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Evolutionary Explanation for Beauveria bassiana Being a Potent Biological Control Agent Against Agricultural Pests

  • Han, Jae-Gu
    • 한국균학회소식:학술대회논문집
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    • 한국균학회 2014년도 춘계학술대회 및 임시총회
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    • pp.27-28
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    • 2014
  • Beauveria bassiana (Cordycipitaceae, Hypocreales, Ascomycota) is an anamorphic fungus having a potential to be used as a biological control agent because it parasitizes a wide range of arthropod hosts including termites, aphids, beetles and many other insects. A number of bioactive secondary metabolites (SMs) have been isolated from B. bassiana and functionally verified. Among them, beauvericin and bassianolide are cyclic depsipeptides with antibiotic and insecticidal effects belonging to the enniatin family. Non-ribosomal peptide synthetases (NRPSs) play a crucial role in the synthesis of these secondary metabolites. NRPSs are modularly organized multienzyme complexes in which each module is responsible for the elongation of proteinogenic and non-protein amino acids, as well as carboxyl and hydroxyacids. A minimum of three domains are necessary for one NRPS elongation module: an adenylation (A) domain for substrate recognition and activation; a tholation (T) domain that tethers the growing peptide chain and the incoming aminoacyl unit; and a condensation (C) domain to catalyze peptide bond formation. Some of the optional domains include epimerization (E), heterocyclization (Cy) and oxidation (Ox) domains, which may modify the enzyme-bound precursors or intermediates. In the present study, we analyzed genomes of B. bassiana and its allied species in Hypocreales to verify the distribution of NRPS-encoding genes involving biosynthesis of beauvericin and bassianolide, and to unveil the evolutionary processes of the gene clusters. Initially, we retrieved completely or partially assembled genomic sequences of fungal species belonging to Hypocreales from public databases. SM biosynthesizing genes were predicted from the selected genomes using antiSMASH program. Adenylation (A) domains were extracted from the predicted NRPS, NRPS-like and NRPS-PKS hybrid genes, and used them to construct a phylogenetic tree. Based on the preliminary results of SM biosynthetic gene prediction in B. bassiana, we analyzed the conserved gene orders of beauvericin and bassianolide biosynthetic gene clusters among the hypocrealean fungi. Reciprocal best blast hit (RBH) approach was performed to identify the regions orthologous to the biosynthetic gene cluster in the selected fungal genomes. A clear recombination pattern was recognized in the inferred A-domain tree in which A-domains in the 1st and 2nd modules of beauvericin and bassianolide synthetases were grouped in CYCLO and EAS clades, respectively, suggesting that two modules of each synthetase have evolved independently. In addition, inferred topologies were congruent with the species phylogeny of Cordycipitaceae, indicating that the gene fusion event have occurred before the species divergence. Beauvericin and bassianolide synthetases turned out to possess identical domain organization as C-A-T-C-A-NM-T-T-C. We also predicted precursors of beauvericin and bassianolide synthetases based on the extracted signature residues in A-domain core motifs. The result showed that the A-domains in the 1st module of both synthetases select D-2-hydroxyisovalerate (D-Hiv), while A-domains in the 2nd modules specifically activate L-phenylalanine (Phe) in beauvericin synthetase and leucine (Leu) in bassianolide synthetase. antiSMASH ver. 2.0 predicted 15 genes in the beauvericin biosynthetic gene cluster of the B. bassiana genome dispersed across a total length of approximately 50kb. The beauvericin biosynthetic gene cluster contains beauvericin synthetase as well as kivr gene encoding NADPH-dependent ketoisovalerate reductase which is necessary to convert 2-ketoisovalarate to D-Hiv and a gene encoding a putative Gal4-like transcriptional regulator. Our syntenic comparison showed that species in Cordycipitaceae have almost conserved beauvericin biosynthetic gene cluster although the gene order and direction were sometimes variable. It is intriguing that there is no region orthologous to beauvericin synthetase gene in Cordyceps militaris genome. It is likely that beauvericin synthetase was present in common ancestor of Cordycipitaceae but selective gene loss has occurred in several species including C. militaris. Putative bassianolide biosynthetic gene cluster consisted of 16 genes including bassianolide synthetase, cytochrome P450 monooxygenase, and putative Gal4-like transcriptional regulator genes. Our synteny analysis found that only B. bassiana possessed a bassianolide synthetase gene among the studied fungi. This result is consistent with the groupings in A-domain tree in which bassianolide synthetase gene found in B. bassiana was not grouped with NRPS genes predicted in other species. We hypothesized that bassianolide biosynthesizing cluster genes in B. bassiana are possibly acquired by horizontal gene transfer (HGT) from distantly related fungi. The present study showed that B. bassiana is the only species capable of producing both beauvericin and bassianolide. This property led to B. bassiana infect multiple hosts and to be a potential biological control agent against agricultural pests.

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컴퓨터를 이용한 치아크기 계측시 재현도와 정확도에 관한 연구 (Reproducibility and accuracy of tooth size measurements obtained by the use of computer)

  • 김은정;황현식
    • 대한치과교정학회지
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    • 제29권5호
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    • pp.563-573
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    • 1999
  • 본 연구는 치아크기 측정시 버니어 캘리퍼스를 사용한 계측치와 석고모형을 촬영하여 컴퓨터를 사용한 계측치를 서로 비교함으로써 석고모형 분석시 컴퓨터 이용 가능성을 알아보고자 시행되었다. 치아밀집치열 특징을 지니며 모든 치아의 맹출이 완료된 상하악 20조의 석고 모형의 좌측 중절치부터 제 1대구치까지 12개의 치아를 대상으로 하여, 각 치아의 근원심폭경을 버니어 캘리퍼스와 컴퓨터를 이용하여 2주 간격으로 2회 측정하여 실험측정치를 얻은 다음, 측정에 이용된 석고모형을 근원심접촉점 부위에서 개개치아로 분리한 후, 마이크로미터를 이용하여 측정한 표준치와 비교분석하였다. 계측시 오차의 원인을 알아보기 위하여 상하악의 occlusogram을 얻어 각 치아의 접촉점 이탈유무 및 정도를 구하고, TARG (Torque Angulation Reference Guide)를 이용하여 각 치아의 근원심경사도를 계측한 결과 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. 2회 측정에 대한 재현도 비교시 버니어 캘리퍼스를 사용한 경우 12 개 치아 중 3개의 치아에서 유의한 차이가 나타났으며 컴퓨터의 경우에는 1 개의 치아에서 차이가 나타났다. 2. 치아크기 계측의 정확도를 알아보기 위하여 표준치와 비교한 결과, 버니어 캘리퍼스를 사용한 경우 12개 중 3개의 치아에서 유의한 차이가 있었으며 컴퓨터의 경우에는 12 개 중 2 개의 치아에서 차이가 나타났다. 3. 버니어 캘리퍼스를 사용한 경우 상악 제 1 대구치는 표준치에 비해 크게, 하악 제 1 대구치는 표준치에 비해 작게 재는 경향을 보였으며 컴퓨터의 경우 상하 제 1 대구치 모두 표준치에 비해 크게 재는 경향을 보였다. 4. 버니어 캘리퍼스로 계측시에는 하악 제 1 대구치가 가장 큰 오차를 보였으며 치아별로 오차정도가 다양하게 나타난 반면, 컴퓨터의 경우 치아별 오차정도의 차이를 보이지 않았다. 5. 접촉점 이탈정도 및 치관의 근원심 경사도와 오차정도의 상관성을 살펴본 결과 버니어 캘리퍼스로 측정한 경우 유의한 상관관계를 보이지 않았으나 컴퓨터로 계측한 경우 약한 순상관관계를 보였다. 이상의 결과는 모형분석을 위한 치아크기 계측시 컴퓨터 이용이 가능함을 시사하였다.

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큰 지름비를 가지는 동축제트 확산화염 연소기내의 등온 및 연소 유동장의 예측 (Prediction of Isothermal and Reacting Flows in Widely-Spaced Coaxial Jet, Diffusion-Flame Combustor)

  • 오군섭;안국영;김용모;이창식
    • 대한기계학회논문집B
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    • 제20권7호
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    • pp.2386-2396
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    • 1996
  • 본 연구에서 수행한 큰 지름비를 가지는 동축제트 확산화염 연소기내의 등온 및 연소 유동장에 대한 수치해석 결고를 요약하면 다음과 같다. 1) 큰 지름비를 가지는 동축제트 확산화염 연소기내의 등온 유동을 수치해석한 경우 k-.epsilon. 난유모델은 큰지름비를 갖는 기하학적 특성 때문에 C $O_{2}$와 공기의 유량비에 따라 나타나는 세가지 유동구조를 정성적으로 잘 예측하였다. 2) 공기의 유량이 고정되고 C $O_{2}$의 유량이 증가하는 등은 유동의 경우, 후방정체점은 실험치보다 훨씬 과도하게 예측되고 있으나, C $O_{2}$의 유량증가와는 거의 무관하게 나타나는 실험결과를 그대로 반영하였다. 그리고 C $O_{2}$으 유량증가에 거의 선형적으로 비례하는 전방정체점의 위치와 급격히 감소하는 재순환유동영역으로 갈수록 정량적인 불일치가 커지게 됨을 볼 수 있으며 이는 연료제트의 속도척도가 상대적으로 커지면서 연료제트가 공기의 재순환유동을 간헐적으로 뚫고 나가며 나타나는 용접유동구조에 의한 비정상성 때문으로 사료된다. 3) C $O_{2}$의 유량이 고정되고 공기의 유량이 증가하는 등온유동의 경우, 전방정체점의 변화에 대한 실험과 수치해석 결과와 정량적인 일치를 보이고 있으나 후방정체점은 실험치에 비해 과대예측되었다. 공기의 평균유입속도가 증가함에 따라 전방정체점의 위치가 입구쪽으로 옮겨가는 경향을 나타내고 있으며 공기의 유량이 증가함에 따라 공기에 이한 재순환영역의 강도와 공기의 최대역류속도가 커지므로 상대적으로 C $O_{2}$ 제트가 재순환 유동장을 관통할 수 있는 거리가 즐어드는 현상을 잘 예측하였다. 4) k-.epsilon. 난류모델과 수정된 eddy-breakup 연소모델을 사용하여 bulff-body 연소기내의 연소유동을 수소에 의한 열팽창효과를 포함시킨 경우 유동장과 온도장이 약간 더 하류족으로 팽창되는 영향이 나타났으며 본 연구의 수치결과만을 놓고 볼 때 열팽창효과와 Arrhenius 화학반응률을 고려한 경우가 실험치에 다소 근접한 결과를 나타내었다. 5) 수치결과와 실험의 불일치는 등방성 가정에 근거를 두는 k-.epsilon.난류모델이 갖는 한계, 중간생성물을 무시한 일단계 비가역반응모델을 사용한 난류 연소모델의 한계, 밀도변화를 가지는 유동장에서 일정한 Schmisr 수 가정의 적용한계, 그리고 불확실한 입구경계조건에 기인한다. bluff-body 연소기내의 난류연소유동장에 대한 예측능력을 향상시키기 위해서 추후 연구에서는 더욱 발전된 물리모델인 ASM 난류모델과 RSM 난류모델 그리고 joint PDF 연소모델과 coherent flamelet 모델등을 이용한 수치모델의 개발을 체계적으로 수행할 예정이다.

Cucumber mosaic virus Paf 계통의 약독 병징과 관련된 satellite RNA의 유전자 해석 (Genomic Analysis of Satellite RNA of Cucumber mosaic virus-Paf Related with Mild Symptoms)

  • 성미영;정민영;이상용;류기현;최장경
    • 식물병연구
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    • 제10권4호
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    • pp.241-247
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    • 2004
  • Cucumber mosaic virus(CMV)-Paf 계통에 포함된 satellite RNA(Paf-satRNA)는 CMV의 병징을 완화시키는 약독병징 관련 유전자로 작용하였다(Choi 등, 2001). 이 연구는 Paf-satRNA의 약독병징 관련 유전자의 도메인을 확인하기 위하여, 고추에서 chlorosis 병징을 발현하는 PepY-satRNA와 키메라 satRNA를 구축하여 분석하였다. 두 종의 satRNA의 염기서열을 비교한 결과, 분자크기가 큰 PepY-satRNA에서 10염기의 삽입이 발견되기는 하였지만, 양 말단영역의 염기는 비교적 안정된 conserved sequence를 보였다. 그러나 이들 satRNA의 중간영역에 존재하는 염기서열, 즉 5' 말단의 81번째 염기로부터 113번째, 그리고 183번째 염기부터 265번째 염기까지의 영역에서는 많은 변화를 나타냈다. 약독병징과 관련된 도메인을 확인하기 위하여 구축한 각 satRNA 및 키메라 satRNA의 cDNA로부터 transcript RNA를 전사시키고, 전사된 각 satRNA transcript를 CMV-Fny의 게놈RNA1, RNA2 및 RNA3의 transcript와 혼합한 후 N. benthamiana에 접종하였다. 그 결과 RT-PCR에 의해서 모든 satRNA-cDNA로부터 전사된 transcript의 감염성이 확인되었으며, Paf-satRNA 및 키메라 Paf(H/N)-satRNA와 PepY(N/A)-satRNA를 접종한 N. benthamiana에서는 모두 약한 모자이크 또는 무병징 감염의 특성을 보였다. 이와는 대조적으로 PepY-satRNA 및 키메라 PepY(H/N)-satRNA와 Paf(N/A)-satRNA를 접종한 식물에서는 전형적인 모자이크 증상과 식물체의 위축을 동반하였다. 이들 각 키메라 satRNA에 감염된 N. benthamiana를 접종원으로 고추에 접종한 결과, Paf-satRNA와 혼합한 CMV-Fny를 접종한 고추에서는 무병징에 가까운 약한 모자이크 증상이 발현되었고, PepY-satRNA를 접종한 고추는 뚜렷한 chlorosis의 모자이크 증상이 발현되었다. 한편 이들 두 종 satRNA의 키메라, Paf(H/N)-satRNA와 PepY(N/A)-satRNA를 접종한 고추에서는 모두 약한 모자이크 또는 무병징 감염의 특성을 보였고, PepY(H/N)-satRNA와 Paf(N/A)-satRNA를 접종한 식물에서는 전형적인 chlorosis의 모자이크 증상과 식물체의 위축을 동반하였다. 이와 같은 결과를 종합해 보았을 때, N. benthamiana에서와 마찬가지로 Paf-satRNA의 약독병징과 관련된 유전자의 도메인은 HpaI-NarI 영역에 존재한다는 것을 나타냈다.

생물학적 특성과 DNA분석을 이용한 한국내 Armillaria속균의 분류 (Taxonomic Study of Korean Armillaria Species Based on Biological Characteristics and DNA Analyses)

  • 성재모;양근주;김수호
    • 한국균학회지
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    • 제25권1호통권80호
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    • pp.46-67
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    • 1997
  • 1985년부터 1993년까지 장원도 일대에서 채집한 20균주와 외부에서 분양 받은 6균주를 대상으로 교배실험, PCR-RFLP 분석, 그리고 RAPD분석을 통해 상호 유연 관계를 알고자 하였다. 교배실험에서는 A. gallica 6균주, A. ostoyae 5균주, A. tabescens 2균주만이 친화성을 나타내었다. A8(KNU-250)균주는 A. gallica와 A. ostoyae에 모두 친화성을 나타내어 배양적 특징과 유사한 결과가 나타났다. rDNA의 IGS영역의 PCR-RFLP분석에서 A. mellea와 A. ostoyae 각 균주들 간의 유사도는 1.000으로 100%의 상동성을 보여주었다. A. tabescens는 $0.919{\sim}0.974$로 높은 유사성을 나타냈다. A. gallica는 $0.619{\sim}1.000$의 유사도로 나타났다. A19와 A22균주는 고립된 한 집단으로 나타났으며 유사도는 1.000으로 100% 상동성을 보였고, 다른 집단과의 유사도가 $0.051{\sim}0.108$로 10% 미만의 상동성을 나타내고 있다. RAPD분석을 통한 A. mellea의 유사도는 $0.983{\sim}1.000$으로 상동성이 높게 나타났으며, A. ostoyae도 $0.994{\sim}1.000$으로 높은 상동성을 보여 주었다. A. tabescens의 균주간의 유사도는 $0.594{\sim}0.953$으로 나타났으며, A. gallica는 $0.280{\sim}0.733$의 유사도를 나타내 균주간의 변이가 나타난 것으로 생각된다. 특히, A19, A22균주가 다른 집단과 거리가 먼 한 집단으로 나타났는데 그들 간의 유사도는 0.921로 92%의 상동성을 보였고, 다른 4개 집단과의 유사도가 $0.012{\sim}0.069$로 7% 미만의 상동성을 나타내고 있다. 본 실험에서 분류된 Armillaria속균은 5종으로 4종은 각각 이미 알려진 종으로 A. mellea, A. ostoyae, A. tabescens, A. gallica로 동정되었고 남은 1종은 미기록종이라고 생각된다.

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옥천변성대 북동부 황강리 지역내 앰피볼라이트에 나타나는 대상 각섬석의 광물화학 및 조직 (Mineral chemistry and texture of the zoned amphiboles of the amphibolites in the Hwanggangri area, the northeastern region of Ogcheon metamorphic belt, Korea)

  • 유영복;권용완;김형식
    • 암석학회지
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    • 제9권2호
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    • pp.99-118
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    • 2000
  • 황강리 지역내 앰피볼라이트에 나타나는 대상 각섬석류의 Na(A), K. Na(M4), Al(IV) 그리고 Al(VI)+Fe3++Ti+Cr의 함량변화를 치화작용의 관점에서 보면 쳐마카이트 치환과 에데나이트 치환 그리고 글로코페인 치환의 정도는 핵부위의 양기석질이 주변부로 감에 따라 감섬석으로 보이는 가장 높은 변성도의 세 시료(M29-2, M26-2, M78)에 존재하는 각섬석들의 치환성분 함량은 더 낮은 변성도의 주연부에서 더 높다. 또한 투휘석을 포함하거나 녹갈색의 감섬석을 보이는 가장 높은 변성도의 세 시료(M29-2, M76-2, M78)에 존재하는 각섬석들의 치환성분 함량은 더 낮은 변성도의 주연부 각섬석보다는 낮고 양기석 보다는 높은 것으로 나타나고 있어 치환작용의 정도가 전체 각섬석류중에서 중간영역에 해당되고 있다. 대상 각섬석류의 성인데 대한 고찰을 해보면 첫째로 두 시료 R120-1와 R210-9가 서로 동일하게 각섬석류의 핵은 양기석질 각섬석이고 주연부는 마그네시안 해스팅사이트에 해당되는데 사장석은 각각 알바이트(R102-1)와 라브라도라이트(R210-9)의 큰 성분격차를 보여주고 있다. 알바이트와 라브라도라이트가 한번의 변성작용으로 동시에 생성되기가 어렵기 때문에 대상 각섬석류는 불혼합 구간(Miscibility gap)이 아닌 다변성작용의 결과로 형성된 것으로 추정된다. 둘째로 양기석과 각섬석간의 접촉면이 광학적으로 뚜렷한 경우와 점이적일 경우 모두 화강암체와 떨어진 거리에 상관없이 본암에 형성되어 있다. 두 광물이 뚜렷한 접촉면을 보여주는 시료의(R210-9, M128, M130) 경우 사장석이 저변성도와 중변성도에서 생성되는 성분을 함께 보여주고 있다. 이런 다양한 성분의 사장석은 불혼합 구간이 형성되는 변성도보다 더 높은 변성도의 변성작용이 중첩되어 있음을 지시하기 때문에 대상 각섬석류가 다변성작용에 의해 성장한 것을 의미한 준다. 또한 광물간에 점이적인 접촉면을 갖는 경우도 이 조직이 주로 화강암체 주변에서 산출된다는 사실과 변성도의 고찰 등을 통해 다변성작용의 영향에 기인한 것으로 생각된다. 대상 각섬석류의 성분변화를 변성작용의 압력형과 연관지어보면 핵부위의 양기석들은 중압형의 변성작용에 의해 성장한 것으로 볼 수 있고 주연부의 각섬석들은 저압형과 유사한 변성작용으로 인해 형성된 것임을 알 수 있다.

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저온에서의 싸이클로옥타논에 대한 고유동위원소 효과 (INTRINSIC NMR ISOTOPE SHIFTS OF CYCLOOCTANONE AT LOW TEMPERATURE)

  • 정미원
    • 분석과학
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    • 제7권2호
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    • pp.213-224
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    • 1994
  • 선택적으로 중수소를 치환시킨 싸이클로옥타논의 여러 동위원소 이성질체들을 합성하였다. 고유동위원소 효과에 의해 영향을 받는 $^{13}C$ NMR 화학적 이동값들을 각 이성질체에 대해 저온에서 계통적으로 관찰하였다. 특히 싸이클로옥타논이 선호하는 안정한 형태 이성질체인 클 boat-chair 형과 연관시켜 이 효과들을 논의하였다.

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제주도 교래휴양림 지역의 대기질의 음이온 및 양이온의 분포와 변이성 (Variation and Distribution of Anions and Cations in the Aerosols of Gyorae Forests in Jeju Island)

  • 신방식;임동호;이근광
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제19권7호
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    • pp.384-395
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    • 2018
  • 본 연구는 교래자연휴양림 지역을 A와 B 지역으로 나누어서 대기질의 음이온과 양이온수를 측정하여 일별 그 분포와 변이에 대한 연구가 목적이었다. 이온수 측정은 이온수 측정기로 2017년 6월 28일-7월 13일 사이에 실시하였다. A지역의 5개 지점의 전체 평균 음이온수는 $734.5ions/cm^3$, 양이온 수는 $463.3ions/cm^3$, 대기온도는 $25.51^{\circ}C$, 습도는 81.6%, 풍속은 0.28 m/sec, 해발 고도는 455.7 m 이었다. B지역의 4개 지역 전체 측정한 평균 음이온수는 $780ions/cm^3$, 양이온수는 $379.55ions/cm^3$, 대기온도는 $27.6^{\circ}C$, 습도는 80%, 풍속은 0.1 m/sec, 측정지역의 해발고도는 477 m 이었다. 교래지역 A와 B전체의 음이온수의 평균치는 $757.5ions/cm^3$, 양이온수의 평균치는 $419.41ions/cm^3$이었다. 이온의수는 시간별로 측정별로 변이성이 높았다. 음이온수가 양이온수보다 평균 $275.73ions/cm^3$ 만큼 더 높게 유지되었다. A와 B점의 음이온과 양이온수의 측정치를 Pearson 분산분석에서는 음이온 측정지점별 및 측정지점 내의 분석이 유의하게 나타났으며(p<.001), 양이온의 측정지점별 및 측정지점 내의 분석에서도 유의하게 나타났다(p<.001). 음이온과 양이온수의 지역별 평균측정치 간의 상관관계분석에 서 r=.386으로 유의한 정적인 상관관계가 있었다(p<.001). 결론적으로 상기 음이온과 양이온 함량의 시간적 분포와 변이를 나타낸 결과는 교래자연휴양림의 대기질의 성분과 변화에 대한 기초정보를 제공하고 있다고 본다.

구강 편평세포암종에서 $P16^{ink4}$ 유전자의 Methylation에 대한 연구 (($P16^{ink4}$ Methylation in Squamous Cell Carcinoma of the Oral Cavity.)

  • 강진원;김경욱;류진우;김창진
    • Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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    • 제22권2호
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    • pp.164-173
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    • 2000
  • The p16 protein is a cyclin dependent kinase inhibitor that inhibits cell cycle progression from $G_1$ phase to S phase in cell cycle. Many p16 gene mutations have been noted in many cancer-cell lines and in some primary cancers, and alterations of p16 gene function by DNA methylation have been noticed in various kinds of cancer tissues and cell-lines. There have been a large body of literature has accumulated indicating that abnormal patterns of DNA methylation (both hypomethylation and hypermethylation) occur in a wide variety of human neoplasma and that these aberrations of DNA methylation may play an important epigenetic role in the development and progression of neoplasia. DNA methylation is a part of the inheritable epigenetic system that influences expression or silencing of genes necessary for normal differentiation and proliferation. Gene activity may be silenced by methylation of up steream regulatory regions. Reactivation is associated with demethylation. Although evidence or a high incidence of p16 alterations in a variety of cell lines and primary tumors has been reported, that has been contested by other investigators. The precise mechanisms by which abnormal methylation might contribute to carcinogenesis are still not fully elucidated, but conceivably could involve the modulation of oncogene and other important regulatory gene expression, in addition to creating areas of genetic instability, thus predisposing to mutational events causing neoplasia. There have been many variable results of studies of head and neck squamous cell carcinoma(HNSCC). This investigation was studied on 13 primary HNSCC for p16 gene status by protein expression in immunohistochemistry, and DNA genetic/epigenetic analyzed to determine the incidence, the mechanisms, and the potential biological significance of its Inactivation. As methylation detection method of p16 gene, the methylation specific PCR(MSP) is sensitive and specific for methylation of any block of CpG sites in a CpG islands using bisulfite-modified DNA. The genomic DNA is modified by treatment with sodium bisulfate, which converts all unmethylated cytosines to uracil(thymidine). The primers designed for MSP were chosen for regions containing frequent cytosines (to distinguish unmodified from modified DNA), and CpG pairs near the 5' end of the primers (to provide maximal discrimination in the PCR between methylated and unmethylated DNA). The two strands of DNA are no longer complementary after bisulfite treatment, primers can be designed for either modified strand. In this study, 13 paraffin embedded block tissues were used, so the fragment of DNA to be amplified was intentionally small, to allow the assessment of methylation pattern in a limited region and to facilitate the application of this technique to samlples. In this 13 primary HNSCC tissues, there was no methylation of p16 promoter gene (detected by MSP and automatic sequencing). The p16 protein-specific immunohistochemical staining was performed on 13 paraffin embedded primary HNSCC tissue samples. Twelve cases among the 13 showed altered expression of p16 proteins (negative expression). In this study, The author suggested that low expression of p16 protein may play an important role in human HNSCC, and this study suggested that many kinds of genetic mechanisms including DNA methylation may play the role in carcinogenesis.

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다중회귀분석을 이용한 서울시 1인 가구의 연령별 분포요인에 관한 연구 (A Study on the Age Distribution Factors of One Person Household in Seoul using Multiple Regression Analysis)

  • 이선희;윤동현;고준환
    • Spatial Information Research
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    • 제23권3호
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    • pp.11-21
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    • 2015
  • 최근 몇 년간 서울시는 총 인구 수가 꾸준히 감소하고 있으나, 소형가구의 증가로 인해 총 가구 수는 증가하는 양상을 보이고 있다. 수도권 내 소형가구는 2010년 기준 전체가구의 44%를 차지하고 있으며, 통계청에서는 2020년에는 전국의 1인 가구 수가 전체가구의 약 30%이상을 차지할 것이라고 예상하였다. 1인 가구 관련 선행연구에 따르면 1인 가구가 연령별로 선호하는 주택유형이나 주변 환경 등이 다르게 나타나며, 본 연구에서는 연령별 차이가 1인 가구의 공간적 분포로 이어질 것이라는 연구가설을 제시하고자 한다. 따라서 1인 가구의 공간적 분포 요인이 되는 시설들을 대상으로 네트워크에 기초한 서비스 권역 분석 후 도출된 면적을 공간적 단위의 면적 비율로 계산하여 이를 독립변수로 적용한 다중회귀분석을 실시하였다. 공간적 단위는 서울시 집계구이며, 이를 토대로 연령별 1인 가구 수와 분포요인간의 상호작용을 살펴보았다. 또한 더미변수로 서울시 공간권역인 도심권, 동북권, 동남권, 서북권, 서남권으로 설정하고 각각의 권역별 결과를 도출하였다. 그 결과, 연령별로 주로 분포하고 있는 공간권역이 각기 다르게 나타났으며, 20대는 대학가 근처 주택, 30대는 전월세 주택, 40~50대는 월세주택, 60대 이상은 연면적 $40m^2$ 이하의 주택을 선호하는 것으로 나타났다. 이와 같이 1인 가구는 연령별로 선호하는 주택환경이 다르기 때문에, 이를 고려한 주택정책이 제시되어야 할 것이다.