정보과학회 논문지 (Journal of KIISE)

  • 제42권12호
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  • Pages.1584-1589
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  • 2015
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  • 2383-630X(pISSN)
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  • 2383-6296(eISSN)
한국정보과학회 (Korean Institute of Information Scientists and Engineers)
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AGB (Ancestral Genome Browser): 조상유전체 데이터의 시각적 열람을 위한 웹 인터페이스

AGB (Ancestral Genome Browser): A Web Interface for Browsing Reconstructed Ancestral Genomes

  • 이대환 (건국대학교 동물생명공학과) ;
  • 이종인 (건국대학교 동물생명공학과) ;
  • 홍운영 (건국대학교 동물생명공학과) ;
  • 장은지 (건국대학교 동물생명공학과) ;
  • 김재범 (건국대학교 동물생명공학과)
  • 투고 : 2015.07.22
  • 심사 : 2015.09.15
  • 발행 : 2015.12.15
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초록

차세대 시퀀싱(Next generation sequencing) 기술의 발달로 여러 생물 종의 유전체 데이터를 다양한 관점에서 비교 분석한 결과를 직관적으로 해석할 수 있게 해 주는 다양한 유전체 브라우저(Genome browser)들이 활발하게 서비스되고 있다. 그러나 기존 유전체 브라우저들은 현존 생물 종의 유전체 데이터에 국한되어 있기 때문에 생물의 진화 현상에 주목하는 연구자들의 수요를 충족시키지 못하고 있다. 본 논문에서는 현존 생물 종의 유전체 데이터를 이용하여 복원된 조상 유전체 정보를 열람할 수 있게 해주는 유전체 브라우저인 AGB (Ancestral Genome Browser)를 소개한다. AGB를 이용하면 진화 과정 중에서 발생한 유전체 변이 현상을 직관적으로 빠르게 추적할 수 있다. AGB는 현재 http://bioinfo.konkuk.ac.kr/genomebrowser/에서 이용 가능하다.

With the advancement of next-generation sequencing (NGS) technologies, various genome browsers have been introduced. Because existing browsers focus on comparison of the genomic data of extant species, however, there is a need for a genome browser for ancestral genomes and their evolution. In this paper, we introduce a genome browser, AGB (Ancestral Genome Browser), that displays ancestral genome data reconstructed from existing species. With AGB, it is possible to trace genomic variations that occurred during evolution in a simple and intuitive way. We explain the capability of AGB in terms of visualizing ancestral genomic information and evolutionary genomic variations. AGB is now available at http://bioinfo.konkuk.ac.kr/genomebrowser/.

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과제정보

연구 과제 주관 기관 : 한국생명공학연구원, 한국연구재단

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