• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제31권6호
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• pp.1519-1526
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• 2010

The behavior of peptide or protein solutes in saline aqueous solution is a fundamental topic in physical chemistry. Addition of ions can strongly alter the thermodynamic and physical properties of peptide molecules in solution. In order to study the effects of added ionic salts on protein conformation and dynamics, we have used the molecular dynamics (MD) simulations to investigate the behavior of Staphylococcus aureus Hfq protein under two different ionic concentrations: 0.1 M NaCl and 1.0 M NaCl in presence and absence of RNA (a hepta-oligoribonucleotide AU5G). Hfq, a global regulator of gene expression is highly conserved and abundant RNA-binding protein. It is already reported that in vivo the increase of ionic strength results in a drastic reduction of Hfq affinity for $Q{\beta}$ RNA and reduces the tendency of aggregation of Escherichia coli host factor hexamers. Our results revealed the crucial role of 0.1 M NaCl Hfq system on the bases with strong hydrogen bonding interactions and by stabilizing the aromatic stacking of Tyr42 residue of the adjacent subunits/monomers with the adenine and uridine nucleobases. An increase in RNA pore diameter and weakened compactness of the Hfq-RNA complex was clearly observed in 1.0 M NaCl Hfq system with bound RNA. Aggregation of monomers in Hfq and the interaction of Hfq with RNA are greatly affected due to the presence of high ionic strength. Higher the ionic concentration, weaker is the aggregation and interaction. Our results were compatible with the experimental data and this is the first theoretical report for the experimental study done in 1980 by Uhlenbeck group for the present system.

• Molecules and Cells
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• 제41권7호
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• pp.653-664
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• 2018

The RNA-binding protein tristetraprolin (TTP) binds to adenosine-uridine AU-rich elements in the 3'-untranslated region of messenger RNAs and facilitates rapid degradation of the target mRNAs. Therefore, it regulates the expression of multiple cancer and immunity-associated transcripts. Furthermore, a lack of TTP in cancer cells influences cancer progression and predicts poor survival. Although the functions of TTP on cancer cells have previously been researched, the mechanism of TTP on the interaction between cancer cells with their micro-environment remains undiscovered. In this study, we admed to determine the role of cancer cell TTP during the interaction between tumor and immune cells, specifically regulatory T cells (Tregs). We evaluate the capability of TTP to modulate the antitumor immunity of GC and explored the underlying mechanism. The overexpression of TTP in GC cells dramatically increased peripheral blood mononuclear lymphocyte (PBML) -mediated cytotoxicity against GC cells. Increased cytotoxicity against TTP-overexpressed GC cells by PBMLs was determined by Treg development and infiltration. Surprisingly, we found the stabilization of programmed death-ligand 1 (PD-L1) mRNA was declining while TTP was elevated. The PD-L1 protein level was reduced in TTP-abundant GC cells. PD-L1 gas been found to play a pivotal role in Treg development and functional maintenance in immune system. Taken together, our results suggest the overexpression of TTP in GC cells not only affects cell survival and apoptosis but also increases PBMLs -mediated cytotoxicity against GC cells to decelerate tumor progression. Moreover, we identified PD-L1 as a critical TTP-regulated factor that contributes to inhibiting antitumor immunity.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제64권3호
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• pp.481-499
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• 2022

This study aims to determine the effects of D-methionine (D-Met) isomer and the methionine precursor 2-hydroxy-4-methylthiobutanoic acid i (HMBi) supplementation on milk protein synthesis on immortalized bovine mammary epithelial cell (MAC-T). MAC-T cells were seeded using 10-cm dishes and cultured in Dulbecco's modified Eagle's medium/F12 (DMEM/F12) basic medium. The basic medium of DMEM/F12 was replaced with the lactogenic DMEM/ F12 differentiation medium when 90% of MAC-T cells reached confluency. The best dosage at 0.6 mM of D-Met and HMBi and incubation time at 72 h were used uniformly for all treatments. Each treatment was replicated six times wherein treatments were randomly assigned in a 6-well plate. Cell, medium, and total protein were determined using a bicinchoninic acid protein assay kit. Genes, proteomics and metabolomics analyses were also done to determine the mechanism of the milk protein synthesis pathway. Data were analyzed by two-way analysis of variance (ANOVA) with supplement type and plate as fixed effects. The least significant difference test was used to evaluate the differences among treatments. The HMBi treatment group had the highest beta-casein and S6 kinase beta-1 (S6K1) mRNA gene expression levels. HMBi and D-Met treatments have higher gene expressions compared to the control group. In terms of medium protein content, HMBi had a higher medium protein quantity than the control although not significantly different from the D-Met group. HMBi supplementation stimulated the production of eukaryotic translation initiation factor 3 subunit protein essential for protein translation initiation resulting in higher medium protein synthesis in the HMBi group than in the control group. The protein pathway analysis results showed that the D-Met group stimulated fructose-galactose metabolism, glycolysis pathway, phosphoinositide 3 kinase, and pyruvate metabolism. The HMBi group stimulated the pentose phosphate and glycolysis pathways. Metabolite analysis revealed that the D-Met treatment group increased seven metabolites and decreased uridine monophosphate (UMP) production. HMBi supplementation increased the production of three metabolites and decreased UMP and N-acetyl-L-glutamate production. Taken together, D-Met and HMBi supplementation are effective in stimulating milk protein synthesis in MAC-T cells by genes, proteins, and metabolites stimulation linked to milk protein synthesis.

• Animal Bioscience
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• 제37권4호
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• pp.709-717
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• 2024

Objective: Abnormally increased somatic cell counts (SCCs) in milk is usually a sign of bovine subclinical mastitis. Mutual interaction between the host and its associated microbiota plays an important role in developing such diseases. The main objective of this study was to explore the difference between cows with elevated SCCs and healthy cattle from the perspective of host-microbe interplay. Methods: A total of 31 milk samples and 23 bovine peripheral blood samples were collected from Holstein dairy cattle to conduct an integrated analysis of transcriptomic and metagenomics. Results: The results showed that Ralstonia and Sphingomonas were enriched in cows with subclinical mastitis. The relative abundance of the two bacteria was positively correlated with the expression level of bovine transcobalamin 1 and uridine phosphorylase 1 encoding gene. Moreover, functional analysis revealed a distinct alternation in some important microbial biological processes. Conclusion: These results reveal the relative abundance of Ralstonia and Sphingomonas other than common mastitis-causing pathogens varied from healthy cows to those with subclinical mastitis and might be associated with elevated SCCs. Potential association was observed between bovine milk microbiota composition and the transcriptional pattern of some genes, thus providing new insights to understand homeostasis of bovine udder.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제51권2호
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• pp.150-155
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• 2008

목 적 : 모유 황달은 지속성 황달을 일으키는 중요한 원인이다. 모유 황달은 모유의 여러 가지 성분으로 인해 일어난다고 알려져 있지만 아직 그 원인이 명확하게 밝혀지지 않았으나 이전의 연구에서는 모유 황달이 가족력과 관계있다는 결과도 제시되었다. 이에 저자들은 신생아 황달을 가진 모유수유 환아들에서 Gly71Arg와 TATA box 유전자의 다형성을 조사한 후 이것이 한국인 신생아의 지속성 황달과 연관성이 있는지 알아보고자 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 혈중 빌리루빈 수치가 10 mg/dL 이상의 건강하고 위험인자가 없는 모유수유를 시행한 만삭아 중 신생아 황달 환자 50명과 대조군 162명으로부터 혈액 0.5 cc를 채취하여 DNA를 분리하였고 TATA box와 Gly71Arg 유전자를 PCR 증폭하였다. 이를 염기서열 분석 방법을 통해 각 유전자의 다형성을 확인하였다. 결 과 : Gly71Arg 다형성은 환자군 50명 중 2명(4.0%)에서 AA로 40명(80.0%)은 GA로 나타났으며, 유전자가 분석된 대조군 129명 중 5명(3.9%)에서 AA로 4명(3.1%)은 GA로 나타났고, 대립유전자 빈도는 대조군에서 44.0% 환자군에서 5.5%로 나타났다(P=0.000001). TATA box는 환자군 50명 중 1명에서 $A(TA)_6TAA/A(TA)_7TAA$로 나타났으며 대조군에서 모두 $A(TA)_6TAA/A(TA)_6TAA$로 나타났다. 결 론 : 모유수유한 한국인 신생아 지속성 고빌리루빈혈증에서 UGT1A1의 Gly71Arg과 TATA box의 다형성을 확인하였으며, Gly71Arg 유전자의 다형성은 고빌리루빈혈증군에서 대조군에 비해 의미 있게 증가되어 모유수유한 한국인 신생아 지속성 고빌리루빈혈증과 연관이 있었고, TATA box의 다형성은 연관이 없었다.

• 대한화학회지
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• 제37권2호
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• pp.237-243
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• 1993

Xanthomonas celebensis 5S rRNA를 분리 정제하여 효소적 방법과 화학적 방법으로 그 일차구조 및 이차구조를 결정하였다. 이 5S rRNA는 119개의 누클레오티드로 구성되어 있으며 변형된 누클레오시드를 함유하고 있지 않다. 그리고 이 5S rRNA는 X. maltophilia 및 X. citri의 것처럼 5'-말단에 가외의 우리딘잔기를 하나 더 가지고 있다. 결정한 X. celebensis 5S rRNA의 이차구조는 본 연구진이 이미 결정한 두가지 Xanthomonas 종들의 것들과 매우 유사하며, 5개의 이중나선 줄기와 5개의 단일가닥 고리 그리고 2개의 내밀린 구조를 가지고 있다. X.celebensis 5S rRNA 분자 내의 삼차상호작용은 테옥시헥사머를 이용한 혼성체화법과 Fe(II)-EDTA를 사용하여 5S rRNA를 쪼개는 방법으로 분석하였다. 5S rRNA 상의 $U_{35}CCCAU_{40}$부분을 상보성을 가진 데옥시헥사머를 혼성체화한 다음에 고리 M, 구역 $I_1-C$, 고리 $H_2$에 있는 약간의 아데노신 잔기들이 피로탄산 이에틸에 대한 감수성을 가지게 되는 사실과, $Mg^{2+}$이 있는 조건에서 고리 M, 고리 $H_1$, 및 구역 $D-I_2에$ 있는 약간의 누클레오티드 잔기들이 Fe(II)-EDTA의 분열작용에 저항성을 나타내는 사실에서 고리 $H_1과$ 고리 $H_2$가 어떤 방법으로든 고리 M과 삼차상호작용을 하는 것으로 추측되며, 이 삼차작용에서 구역 $I_1-C$와 구역 $D-I_2$ 돌쩌귀로 작용하는 것으로 생각된다. 고리 $H_1$은 산성 조건(pH 5.5)에서 비표준형 염기쌍 A:C 들을 형성함으로써 3개의 염기로 이루어지는 고리를 형성한다는 것을 알았다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제49권1호
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• pp.34-39
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• 2006

목 적 : 신생아 황달은 중국, 일본, 한국인 등 동양인에서 서양인에 비해 많이 발생하여 유전적인 요인이 있을 것으로 생각되며 빌리루빈 대사의 주된 효소인 Uridine diphosphate glucuronosyl transferase 유전자의 다형성이 관여한다고 보고되고 있다. 저자들은 빌리루빈 대사의 핵심 효소인 UGT1A1 유전자의 다형성이 한국인 신생아 황달과 어떤 연관성이 있는지 알아 보고자 본 연구를 시행하였다. 방 법 : 혈중 빌리루빈 수치가 12 mg/dL 이상의 건강하고, 위험인자가 없는 만삭아 중 신생아 황달 환아 80명과, 대조군 164명으로부터 혈액을 0.5 cc를 채취하여 DNA을 분리하였다. UGT1A1 유전자를 PCR로 증폭하여, 염기서열 분석 방법을 통해 UGT1A1 유전자 untranslated region의 1828G>A(rs 10929303) 단일염기다형성을 확인하였다. 결 과 : UGT1A1 유전자 3' untranslated region의 guanine에서 adenine으로의 1828G>A 단일염기다형성이 신생아 고빌리루빈군 중 총 혈청 빌리루빈이 12 mg/dL 이상인 80명 중 67명(83.8%)이 GG 유전형을 보였고 10명(12.5%)이 GA 이종접합, 3명(3.7%)이 AA 유전형을 나타냈다. 대조군 164명에서는 135명(82.3%)이 GG 유전형을 보였고, GA 이종접합은 16명(9.8%), AA 유전형은 13명(7.9%)으로 나타났다. 변이형 대립유전자 빈도는 고빌리루빈혈증군에서 10.0%로 대조군 12.8%와 비슷하였다(P=0.3687). 결 론 : 한국인 신생아 황달에서 UGT1A1 유전자의 1828G>A 다형성을 확인하였으나, 이는 고빌리루빈혈증군에서 대조군에서와 비슷한 빈도로 관찰되어 한국인 신생아 황달의 발생과 연관이 없을 것으로 생각된다.

• Natural Product Sciences
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• 제20권3호
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• pp.160-169
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• 2014

44 compounds and 9 minerals were isolated from and detected in the New Zealand deer velvet antler Cervus elaphus var. scoticus L$\ddot{o}$nnberg. The chemical structures of (1 - 26) were identified on the basis of the spectroscopic methods and comparisons with literature, respectively. The structures were identified as cholesterol (CS, 6), 7-keto-CS (7), $7{\beta}$-hydroxy-CS (8), and $7{\alpha}$-hydroxy-CS (9), and included 12 steroid $3{\beta}$-O-(palmitic/stearic/myristic acid esters; PM/SA/MS) [CS-$3{\beta}$-O-PM (1 - 1), CS-$3{\beta}$-O-SA (1 - 2), CS-$3{\beta}$-O-MR (1 - 3), 7-keto-CS-$3{\beta}$-O-PM (2 - 1), 7-keto-CS-$3{\beta}$-O-SA (2 - 2), 7-keto-CS-$3{\beta}$-O-MR (2 - 3), $7{\beta}$-hydroxy-CS-$3{\beta}$-O-SA (3 -1), $7{\beta}$-hydroxy-CS-$3{\beta}$-O-PM (3 - 2), $7{\beta}$-hydroxy-CS-$3{\beta}$-O-MR (3 - 3), $7{\alpha}$-hydroxy-CS-$3{\beta}$-O-SA (4 - 1), $7{\alpha}$-hydroxy-CS-$3{\beta}$-O-PM (4 - 2), and $7{\alpha}$-hydroxy-CS-$3{\beta}$-O-MR (4 - 3)], dinonyl phthalate (5), 8 nucleic acids analogues [uracil (10), deoxyguanosine (11), deoxyuridine (12), uridine (13), deoxyadenosine (14), adenosine (15), inosine (16), and guanosine (17)], and the 9 free amino acids [L-phenylalanine (18), L-isoleucine (19), L-leucine (20), L-tyrosine (21), L-valine (22), L-proline (23), L-threonine (24), L-alanine (25), and L-hydroxyproline (26)]. Also, there are 8 kinds of amino acids [asparagine, serine, glutamine, glycine, histidine, arginine, methionine, and lysine], 2 sialic acids [N-acetylneuraminic acid (27), ketodeoxynonulosonic acid (28)], and 9 minerals [Na > K > Ca > Mg > Fe > Zn > B > Al > Cu] were detected from the autoaminoacid analyzer and ICP spectrometer, HPAEC-PAD/HPLC-FLD, respectively. 9 kinds of oxycholesterol-$3{\beta}$-O-fatty acid ester (2 - 1, 2 - 2, 2 - 3, 3 - 1, 3 - 2, 3 - 3, 4 - 1, 4 - 2, and 4 - 3) and 3 nucleic acids (12, 14, and 15) were isolated from the velvet antler for the first time. 6 kinds of steroids (7, 8, 9, 2 - 1, 3 - 1, and 4 - 1) were examined for their anti-proliferative effects against L1210, P388D1, K562, MEG-01, KG-1, MOLT-4, A549, HepG2, MCF-7, SK-OV-3, and SW-620 cancer cell lines. They showed anti-proliferative effects with $IC_{50}$ values of 0.06, 2.16, 2.42, > 50.0, 1.66 and $8.31{\mu}M$ against L1210, while the values were 24.05, 9.44, 5.22, 0.25. 9.48 and $49.77{\mu}M$ against P388D1, respectively. The others were inactive.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제3권1호
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• pp.75-85
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• 1999

생쥐 초기 배아의 형태형성에 영향을 주는 세포질내 인자의 기원과 작용기작을 연구하기 위해 단백질 합성과 단백질 활성화 효소 (protein kinase)의 억제제를 처리한 배아의 세포질로 재조합된 배아에서 발생과 RNA합성, 단백질 인산화를 조사하였다. 단백질 합성 억제제인 cycloheximide (CHX)가 함유된 배양액에서 24시간 배양한 1-세포 배아의 제핵된 세포질을 두 개의 전핵을 모두 가진 절반의 1-세포 배아와 재조합한 P+P-CHX군의 배아 발생과 유전자의 활성화는 P+P군의 배아와 유사하였으나, 밀집 형성과 밀집형성이 일어나는 세포 시기는 빨라져서 P+2군과 유사하였다. 또한 초기 배아의 발생 시 1-세포기에서 2-세포기 사이에 일어나는 단백질 인산화가 형태형성과정에 미치는 영향을 알아보기 위해, tyrosine protein kinase와 serine-threonine protein kinase의 억제제인 genistein (Gen)과 6-dimethylaminopurine (6-DMAP)이 처리된 배아의 제핵된 세포질과 2개의 전핵을 가진 절반의 1-세포 배아를 융합시킨 P+2-Gen과 P+2-DMAP군 배아의 발생과 밀집현상을 대조군인 P+P와 P+2군과 비교하였다. P+2-Gen과 P+2-DMAP군 배아에 발생은 대조군에 비해 빨랐으며, 특히 P+2-Gen군 배아는 밀집이 4-세포기에 일어나 8-세포기에 일어나는 P+2-DMAP군의 배아에 비해 일어나는 시간과 세포 시기가 빨라졌다. SDS-PAGE 방법으로 분석한 재조합 3시간째 P+2-Gen과 P+2-DMAP군의 단백질 인산화량은 대조군인 P+P와 P+2군에 비해 증가하였으나 종류의 변화는 없었다. 한편 2차원 전기영동법을 이용하여 P+2-DMAP군의 배아에서 P+2-Gen에 비해 80KD와 110KD 단백질의 인산화가 억제된다는 결과를 얻었다. 이상의 결과들은 생쥐의 초기 배아에서 형태 형성의 조절은 유전자 활성화 또는 난자내 모계 mRNA에 의해 수정 후 합성되는 새로운 단백질에 의한 것이 아니고, 난자내에 존재하는 인자에 의해 조절됨을 시사한다. 이 인자들 중 단백질의 인산화는 배아 발생과 형태형성에 밀접한 관계가 있으며, 특히 초기 1∼2세포기 사이에 serine-threonine protein kinase에 의해 인산화되는 단백질이 밀집현상을 조절하는 데 중요한 역할을 하는 것으로 사료된다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제44권6호
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• pp.791-799
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• 2015

본 연구에서는 고지방 고콜레스테롤 식이 흰쥐에서 찔레꽃과 찔레꽃 복합물이 혈청 및 간 조직의 지질대사에 미치는 영향을 관찰하였다. 실험군을 4군으로 나누어 정상 식이군(N군), 고지방 고콜레스테롤 식이군(HF군), 고지방 고콜레스테롤 식이에 찔레꽃을 5% 첨가한 군(HR군), 고지방 고콜레스테롤 식이에 찔레꽃 복합물을 첨가한 군(HRC군)으로 나누었다. 찔레꽃 복합물은 찔레꽃, 뱀딸기풀, 곰보배추, 조릿대로 구성되어 있다. 체중증가량과 식이효율은 HF군이 N군에 비해 유의적으로 증가하였고 HR군과 HRC군이 HF군에 비해 감소하였다. 혈청 중성지질은 HF군이 N군에 비해 유의적으로 증가하였고 HRC군은 유의적으로 크게 감소하였다. 혈청 HDL-cholesterol은 HR군과 HRC군이 HF군에 비해 증가하였다. 혈청 총콜레스테롤과 LDL-cholesterol은 HF군이 N군에 비해 유의적으로 증가하였고, 특히 동맥경화지수에서 HRC군은 HF군에 비해 유의적으로 감소하였다. 간 중성지질과 총콜레스테롤은 HF군이 N군에 비해 유의적으로 증가하였고 HR군과 HRC군은 HF군에 비해 유의적으로 감소하였다. 대변 중성지질과 총콜레스테롤은 HR군과 HRC군이 HF군에 비해 유의적으로 증가하였다. UDP-glucuronyl transferase 활성은 HR군과 HRC군이 HF군에 비해 증가하였다. Total bile acid는 HR군과 HRC군이 HF군에 비해 증가하였고, 특히 HRC군은 HF군에 비해 유의적으로 증가하였다. 이러한 결과 찔레꽃과 찔레꽃 복합물은 UDP-glucuronyl transferase 활성, total bile acid 및 지질 대사 조절에 효과적으로 활용될 수 있다고 사료된다.