• 한국양식학회지
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• 제20권4호
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• pp.248-254
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• 2007

멸종위기 천연기념물 어류 어름치(Hemibarbus mylodon)를 대상으로한 어름치 유전자 은행 구축 연구의 일환으로 뇌, 소화관, 근육, 간, 신장, 난소 및 정소 조직으로부터 expressed sequence tag (EST) library들을 구축하고 발현 유전자의 탐색을 실시하였다. EST 탐색을 통해 총 3,383개의 발현 유전자 염기서열 단편을 확보하였고 이들로부터 1,354개의 EST를 포함하는 총 333개의 contig들이 형성됨으로써 비교적 높은 빈도(69.8%)의 unigene 확보율을 나타내었다. EST의 조직 별 출현 양상은 orthologue들과의 상동성 정도 및 유추 기능의 대분류를 기준으로 분석할 때 각 조직들은 서로 다른 특징을 나타내었다. 어름치에서 발굴된 EST들은 zebrafish의 유전자들과 가장 높은 match 빈도를 나타내었다. 본 연구를 통해 확보된 EST library들과 염기서열 정보는 본 종의 장외 복원을 위한 효율적인 인공증식 기술 개발에 유용한 기초 정보로 활용될 수 있을 것이다.

• 생명과학회지
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• 제25권4호
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• pp.376-384
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• 2015

소의 질을 평가하기 위해서는 중요한 인자인 근육내 지방(또는 마블링)을 조절하는 분자를 연구해야 한다. cDNA microarray를 사용하여 등지방 조직과 최장근의 유전자발현 차이를 비교하였다. 이 연구를 통해, 우리는 한우의 지방조직에 1211개, 근육조직에서 1346개의 특이 유전자를 확인하였다. bovine chip은 지방조직의 920개 유전자와 근육조직의 760개 유전자로 이루어진 1680개의 특이 유전자로 구성되어있다. 이 실험에서 Microarray 분석은 등지방조직(Cy3)과 최장근(Cy5)의 유전자 발현에 있어서 큰 차이를 보여준다. 차이를 보이는 많은 특이유전자 중에서, 12-리폭시게나아제 유전자와 프로스타글란딘 D 합성효소는 근육내 지방의 축적을 조절하는 중요한 효소이다. 본 연구에서, 일반적으로 발현되지만 한우의 근육과 지방 조직에서 차이를 보이는 많은 유전자를 hybridization 분석을 통해 발견하였다. 선택된 유전자의 발현 수준은 반정량적 RT-PCR을 통해 확인하였고, 그 결과는 cDNA microarray와 유사하였다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제18권2호
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• pp.63-67
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• 2002

To understand plant-pathogen interactions, a complete set of hot pepper genes differentially expressed against pathogen attack was isolated. As an initial step, hundreds of differentially expressed cDNAS were isolated from hot pepper leaves showing non-host resistance against bacterial plant pathogens (Xanthomonas campestris pv. glycines and Pseudomonas syringae pv. syringae) using differential display reverse transcription polymerase chain reaction (DDDRT-PCR) technique. Reverse Northern and Northern blot analyses revealed that 50% of those genes were differentially expressed in pepper loaves during non-host resistance response. Among them, independent genes without redundancy were micro-arrayed for further analysis. Random EST sequence database were also generated from various CDNA libraries including pepper tissue specific libraries and leaves showing non-host hypersensitive response against X. campestris pv. glycines. As a primary stage, thousands of cDNA clones were sequenced and EST data were analyzed. These clones are being spotted on glass slide to study the expression profiling. Results of this study may further broaden knowledge on plant-pathogen interactions.

• 한국어업기술학회:학술대회논문집
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• 한국어업기술학회 2002년도 추계 수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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• pp.181-182
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• 2002

Expressed sequence tags (ESTs) are generated by single-pass DNA sequencing of clones obtained from cDNA libraries and are powerful tool in the genetic characterization of organisms, owing in large part to the speed and affordability of generating these sequences. Comparison of sequences obtained with those available in public sequence databases allows putative identification of many genes. (omitted)

• 한국양식학회:학술대회논문집
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• 한국양식학회 2003년도 추계학술발표대회 논문요약집
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• pp.44-44
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• 2003

Gene expression in five tissues of the abalone (Haliotis discus hannai) was investigated using an expressed sequence tag (EST) analysis. Randomly selected clones were obtained from cDNA libraries constructed with gill (GI), digestive diverticula(DD), hepatopancreas (HP), foot/mucus (FM) and rectangular muscle (RM). Of 1,235 clonesanalyzed (288 clones for GI, DD, HP each,166 for FM, and 205 for RM), 741 (60.0%) clones in total turned out to share significant similarity with the sequences from NCBI GenBank (less than 10/sup -3/ of e-values), 423 sequences showed poor similarity (> 10/sup -3/), and 71 sequences didn't match with any sequences in GenBank. The percent unique sequence (singleton) was ranged from 56.1% (RM) to 74.7% (FM) among libraries. On the other hand, overall percent singleton was 55.3% when all the ESTs from five libraries were assembled into contigs. Analysis of the organisms represented by the best hit for each EST (e-values < 10/sup -3/) showed that 23.8% matched with mammalian entries, 24.0% with mollusks, 14.4% with insects, 11.6% with fish and 26.2% with others. The expressed patterns differed among the tissues when judged by the categorization of the sequences from each library into 10 broad functional classes. In all the libraries, the class I (no hit o. poor similarity) was the largest category with an average of 40.1%. This largest class was followed by class V (general metabolisms) in DD (21.9%), GI (14.6%) and HP (16.7%), while the 'cell structure and motility'(class VI) was the second largest class in remaining two libraries (31.2% for RM and 9.6% for FM). The class IX (cell division and proliferation) was the smallest class in all the libraries (less than 3%). This report provides the first tissue-specific lists of expressed abalone genes, which could be a fundamental basis for genomics program of abalone species.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제51권1호
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• pp.1-8
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• 2009

본 연구는 한우의 지방, 간, 등심조직에서 유전자 염기서열을 확보하여 생산된 57,598개의 유전자 발현단편 데이터의 기능규명을 실시하였다. 유전자 발현단편 서열은 Assembly 과정을 통하여 unique한 서열인 4,759 contigs와 7,587 singletons을 확보하였으며, 얻어진 전사체를 이용하여 NCBI의 non-redundant 단백질 데이터베이스에 대하여 서열유사성 검색 (BLAST)을 하여 유전자의 기능을 예측할 수 있었다. 또한 기능에 대한 모호성을 확실히 하기 위해 Gene Ontology 용어를 사용하여 한우의 세 조직에서 확보된 서열들의 생물학적 특성을 기술하였다. Gene Ontology 는 모든 기능이 계층적으로 표현되어 있기 때문에, 각 계층에 대하여 유의적인 기능 여부를 확인하기 위하여 통계 분석인 Pearson's chi-square test를 실시하여 통계적으로 유의한 기능들을 산출할 수 있었다. 그 결과, Molecular function, Biological process, Cellular component 각각의 GO category에서 13, 16, 8개의 유의적인 GO terms이 검출되었다. 또한, 한우의 세 조직에 대하여 조직특이적 유전자의 존재여부를 판단하기 위하여 Audic's test를 실시하여 세 조직에서 각각 조직특이적으로 발현되는 유전자들을 검출할 수 있었다. 이러한 생물정보학적 방법들을 사용하여 한우의 세 조직에서 발현된 대량의 서열들에 대한 기능을 예측할 수 있었으며, 통계 검증을 통하여 유의적으로 검출된 유전자들은 추후에 실험적 검증을 실시하여 충분한 정보를 확보할 수 있을 것으로 사료된다.

• 원예과학기술지
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• 제29권6호
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• pp.633-640
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• 2011

배추는 배추속 식물의 A genome을 대표하는 모델로서 다양한 배추과 작물의 유전학 및 유전체학과 육종연구의 기반이 되는 중요한 작물이다. 최근 들어 배추 유전체 해독이 완료됨에 따라 유전체의 기능 연구가 보다 활발히 진행될 것으로 기대된다. 유전체 정보로부터 유전자의 구조를 예측하고, 기능을 분석하여 프로모터를 포함한 유용 유전자를 개발하기 위한 필수 재료로 이용되는 것이 다양한 조직 또는 실험 처리로부터 생성된 발현 유전자 데이터이다. 2011년 7월 현재 공공 데이터베이스에는 39개의 cDNA library로부터 분석된 147,217개의 배추 발현유전자가 보고되어 있다. 그러나 이들 발현 유전자들은 체계적으로 분석되거나 데이터베이스 형태로 정리되어 있지 않기 때문에 연구자들이 유전자 서열로부터 유용한 정보를 추출하여 사용하기 어려운 문제점이 있다. 따라서 해독 완료된 배추 유전체와 함께 발현 유전자 정보를 보다 잘 활용하기 위하여 배추의 조직 특이적 발현유전자 데이터베이스인 BrTED를 개발하였다. 데이터베이스는 EST 서열 처리-정보 검색 단위와 조직특이성 발현 특성 분석 단위로 이루어져 있으며, 각 정보들은 상호 연결되어 유기적인 검색 환경을 제공하게 하였다. BrTED는 23,962개의 단일 조합 유전자서열을 포함하고 있으며, 각 서열들의 유전자 주석과 암호화하고 있는 단백질의 기능을 동시에 제공한다. 또한 각 단일 조합 유전자서열들의 조직별 발현 특이성을 통계 분석을 통해 조사하여 연구자의 검색 기준에 따라 제공한다. BrTED의 실효성을 검증하기 위하여 데이터베이스를 통해 조직 특이적 발현 유전자 29개를 선발하고, 이들의 발현 특성을 RT-PCR로 확인한 결과, 선발한 유전자 모두 목표한 조직에서 특이적이거나 강한 발현을 보였다. BrTED는 조직 특이적 발현유전자를 신속하게 선발할 수 있는 공공 데이터베이스로서 배추의 기능 유전체 연구뿐만 아니라 근연 배추속 작물의 유전학과 유전체학 연구에 유용한 공공 연구 자원으로 이용될 수 있을 것이다.

• 한국가금학회:학술대회논문집
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• 한국가금학회 2006년도 제23차 정기총회 및 학술발표회
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• pp.7-16
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• 2006

Poultry products including meat and eggs constitute a major protein source in the American diet and disease - causing pathogens represent major challenges to the poultry industry. More than 95 % of pathogens enter the host through the mucosal surfaces of the respiratory, digestive and reproductive tracts and over the past few decades, the two main mechanisms used to control diseases have been the use of vaccines and antibiotics. However, in the poultry industry, there are mounting concerns over the ability of current vaccines to adequately protect against emerging hyper - virulent strains of pathogens and a lack of suitable, cost effective adjuvants. Thorough investigation of the immunogenetic responses involved in host-pathogen interactions will lead to the development of new and effective strategies for improving poultry health, food safety and the economic viability of the US poultry industry. In this paper, I describe the development of immunogenomic and proteomic tools to fundamentally determine and characterize the immunological mechanisms of the avian host to economically significant mucosal pathogens such as Eimeria. Recent completion of poultry genome sequencing and the development of several tissue-specific cDNA libraries in chickens are facilitating the rapid application of functional immunogenomics in the poultry disease research. Furthermore, research involving functional genomics, immunology and bioinformatics is providing novel insights into the processes of disease and immunity to microbial pathogens at mucosal surfaces. In this presentation, a new strategy of global gene expression using avian macrophage (AMM) to characterize the multiple pathways related to the variable immune responses of the host to Eimeria is described. This functional immunogenomics approach will increase current understanding of how mucosal immunity to infectious agents operates, and how it may be enhanced to enable the rational development of new and effective strategies against coccidiosis and other mucosal pathogens.

• 한국가금학회지
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• 제34권1호
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• pp.77-83
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• 2007

Poultry products including meat and eggs constitute a major protein source in the American diet and disease-causing pathogens represent major challenges to the poultry industry. More than 95% of pathogens enter the host through the mucosal surfaces of the respiratory, digestive and reproductive tracts and over the past few decades, the two main mechanisms used to control diseases have been the use of vaccines and antibiotics. However, in the poultry industry, there are mounting concerns over the ability of current vaccines to adequately protect against emerging hyper-virulent strains of pathogens and a lack of suitable, cost effective adjuvants. Thorough investigation of the immunogenetic responses involved in host-pathogen interactions will lead to the development of new and effective strategies for improving poultry health, food safety and the economic viability of the US poultry industry. In this paper, I describe the development of immunogenomic and proteomic tools to fundamentally determine and characterize the immunological mechanisms of the avian host to economically significant mucosal pathogens such as Eimeria. Recent completion of poultry genome sequencing and the development of several tissue-specific cDNA libraries in chickens are facilitating the rapid application of functional immunogenomics in the poultry disease research. Furthermore, research involving functional genomics, immunology and bioinformatics is providing novel insights into the processes of disease and immunity to microbial pathogens at mucosal surfaces. In this presentation, a new strategy of global gene expression using avian macrophage (AMM) to characterize the multiple pathways related to the variable immune responses of the host to Eimeria is described. This functional immunogenomics approach will increase current understanding of how mucosal immunity to infectious agents operates, and how it may be enhanced to enable the rational development of new and effective strategies against coccidiosis and other mucosal pathogens.