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Evaluation of Amplified-based Target Preparation Strategies for Toxicogenomics Study : cDNA versus cRNA

  • Nam, Suk-Woo;Lee, Jung-Young
    • Molecular & Cellular Toxicology
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    • 제1권2호
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    • pp.92-98
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    • 2005
  • DNA microarray analysis of gene expression in toxicogenomics typically requires relatively large amounts of total RNA. This limits the use of DNA microarray when the sample available is small. To confront this limitation, different methods of linear RNA amplification that generate antisense RNA (aRNA) have been optimized for microarray use. The target preparation strategy using amplified RNA in DNA microarray protocol can be divided into direct-incorporation labeling which resulted in cDNA targets (Cy-dye labeled cDNA from aRNA) and indirect-labeling which resulted in cRNA targets (i.e. Cy-dye labeled aRNA), respectively. However, despite the common use of amplified targets (cDNA or cRNA) from aRNAs, no systemic assessment for the use of amplified targets and bias in terms of hybridization performance has been reported. In this investigation, we have compared the hybridization performance of cRNA targets with cDNA targets from aRNA on a 10 K cDNA microarrays. Under optimized hybridization conditions, we found that 43% of outliers from cDNA technique and 86% from the outlier genes were reproducibly detected by both targets hybridization onto cDNA microarray. This suggests that the cRNA labeling method may have a reduced capacity for detecting the differential gene expression when compared to the cDNA target preparation. However, further validation of this discordant result should be pursued to determine which techniques possesses better accuracy in identifying truly differential genes.

스파크 플라즈마 소결에 의한 액상소결 SiC-30 wt% TiC 복합체 (Liquid Phase Sintered SiC-30 wt% TiC Composites by Spark Plasma Sintering)

  • 조경식;이광순;송진호;김진영;송규호
    • 한국세라믹학회지
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    • 제40권8호
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    • pp.751-757
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    • 2003
  • 10 wt% A1$_2$O$_3$-Y$_2$O$_3$-CaO를 첨가한 SiC-30 wt% TiC 분말을 스파크 플라즈마 소결(SPS) 방법을 사용하여 급속 치밀화 하였다. SPS 공정은 매우 빠른 승온 속도와 짧은 시간에 완전 치밀한 시편을 얻을 수 있다. 본 실험에서, 승온 속도와 압력은 $100^{\circ}C$/min과 40MPa이고, 소결 온도 범위는$1600^{\circ}C$~$1800^{\circ}C$이었으며, 10min 동한 유지하였다. $Al_2$O$_3$, $Y_2$O$_3$ 및 CaO를 첨가한 SiC-30 wt% TiC 복합체는 $1700^{\circ}C$ 이상 온도에서 스파크 플라즈마 소결 방법으로 완전 치밀화가 이루어졌다. 모든 SPS 공정 온도에서 탄화큐소으 상전이나 YAG 결정상의 형성 없이 3C-SiC와 TiC 만이 XRD에서 나타났다. 급속 소결한 SiC-30 wt% TiC 복합체의 미세구조는 비교적 작은 등축상 SiC 결정립과 비교적 큰 TiC 결정립으로 구성되었다. $1750^{\circ}C$에서 제조한 시편의 이축강도능 635.2MPa이고, 파괴인성은 6.12 MPaㆍ$m^{1/2}$이었다.

극한 환경 MEMS용 옴익 접촉을 위한 다결정 3C-SiC 박막의 표면 처리 효과 (Effect of Surface Treatments of Polycrystalline 3C-SiC Thin Films on Ohmic Contact for Extreme Environment MEMS Applications)

  • 정귀상;온창민
    • 한국전기전자재료학회논문지
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    • 제20권3호
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    • pp.234-239
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    • 2007
  • This paper describes the TiW ohmic contact characteristics under the surface treatment of the polycrystalline 3C-SiC thin film grown on $SiO_2/Si(100)$ wafers by APCVD. The poly 3C-SiC surface was polished by using CMP(chemical mechanical polishing) process and then oxidized by wet-oxidation process, and finally removed SiC oxide layers. A TiW thin film as a metalization process was deposited on the surface treated poly 3C-SiC layer and was annealed through a RTA(rapid thermal annealing) process. TiW/poly 3C-SiC was investigated to get mechanical, physical, and electrical characteristics using SEM, XRD, XPS, AFM, optical microscope, I-V characteristic, and four-point probe, respectively. Contact resistivity of the surface treated 3C-SiC was measured as the lowest $1.2{\times}10^{-5}{\Omega}cm^2$ at $900^{\circ}C$ for 45 sec. Therefore, the surface treatments of poly 3C-SiC are necessary to get better contact resistance for extreme environment MEMS applications.

돼지 Melanocortin 4 Receptor (MC4R) 유전자의 육질연관성 분석 (Characterization and Evaluation of Melanocortin 4 Receptor (MC4R) Gene Effect on Pork Quality Traits in Pigs)

  • 노정건;김상욱;최정석;최양일;김종주;최봉환;김태헌;김관석
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제54권1호
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    • pp.1-8
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    • 2012
  • 본 연구는 한국재래돼지의 MC4R 유전자 내의 단일염기변이들을 규명하고 그 유전자형 효과가 유전자표지인자를 이용한 선발(Marker assisted selection, MAS)에 활용 가능한지를 검증하기 위해서 수행되었다. 한국재래돼지의 MC4R 유전자 총 염기서열을 분석하기 위해 6개의 Primer들을 이용하여 증폭산물을 생성하였으며, 염기서열분석을 통해 총 6개(c.-780C>G, c-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His, c.892A>G-Asp298Asn, c.*430A>T)의 단일염기변이를 발견하였다. 한국재래돼지 MC4R 유전자내의 총 6개의 단일염기변이들간의 연관불균형과 반수체 분석을 통해 단일염기변이들간의 연관성을 분석하였으며, c.-780C>G, c-135C>T, c.175C>T-Leu59Leu, c.707A>G-Arg236His와 c.*430A>T는 완전한 연관불균형을 이루고 있었고, c.892A>G(Asp298Asn) 단일염기변이만 $r^2$-value가 0.028, D'-value가 0.348로 연관불균형 정도가 매우 낮았다. c.707A>G (Arg236His)와 c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이들을 선발하여 PCR-RFLP 유전자형 분석방법을 이용해 돼지 5품종간의 유전자형 빈도를 추정한 결과, c.707A>G (Arg236His) 단일염기변이는 요크셔 품종 집단에서 오직 A (His) 대립유전자를 관찰할 수 있었으며, 나머지 한국재래돼지, 랜드레이스, 버크셔와 듀록 품종에서는 G 대립유전자의 고정으로 나타났다. c.707A>G 단일염기변이와 육질형질을 484두에서 연관성 분석을 실시한 결과, 조지방, 등심 내의 수분, 육색, 적색도 그리고 황색도 등에서 유의적인 연관성을 관찰할 수 있었다. c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이의 유전자형 빈도는 품종별로 차이가 났으며, A (Asn) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 듀록으로 나타났고, G (Asp) 대립유전자의 빈도가 가장 높은 품종은 한국재래돼지로 조사되었다. c.892A>G (Asp 298Asn) 단일염기변이와 돼지 4 집단의 육질형질을 1,126두에서 분석한 결과, 등지방두께에 고도의 유의적인 효과를 관찰할 수 있었다(P<0.002). AA 유전자형을 가진 개체가 AG나 GG 유전자형을 가진 개체보다 등지방두께가 두꺼운 것을 확인할 수 있었다. 본 연구의 결과를 통해 MC4R 유전자 내의 c.892A>G (Asp298Asn) 단일염기변이는 돼지의 선발개량에 유전자표지인자로서 충분한 효과가 있음을 검증하였다.

Transcriptional Regulation of Escherichia coli serC-aroA Operon : Further Support for cAMP-Dependent Expression

  • Sa, Jae-Hoon;Park, Soo-Sun;Lim, Chang-Jin
    • BMB Reports
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    • 제28권1호
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    • pp.21-26
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    • 1995
  • The Escherichia coli mixed-function serC-aroA operon encodes biosynthethic enzymes for unrelated pathways leading to the syntheses of serine and aromatic amino acids. It has been proposed that the operon is expressed in a cAMP-dependent manner. In this work experiments were performed to investigate the cAMP-dependent expression of the operon. Exogenous cAMP increased ${\beta}$-galactosidase synthesis in the $cya^+$ and cya strains harboring the serC-aroA-lac fusion plasmid. This enhancement was more dramatic in the $cya^-$ strain grown in a minimal medium. In a dot blot assay the serC-aroA mRNA content increased in a concentration-dependent pattern after the addition of exogenous cAMP. The activity of phosphoserine aminotransferase, encoded by the serC gene, apparently increased in E. coli cells after the addition of cAMP. All results obtained confirmed that the expression of the E. coli serC-aroA operon is positively regulated by cAMP at the level of transcription.

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Spiro Orthocarbonate, 3,3'-Spirobi[1H, 5H-naphtho[1,8-ef] [1,3] dioxocin]의 분자구조 (Structure of a Spiro Orthocarbonate, 3,3'-Spirobi[1H, 5H-naphtho [1,8-ef] [1,3] dioxocin])

  • 송영미;신정미;박영자
    • 대한화학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.536-539
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    • 1992
  • 8원자-고리를 가지고 있는 Spiro Orthocarbonate(C$_{25}H_{20}O_4$)의 분자 및 결정구조를 X-선법으로 연구하였다. 이 결정은 단사정계이고 공간군은 C2/c이다. 단위세포 길이는 a = 15.319(4), b = 9.057(3), c = 13.168(3)${\AA}$이며, ${\beta}$값은 98.53(3)$^{\circ}$이고 Z = 4이다. 회절 반점들의 세기는 흑연 단색화 장치가 있는 자동 4축회절기로 얻었으며 Mo-K${\alpha}$ X-선(${\lambda}$ = 0.7107 ${\AA}$)을 사용하였다. 분자구조는 직접법으로 풀었으며 최소자승법으로 정밀화 하였고, 최종 신뢰도 R값은 1412개의 회전반점에 대하여 0.052였다. 분자는 C$_2$ 점군에 속하는 대칭성을 갖고 있다. 8원자-고리의 형태는 pseudo-C$_s$ symmetry를 갖는 의자형이다. 두 개의 나프탈렌 고리들은 서로 거의 직각을 이루며 고리내의 C-C 결합길이는 1.352∼1.444${\AA}$범위에 있고 내부결합 각도는 117.2∼123.1$^{\circ}$범위에 있다. 8원자-고리의 영향으로 C(1)-C(9), C(8)-C(9) 그리고 C(9)-C(10)이 다른 C-C 결합길이 보다 약간 길다.

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한국산 Centistes Haliday속 (벌목: 고치벌과: 잎벌레고치벌아과)에 대한 보고 (Seven Newly Recorded Species of the Genus Centistes Haliday (Hymenoptera: Braconidae: Euphorinae) from Korea)

  • 이혜린;안태호;변봉규;구덕서
    • 한국응용곤충학회지
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    • 제55권4호
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    • pp.337-342
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    • 2016
  • 본 연구를 통해 Centistes Haliday (벌목: 고치벌과: 잎벌레고치벌아과)에 속하는 7종 C. (Ancylocentrus) ater (Nees), C. (A) mucri Belokobylskij, C. (A.) paupella (Shenefelt), C. (A.) rufus Chen and Achterberg, C. (Centistes) pumilio Belokobylskij, C. (C.) tsherskii Belokobylskij, C. (Syrrhizus) delusorius (Förster)을 한국에 처음으로 보고한다. 또한 각 종에 대한 식별형질과 숙주 정보, 사진 등의 정보를 포함하였다.

6H-SiC 에피층 성장과 결정구조 해석 (6H-SiC epitaxial growth and crystal structure analysis)

  • Kook-Sang Park;Ky-Am Lee
    • 한국결정성장학회지
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    • 제7권2호
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    • pp.197-206
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    • 1997
  • 6H-SiC 위에 SiC 에피층이 화학 기상 증착(CVD)에 의하여 성장되었다. 성장된 SiC 에피층의 결정구조는 X-선 회절과 Raman 분광을 사용하여 조사되었으며, 이 에피층은 6H-SiC로서 성장되었음을 확인하였다. 수정된 Lely법으로 성장된 한 SiC 결정 분말의 결정구조를 확인하기 위하여 전형적인 SiC polytype들의 X-선 회절상을 계산하였으며, 측정된 X-선 회절상과 비교하여 이 SiC 결정에는 15R-SiC가 약간 혼재되어 있음을 확인하였다.

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C$_2$S-C$_4$A$_3$-CS 3성분계 시멘트의 수화에 미치는 Potassium Oxalate 첨가의 영향 (The Effect of Potassium Oxalate on Hydration of Cement with the Ternary System of $C_2$S-C$_4$A$_3$-CS)

  • 강승규;최상홀
    • 한국세라믹학회지
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    • 제35권12호
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    • pp.1241-1248
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    • 1998
  • $\beta$-C2S and C4A3 were synthesized separately and potassium oxalate was added to each system. The ad-ditive caused calcium ions in solution to decrease at early time in hydration and promoted hydration reac-tion. And then clinker which is mainly composed of $\beta$-C2S and C4A3 was synthesized at 130$0^{\circ}C$ After ad-ding potassium oxalate to it behavior of hydration was observed. It showed that the additive promoted et-tringtie formation at early time and C-S-H formation as time went on.

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INTRINSIC THEORY OF Cv-REDUCIBILITY IN FINSLER GEOMETRY

  • Salah Gomaa Elgendi;Amr Soleiman
    • 대한수학회논문집
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    • 제39권1호
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    • pp.187-199
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    • 2024
  • In the present paper, following the pullback approach to Finsler geometry, we study intrinsically the Cv-reducible and generalized Cv-reducible Finsler spaces. Precisely, we introduce a coordinate-free formulation of these manifolds. Then, we prove that a Finsler manifold is Cv-reducible if and only if it is C-reducible and satisfies the 𝕋-condition. We study the generalized Cv-reducible Finsler manifold with a scalar π-form 𝔸. We show that a Finsler manifold (M, L) is generalized Cv-reducible with 𝔸 if and only if it is C-reducible and 𝕋 = 𝔸. Moreover, we prove that a Landsberg generalized Cv-reducible Finsler manifold with a scalar π-form 𝔸 is Berwaldian. Finally, we consider a special Cv-reducible Finsler manifold and conclude that a Finsler manifold is a special Cv-reducible if and only if it is special semi-C-reducible with vanishing 𝕋-tensor.