• 한국버섯학회지
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• 제14권4호
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• pp.174-178
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• 2016

SSR은 병렬적으로 반복되는 작은 DNA서열을 말하며, 다양한 마커 기반 연구에 활용되고 있다. 국내의 주요 느타리품종인 '흑타리'와 '미소'의 유전체를 Pacbio를 이용하여 해독하였고 이 서열 정보에서 생물정보학을 이용하여 SSR을 분리하여 특성구명을 하였다. '흑타리'와 '미소' 유래 단핵균사의 유전체의 크기는 각각 40.8 Mbp와 40.3 Mbp로 밝혀졌고, 이는 사철느타리의 단핵균사 PC9과 PC15보다 컸으나, 큰느타리보다는 작았다. 총 949개와 968개의 SSR이 '흑타리'와 '미소'의 유전체 분석을 통하여 각각 검출되었다. 5개의 느타리류 유전체의 SSR 분포와 특징을 비교분석한 결과 흑타리와 미소의 SSR 갯수가 가장 많았으며, 이들의 반복서열의 분포는 다른 느타리류와 비슷한 경향을 보였다. 3-mers, 6-mers와 8-mers가 가장 발견빈도가 높은 패턴이었다.

• 미생물학회지
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• 제54권2호
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• pp.155-157
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• 2018

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Thompson strain MFDS1004024 는 2014 년 한국에서 발생한 식중독 사고의 게맛살에서 분리되었다. 본 연구에서는 4,742,942 bp 의 크기와 약 52%의 G + C 함량을 가진 MFDS1004024 균주의 완전한 유전체 염기서열을 분석하였다. 이 유전체에는 4,373 개의 코딩 서열, 22 개의 리보솜 RNA 유전자 및 84 개의 전사 RNA 유전자가 존재한다. 또한 유전체 분석 결과를 통해 살모넬라 감염과 베타락탐계 항생제 내성에 관련이 있는 유전자를 발견하였다.

• 미생물학회지
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• 제53권4호
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• pp.351-353
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• 2017

토마토 뿌리에서 분리한 Chryseobacterium sp. T16E-39 균주는 식물생육촉진과 역병, 시들음병에 대한 억제효과가 있었다. 이 균주의 유전체 염기서열은 4,873,888 염기쌍이었으며 G + C 함량은 35.22%이었다. 이 유전체는 4,289개 단백질 유전자, 15개 rRNA 유전자, 71개 tRNA 유전자를 포함하였다. T16E-39 균주의 유전체에서 인산가용화, 식물호르몬 조절, 항산화 활성, 키틴 분해, 제9형 분비시스템에 관여하는 유전자를 확인하였으며, 이들 유전자는 식물의 생육을 촉진하고 병발생을 억제하는 기작과 관련되어 있을 것으로 판단된다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제62권2호
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• pp.83-87
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• 2023

애긴노린재는 긴노린재과에 속하며 한국을 포함한 동아시아 국가의 다양한 곡물 및 관상용 식물의 주요 해충으로 여겨진다. 본 연구에서는 애긴노린재의 17,367 bp 미토콘드리아 유전체에서 13개의 protein-coding genes, 22개의 transfer RNA genes, 2개의 ribosomal RNA genes과 non-coding A+T rich region를 확인하였다. G+C content는 23%로 나타났고 다른 긴노린재과와의 염기서열 유사성이 N. cymoides (94.5%), N. fuscovittatus (91.7%)으로 높은 것을 발견하였다. 애긴노린재의 미토콘드리아 유전체 정보는 향후 긴노린재과의 진화 연구와 해충 방제를 위한 정보로 널리 사용될 수 있다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제51권2호
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• pp.123-128
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• 2009

최근 한우의 유전체 연구의 핵심 소재인 박테리아인공염색체(BAC; Bacterial Artificial Chromosome) 클론이 제작되었고 이에 대한 염기서열의 해독과 이를 NCBI (National Center for Biotechnology Information)의 소 유전체 데이터(B_tau 2.1)와 비교 분석하여 한우의 유전체지도 초안(제2 세대 한우유전체지도)이 제작되었다. 본 연구에서는 기존에 확보한 한우의 박테리아인공염색체 클론의 염기서열을 최근에 공개된 소유전체 데이터(B-tau 3.1)와 비교 분석하여 한우 유전체 지도를 최신화하기 위해 실시하였다. 제2 세대 한우유전체지도에서 총 5,105개의 클론에 대한 염색체상 위치가 결정된 반면에 제3세대 한우유전체지도에서는 총 9,595개의 클론에 대한 염색체 위치가 결정되어 약 2배 정도로 향상되었다. 또한 겹치는 부분을 제외했을 때 제3세대 한우유전체지도에 사용된 클론은 소 전체 염색체의 약 37.27%에 해당되는 부분을 커버하는 것으로 나타났다. 앞으로 추가적인 한우 클론의 염기서열 해독을 통해 얻어진 데이터를 확보한다면 한우염색체 정밀 지도의 완성과 이를 이용한 한우 개량에 유용한 유전자 발굴에 활용될 수 있을 것으로 판단되다.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제26권6호
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• pp.1249-1258
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• 2015

젖소의 유생산 형질에 가장 큰 영향을 미치는 유전자들 중 하나로 알려진 DGAT1 유전자의 효과를 국내 젖소 종축의 고밀도 유전체 정보를 이용하여 검증하기 위하여 본 연구를 수행하였다. 국내 젖소 씨수소로 구성된 353두의 고밀도 유전체 정보, 혈통, 추정 육종가 및 신뢰도 정보를 수집하였으며, 단일염기다형성 효과를 추정하기 위한 종속변량으로 가장 정확한 유전체 육종가를 예측할 수 있는 DeRegressed EBV를 산출하여 분석에 이용하였다. BovineSNP50 v2 패널을 이용하여 구명한 고밀도 유전자형 정보 중 유효성검증 과정을 통하여 41,051개 SNP을 선정하였으며, 각 단일 염기다형성의 실제적 유전체 육종가 기여도를 확인하기 위하여 유전체 선발방법 중 하나인 베이즈B (pi=0.99) 방법을 이용하여 SNP 효과를 추정하였다. 1메가 베이스페어의 구간으로 구성된 유전체 전장의 2,516개 윈도우 별 유전분산 설명력을 계산한 결과 상위 1, 3 윈도우가 DGAT1유전자 주변에서 발견되었으며, 이 두 윈도우의 유전분산 설명력은 각각 0.51% 및 0.48%인 것으로 나타났다. DGAT1유전자는 유전체 선발에 상업적으로 이용되는 50k SNP chip에 포함되어있지 않기 때문에 직접적인 유전자의 효과가 명확하게 드러나지는 않지만 DGAT1 유전자에 인접한 단일염기다형성들간의 연관불평형에 의하여 주변 윈도우에서 가장 높은 유전분산 설명력을 보이는 것으로 사료된다.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2003년도 가을 학술발표논문집 Vol.30 No.2 (2)
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• pp.844-846
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• 2003

국립보건원 유전체연구소는 안산-안성 지역에 거주하는 45세 이상 69세 이하의 성인을 대상으로 고혈압, 당뇨, 골다공증, 천식, 비만 등 한국인의 총 국민의료비용에서 큰 부분을 차지하는 중요 만성질환에 초점을 맞추어 코호트 연구를 수행하고 있다. 이에 검진대상자의 설문 및 임상검사를 통하여 수집되는 개인식별 데이터, 생활습관 데이터 등의 설문정보와 다양한 임상검사정보에 대한 체계적 저장ㆍ관리와 향후 수행될 대규모 정보 분석을 위해 유전체역학 정보 DB를 설계.구축하였다.

• 미생물학회지
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• 제47권3호
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• pp.263-267
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• 2011

유전체 지문 분석법은 세균 균주간의 친연성을 판정하는데 유용하다. 그러나 친연성이 낮은 두 균주의 지문 사이에서 우연히 발생하는 DNA 단편 크기의 일치성은 유전형질의 일치성의 해석에 오차를 유발한다. 본 연구는 임의의 두 유전체 지문에서 우연히 DNA 단편의 크기가 일치할 확률을 정량하여, 유전체 지문에 근거한 친연성 해석의 유의성을 고찰하였다. 유전형질 일치성 없이 단편 크기가 일치할 확률은 관찰되는 단편의 수, 관찰 가능한 전체 단편의 수와 크기가 일치하는 단편의 수로부터 계산될 수 있는 함수로 분석되었다. 유의성에 가장 큰 영향을 미치는 독립 매개변수는 전체 단편의 수였으며, 우연한 공통 단편의 수를 10개 미만으로 유지하기 위해서는 약 200개 이상의 단편이 지문에서 관찰될 수 있어야 하는 것으로 계산되었다.

• 미생물학회지
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• 제55권1호
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• pp.55-57
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• 2019

페놀과 같은 단환성 화합물을 분해하는 미생물인 Runella sp. ABRDSP2 균주는 담수로부터 분리되었다. 원형으로 완성된 하나의 chromosome과 3개의 plasmid로 구성된 유전체는 GC 함량이 44.4%인 총 7,613,819 bp의 크기를 나타내며 6,006개의 유전자를 인코딩하고 있다. ABRDSP2 균주는 monooxygenase, ring-cleaving dioxygenase 및 catechol 1,2-dioxygenase 등의 다수의 방향성 탄화수소를 분해하는 유전자를 함유하고 있다. 이런 전장 유전체는 Runella sp. ABRDSP2 균주가 다양한 생분해능력이 있음을 나타낸다.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2023년도 임시총회 및 춘계학술대회
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• pp.35-35
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• 2023

안정적인 유묘의 확보는 스마트작물생산을 위한 공정육묘 생산에서도 중요하며, 기내배양시 유전적 안정성이 높은 유묘의 대량증식은 유묘생산과 공정육묘생산에서 중요한 과정이다. 기내배양시 배양과 정에서 존재하는 체세포영양계변이(somaclonal variation)라는 장벽을 제거하는 것이 중요하다. 본 연구에서는 화본과 식물인 홍띠(Imperata cylindrica ‘Rubra’)로부터 기관분화 단계별 재분화체를 작성하여 기관분화 시 기내재생체의 유전적 안정성을 조사하였다. ISSR 마커에 기반하여 유전적 변이성을 조사하고자 7종류 총 21개체의 기관분화 단계별 재분화체 및 재분화식물체에 대하여 분석한 결과, 유전적 다형성은 기관분화 단계별 재분화체 및 순화 재분화체에서 대조구인 모식물체(1.4％) 대비 같거나 높게 나타나서 재분화체에서 유전적 안정성이 다소 낮은 것으로 나타났다. 또한, Jaccard 계수(Jaccard coefficient)로 총 21개체들 간의 유전적 유사도 지수를 평가한 결과, 유전적 유사도 지수는 0.747~1.0 사이에 분포하며, 평균 0.868로 나타났다. ISSR 마커 밴드에 기반하여 평균연결법(Average linkage method)으로 군집 분석한 결과, 모든 개체는 유사도 지수 0.809 ~ 1.000 내에 분포하였다. 유전적 유사도 지수 0.809에서 2개 그룹으로 유집되었으며, 모식물체와 실내재배, 노지재배 재분화 녹색 식물체가 같은 그룹으로 분류되었다. 이상의 결과는 화본과 식물의 기내배양에서 기관분화 시 존재하는 체세포영양계변이에 대한 기초 정보를 제공해 준다. 이들 기관분화에 따른 기내재생체의 안정성에 대한 연구자료는 향후 기내식물의 안정적인 대량번식에 있어 유익한 배경을 제공해 줄 것이다.