1894년 6월에 갑오정권이 새로 등장하면서 근대적 개혁정책을 실시해갔다. 기록관리제도에서도 이전과는 크게 달랐다. 정부의 각 부처에 독자적인 기록관리부서를 설치하고, 기록관리 프로세스를 규정한 법률안을 공포하였다. 또한 독자적 연호 표기 및 국한문 혼용을 포함하여 공문서 양식을 전면 변경하였으며, 공문서 원본의 보존을 확대하였다. 고종은 1897년 10월에 대한제국을 선포하고, 갑오정권기에 약화된 왕권을 강화하면서 자신이 구상하는 개혁정책을 실시해 갔다. 먼저 왕권을 제한하였던 내각을 폐지하고 의정부를 복설하였으며, 왕권 견제를 위해 왕실과 정부를 분리하면서 만들었던 궁내부를 한층 확대 강화해갔다. 아울러 황제권을 강화해가는 물리적 기반인 군대와 경찰 및 재정 등의 영역을 고종이 직접 장악해가는 정책을 실시하였다. 그리하여 원수부, 경부를 직접 창설하여 황제 직속으로 하였으며, 황제 산하의 재정적 기반을 구축하기 위해 궁내부 산하 내장원에서 국가의 여러 세금을 직접 징수하도록 하였다. 대한제국기의 기록관리제도는 갑오정권기의 그것을 계승하였다. 먼저 정부와 황제 직속의 권력기구에서는 기록관리부서를 설치하였다. 의정부와 정부 부서는 물론이고 황제권을 뒷받침하는 특별기구인 궁내부, 원수부, 경부, 통신원, 지계아문 등의 권력기관에서도 문서과와 기록과를 두어 기록관리를 독자적으로 행하도록 하였다. 정부 업무의 효율을 증가시키고 체계적으로 수행하기 위해서는 기록관리부서를 분립하는 것이 효과적이라고 여겼던 것이다. 다음으로 부서마다 약간 차이가 있지만, 현용기록과 비현용 기록을 관리하는 부서를 분립하였다. 대체로 문서과에서는 현용문서의 접수와 발송 및 기안을 담당하였으며, 기록과에서는 주요 문서 및 영구보존문서의 보존 및 편찬을 담당하도록 하였다. 이것은 기록의 생애주기(life cycle)를 고려하고, 기록물 평가를 염두에 두면서 기록관리를 행하고자 하는 인식이 근대적 형태로 발현되었던 것이다.