• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제49권4호
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• pp.453-465
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• 2000

연구배경 : 폐암의 발생과정은 다양한 유전자 이상과 여러 가지경로 이상을 포함한 다단계 과정이다. 암유전자의 활성화나 종양억제유전자의 불활성화, 그리고 결과적인 유전적 불안정성의 증가는 폐암의 발암과정에서 일어나는 주요한 사건이며 임상적으로 폐암이 진단되기까지 10내지 20여 가지의 유전적 변화가 축적되는 것으로 알려져 있다. 본 연구에서 저자들은 비소세포폐암에서 종양억제유전자인 p53과 FHIT의 돌연변이, FHIT 유전자의 전사체 이상 여부를 확인하고 종양억제유전자부근에 위치하는 극소위성의 유전적 변화를 관찰하였다. 대상 및 방법 : 비소세포폐암으로 진단된 후 외과적 적출술을 시행받은 환자 29명의 생검조직과 그에 대응하는 동일인의 정상조직을 대상으로 하였다. p53과 FHIT의 돌연변이 여부는 PCR-SSCP, DNA 염기분석으로 확인하였고 D3S1285, D9S171, TP53에서 극소위성 불안정성과 이형접합성 상실은 PCR로 확인하였다. FHIT 유전자의 전사체 이상 여부 확인을 위해서는 RT-PCR을 사용하였다. 결과 : 1) p53 유전자의 2예에서 관찰되었고 모두 exon 5에서 1개의 염기가 치환되는 점돌연변이였다. 2) 극소위성 불안정성은 D3S1285와 D9S171에서 각각 2예, 1예, 이형접합성 상실은 D3S1285, D9S171, TP53에서 각각 3예, 4예, 7예가 관찰되었다. 3) FHIT 유전자의 변이는 11예에서 관찰되었으며 이중 6예는 exon 8의 codon 98에서 염기서열이 CAT가 CAC로 바뀌는 잠재적 치환이었다. 4) FHIT 유전자의 전사체 이상은 $\beta$-actin이 제대로 발현되는 15예중 4예에서 관찰되었으며 exon 6-9의 결실로 확인되었다. 결론 : 이상으로 비소세포폐암 발생에 p53, FHIT 유전자의 변이, 극소위성 불안정성과 이형접합성 상실 등 다양한 분자유전학적 기전이 복합적으로 작용할 것으로 생각되며 이번 연구에서 조사된 유전적 이상의 빈도는 앞서 발표된 서양의 연구결과와 대체적으로 일치한다. 특히 극소위성의 분석은 편평세포암에서 종양표지자로서의 역할이 기대된다. 이런 발암과정에 대한 이해는 예방, 진단 및 치료적 접근을 발전시키는데 도움을 줄 수 있을 것이고 향후 이들에 관한 가능적 연구들이 수행되어야 할 것이다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제44권4호
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• pp.796-805
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• 1997

연구배경 : 세포주기의 활성화, 그 중에서도 특히 $G_1$/S 이행에 관여하는 세포주기관련 단백질들은 암발생에 있어서 매우 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있다. $G_1$ 세포주기 관련 단백질 중의 하나인 cdk4 (cyclin dependent kinase 4)의 억제제로 알려져 있는 p16 유전자는 최근에 밝혀진 종양억제유전자중의 하나로서 MTS1 (multiple tumor suppressor 1)이라고도 불린다. p16 유전자는 지금까지 알려진 어느 종양관련 유전자보다도 유전자변이의 빈도가 높은 암억제유전자인데, 특히 비소세포폐암인 경우는 70% 이상의 세포주에서 p16 단백질의 발현이 없는 것으로 밝혀져 있어 p16 유전자는 비소세포폐암 발생에 매우 중요한 역할을 할 것이라고 알려져 있다. 본 연구에서는 비소세포폐암에서 p16을 이용한 유전자치료의 타당성을 입증하기 위하여 다음과 같은 연구를 시행하였다. 방 법 : p16이 결여된 비소세포폐암 세포주 (NCI-H441)에, 정상섬유아세포에서 총 RNA를 추출하여 역전사효소 및 DNA 중합효소반응으로 증폭된 p16 cDNA를 유핵세포 발현 vector인 pRC-CMV plasmid에 subcloning하여 구축된 pRC-CMV-p16 plasmid vector를 lipofectin을 이용하여 유전자 이입한 후, 단백질을 추출하여 Western blot 분석과 면역침전법으로 $G_1$ 세포주기관련 단백질의 변동을 관찰하고, colony 형성능을 비교함으로써 암억제효과를 확인하였다. 결 과 : p16이 유전자주입된 NCI-H441 세포주에서 p16과 cdk4가 복합체를 형성하고 있고 인산화 Rb가 대조 세포주에 비해 감소되어 있음을 확인할 수 있어, p16이 cdk4와 결합함으로써 cdk4에 의한 Rb의 인산화를 방해하고 이에 따른 $G_1$ 세포주기 정체에 의해 종양억제효과가 나타난다는 설명을 뒷받침할 수 있었다. Clonogenic assay 결과는 p16 유전자주입된 NCI-H441 세포주의 colony 형성능이 대조 세포주에 비하여 현격히 감소함을 관찰하였다. 결 론 : 이상의 결과로 p16(MTS1) 유전자를 p16 단백질을 발현하지 못하는 비소세포폐암 세포주에 주입할 경우, 주입한 유전자에서 생성되는 p16 단백질이 cdk와 결합하여 Rb 단백질의 인산화를 저하시켜 궁극적으로 암억제 효과를 일으킬 수 있음이 확인되었고, 이는 향후 비소세포폐암의 유전자치료에 있어서 p16 유전자의 이용 가능성을 확인한 기초자료가 된다고 생각된다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권19호
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• pp.8451-8454
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• 2014

Objectives: Epidemiological studies have shown that molecular mechanisms underlying the development of lung cancers differ between smokers and unsmokers. Aberrant promoter methylation in some tumor suppressor genes is frequent in lung tumors from smokers but rare in those from non-smokers. Recently, many studies have investigated the association between cigarette smoking and RASSF1A gene promoter hypermethylation in lung cancer patients, but a unanimous conclusion could not be reached. We therefore performed this meta-analysis to derive a more precise estimation of any association. Study Design: An electronic search of PubMed and Chinese Biomedicine databases was conducted to select studies. A total of 19 case-control studies were chosen, and odds ratios (ORs) with confidence intervals (CIs) were used to assess the strength of associations. Results: The case-control studies covered 2, 287 lung cancer patients: 63.4%(1449) of the patients were smokers, 36.6% (838) were unsmokers. The overall results suggested that smokers with lung cancer had a 1.297-fold (95% CI: 1.066~1.580, p=0.010, p=0.087) higher risk for RASSF1A gene hypermethylation than the non-smokers. In the stratified analysis, an increased risk of RASSF1A gene hypermethylation in smokers than in non-smokers was found in Asian (OR=1.481, 95%CI: 1.179~1.861, p=0.001, p=0.186). Conclusions: This meta-analysis supports the idea that RASSF1A gene hypermethylation is associated with cigarette smoking-induced lung cancer.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권1호
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• pp.75-84
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• 2014

Aberrant DNA methylation of tumor suppressor genes has been reported in all major types of leukemia with potential involvement in the inactivation of regulatory cell cycle and apoptosis genes. However, most of the previous reports did not show the extent of concurrent methylation of multiple genes in the four leukemia types. Here, we analyzed six key genes (p14, p15, p16, p53, DAPK and TMS1) for DNA methylation using methylation specific PCR to analyze peripheral blood of 78 leukemia patients (24 CML, 25 CLL, 12 AML, and 17 ALL) and 24 healthy volunteers. In CML, methylation was detected for p15 (11%), p16 (9%), p53 (23%) and DAPK (23%), in CLL, p14 (25%), p15 (19%), p16 (12%), p53 (17%) and DAPK (36%), in AML, p14 (8%), p15 (45%), p53 (9%) and DAPK (17%) and in ALL, p15 (14%), p16 (8%), and p53 (8%). This study highlighted an essential role of DAPK methylation in chronic leukemia in contrast to p15 methylation in the acute cases, whereas TMS1 hypermethylation was absent in all cases. Furthermore, hypermethylation of multiple genes per patient was observed, with obvious selectiveness in the 9p21 chromosomal region genes (p14, p15 and p16). Interestingly, methylation of p15 increased the risk of methylation in p53, and vice versa, by five folds (p=0.03) indicating possible synergistic epigenetic disruption of different phases of the cell cycle or between the cell cycle and apoptosis. The investigation of multiple relationships between methylated genes might shed light on tumor specific inactivation of the cell cycle and apoptotic pathways.

• 생명과학회지
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• 제34권7호
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• pp.520-530
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• 2024

종양 억제 유전자(TSG)는 세포 항상성을 유지하는 데 중요한 역할을 한다. 이러한 유전자의 기능이 상실되면 세포 가소성(cellular plasticity)이 유발되어 다양한 암, 특히 공격적인 성향을 가진 소세포 폐암(SCLC)이 발생할 수 있다. SCLC는 주로 후성학적 조절인자를 암호화하는 유전자에서 발생하는 다수의 기능 상실 돌연변이에 의해 유발된다. 이러한 돌연변이는 직접적으로 표적화하기 어렵기 때문에 치료제 개발이 어려운 상황이다. 그러나 이러한 돌연변이로 인한 분자적 변화를 이해하면 종양 치료 전략을 개발하는데 큰 도움이 될 수 있다. 우리는 SCLC의 이질적인 유전체 환경에도 불구하고 환자의 종양에서 발생하는 돌연변이의 영향이 악성 종양을 유발하는 몇 가지 중요한 경로로 수렴되고 있음을 확인하였다. 특히, 후성학적 변화는 전사 조절 장애를 초래하여 돌연변이 세포가 면역 회피 및 높은 전이 능력을 가진 매우 가소성이 높은 상태로 진입하게 한다. 본 논문에서는 반대 기능을 가진 후성학적 조절인자의 불균형이 면역 인식 마커의 상실로 이어져 종양 세포가 면역 체계로부터 효과적으로 회피하는 과정을 보여주는 연구들을 강조하였다. 또한 후성학적 조절인자가 신경내분비 세포 특성을 유지하는 역할과 비정상적인 전사 조절이 종양의 발달 및 진행 중 상피간엽이행(EMT)를 촉진하는 방법에 대해 서술하였다. 이 경로들은 별개의 것처럼 보이지만, 흔히 공통된 분자와 매개체를 공유하고 있음을 확인하였다. 빈번하게 변화하는 후성학적 조절인자 간의 연결을 이해하면 SCLC 및 유사한 돌연변이를 가진 다른 암의 발달과 진행의 분자적 메커니즘에 대한 귀중한 통찰력을 제공하여 예방 및 치료법 개발에 기여할 수 있을 것이다.

• 한국생물정보학회:학술대회논문집
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• 한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
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• pp.366-370
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• 2005

Tissue microarry is one of the high throughput technologies in the post-genomic era. Using tissue microarray, the researchers are able to investigate large amount of gene expressions at the level of DNA, RNA, and protein The important aspect of tissue microarry is its ability to assess a lot of biomarkers which have been used in clinical practice. To manipulate the categorical data of tissue microarray, we applied Bayesian network classifier algorithm. We identified that Bayesian network classifier algorithm could analyze tissue microarray data and integrating prior knowledge about gastric cancer could achieve better performance result. The results showed that relevant integration of prior knowledge promote the prediction accuracy of survival status of the immunohistochemical tissue microarray data of 18 tumor suppressor genes. In conclusion, the application of Bayesian network classifier seemed appropriate for the analysis of the tissue microarray data with clinical information.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제15권5호
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• pp.2379-2381
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• 2014

It is becoming progressively more understandable that phytochemicals derived from edible plants have shown potential in modelling their interactions with their target proteins. Rapidly accumulating in-vitro and in- vivo evidence indicates that anthocyanins have anticancer activity in rodent models of cancer. More intriguingly, evaluation of bilberry anthocyanins as chemopreventive agents in twenty-five colorectal cancer patients has opened new window of opportunity in translating the findings from laboratory to clinic. Confluence of information suggests that anthocyanins treated cancer cells reveal up-regulation of tumor suppressor genes. There is a successive increase in the research-work in nutrigenomics and evidence has started to shed light on intracellular-signaling cascades as common molecular targets for anthocyanins. In this review we bring to l imelight how anthocyanins induced apoptosis in cancer cells via activation of extrinsic and intrinsic pathways.

• 한국독성학회:학술대회논문집
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• 한국독성학회 2003년도 추계학술대회
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• pp.114-114
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• 2003

p53 has identified as a tumor suppressor protein to protect cells from DNA damage. p53, also well known for a transcription factor, can activate genes such as p21, bax, gadd45 and induce a number of the responses such as differentiation, senescence, DNA repair, apoptosis and the inhibition of angiogenesis to protect cells. Many mechanisms of p53 activation have been studied.(omitted)

• Genomics & Informatics
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• 제16권4호
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• pp.35.1-35.3
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• 2018

Biliary tract cancer (BTC) is a rare cancer and is associated with a poor prognosis. To understand the genetic characteristics of BTC, we analyzed whole-exome sequencing data and identified somatic mutations in patients with BTC. Tumors and matched blood or normal samples were obtained from seven patients with cholangiocarcinoma who underwent surgical resection. We discovered inactivating mutations of tumor suppressor genes, including APC, TP53, and ARID1A, in three patients. Activating mutations of KRAS and NRAS were also identified. Our analyses identified somatic mutations in Korean patients with BTC.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제27권1호
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• pp.1-7
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• 2023

Small-cell lung cancer (SCLC) continues to be the deadliest of all lung cancer types. Its high mortality is largely attributed to the unchangeable development of resistance to standard chemo/radiotherapies, which have remained invariable for the past 30 years, underlining the need for new therapeutic approaches. Recent studies of SCLC genome revealed a large number of somatic alterations and identified remarkable heterogeneity of the frequent mutations except for the loss of both RB and P53 tumor suppressor genes (TSGs). Identifying the somatic alterations scattered throughout the SCLC genome will help to define the underlying mechanism of the disease and pave the way for the discovery of therapeutic vulnerabilities associated with genomic alterations. The new technique made it possible to determine the underlying mechanism for the discovery of therapeutic targets. To these ends, the techniques have been focused on understanding the molecular determinants of SCLC.