfite sequencing은 노출군과 비노출군에서 차이가 없었다. ${\beta}$-산화 경로와 adipokines과 관련된 어미의 유전자 발현은 두 그룹간 차이를 보였다. 반면에, 새끼의 유전자 발현은 비슷한 양상을 나타내었다. ${\beta}$-산화 경로와 비만과 관련된 유전자 발현 중 $PPAR-{\alpha}$를 제외하고는 출생 시에 유의하게 증가하였다. 결론적으로, 이번 연구는 BDE-47, BDE-209의 동시 노출이 태반과 모유를 통해서 새끼에서의 후성학적인 변화와 비만과 관련된 유전자 발현 변화에 영향을 미칠 수 있는 것을 보여주었다.