• Journal of KIISE
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• v.42 no.12
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• pp.1584-1589
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• 2015

With the advancement of next-generation sequencing (NGS) technologies, various genome browsers have been introduced. Because existing browsers focus on comparison of the genomic data of extant species, however, there is a need for a genome browser for ancestral genomes and their evolution. In this paper, we introduce a genome browser, AGB (Ancestral Genome Browser), that displays ancestral genome data reconstructed from existing species. With AGB, it is possible to trace genomic variations that occurred during evolution in a simple and intuitive way. We explain the capability of AGB in terms of visualizing ancestral genomic information and evolutionary genomic variations. AGB is now available at http://bioinfo.konkuk.ac.kr/genomebrowser/.

• Proceedings of the Plant Resources Society of Korea Conference
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• 2022.09a
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• pp.53-53
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• 2022

대한민국의 농업생명자원 중 식물유전자원은 농촌진흥청 국립농업과학원 농업유전자원센터와 지방자치단체, 대학, 연구소 등 전국 79개 관리기관에서 보존하고 있으며 책임기관인 농업유전자원센터에서는 종자 1,599종 246,097자원, 관리기관은 영양체자원 1,476종 26,254자원을 관리하고 있다. 유전자원 관리(수집/증식/등록/평가/분양 등) 업무 중 생산되는 대량의 정보를 관리하기 위해서 농업유전자원 정보를 DB 구축하였다. 구축된 정보는 학명 등 기초정보, 형태·저항성 등 특성 정보, 화상·종자량·활력·분양·증식 등으로 구분하여 데이터베이스화하고, 이 정보를 관리하기 위한 농업유전자원관리시스템(Germplasm Management System, GMS)을 운영하였으나 개선전 프로그램은 설치 후 주기적인 업데이트를 해야하고, 하드웨어 교체시 프로그램을 재설치를 해야하는 번거로움이 존재하였다. 이러한 문제를 해결하기 위해 HTML5 방식으로 개선하였다. 개선 프로그램은 웹 브라우저(크롬, 마이크로소트 엣지 등)에 실행 주소(genebank.rda.go.kr/gms)를 입력만 하면 전국 79개 관리기관에서 자원을 접수하고 평가한 정보를 어디에서든 확인이 가능하다(메뉴사용 및 권한설정은 필요). 개선된 농업유전자원 정보관리시스템은 국가적 차원의 통합관리를 지원하여 농업생명자원을 효율적으로 관리하고 수요자가 원하는 자원에 대한 적절한 정보제공을 함으로써 농업생명자원의 활용 촉진에 기여할 것으로 기대된다.

• Journal of Life Science
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• v.31 no.4
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• pp.410-417
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• 2021

Next-generation sequencing (NGS) is a high-throughput technique for sequencing large numbers of DNA fragments that are prepared from a genome. This sequencing technique has been used to elucidate whole genome sequences of living organisms and to analyze complementary DNA (cDNA) or chromatin immunoprecipitated DNA (ChIPed DNA) at the genome level. After NGS, the use of proper tools is important for processing and analyzing data with reasonable parameters. However, handling large-scale sequencing data and programing for data analysis can be difficult. The Galaxy platform, a public web service system, provides many different tools for NGS data analysis, and it allows researchers to analyze their data on a web browser with no deep knowledge about bioinformatics and/or programing. In this study, we explain the procedure for preparing chromatin immunoprecipitation-sequencing (ChIP-seq) libraries and steps for analyzing ChIP-seq data using the Galaxy platform. The data analysis steps include the NGS data upload to Galaxy, quality check of the NGS data, premapping processes, read mapping, the post-mapping process, peak-calling and visualization by window view, heatmaps, average profile, and correlation analysis. Analysis of our histone H3K4me1 ChIP-seq data in K562 cells shows that it correlates with public data. Thus, NGS data analysis using the Galaxy platform can provide an easy approach to bioinformatics.