• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권4호
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• pp.624-630
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• 2008

Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) is a method that has been frequently used to survey the microbial diversity of environmental samples and to monitor changes in microbial communities. T-RFLP is a highly sensitive and reproducible procedure that combines a PCR with a labeled primer, restriction digestion of the amplified DNA, and separation of the terminal restriction fragment (T-RF). The reliable identification of T-RF requires the information of nucleotide sequences as well as the size of T-RF. However, it is difficult to obtain the information of nucleotide sequences because the T-RFs are fragmented and lack a priming site of 3'-end for efficient cloning and sequence analysis. Here, we improved on the T-RFLP method in order to analyze the nucleotide sequences of the distinct T-RFs. The first method is to selectively amplify the portion of T-RF ligated with specific oligonucleotide adapters. In the second method, the termini of T-RFs were tailed with deoxynucleotides using terminal deoxynucleotidyl transferase (TdT) and amplified by a second round of PCR. The major T-RFs generated from reference strains and from T-RFLP profiles of activated sludge samples were efficiently isolated and identified by using two modified T-RFLP methods. These methods are less time consuming and labor-intensive when compared with other methods. The T-RFLP method using TdT has the advantages of being a simple process and having no limit of restriction enzymes. Our results suggest that these methods could be useful tools for the taxonomic interpretation of T-RFs.

• 한국미생물학회:학술대회논문집
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• 한국미생물학회 2005년도 International Meeting of the Microbiological Society of Korea
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• pp.196.4-196
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• 2005

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권8호
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• pp.1470-1474
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• 2008

Nitrospira is a dominant member of nitrite-oxidizing bacteria (NOB) in nitrifying bioreactors as well as in natural habitats. In this study, Nitrospira NOB were investigated in the two nitrifying reactors operated with high and low dissolved oxygen (DO) concentrations for a period of 300 days. Phylogenetic and terminal restriction fragment length polymorphism analyses based on 168 rRNA gene sequences revealed that the Nitrospira community compositions of the two reactors during the early period related to group 1 and half of the Nitrospira community composition shifted to group 2 in the high-DO reactor after day 179, although there was no significant change in the low-DO reactor. These results suggested that DO was an important factor affecting Nitrospira community compositions in the nitrifying reactors.

• 미생물학회지
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• 제37권1호
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• pp.72-79
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• 2001

폐수 처리장의 방류수에 페놀을 첨가한 후 terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) 방법을 이용하여 세균군집의 구조와 변화를 조사하였다. 시료로부터 얻은 16S rRNA gene은 eubacterial primer로 증폭하였으며, 한 primer는 5'말단에 biotin을 부착하였다. 증폭된 product는 HaeIII와 AluI으로 각각 절단하였고, 절단된 단편 중에서 terminal restriction fragment (T-RF)를 streptavidin paramagnetic particle을 이용하여 분리하였다. 분리된 T-RF는 전기영동과 silver staining을 통하여 확인하였다. 본 실험의 유용성을 검증하기 위하여 표준 균주 10 균주를 대상으로 실험하였고, 균주마다 특징적인 T-RF를 가지는 것과 그 크기가 Ribosomal database project (RDP) 자료로부터 계산된 결과와 일치하는 것을 확인할 수 있었다. 한편, 대조군으로 사용된 페놀을 첨가하지 않은 방류수 시료에서는 Acinetobacter, Bacillus, Pseudomonas 속 등이 우점종을 차지하고 있었고, 페놀 (최종농도 250mg.$l^{-1}$)을 첨가한 방류수 시료에서는 Acinetobacter, Comamonas, Cytophaga, Pseudomonas 속 등이 우점종을 차지함을 알 수 있었다. Gel에서 분리한 Acinetobacter와 Cytophaga에 해당되는 T-RF는 재증폭 및 염기 서열 분석이 가능하였는데, database의 염기서열과 비교한 결과 Acinetobacter junii와 유연관계가 가깝다는 것을 확인하였다.

• 과학수사학회지
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• 제11권4호
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• pp.276-282
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• 2017

사건현장에서 얻어질 수 있는 증거물로써 현대 분자수준의 수사기법에 힘입어 많은 미세증거물들의 가치가 확인되고 있다. 이러한 미세증거물에는 DNA처럼 개인 식별에 유용한 물질들도 포함되어 있지만, 실제 현장에서 개별적인 특성을 나타내는 증거물만을 수집하는 것은 쉽지 않기 때문에 아직 응용되지 못하거나 발굴되지 않은 증거물 후보군에 대해 연구가 지속되어야 할 필요가 있다. 본 연구에서는 16명의 사람으로부터 손에서 서식하는 세균 군집을 채취하였으며 미생물군집분석방법 중 하나인 제한효소 절편길이 다형성(T-RFLP) 기법을 개인 식별에 활용할 수 있는지의 여부를 조사하였다. 그 결과, 16개의 서로 다른 electropherogram을 얻을 수 있었고, Staphylococcus속과 Bacillus 속을 포함하여 개인마다 종류와 조성의 차이를 보이는 다양한 세균 분류군들이 손바닥에 서식하고 있음을 확인하였으며, 이를 개인을 둘러싼 환경조건과 성별 등의 요인들을 연관하여 해석하고자 하였다.

• 한국토양비료학회지
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• 제49권2호
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• pp.144-156
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• 2016

Soil is a dynamic biological system, in which it is difficult to determine the composition of microbial communities. Knowledge of microbial diversity and function in soils are limited because of the taxonomic and methodological limitations associated with studying the organisms. In this review, approaches to measure microbial diversity in soil were discussed. Research on soil microbes can be categorized as structural diversity, functional diversity and genetic diversity studies, and these include cultivation based and cultivation independent methods. Cultivation independent technique to evaluate soil structural diversity include different techniques such as Phospholipid Fatty Acids (PLFA) and Fatty Acid Methyl Ester (FAME) analysis. Carbon source utilization pattern of soil microorganisms by Community Level Physiological Profiling (CLPP), catabolic responses by Substrate Induced Respiration technique (SIR) and soil microbial enzyme activities are discussed. Genetic diversity of soil microorganisms using molecular techniques such as 16S rDNA analysis Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) / Temperature Gradient Gel Electrophoresis (TGGE), Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism (T-RFLP), Single Strand Conformation Polymorphism (SSCP), Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) / Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis (ARDRA) and Ribosomal Intergenic Spacer Analysis (RISA) are also discussed. The chapter ends with a final conclusion on the advantages and disadvantages of different techniques and advances in molecular techniques to study the soil microbial diversity.

• 미생물학회지
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• 제44권1호
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• pp.29-36
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• 2008

질소는 하수처리과정에서 제거되어야 하는 주요 오염물질 중의 하나이며, 세균 군집을 이용한 고도처리 시스템에서 생물학적 질소제거는 중요한 기술이다. 질산화반응은 생물학적 질소제거 시스템의 첫 단계로 미생물에 의해 진행된다. 암모니아는 암모니아산화세균에 의해 아질산염으로 산화되며, 그 후에 아질산염은 아질산염 산화세균에 의해 질산염으로 산화된다. 실험실 규모의 생물학적 질소제거 시스템인 변형된 eBAF 시스템, Nutrient removal laboratory 시스템과 반추기법을 적용한 rSBR 시스템의 질산화반응조 시료에서 16S rRNA 유전자를 이용한 terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) 방법으로 아질산염 산화세균군집을 분석하였다. 제한효소로 형성된 단편의 클러스터분석에서 Nitrobacter 군집은 각각의 폐수처리 시스템에 따라 군집의 차이가 있음이 나타났다. 그러나 Nitrospira 군집의 클러스터분석에서는 액체와 담체의 서식지 환경 차이에 의해 군집이 구분되었다.

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 2000년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.133.2-133
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• 2000

No Abstract, See Full Text

• 한국동물학회:학술대회논문집
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• 한국동물학회 1999년도 한국생물과학협회 학술발표대회
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• pp.101.2-101
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• 1999

No Abstract, See Full Text

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제22권4호
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• pp.563-566
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• 2012

To investigate the possibility of horizontal gene transfer between agricultural microorganisms and soil microorganisms in the environment, Bacillus subtilis KB producing iturin and the PGPR recombinant strain Pseudomonas fluorescens MX1 were used as model microorganisms. The soil samples of cucumber or tomato plants cultivated in pots and the greenhouse for a six month period were investigated by PCR, real-time PCR, Southern hybridization, and terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP) fingerprinting. Our data from Southern blotting and T-RFLP patterns suggest that the model bacteria do not give significant impacts on the other bacteria in the pots and greenhouse during cultivation.